1494年12月2日，维奇奥宫的大钟召集公民前去开会。领袖团要求并得到权利任命20个人，由这20人担任为期一年的新领袖团和新长官，然后再由约3000名有公民权的男性名单中抽签选出所有公务员。这20人解散了美第奇治下商讨、执行公务的议会和代理处，自行划分了各种职权。他们从事这些工作的经验不足，又因家族党派而意见分歧。新政府组织瓦解，混乱迫在眉睫。工商停顿，人民失业，愤怒的群众聚集街头。彼罗·卡波尼（Piero Capponi）说服这20人，只有邀请萨沃纳罗拉参加议会才能拯救秩序。
这位教士召集他们前往修院，对他们详述了一项极富野心的政治、经济和道德立法计划。在他和彼得罗·索德里尼的领导下，20人委员会设计了一个新的机构，部分依照威尼斯赖以维持安定的组织而设。一个大议会由本身——或者前三代祖先——曾在城邦担任要职的人所构成，由这些初步的会员每年再选出28位议员。政府的执行组织基本上维持美第奇治下的形式：一个包含8位领主和1位标准执法人的领袖团，由两个月一期的议会和各种委员会——12人委员会、16人委员会、10人委员会、8人委员会——选出，以管理行政、赋税和战争。完全的民主因为不适合一个大部分文盲、易于情绪冲动的社会而暂时延搁下来，但是会员接近3000人的大议会被视为代表团体。因为维奇奥宫无法容纳这么大的集会，他们便聘请西蒙·波利奥罗重新设计内部，改为500人大厅，使议会可以分批集会。八年后，达·芬奇和米开朗基罗就是在这儿受聘并展开竞争，在面对面的墙上作画。经过萨沃纳罗拉的影响和口才，他们所提议的机构得到公众的喝彩，于是新的共和国于1459年6月10日成立。
它特赦被罢黜的美第奇王朝的支持者，温和地开始它的统治。它以自尊的慷慨废除所有税收，只留10％的实际财产收入征款。控制议会的商人免除商业税，因此整个负担落在地主贵族和使用土地的穷人身上。政府在萨沃纳罗拉力请下设立了国家贷款处，只收5％—7％的利息，使穷人免受私人放贷者的剥削，他们的利息往往高达30％。在这个教士的再度主张之下，议会企图以法律改革道德：禁止赛马、粗鄙的狂欢歌、渎神和赌博，他们鼓励仆人密告赌博的主人；而定罪的犯法人要受苦刑；亵渎神明的人被刺穿舌头；同性恋者会受到无情的惩罚。为了协助这些改革的执行，萨沃纳罗拉将他会众中的男孩们组织成道德警察。他们自己立誓要定期做礼拜，避免赛马、虚饰、卖艺表演、坏朋友、猥亵的文学、舞蹈和音乐学校，而且常蓄短发。这些“希望群”徘徊街头，为教堂募捐赈款，驱散聚赌的集团，而且从女人身上撕下他们认为不庄重的衣裳。
这个城市暂时接受这些改革。很多妇女热烈支持，她们行为谦恭，衣着朴素，而且收起了她们的珠宝。一项道德革命改变了美第奇治下的愉快的佛罗伦萨。人们在街上唱着圣诗，而不是狂欢情歌。教堂挤满了人，赈济金的数目空前的多。某些银行家和商人退还了非法所得。萨沃纳罗拉请求所有居民，无论贫富，都要远离懒散和奢侈，工作不懈，以他们的生活树立好榜样。“你们的改革，”他说，“必须始于心灵……你们现世的善德，必须为道德和宗教的利益而服务，那是心灵所依赖的。如果你们听说过‘国家不是靠主祷文统治的’，记住那是暴君的统治……是压迫，而不是解放城市的统治。如果你们要一个好政府，你必须把它复还给上帝。”他提议，佛罗伦萨应该认为政府中有一个看不见的国王即基督。在这样的神权统治下，他预言了理想国的存在：“喔！佛罗伦萨！你将富于心灵和现世的财富，你将达成罗马、意大利甚至所有国家的改革，你伟大的翅膀将传遍整个世界。”事实上佛罗伦萨以前也很少如此快乐。那是道德兴奋史上的一段光辉的时刻。
