在萨沃纳罗拉揽权末期，几乎使政府丧失功能的混乱情况，并未因他的死而得到缓和。每一个领袖团和标准执法人的两个月短暂任期，造成执行机构的不连贯和领主们腐败的倾向。1502年，议会在胜利的富人寡头控制下，试图选出终生的标准执法人以解决部分困难，此人仍然附属于领袖团和议会，但可以面对教皇和意大利的世俗统治者。第一个接受这种荣誉的是彼得罗·索德里尼，一个对人民友善的百万富翁，一个心智和意志力量不至于使佛罗伦萨受到独裁威胁的诚实爱国者。他提名马基雅维利为顾问之一，谨慎而经济地统治，用他的私产来恢复萨沃纳罗拉治下所中断的艺术赞助活动。马基雅维利在他的支持下将雇佣兵换成国民兵，最后终于迫使比萨再度臣属为佛罗伦萨的保护国。
然而，1512年，共和国的外交政策带来了亚历山大六世所预言的灾难。当威尼斯、米兰、那不勒斯和罗马的神圣联盟（Holy League）努力将法国侵略者逐出意大利之际，佛罗伦萨继续与法国结盟。联盟胜利后，便开始对佛罗伦萨施行报复，用军队强行将共和寡头政治换成美第奇独裁政权。佛罗伦萨抗拒着，马基雅维利奋力组织保卫力量。它的前哨被攻下，而且遭大肆掠夺，马基雅维利的国民兵遇见联盟训练有素的佣兵就掉头奔逃。索德里尼辞职以避免进一步的流血，洛伦佐之子朱利亚诺·美第奇向联盟府库贡献1万杜卡特，便在西班牙、日耳曼和意大利武力保护下进入佛罗伦萨，他的弟弟乔万尼主教很快就和他会合。萨沃纳罗拉组织被毁，美第奇政权恢复了（1512年）。
朱利亚诺和乔万尼行事温和，而共和国饱尝刺激，早已准备接受这样的改变。乔万尼变成教皇利奥十世。1513年，朱利亚诺因为太温和，不适合做一个成功的统治者，便把佛罗伦萨政府让给他的侄子洛伦佐。这位野心勃勃的少年在六年轻率的统治之后去世。在帕兹阴谋中被杀的朱利亚诺，其子朱利奥·美第奇主教现在给予佛罗伦萨极佳的管理：在他成为教皇克莱门特七世之后，他在教皇王座中治理这个城市。佛罗伦萨驱逐了他的代表（1527年），又试尝了4年的自由，但克莱门特以外交缓和失败，利用查理五世的军队为他被逐的亲戚报仇。一支西班牙和德国军队进军佛罗伦萨（1529年），1512年的故事重演。抵抗是英雄式的，却是徒劳的。亚历山德罗·美第奇（Alessandro de’Medici）便开始了美第奇家族中史无前例的压迫、残暴和淫荡的王朝。佛罗伦萨要再过三个世纪才能尝到自由的滋味。
