贫穷常常使医学和神话结合在一起，因为神话是免费的，科学却是昂贵的。中古时期医学的基本印象，是母亲预备有少量的家庭医药的必需品；老妇人精于草药和膏药及魔术咒语；草药商沿街叫卖治病的植物、绝对可靠的药和神妙的药丸；助产士以荒诞可耻的方法为人堕胎；庸医情愿为一点微薄的津贴而治愈人，否则即杀人；僧侣怀有修道院医学的遗产；修女辅导或祈祷，平静地使病人感到舒适；还有到处有受过训练的医师，为那些付得起费用的人施用稍微科学的药物。荒诞的药物和神话中的套语盛极一时；而正如同一般人相信握有特定的宝石可以避孕，甚至萨莱诺医学，有些男人和女人竟然吃驴的粪便以求增进生殖力。
一直到1139年有些教士悬壶济世，同时入院治疗的设备，可以在僧院或修女院附设的疗养所发现。僧侣们在保存医药遗产方面扮演着值得尊敬的角色，同时在培养药用植物方面居领导地位，或许他们知道用药物混合奇迹的做法。甚至修女们也可能长于治疗疾病。希尔德加德，宾根地方的神秘的女修道院长，写了一本《临床医学》（Causae et Curae），到处用宗教套语，却富于医学知识。退休的老年男女进入修道院或女修道院，部分是因为想继续接受医药方面的照顾。当世俗医学渐形发展、修道院的治疗追求获利，教会率先禁止修道士公开执业。约1200年，这种古老的艺术几乎完全世俗化。
科学的医学在西方黑暗时代得以苟延残存，主要得力于犹太医生，他们在基督教王国传播希腊和阿拉伯的医学知识，由于南意大利的拜占庭文化及希腊和阿拉伯的医学论文被翻译成拉丁文。也许萨莱诺学派处于最好位置，并能善加利用这些影响力。希腊、拉丁、阿拉伯和犹太籍的医生都在这里教学和研究；一直到12世纪，它在拉丁欧洲执医学教育的牛耳。妇女在萨莱诺学习看护和接生术，穆里耶（Mulleres Salernitanae）也许是指在该学校中受过训练的助产士。萨莱诺最著名的产物之一，是一篇12世纪初期的产科医学的论文《特劳图拉论妇科病的治疗》（Trotulae Curandarum Aegritudinum Muliebrum）。通常认为，特劳图拉是萨莱诺的一名助产士。几篇重要的论文，几乎包含医学的全部，已经自萨莱诺学派传到我们手里。阿尔希马特乌斯（Archimatheus）有一篇临床态度的论文：医生必须始终认为病人的情况严重，因此不幸的结果可能不致使他蒙羞，而治愈对他的声誉而言，增加了一项奇迹；他不该同病人的妻子、女儿或女佣调情取乐；即使没有药物的需要，他也应该开一些无害的处方，以免病人认为花费在治疗上的金钱不值，无须求助医生，病人往往可以自愈。
1268年后，萨莱诺学派的地位被那不勒斯大学取代。那时，它的毕业生已把萨莱诺的医学传遍欧洲。13世纪，负盛名的医学院设立于博洛尼亚、帕多瓦、费拉拉、锡耶纳、罗马、蒙彼利埃、巴黎和牛津。在这些学校里，希腊、阿拉伯、犹太这三种主要的中古时代的医学传统被合并、吸收，同时整个医学遗产被重新加以系统地陈述，而成为现代医学的基础。利用听诊和尿的分析的古老诊断方法一直存在，因此某些地方小便器成为医师的专门职业表征或广告牌。利用净肠和放血的古老医疗方法依然继续。在英国，医师是一个“抽血的器具”。热水浴是一种受人欢迎的处方，病人旅行以“取得矿泉里的矿泉水”。几乎所有的疾病皆以节食为药方。药物却很丰富，几乎每种元素都被用作一种治疗品，从萨莱诺的罗杰于1180年曾介绍用来治疗甲状腺肿的海带（富碘），至被饮入以“使疼的四肢舒服”的黄金——显然是我们对关节炎最时髦的疗法。实际上每一种动物的器官，在中古时期的处方书上都有治疗学上的用途——鹿角、龙血、毒蛇胆、青蛙精液，同时动物的排泄物偶尔也被开上处方。所有药材中最普遍的是一种由约57种材料合成的不可思议的混合物——它主要的成分是毒蛇肉。很多药材从阿拉伯国家进口，而保留阿拉伯名称。
