罗马人赞赏他的内政外交。对他的恋爱故事，恣意细心照顾他的孩子，只是微感不耐，但对他在罗马任命了大批西班牙人则深表不满。这些西班牙人的风格与语言颇使意大利人不悦。与教皇有亲族关系的100位西班牙人聚于罗马。一个目击者说：“10个教皇国也满足不了这些堂兄弟。”亚历山大在他的文化政策与行为上已完全意大利化，但他仍爱西班牙，说西班牙语，常常与恺撒及卢克雷齐娅用西班牙语交谈，并任命了19个西班牙人做红衣主教。他的随身侍从都是嫉妒的罗马人，半幽默、半愤怒地称他为“只听西班牙话的教皇”，暗指他那基督教化了的西班牙犹太裔血统。亚历山大宽宥自己的做法，是因为在许多意大利人，特别是红衣主教的选举团中，并不对他忠心，因此他必须带一批人形成一个支持他的核心。这批人效忠他个人，因为他是他们在罗马的保护者。
亚历山大曾有一段时间希望他的孩子乔万尼能帮助他保护教皇诸领地，但是乔万尼继承了其父对女人的热情，却没有得到亚历山大驭人的能力。认识到他的孩子中只有恺撒拥有这种刚毅的铁胆作风，而在这动乱的时代，唯有这种胆识才能掌握意大利的政治。亚历山大给了恺撒一笔惊人的赏赐，这笔收入让这年轻人能逐渐得权。甚至温雅的卢克雷齐娅也是政策的工具，用来加强对这个城市的控制，或者只是这个有前途的公爵的踏脚石。教皇喜欢卢克雷齐娅，他所表现出来的情愫，引起了严厉的流言，人们纷纷谴责他的乱伦，同时绘声绘色地说他与他的儿子争夺女儿的爱。他曾有两次离开罗马，请卢克雷齐娅负责照管他在梵蒂冈的房屋，有权拆看他的信件，同时参与所有他的日常工作。把权力委托给女人，在意大利诸统治家族中是常事——如费拉拉、乌尔比诺、曼图亚——但这在罗马仍引起轻微的震撼。当乔弗雷与桑西亚在婚礼之后来到罗马，恺撒与卢克雷齐娅出去迎接。4个人急促地来到梵蒂冈，而亚历山大很高兴把他们带在身边。圭恰尔迪尼说：“别的教皇为了隐瞒他们的丑闻，习惯上称他们的孩子为侄子，但是亚历山大并不在乎这个世界知道他们是他的孩子。”
这个城市曾忘了这教皇的旧情人瓦娜莎，但对他的新情人朱莉娅颇感惊奇。朱莉娅·法尔内塞确实漂亮，尤其是她的金发。当她让金发垂肩，一直垂悬达脚上，这种景象颇能打动男人的心弦，纵使比亚历山大更年老体衰的男人也不例外。他的朋友称她为好施主，萨努多（Sanudo）称她为“教皇的爱人，一个聪明睿智、慈悲温顺的年轻女子”。1493年，在卢克雷齐娅的婚宴上，英费苏拉称她为教皇的姘妇。佩鲁贾的历史学家马塔拉佐也用这个字眼称朱莉娅，也许是借用自英费苏拉。1494年，一个佛罗伦萨人称她为基督的新妇，这个名词常用以形容教会。有些学者想借卢克雷齐娅以了解朱莉娅，因此卢克雷齐娅——她在研究上颇有价值——一直与她的朋友维系着良好的友谊。而朱莉娅的丈夫奥尔西诺·奥西尼（Orsino Orsini），为纪念她而建了一个礼拜堂。1492年，朱莉娅生了个女儿劳拉（Laura）。官方记载说这孩子是奥西尼的，但红衣主教亚历山德罗·法尔内塞认为这个女孩是亚历山大的孩子。
亚历山大无疑是一个淫荡的人，热血奔腾使他对独身生活不能忍耐。他在梵蒂冈举行过一次节日庆典，在那里曾演了一次喜剧（1503年1月），他惊奇地高声大叫，愉快地与披发的女人挤在一起，让她们坐在他脚边的小板凳上。像那时的许多教士一样，他似乎感到教职的独身生活是希尔德布兰德（Hildebrand）造成的错误，甚至于一个红衣主教也应该分享有女伴的乐与苦。他对待瓦娜莎就像丈夫对待妻子，他记挂朱莉娅的安危也是典型的父女情愫。另一方面，他照顾其子女，有时更甚于他对教会的虔敬，也足以成为争论教会的法典要求教士守独身的观念是否聪明的理由。
在他任教皇这些年中，在他的锋芒被恺撒·博尔贾盖过之前，亚历山大曾有过一些成就。虽然在公共场合，他让自己带着骄傲的尊严，一副引人讨厌的样子，但在私人场合他是愉快的，脾性温良、热诚、热爱生活，常从他的窗口望着戴着面具的街兵——这个面具是男相，拥有大而长的鼻子——用鉴赏的态度高声大笑。如果我们可以相信平图里基奥画在博尔贾寓所墙上的画像，我们可说他是颇威武的。虽然所有的记载都说他的生活很有规律，花费很少，以致其他主教不愿与之同席进餐。他工作勤奋，常批阅公文到晚上，并密切注意基督教世界内各地的教会情形。
