科学与哲学中间的媒介物，是无数的百科全书编纂者，他们寻求方法，将那个时代广泛的知识加以整理与划一，把科学和艺术、工业和政府、哲学和宗教、文学和历史，注入一个有次序的整体，使其成为一个智慧的基础。13世纪长于百科全书和《神学大全》，这些大全是无所不包的综合法。西伦切斯特（Cirencester）修道院的院长亚历山大·内克姆，和一位法国圣多米尼克修会的修士，康提姆普雷（Cantimpré）的托马斯，以《万物的性质》（The Nature of Things）为名，写了一本通俗的科学知识的书。英国的一位圣方济各修会修士巴托罗缪，也出版了一卷包罗万象的《论万物的属性》（On the Properties of Things）。约1266年，布鲁内托·拉提尼（Brunetto Latini），一个佛罗伦萨的公征人，由于他拥护教皇的政见而被逐，住在法国数年，用法文写了一本《财富书》（langue d’oil Li Livres dou Tresor），一本简短的科学、道德、历史和政府的百科全书。它受人欢迎，以致拿破仑想要由法国政府出版一修订本——在狄德罗（Diderot）震动世界的《大百科全书》（Grande Encyclopé die）出版后半世纪。所有这些13世纪的著作，都把神学和科学含混不清、将迷信和观察混为一谈；同时如果人们能够预知自己的杰作如何受7个世纪以后的人所检视，一定懊丧异常。
基督教中世纪最著名的百科全书是博韦的文森特所编的《知识宝鉴》（Speculum Maius）。他加入多米尼克修会，成为路易九世父子的私人教师，受命管理国王的图书，同时和几位助手从事将大量知识浓缩成可以消化的形式的任务。他称他的百科全书为《世界的影子》，把宇宙当作一面反射神圣智力和计划的镜子而呈现出来。它是一部巨大的编纂物，有现代大部头书的四十倍之大。文森特和誊写者修剪删改后完成了三部分——自然界的反射镜，教义的反射镜和历史的反射镜。该工作的继承人在约1310年加入一部道德的反射镜，大部分剽窃托马斯的《神学大全》。文森特本身是个谦逊和温文的人。他说：“我甚至连一门科学都不懂。”他否认全书都是独创的，而只推及此书为摘自450名希腊、拉丁或阿拉伯的作者，再加以编集。他忠实地传播普林尼的错误，接受占星学上一切奇妙的事物，他的还充满草木与宝石玄奥的特质。然而自然的奇观和美景，经过他的著作而放射出光亮来，同时他自己感觉出他们的状况不是一个书虫所能做得到的：
我承认，罪人如我，心灵因情欲而玷污，当观赏它创造的……宏伟与美丽时，我被策动带着属灵的馨香转向造物者，这世界的主宰，并带着更大的敬意来尊崇它，因为心灵由卑贱的喜好中自我提升，尽其所能地升至沉思的光中，仿佛由高处来观看这伟大的宇宙，在其无尽的空间里，包含着各种等次的受造之物。
13世纪科学活动的爆发，可与其哲学的光芒媲美，也可与自抒情诗人过渡至但丁这种文学上的变化和光辉媲美。伟大百科全书和《神曲》一样，这一时代的科学，受患于过分的肯定及无法验证其假定，并苦于知识与信仰的混淆而无法分辨。但是，航行在玄奥大海中的科学小艇，即使在一个信仰的时代，也有很重大的进步。在阿德拉德、格罗斯泰斯特、大阿尔伯图斯、维拉诺瓦的阿诺德、萨利塞托的威廉、亨利·蒙得维尔、兰弗朗基、培根、清教徒彼得和西班牙的彼得等人的著作中，重新的观察和胆怯的实验，开始打倒了亚里士多德、普林尼和加伦的权威；对探险和进取心的强烈兴趣，牵引了冒险家的帆船；同时在这奇妙的世纪初期，亚历山大·内克姆已彻底地表示出新的信仰，他写道：“科学是花费极大的代价而习得的，它需要经常的彻夜不眠、极多时间的消耗、努力不倦的工作及极度应用心智才能获致。”
可是在亚历山大的著作的末尾，他再次以不受时间限制的亲切感，用中古的语气重申：
噢！书呀，也许你将使这个亚历山大留传于世，而在书虫蛀你以前，虫类将会吃掉我……你是我的灵魂的明镜，我的冥想的解释者……我的良心的真正见证，抚慰我的悲哀的亲切的安慰者……由于你是忠心的受托人，我已经把内心的秘密告诉你；在你里面我了解我自己。你会进入某个虔敬的读者的手里，他将纡尊降贵为我祷告。然后实在地，小书呀，你会使你的主人获益匪浅；然后你将以一种最令人满意的交易额偿还你的亚历山大。我不吝啬我的劳力。这里将出现一个虔敬的读者，他将时而让你在他的膝上休息，时而将你移到他的胸前，时而把你当作一只甜蜜的枕头放在他的头下，时而轻轻把你阖上。他将热烈地向主耶稣祈祷，历经岁月的磨难，矢志不渝地信守自己的信念。阿门。