由于训练有素，医师供给量的增加，政府开始管制医药业。西西里的罗杰二世，也许是受到古老的穆斯林先例的影响，限制私人执业的医生须得到政府的特许。腓特烈二世要求从萨莱诺学派发出的执业许可证，为此，学生必须3年修习课程——包括自然科学和哲学，然后必须在学校研究医学五年，通过两次考试，在一个有经验的医师监督下实习一年。
每个重要的城市雇用医师为贫穷的人免费治病。有些城市有公医制度的措施。13世纪，基督教的西班牙，市政府雇用一个医师照顾一部分指定的人；他在他的区域内定期为每一个人作身体检查，同时根据他的发现，给每个人（身体）忠告；他在公立医院为穷人治病，而且有义务每月去探视患者三次；一切免费，每月三次以外的探视始准收费。提供这些服务，医师可以免税，同时得到20英镑的年薪。西哥特人统治下的西班牙法律规定，假若病人死亡，则医生没有资格接受治疗费用。
13世纪，有执照的医师在基督教的欧洲为数不多，他们收入很高，同时社会地位也高。有些人积聚一笔可观的财富，有些成为艺术收集家；有几个赢得国际声誉。佩特鲁斯·希斯帕努斯——里斯本及孔波斯特拉的彼得——移居到巴黎，然后到锡耶纳，写了中古时期最通俗的医学手册《穷人的宝藏》（Thesaurus Pauperum）与最好的中古时期心理学的论著《灵魂说》（De Anima），1276年成为教皇约翰二十一世。1277年，被掉落下来的天花板压死。这一个时期最著名的基督教医师是维拉诺瓦的阿诺德，出生在瓦伦西亚附近，他懂得阿拉伯文、希伯来文和希腊文，在那不勒斯研究医学，在巴黎、蒙彼利埃、罗马教授医学或自然哲学，写了很多医学、化学、占星学、魔术、神学、制酒解梦方面的著作。成为阿拉贡王国的詹姆士二世的御医，他一再警告，除非国王保护穷人不受富豪欺凌，否则必下地狱。詹姆士很信任他，派他担任很多外交方面的任务。由于在很多国家所看到的悲惨和剥削，他变成弗洛拉的神秘家约阿希姆的信徒，在写给很多亲王和职位甚高的教士的信中，他控诉权贵者的恶行和修士们的奢侈，预言世界的毁灭。他受到使用魔术和异端邪说的控告，同时被控以曾经用炼丹术替那不勒斯的罗伯特国王制造金条。他被一个宗教法庭定了罪，却被教皇博尼费斯八世自狱中释放。他治愈了老教皇的肾结石，同时受赐阿纳尼的一个城堡。他警告博尼费斯，除非彻底改革教会，否则必遭天谴。此后不久，博尼费斯在阿纳尼遭受著名的“轻蔑”之苦，终于在失望中去世。宗教裁判所继续追查阿诺德，可是国王们和教皇们为了他们疾病的缘故而保护他。作为詹姆斯二世的使节，他在出使教皇克莱门特五世时溺毙。
外科在这一个时期腹背受敌，一方面要同理发师作战，另一方面要同外行的执业者作战。有很长一段时间，理发师兼营灌肠、拔牙、治疗外伤及放血。接受正式医学训练的外科医师们抗议理发师提供这些服务，然而在整个中古时期，法律保障了理发师。在普鲁士，一直到腓烈特大帝，替军官剃胡子可以说是军队外科医师的责任之一。由于这两种职业功能的重复，外科医师被认为在科学和社会的地位上低于医师。他们被认为是仅服从医师指导的纯技术人员，13世纪之前，医师通常不亲自施行外科手术。更使外科医师失望的是，如果他们手术失败，则有入狱或被处死之虞。只有最勇敢的外科医师实施危险的手术，而大多数的外科医生，在手术前要求患者立下书面保证，如果手术失败，他们不承担责任。