他的基督徒的外表是否只是伪装呢？或许不是的。他的信，甚至在写给朱莉娅时，都充满了怜悯的热情，这在私人的信件中在所难免。他的行动非常富有男人味，也完全吸收了那个时代的松散道德观，偶尔才会注意到他的生活与基督教伦理之间的矛盾。和许多人一样，在神学理论上他完全是正统的，但在行动上完全是世俗的。他似乎已感觉到在他所处的环境，教皇国需要一个政治家，而不是圣人。他赞成神圣庄严，但认为这只属于僧院生活与私人生活，对一个被迫需要每一步都要与狡猾而贪婪的独裁者，或与跋扈且不可靠的外交家周旋的人，则不适合。他终于用尽了所有的方法，及他们的前人在教皇国所曾用过的欺瞒手段。
因为他的政府与他发动的战争需要资金，他卖官鬻爵，收回已死的红衣主教的领地，召集1500年的庆祝大会以敛财。解约与离婚也被用来作为政治上讨价还价的筹码，如匈牙利王拉狄斯劳斯七世（Ladislaus Ⅶ）付3万杜卡特就可宣布与那不勒斯的贝亚特丽斯的婚约无效。假如亨利八世能与亚历山大这样一位教皇相处的话，他一定仍是一名信仰的维护者。庆祝大会开得并不成功，因为香客们害怕抢劫、黑死病及战争而留在家里。亚历山大了解这些，同时史无前例地发出一个训谕（1500年3月4日），声称付若干费用以上就可获得赦罪，而不必去罗马，付若干忏悔费就可免除近亲结婚的罪，又付多少可以让一个教职人员能自行买卖圣职而“不必按规矩”。12月16日，他把这庆祝大会扩展到埃皮法尼。募集者承诺庆祝大会筹募的款项将用来组织十字军抵抗土耳其。在波兰与威尼斯的筹款实践了前项诺言。但恺撒·博尔贾把庆祝大会的筹款用于恢复教皇国。
为了盛大举行庆祝大会，亚历山大（1500年11月28日）又任命12位新的红衣主教，他们为这次任命总共付款达12万杜卡特。圭恰尔迪尼说：“这种晋升不是给那些最有成绩的，而是给那些奉献最多的。”1503年，他又以相当的代价任命了9个候补红衣主教。同一年，在教廷里他任命了80个新官吏。依有敌意的威尼斯大使吉斯提尼亚尼说，这些职务每一个都卖760杜卡特。一个讽刺家在帕斯奎诺的雕像（1503年）上写下了这样的讽刺诗：
亚历山大卖的钥匙、祭坛与基督，由于他曾付钱，都是正义的。
根据教会法典，一个教职人员死后所留下的财产要归还教会，除非教皇做了其他的允准。除红衣主教的外，亚历山大合理地给予一些特许。在胜利而挥霍的恺撒·博尔贾的压力下，亚历山大制定一个分配这些高级教职人员所留下的财富的通则。有些红衣主教为逃避教皇，在预知死期将至时散布财产，也有些在生前就预先构筑华丽的墓碑。红衣主教米歇尔死时（1503年），他的屋子立刻被教皇的代理人搜罗一空。如果我们相信吉斯提尼亚尼的话，那么教皇亚历山大净赚了15万杜卡特，还抱怨只有23832杜卡特是现金。
对过分长寿的教职人员，是否用毒药促其蒙主宠召，这种考虑亚历山大或恺撒·博尔贾是否曾提出过，我们得此结论——“没有证据显示亚历山大毒害过任何人。”
但这并不能使他清白。“他在历史上的表现太过奸猾。但是他不能阻止讽刺家、小册子的作家及其他的目击者，把他们的该死讽刺诗提供给他的对手。”我们曾看到，教皇与那不勒斯冲突时，伊库甫·桑纳扎罗用致命的对句诋毁教皇及其子。英费苏拉用他的诽谤的笔触为科隆纳服务。杰罗尼莫·门乔内（Jeronimo Mancione）对于萨韦利男爵而言，值一团的兵力。1501年，亚历山大发了一道敕令，详述萨韦利与科隆纳的罪恶，作为他对抗罗马四周平原贵族的一部分。门乔内有一封给萨韦利的有名的信，详述亚历山大与恺撒·博尔贾的罪恶，更为夸张。广为流传的这个文件，把他描述成一个颠倒黑白、残忍跋扈的怪物。亚历山大赢得了战争，但他的这个原先没有被教皇尤利乌斯二世制伏的高贵的敌人却赢得了名誉，同时让他们的图像流传千古。
