圣方济各修会的修士们，依循奥古斯丁神秘的爱的途径寻求神，而震慑于托马斯所提出智性高于意旨，了解高于挚爱的“主知主义”。许多人怀疑如何向这样一位冷漠、遥远，《神学大全》中描述的“纯粹的行动体”的上帝祈祷，耶稣如何能成为如此抽象概念的一部分，对这样的一位上帝，圣方济各曾如何谈及或曾如何对其说话。将灵魂与肉体合而为一，似乎是蔑视了灵魂的不朽性。将实质与形式合为一体，虽经托马斯的否认，仍是落入了阿威罗伊的世界永恒理论的窠臼中。以实质而非形式作为个体化的原理，似乎使灵魂成为不可分化，也步入阿威罗伊的灵魂统一及非人格灵魂不朽的理论。最糟的是，在托马斯学派的哲学中，亚里士多德凌驾奥古斯丁之上，这对圣方济各修会的修士而言，似乎是异教胜于基督教。那么在巴黎大学，难道未有教授或学生将亚里士多德置于《圣经》的四福音书之上？
1260年至1275年之间正统的基督徒反对亚里士多德派的托马斯。1277年，在教皇约翰二十一世的催促下，巴黎主教下颁诏书，将219种见解斥为异端。其中三种明显是控诉“托马斯弟兄”：因为他说天使没有身体，而每位天使是为个别的物种，实质为个体化之原理；上帝不能在没有实质的物种中增殖个体。主教还说道，任何人支持这些理论，将被逐出教会。数天后，一位圣多米尼克修会派的领导人罗伯特·基尔瓦德比（Robert Kilwardby）说服了牛津大学的大师们，抨击各种托马斯的理论，包括人的灵魂肉体合一论。
此时托马斯已去世3年了，不能为自己辩护。是他的老师大阿尔伯图斯从科隆匆匆赶到巴黎，并说服法国圣多米尼克修会的修士们支持自己的弟兄。一位圣方济各修会的修士威廉·玛尔（William de la Mare）教士发行宗教论文《托马斯弟兄理论的修正》（Correctorium Fratris Thomae）参加争论。
就118点修正托马斯的理论，另一个圣方济各修会教士，坎特伯雷的大主教约翰·佩克哈姆正式谴责托马斯学说，并力促回复至波拿文都拉及圣方济各理论。但丁也加入论争，以修正的托马斯学说为《神曲》的理论架构，并在通往天堂的阶梯上选择托马斯为其指引。经过半个世纪的论战，多明我修会的修士们劝服教皇约翰二十二世相信托马斯为一位圣者，他被册封为圣徒（1323年），给托马斯学说带来了胜利。此后神秘主义学派在《神学大全》中发现了最深刻明晰的神秘冥想生涯的解说。特伦托会议，将《神学大全》与《圣经》及《教令集》同置于祭坛上。圣罗耀拉（Ignatius Loyola）命令耶稣会教授托马斯学说。1879年，教皇利奥十三世及1921年的教皇贝尼狄克特十五世，虽并未宣布圣托马斯的作品全部无误，但使其成为天主教的正式哲学，至今所有罗马教廷设立的大学都教这门课。托马斯学说虽然在天主教神学家中是受到某些批评的，但在现代又赢得了新的支持者，且堪与柏拉图和亚里士多德的学说相比，同为最经得起考验与具有影响力的学说。
人们在700年后指出阿奎那作品中那些基本立论经不起时间考验，是一件很容易的事。它过于依赖亚里士多德，是优点也是缺点：就这点论，他缺乏创新，却显出勇气，对中世纪的思想另辟蹊径。托马斯谨慎地使用直接而正确的翻译，除阿威罗伊外，他比其他中古思想家更彻底地了解亚里士多德的哲学（非科学）作品。他十分愿意向穆斯林及犹太教徒学习，然仍以一种自恃不卑的态度来对待它们的哲学家们。他的思想体系内，也有许多无意义的压舱物，正如与我们看法不相同的许多哲理，但非常奇怪的是如此一个谦抑的人却长篇大论的谈及天使如何知道，堕落前的人类如何，若没有夏娃求知的好奇心，人类将会如何。也许我们误认他为哲学家。他自己坦白地称其工作为神学，他并不讳言其跟随理性的指引，他承认他以结论为推理的开始，虽然大多数哲学家都是如此，但许多人责难这种方法对哲学是离经叛道的。他的思想涵盖了一个极广泛的领域，除了斯宾塞外，没有任何思想家敢再尝试，并且对每一领域他都以明晰平和的文体写出，尽量避免夸大而寻求中庸之道。他曾说：“智者缔造秩序。”他并未成功地调和亚里士多德和基督教教义，然而他的努力赢得了理性的划时代的胜利。他将理性如俘虏般引进信仰的堡垒，而他的胜利带来了信仰时代的结束。