然而外科在这一个时期比其他医学分支发展更加迅速，部分是因为医师被迫深入处理实况，而非理论的钻研，部分是由于有充分的机会治疗伤患的战士。萨莱诺的罗杰，在约1170年出版了他的《外科实务》（Practica Chirurgiae），作为基督教西方最早的外科论文，其维持一本经典教科书的地位达三个世纪之久。1238年，腓烈特二世命令萨莱诺学派每五年必须解剖一个尸体。这种尸体的解剖，意大利在1275年之后经常实施。1286年，克雷莫纳一个外科医师剖开一具尸体以研究当时一个时疫的原因。这是第一次为人所知的验尸的事例。1266年，切维亚的主教狄奥多里科·博尔格诺尼（Teodorico Borgognoni），开始一段漫长的意大利医学反对阿拉伯医学的历程，即在治疗伤患时，首先须刺激伤口化脓。他的无脓毒的治疗的论证，可以说是中古时期第一流的医学著作。古格莱尔莫·萨利塞蒂（Guglielmo Salicetti），即萨利塞托的威廉，是博洛尼亚的医学教授，在他的《外科》（Chirurgia）一做了重要的改进：他将外科的诊断同内科知识联结起来；使用仔细的临床纪录，显示出如何缝合分离的神经；建议用刀，以使患者治愈得更好，及留下更小的伤疤——而不愿用穆斯林执业者所常用的炙法。在一篇普通的论文里威廉将下疳和横痃的疾病归之于同有传染病的娼妓性交。他对水肿提出一种最佳的描述，将之归因于肾的变硬和变小，同时提供关于各年龄人群保健和饮食的最佳忠告。
他的学生亨利·蒙得维尔和圭多，把博洛尼亚的医学知识带到法国去。像蒙得维尔一样，对无菌法加以改善，他倡议恢复希波克拉底伤口保持完全清洁的方法。圭多于1290年从米兰被放逐到里昂和巴黎，同时写了一本《大手术》（Chirurgia Magna），该书成为巴黎大学所承认的外科教本。他提出了一个原则，而将外科自理发业中解救出来：“没有一个人能够成为一个良好的外科医师，如果他对于外科手术一无所知；同时没有一个人能够适当地动手术，如果他不懂医学。”圭多是最早使用神经切断来治疗破伤风及食道插管法，同时对脑震荡做外科的描述。他的论头脑受伤的部分章节是医学史上最著名的作品之一。
奥利金和波蒂阿的奚拉里主教曾提及外科的安眠药。中古时期基督教王国的一般麻醉方法，是吸入或饮用一种以曼陀罗花为主、还含有鸦片和胡萝卜科的一种毒草及桑椹汁的混合剂。这种催眠用的海绵自9世纪以来曾被提及。局部麻醉是由敷于伤处缓痛的面糊或芥子糊等的膏药，吸取相同的溶液而发生感应。病人的醒转是应用茴香汁滴于其鼻孔。外科的工具自从希腊人以来迄无进步。产科在索拉努斯和阿埃吉亚的保罗实际应用之后走下坡。剖腹生产在文献中曾被讨论过，可是显然并未被实际应用。难产时的碎胎术——残害胎儿，将其从子宫中取出——被实施过很多次，因为产科医师很少懂得转位手术。分娩是在专门设计的椅子上完成的。
医疗设备远比我们所知的古代的进步得多。希腊人曾经有过治疗病人的宗教机构。罗马人曾经为他们的兵士提供医院，基督徒的慈善捐助，使这个机构有较大的发展。369年，圣巴西勒在卡帕多西亚的恺撒里亚建立一个机构，以他的名字命名，盖有数栋建筑物以供病人、护士、医师、工场和学校之用。圣以法莲（St.Ephraim）于375年在埃泽萨开创一所医院。其他医院在整个希腊东部相继兴起，同时各有所专。拜占庭的希腊人曾为病人、弃婴、孤儿、穷人、穷苦的或虚弱的朝圣者及老年人准备住所。拉丁基督教王国第一座医院是法比奥拉在约400年于罗马建立的。