他太不注意舆论，很少对诽谤提出答辩，这种诽谤残酷地夸张他的错误。他决定建立一个强国，同时知道这个目标不能用基督徒的手段去达成。他运用各种传统治国的工具——宣传、诈欺、阴谋、训练、战争——注定会抵触那些喜好基督教会更甚于一个强有力国家的人，也必定要违逆那些利益系于处在意大利强权与罗马贵族之间组织松懈而衰弱的教皇及教皇国身上的人。亚历山大偶尔也会以救世的标准来衡量他的一生，然而很快地仍容许自己成为一个鬻卖圣职的罪人，一个乱伦的人，甚至于一个刽子手。一旦他的幸运之星陨落，所有他的骄傲与快乐便似立刻解体，他抛弃了马基雅维利式的不伦道德主义，坦诚自己的罪，同时发誓改造自己与教会。
他爱儿子乔万尼更甚于他的女儿卢克雷齐娅。佩德罗·路易斯死时，亚历山大认为乔万尼应该接受在西班牙的公国。溺爱的父亲没认识到这个年轻人是爱动的孩子，而非战神的孩子。他让乔万尼做将军，而这年轻人带兵确实无能。乔万尼认为一个漂亮的女人比俘获一个城市更宝贵。1497年7月14日，他与兄弟恺撒及其他的客人在母亲瓦娜莎的家中聚会。当他们回家时，乔万尼离开了恺撒与其他人，说他要去拜访他熟悉的一个妇人。他一去便不再生还，他的失踪使教皇异常惊讶。一个船夫说在14日的晚上，曾看到一具尸体被丢到台伯河里。问他为什么不报告，他回答说在他一生中曾看到过数百具这样的尸体，不报告只是为了免得给自己惹上麻烦。这条河被疏浚过，找到了尸体，全身有9处伤痕，很明显，这个年轻的公爵受到几个人的围攻。亚历山大非常悲伤，他把自己关在一间屋内绝食，他的呜咽声在街上都可听到。
他命令搜寻这些谋杀者，但很快，他宁愿让此案成为不解之谜。尸体在彼科的城堡附近发现，据说彼科漂亮的女儿曾被他儿子勾引。许多人，包括曼图亚的大使斯卡洛纳（Scalona），认为这次谋杀的凶手是受雇于彼科伯爵。这似乎是最接近事实的解释。其他人，包括佛罗伦萨与米兰在罗马的大使，把罪行归之于奥西尼家族，这个家族不久即与教皇兵戎相见。有些谣言说乔万尼被卢克雷齐娅的丈夫，乔万尼·斯福尔扎的随从刺杀。在这个时候没有人谴责恺撒·博尔贾。恺撒这时21岁，与他的兄弟相处得水乳交融。他是一个红衣主教，有自己的前途。在之后14个月内，他转为军职。但他兄弟的死对他毫无用处。他也很难提前预知乔万尼在从瓦娜莎宅邸回家的路上离他而去。亚历山大这时没有怀疑恺撒，任命他为乔万尼事件的执行人。首先揭示恺撒可能是谋杀者的是一封信，费拉拉大使彼格那（Pigna）在1498年1月22日写的，其时距这事件的发生已有8个月。未待恺撒粗暴残酷的个性显露时，大众已将他和此案牵上关联。马基雅维利和圭恰尔迪尼更同意这种说法，假若当时乔万尼在某些重要政策上与他作对，他或许可能对其加以谋害，像他以后的作风一样。然而当时的谋杀案，他确实是无辜的。
当教皇恢复了自制之后，他召集了一个红衣主教的主教公会（1497年7月19日），接受他们的吊慰，告诉他们，他曾经“爱乔万尼甚过这世界上任何其他人”，这样沉重的打击——“重得使他崩溃”——是上帝对他罪行的惩处。他继续说：“人生在世固然是要过幸福生活，也是要改革教会……因此福赏应该只给应受的人。我们要依红衣主教的投票做决定。我们要唾弃所有任用私人的作风。我们要从自身做起，把改革的工作贯彻到教会的每个部分，直到所有的改革完成为止。”6个红衣主教组成一个委员会起草改革计划。热诚的工作之后，呈给亚历山大一个改革的敕令。这个敕令的内容周详，如果依各条文切实执行，就可使教会免受宗教改革与反宗教改革。但当亚历山大面对教皇国的岁收问题以及没有卖官鬻爵所得的经费，如何维持教廷的开支问题时，他得不到满意的答复。同时，法王路易十二正准备第二次入侵意大利，恺撒·博尔贾立刻提议从各反抗的教区长手中夺回教皇管辖的诸邦。教皇仍梦想着一个有力的政治结构，这个政治结构在叛乱流行、变幻无常的世界内能够供给教会稳定的财政。他把改革计划一天天搁置下去。最后他的儿子继承他的意愿，为他征服了一块土地，让他真真实实地成为一个国王，终于使他忘了改革的计划。
