格列高利十一世移驾罗马，教皇是否永驻此地？选举他继承人的秘密会议（由红衣主教团组成）一共包括16位红衣主教，其中只有4人是意大利籍。市内的权贵们向秘密会议陈情，新选的教皇必须是罗马人，或至少是意大利人。为了支持这项提议，罗马的群众聚集在梵蒂冈城的外围，鼓噪喧闹，发出恫吓：如果秘密会议不选举罗马人继任教皇，他们将杀死所有非意大利籍的红衣主教。受了恫吓的红衣主教们，在15比1的表决下，仓促地选举（1378年）巴利的大主教普里那诺（Bartolommeo Prignano）为教皇，即乌尔班六世后，深恐生命遭受威胁，之后便奔离罗马城。罗马接受了这项妥协。
乌尔班六世以他暴戾的脾气和独裁的个性统治教会和罗马。他任命元老院的参议员和市里的行政官员，并将一向动荡不安的首都制服，使之成为秩序井然、温柔顺服的城市。他宣布即将由上而下改组教会。这项宣布，令红衣主教们震惊不已。两个星期后，在一次公开的布道会上，他公然谴责红衣主教和教会高级职员的道德恶劣。他禁止他们受领养老金，规定举凡教廷的一切业务，都必须妥善处理，并不得索取任何报酬。当红衣主教们私下埋怨的时候，他命令他们“停止愚蠢的交谈”。奥西尼红衣主教当即提出抗议，表示不满，不料被骂为“蠢材”。里摩日的红衣主教相继挺身反对教皇的态度，乌尔班火上加油、怒不可遏地冲向前去，刮他一记耳光。听到这些情形，圣凯瑟琳规劝愤怒的教皇：“处理事情务须谦和为怀……不宜过分；因为凡事过分，总是破坏多于建设。且看在十字架上吾主的分上，将你急躁的秉性收敛些吧！”乌尔班不理会旁人的意见，擅自宣布将任命更多的意大利籍红衣主教，以便在红衣主教团中造成多数，垄断教权。
法国的红衣主教在阿纳尼集会，计划反叛。1378年8月9日，他们发布一项宣言，宣称乌尔班的当选无效，因为那次选举是在罗马暴民的威胁下举行的。所有意大利籍的红衣主教都加入他们的行列。9月20日，红衣主教集团推举日内瓦的罗伯特为教皇，是为克莱门特七世。克莱门特七世定都阿维尼翁，乌尔班仍留居罗马。教权的分裂，于此开始。事实上，教权的分裂多半归因于新兴民族国家的相继崛起。法国之所以另拥教皇，是希望在对英国作战时及将来与日耳曼、意大利对抗时，能获得教皇的有力支持。在法兰西的倡导下，那不勒斯、西班牙和苏格兰相继拥护克莱门特七世；但英国、佛兰德斯、日耳曼、波兰、波希米亚、匈牙利及葡萄牙承认乌尔班的合法地位，使教会成为敌对阵营。在基督教国家，一半的基督徒指斥另一半的基督徒为异端、亵渎神灵，应受破门律的处分。圣凯瑟琳宣称克莱门特七世不过是一个出卖耶稣的犹大，而圣文森特·费雷尔（St.Vincent Ferrer）也以同样尖锐的字眼加在乌尔班六世身上。敌对双方都认为由对方的牧师所施行的圣礼是无效的，如果婴儿的洗礼、罪者的忏悔及临终抹油礼是得自对方牧师的话，是不能洗脱尘世的罪恶的，死亡之后仍免不了进入地狱饱受煎熬之苦。这种相互之间的仇恨程度，几乎仅见于极端惨烈的战争中。在大分裂阶段，有一些乌尔班新任命的红衣主教图谋以“具有危险性，不能胜任工作”为由，将他监禁起来，结果计未得逞，反有7位遭逮捕、拷打，并被处死（1385年）。
乌尔班的去世（1389年）并没有为分裂的教会带来妥协。他的阵营里尚存的14位红衣主教，旋又任命托玛西里（Piero Tomacelli）继任为教皇博尼费斯九世，这延长了教会的分裂局面。克莱门特七世逝世（1394年）后，阿维尼翁的红衣主教也拥立卢纳（Pedro de Luna）为教皇贝尼狄克特十三世，与罗马抗衡。法国国王查理六世提议两位教皇同时逊位。这项提议没有被贝尼狄克特接受。1399年，博尼费斯九世宣布翌年为大赦年。他知道有许多有意朝圣的教徒，可能会因为时局的混乱不安而宁愿留在家乡，便授权他的代理人出售大赦年的赦罪券，只要基督徒肯向教会捐出来往罗马的旅费，再做适当的忏悔，皆可获得教皇的赦免。他所派遣的搜刮者，并非个个都是谨慎的神学家，有许多人只接受教徒的捐赠便予以赦罪，并没有要求教徒自我忏悔。博尼费斯表面上对这些粗心大意的代理人予以痛责，暗地里却为自己生财有道而感到得意洋洋。根据他的秘书所说，博尼费斯纵然陷身在结石症的剧烈痛楚里，也“永不停止对黄金的渴求”。他的搜刮者中，凡试图欺瞒他的皆遭受毒打逼供的苦刑。有些无辜的搜刮者，因为没能让基督徒到罗马来花钱，而让他们在故乡接受大赦年的赦免，竟被罗马暴徒分尸。正当大赦年的狂欢热烈举行时，科隆纳家族领导罗马的人民掀起恢复共和政体的要求。博尼费斯拒绝了这一要求，科隆纳家族于是领军8000人起而反抗。这位白发苍苍的教皇，在圣安杰洛负隅顽抗。最后，罗马的人民反转，打击科隆纳家族，叛军相继拖甲曳兵而起，为首的31名叛军领袖被捕入狱。其中的一位，因答应执行吊死罪囚的任务，得以苟全性命。他吊死了30名叛首，包括他的父亲及他的一位兄弟。
博尼费斯逝世、英诺森七世新继之际，暴乱再度发生，英诺森为了避难，逃往维泰博。乔万尼·科隆纳率领罗马的暴民洗劫梵蒂冈城，用污泥涂抹英诺森的象征物，并将教皇的谕令散落在大街上。经过一阵子的骚乱，罗马的人民唯恐少了教皇，罗马可能招致毁灭，与英诺森重修旧好。英诺森在万民的欢呼下，重归罗马城。只是没多久便与世长辞了（1406年）。
他的继承人格列高利十二世，邀请贝尼狄克特十三世共同参加一个会议。贝尼狄克特建议格列高利与他一并辞卸教皇职位，被格列高利的亲戚劝阻了。于是，他的一些红衣主教弃他前往比萨去了。在比萨，这些红衣主教呼吁召开宗教大会，新选一位能被基督教世界共同接受的教皇。法国国王适于此时再度规劝贝尼狄克特退位。贝尼狄克特再度拒绝他，法国自此宣布中立，不再继续支持贝尼狄克特。贝尼狄克特因为见弃于他的红衣主教，只得逃往西班牙。他的红衣主教们与离弃格列高利的红衣主教携手合作，一起在比萨筹划于1409年3月25日召开宗教会议。
