教会的地位在意大利最低。1342年，教皇贝尼狄克特十二世，削弱反叛的巴伐利亚的路易，巩固了伦巴底诸城独裁者违抗帝国要求的权威。为了报复，巴伐利亚的路易赋予占领教皇城邦的独裁者以帝国的许可。米兰公开嘲弄教皇。当乌尔班五世派遣两位使节到米兰，带着开除威斯孔蒂王族教籍的训谕（1362年），贝尔纳博（Bernabò）强迫他们把该训谕——羊皮纸文件、丝带、铅印——吃下去。西西里自从“晚祷”事件 （Vespers）以来，已公开对教皇的敌意。
克莱门特六世组织军队，要重夺回教皇城邦。但是直到其后继者英诺森六世才使这些城邦短暂地归顺。英诺森几乎是模范教皇。在姑息几个亲戚的任命之后，他决定终止族阀主义和腐化的流行。他结束了教廷享乐派的显赫和浪费的开销，解雇了曾服侍克莱门特六世的大群仆人，遣散大群职位的寻求者，命令每个牧师住在其教俸区，而他自己则过着诚笃而中庸的生活。他看出，教会的权威只有从法国权力中解放和回到罗马中恢复。但一个为法国所疏远的教会，没有以前从教皇城邦而来的岁入，几乎很难自行维持下去。和平的英诺森断定这些只有从战争中才可重新求得。
他把这项工作托付给一个人，此人有西班牙人的热诚信仰，有圣多米尼克的精力，有卡斯蒂尔大公的侠义精神。阿布诺佐（Carrillo de Albornoz），曾在卡斯蒂尔的阿方索十一世部下当兵，而且在成为托莱多（Toledo）大主教时仍未放弃战争。他劝说佛罗伦萨共和国——它惧怕围绕其四周的独裁者和强盗——预付他一笔款项以组织军队。以机敏而光荣的协议，而非用武力，他逐一废除占领教皇城邦的卑鄙暴军。他颁给这些城邦以《埃吉迪安宪法》（Egidian），该宪法使他们的基本法律维持到19世纪，而且提供了在自治政府和归顺教廷之间一种可实行的妥协。他哄骗了著名的英国冒险家约翰·霍克伍德（John Hawkwood），加以俘虏，而使这位雇佣兵队长陷入害怕教皇使节的境遇中。他从反叛的大主教手中恢复了博洛尼亚，他劝说米兰与教会媾和。现在路已敞开，只待教皇返回意大利。
乌尔班五世继续英诺森六世的苦修和改革。他尽力恢复教士团和教廷的清规及诚实，不支持红衣主教的奢侈，阻止律师的狡猾手段和高利贷者之敲诈，惩罚圣职买卖，因而赢得德行、心智俱优者为他服务。他以自己的资产维持在大学的1000名学生，在蒙彼利埃新创一学院，资助许多著名学者。为了教皇一职之加冕，他决心把教廷恢复到罗马。红衣主教对此表示惊异。他们大多数已在法国生根，建立了感情，而为意大利所憎恨。他们乞求他不要理会圣凯瑟琳的请求或彼特拉克的口才。乌尔班向他们指出法国的混乱情况——国王为英国俘虏，军队破碎不堪，英国已征服其南部各省，而且进逼阿维尼翁。胜利的英国会如何对付一向服侍并资助法国的教廷呢？
因此，1367年4月30日，他从马赛起航，由意大利的大木船护送。10月16日，他在百姓、教士团、贵族的狂呼中，进入罗马；意大利的领主们握着他所骑之骡的缰辔；彼特拉克对这位法籍教皇敢驻意大利，倾吐忠言，表示感谢。那是荒凉却快乐的罗马：由于和教廷长久分离而赤贫，教堂一半被弃或衰颓，圣保罗教堂在毁坏中，圣彼得教堂好像随时有倾倒之虞，拉提朗宫（Lateran Palace）最近毁于大火，皇宫与住宅区都已倒塌，曾经的住宅之地现成为沼泽，住宅区和街道上满是没有收拾的垃圾。乌尔班下命令并分配基金以重建皇宫。因为不愿看到罗马的悲惨景象，他住在蒙提费阿松（Montefiascone）。但即使在那里，每当回想到阿维尼翁的奢华和法国的可爱，他不禁悲从中来。彼特拉克听说他有犹豫之意，便力促他坚忍不屈；瑞典的圣伯里吉特（St.Bridget）预言，他若离开意大利，将很快死去。神圣罗马皇帝查理四世为了使他坚强，许可他恢复中意大利，很谦虚地到罗马来（1368年），引导教皇的马从圣安杰洛教堂到圣彼得教堂，在弥撒时服侍他，而且在典礼中接受他的加冕，这似乎能很快地治愈帝国和教廷之间的旧争。然后，1370年9月5日，也许是屈服于法籍的红衣主教，或者是为了促使英国和法国讲和，乌尔班乘船前往马赛。9月27日，他到达阿维尼翁，就在那里，他于12月19日去世。依圣本笃僧人的习惯穿着，他躺在一张可怜的椅子上，而且死前曾命令所有愿进来者均可进入，人们得以见到这一最高贵者的显赫是如何的虚幻和短暂。