很多修道院供给小型的医院，有些教团“医院武士”“圣堂武士”“安东尼会”、阿列克塞——的修士及修女们也开始照料病人。1204年，教皇英诺森三世在罗马设立圣灵医院，同时在他的鼓舞之下，相同的机构在欧洲各地相继创立起来。13世纪，仅德国即拥有300多所类似的“圣灵医院”。在法国，医院不仅为病人服务，同时也为穷人、老人和朝圣者服务，就像修道院的中心一样，他们给人殷勤的款待。约1260年，路易九世在巴黎创立一所救济院（Les Quinze-vingt vingt），开始作为盲人的收容所，后来变成一所专治眼病的医院，而现在成为巴黎最重要的医学中心。历史上所知道的第一所英国医院可能于1084年在坎特伯雷创立。通常，这些医院的服务是免费提供给穷人的，同时（在男修道院的医院除外）专责护士皆是修女。这些“慈悲的天使与看护者”所穿着的笨重服式，显然在13世纪就已经形成，也许是为了保护她们免受疾病的传染，因此剪去了头发，并在头上覆有遮蔽。
特别疾病需要特别的防护。“圣安东尼之火”，一种皮肤病，也许是丹毒，相当严重。一个僧侣教团，安东尼的会众约1095年创立，以治疗患病者。图尔的格列高利曾述及麻风病院；圣拉撒路会设立，为麻风病人服务。八种疾病被认为会传染：横痃瘟疫、肺病、癫痫症、疥癣、丹毒、炭疽热、沙眼及麻风病。这些疾病的患者，除非在隔离情况下，否则被禁止进入任何城市，也不准经营饮食业。麻风痛患者必须使用号角或铜铃发出接近的警告。通常病人在脸上或身体上会出现化脓性的疹子。它不过是稍具传染性，可是中古时期的权威人士害怕它会由性交而传播。也许这个名词可用来包括现在被诊断为“梅毒”的疾病，但在15世纪以前，并没有论及梅毒。15世纪以前，似乎设立疯人院以照顾他们。
中古时期由于太穷困而无法保持清洁与营养不良，因此远比任何其他时期更加饱受疫病的痛苦。“黄色的瘟疫”（The Yello Plague）于550年和664年蹂躏爱尔兰，据非正式的资料，当时死了2/3的人口。同样的瘟疫在6世纪掠过威尔士，在7世纪打击英格兰。有一种性病994年、1043年、1089年和1130年横扫法国和德国。“麻风”瘟疫和坏血病也许是由归国的十字军带回。有一种头发病，很显然是由于蒙古1287年的入侵而带到波兰。饱受折磨的人把这些流行病归因于饥荒、干旱、虫害、星界的影响、犹太人于井中下毒或是天谴；实际原因是有围城的小镇人口过于拥挤，卫生设备和保卫法的缺乏，及由于对归国的战士、朝圣者或是学生所带来的传染病缺少防范措施。我们没有对中古时期的死亡率做过统计，不过很可能不到半数的新生人口能长到成年。
公共卫生设施的改善是在13世纪，可是中古时期从未恢复到罗马帝国统治之下的完美的境地。大部分城市和城区都指派官员维护街道。可是他们的工作却是原始的。穆斯林到基督教城镇的访客都抱怨“异教徒城市”的不洁和臭气冲天。在剑桥，现在是那么美丽和清洁，但当时暗渠中的污物和垃圾，在街市上的明沟中时有流动，而“散发出令人恶心的恶臭……以致很多教师和学者都因此而欲呕”。13世纪，有些城市拥有水道、暗沟及公共厕所；大部分城市靠雨水将污物冲走；井中的污物使伤寒的病例增加；用来烘烤面包和酿酒的水，通常都是——阿尔卑斯山北部——汲自容纳城市暗沟污物的同一条溪河。意大利较为进步，大部分原因是其继承罗马遗产及腓烈特二世对垃圾处置的开明的立法。但来自四周沼泽地区的疟疾传染病，使罗马并不太平，一些高僧和访客病死，不过也因此免受敌人军队的蹂躏，因为他们在胜利中死于热病。