但是人的本性仍然存在。人不是天生良善的，社会秩序在自我、家庭、阶级、民族、种族的公开和秘密冲突中不安地维持着。佛罗伦萨社会的一个强有力的因素使人们渴望酒店、妓院和赌厅作为本能的出口和收入的来源。帕兹、内利、卡波尼、美第奇家族的子弟，及其他造成彼罗被逐的贵族，看见政府落入一个教士之手，非常愤怒。彼罗的余党犹存，而且等待机会使他复位，并恢复他们的财产。方济各派教士以宗教的狂热反抗多米尼克教派的萨沃纳罗拉，而且一小派怀疑论者希望两败俱伤。新秩序的各派敌人都讽刺它的支持者为“哭鬼”（因为很多人在萨沃纳罗拉的布道会上哭泣）、歪颈、伪君子或嚼祷文的人，而这些头衔的接受者却出于恶毒的敌意，将他们的对手称为“疯狗”。1496年初，“疯狗们”成功地选了高比齐（Filippo Corbii）为标准执法人的候选人。他在维奇奥宫召集教士议会，在会上召唤萨沃纳罗拉，指控他的政治活动不宜于一个教士。几位教会人士，包括他自己的多米尼克教团的一员也参加指控。他答道：“现在我主的话语实现了：‘我母亲的儿子们竟对抗我’……关心世界的事务……对僧侣并非罪恶，除非他没有高超的目标，而把那些事务弄糟了，或者不奖励宗教的理由。”他们向他挑战，要他说出他的布道是否出于上帝所赋的灵感，他拒绝回答。他回到小室中显得更加悲哀了。
如果国外事务有利于他，他便可以战胜敌人。赞美自由的佛罗伦萨人，却为了比萨要求并得到自由而愤怒。即使萨沃纳罗拉也不敢维护这座叛城。一位大教堂教士宣称比萨人也有自由的权利，结果受到领袖团严苛的处罚。萨沃纳罗拉答应恢复比萨成为佛罗伦萨的领土，并且轻率地宣称他可以掌握比萨，正如马基雅维利轻视地说道，他只是一个没有武力的预言家。查理八世被逐出意大利时，比萨和米兰、威尼斯结盟，巩固了它的独立，而佛罗伦萨又抱怨萨沃纳罗拉将他们系在查理的堕星之上，使他们唯独不能分享将法国逐出意大利的光荣举动。在法国放弃近来的佛罗伦萨要塞萨尔扎纳和皮特拉桑塔（Pietrasanta）之前，他们的统帅们早已将其中一个卖给热那亚，另一个卖给卢卡（Lucca）。蒙特普西亚诺、阿雷佐、安托尼奥及其他佛罗伦萨属地也受到解放运动的刺激。这个一度骄傲而有力的城市，似乎正面临失去一切外围领地及阿尔诺河、亚得里亚海和通往米兰、罗马的贸易通路的危险。贸易受损了，税收降低了。议会为了维持对比萨战争的财源，强迫富有的公民借款，给予他们政府的债券作为补偿。但是破产即将来临，这些债券由原价值的80％降至50％，再降至10％。1496年国库耗尽，政府模仿洛伦佐从穷新娘嫁妆基金中借钱。无论由“疯狗”或“哭鬼”来行使政府基金，崩溃和无能的现象都渐渐产生而且传播出去。弗朗西斯科·瓦萨里被“哭鬼派”的议会多数选为标准执法人（1497年1月），他免除了所有“疯狗派”的长官职位，如果他们怠慢了赋税，就否认他们在议会中的会员资格，只准“哭鬼派”对议会演讲，并驱逐所有反对萨沃纳罗拉的方济各派教士，这使“疯狗派”非常气愤。1496年，曾经连续下雨达11个月，毁坏了狭窄腹地的收成。1497年，很多人饿死街头。政府开放救济站以供给穷人谷物，妇女在申请的群众中被挤死。美第奇党计划使彼罗复辟，5个领导人被查出处死（1497年）。他们诉诸议会，由机构作保，然而还是被拒绝减刑。他们在宣判后数小时被处决。很多佛罗伦萨人将共和国的党争、暴力和严苛，与洛伦佐时期的秩序与和平对比。敌意的民众一再到萨沃纳罗拉的修院前示威，“哭鬼派”和“疯狗派”在街上互掷石头。1497年的开天节（Ascension Day），这位教士布道时被暴乱打断。暴乱中，他的敌人想捉他，但被他的朋友所阻。一位标准执法人建议领袖团放逐他，以平息这个城市的混乱，这个建议以一票之差未被接受。在梦想完全崩溃下，萨沃纳罗拉面对并反抗着意大利最强大的力量。