格列高利十一世在18岁时，已被和蔼的克莱门特六世任命为红衣主教；1370年12月29日，他被封为牧师；12月30日，39岁的他，被选为教皇。他是一位有学问的人，喜欢西塞罗的作品。命运使他成为爱战争的人，而在暴烈的反叛中，他的教皇职位被取消了。乌尔班五世担心法籍的教皇尚不能信任意大利人，因为曾任命很多法国人为总督去统治教廷城邦，却发现他们在对其有敌意的环境中，建立碉堡以抗人民，并征来无数法国助手，对人民征课以重税，而且宁采暴政而不用圆通的手段。在佩鲁贾，一位总督的侄子追求一位已婚妇女，她为了逃避他，竟跳楼自杀。当代表团要求惩罚此人时，该总督回答：“何必小题大做？你认为法国人是宦官吗？”由于各种不同的原因，总督们招来同样的仇恨，以致在1375年许多城邦以一连串的革命群起反抗。圣凯瑟琳自己成为意大利的发言人，力促格列高利除去这些“毒害并蹂躏教会花园的坏牧师”。一向是教皇盟友的佛罗伦萨，却领导此次运动，展开一面绣有金色字“自由”的红旗。1375年初，64座城邦曾承认教皇为民间和精神的领袖；1376年，只有一座仍效忠于他。阿布诺佐的努力似乎因此破灭，意大利中部又从教廷脱离了。
格列高利受到法籍红衣主教的鼓励，控告佛罗伦萨人为反叛的领袖，并命令他们顺从教皇的总督。当他们拒绝时，他开除他们的教籍，禁止他们在城内做宗教礼拜，并宣布所有的佛罗伦萨人为罪犯，任何人在任何地方均可侵占其货物，奴役其人民。整个佛罗伦萨城的商业和财政结构受到崩溃的威胁。英国和法国立即搜捕境内的佛罗伦萨人，并掠夺其财产。佛罗伦萨则报之以没收境内所有教会的财产，摧毁宗教裁判所的建筑物，关闭教会法庭，把顽固的牧师下狱——有时施以绞刑，并派人向罗马人民呼吁加入革命，而且终止教会在意大利所有的世俗权力。当罗马犹豫不决时，格列高利派人告诉罗马，若仍效忠于他，他将郑重地答应将教廷迁回罗马。罗马人民接受这一保证，保持和平。
同时，教皇已派遣了一支由“凶猛的”日内瓦的罗伯特红衣主教所指挥的“野蛮的不列颠雇佣兵”到意大利。总督以难以置信的野蛮方式作战，被占领的西斯纳已蒙大赦，他却把全城男女、孩子都杀了。领导雇佣兵为教会服务的约翰·霍克伍德在法恩扎杀了4000人，因为他猜疑此城有意加入反叛。锡耶纳的圣凯瑟琳对这些残暴的行为——相互没收财产，意大利大部分地区为此中断宗教礼拜——感到震惊不已。她写信给格列高利：
你的确有义务赢回从教会中失去的领土，但你更有义务赢回真正属于教会财宝的所有羔羊，而其损失将会真正使教会赤贫……你应以善良、爱情与和平的武器来攻击人，那么你的所得将甚于用战争为武器。当我探询上帝，你的解救，你的恢复教会，及整个世界，其至善之策是什么时，除了和平并无其他的回答！和平！为了背上十字架的救主，和平！
佛罗伦萨邀她一起会见格列高利的特使。她去了，并借此机会谴责阿维尼翁的道德。她太坦率，许多人要求逮捕她，但格列高利保护她。此行的任务并没有立即生效。但当他听说除非他亲自来，否则罗马将加入反叛，格列高利——也许是被凯瑟琳的请求所感动了——从马赛出发，于1377年1月17日到达罗马。他并没有受到全体一致的欢迎，佛罗伦萨的呼吁已激起老共和国人在退化的城里的回忆，而格列高利被警告说他的生命在基督教国的古都里是不安全的。5月，他退居到阿纳尼。
现在，似乎终于屈服于凯瑟琳，他从战争转向外交。他的代理人鼓励各城邦的百姓——他们渴望与教会和平相处——去推翻其反叛的政府。对所有归顺于他的城邦，他答应在他们自己所选的教皇代理人统治之下组织自治政府。一城接一城地，这一条件被接受。1377年，佛罗伦萨城与格列高利同意让贝尔纳博·威斯孔蒂调停争端。贝尔纳博已经劝服教皇把其可能向佛罗伦萨强索的罚款的半数给他，他让佛罗伦萨付80万弗罗林的赔偿给教廷。由于被其盟友所弃，佛罗伦萨愤怒地服从，但教皇乌尔班六世却把给贝尔纳博的钱减少到25万弗罗林。
格列高利并未活着看到他的胜利。1377年11月7日，他回到罗马。他在阿维尼翁时已是一个病人，而在中意大利时并没有很好地度过冬天。他感到死神的来临，惧怕法国和意大利争夺教廷的冲突可能会把教会搞得支离破碎。1378年3月19日，他迅速地安排继任人选。8天后，他死了，渴望着法国的美丽故乡。
