托马斯仔细思量心理学上的哲学问题，有关这类主题的讨论，在他的汇编中是很出色的部分。开宗明义地阐述有机体的生机概念，以驳斥机械论：一部机械包括外加的部分构成；有机体则仅由它的各部构成，内部的动力使其自身移动。内部的发展能力是灵魂。托马斯以亚里士多德的用语来解说这些观念：灵魂是人体的“实质形式”，就是说它是生命的原理和动能，赋予有机体存在和形式。“灵魂是我们的滋养品，感觉、运动和理解力的根本。”灵魂有三个层次：生物层——生长的能力；感觉层——情感的能力；理性层——推理的能力。所有生物皆有第一种力量，动物和人有第二种力量，只有人才有第三种力量。但是较高等的有机体，在他们形体及个别的发展上，须经过那些较低级有机体的阶段。“在生物等级中，越高形式的机体，其在达于完美形式前，所须经过的中间形式层级越多”——这是以后19世纪“个体成长中所属种族各进化阶段重现（尤指胎儿期）”理论的预示，人类的胎儿也通过这一物种发展所必要的阶段。
柏拉图、奥古斯丁和圣方济各修士们认为灵魂被拘禁于肉身之内，而人就是灵魂，托马斯大胆地接受亚里士多德的看法，而定义人——甚至人格——为身体与灵魂、实质与形式的组合。灵魂，或言赋予生命造型的内部能力，在体内的各部分中是不可分割的。它和身体以千种方式密切联系，如生物层灵魂依赖食物，感觉层灵魂依赖感觉，而理性层灵魂需要凭借感觉产生或合成的形象。甚至思维的能力和道德的感悟，均赖一个健全良好的身体，迟钝的感官意味着不敏感的灵魂。梦、喜好、心理疾病、气质都有心理学基础。有时托马斯似乎认为身体和灵魂是单一的实体，一个不可分割的整体的内部能力和外在形式。虽然如此，他似乎很明白地表示理性的灵魂——抽象、概括、推理及对宇宙的认知能力——是一个非物质的实体。虽然我们习惯于以物质的名词思考所有的事物，但只要我们愿意尝试，仍可发现意识中并不存有任何的物质。它是一个实体，完全不同于任何自然界及占有空间的事物。理性层灵魂可归入精神类，上帝是隐藏于自然现象后的精神，是他将理性的灵魂注入我们。只有一个非物质的力量才能形成一个宇宙的概念，或超越时间的限制，或对万事万物做同样舒适轻而易举的安排。心灵能知觉它自己，但是我们不相信一个物质的实体能知觉其本身。
所以相信体内的精神力量可超越死亡的肉身而存在是合理的。但是，灵魂离开后即非人格；它不能感觉，没有意志或不能思考；它是一个无依靠的鬼魂，没有肉身，而无法运作其功能。只有当肉身复苏，灵魂与肉身架构再次结合，而成为肉身的内在生命时，才能与肉身构成个体。这因为阿威罗伊和他的门徒不信肉身的复活，以致认为只有“活的智慧”或宇宙或物种的灵魂是不朽的。托马斯用了他所有辩证法的资料来反驳这理论。对他而言，与阿威罗伊之间有关不朽论之争，是当时最重大的问题，与此相较，物质论战等仅是限界与题目上的易动而已，实为微不足道的琐事。
托马斯说灵魂有五个能力或动力：生物性的，喂养、成长和繁殖；感觉性的，感觉外在世界的刺激；欲望性的，意欲与决意；运动性的，引发动作；智慧性的，思考。所有的知识根源于感觉，但感觉并不仅止于触及事物虚空的外表，感觉的形成是借着一个复杂的结构或协调感觉与顿悟成为理念的知觉中心。托马斯认为“没有一样思考而得的东西不是先透过感官的”。但他像莱布尼茨和康德一样又加上“除了思维的本身”——一种组织的能力，组织感觉成为思想，最后构成那些共相和抽象概念，而成为推理的工具，在这个世界上，这是人类独有的特权。
意志或欲望是一种动力，借此灵魂或生命力朝向思维所认为的善的方向活动。托马斯随亚里士多德之后，定义善是“可欲的目标”，美是善的一种形式，看到它时人感到快乐。为何使人快乐呢？由于一个有组织的整体，它的各部分皆成比例与调和。就欲望能决定思想的方向而论，思维受制于意志；但我们的欲望常由我们对事物的了解或对它们的意见（通常仿自他人）而决定，以此点观之，意志也受制于思维，“据我们所了解，‘善’推动意志”。自由并非真的存在于意志之内，因意志是随由思维所表现出对事情的了解，而“必然变动的”。自由存在于判断力中，并因直接依照知识、理性、睿智及智力对意志所提供的关于真实情境的描绘的能力而有差异。只有智者才真正有自由。智力不仅是灵魂的动力中最好的、最高的，同时也是最有力的。“在所有人类的追求中，追求智慧是最完美、最高超、最有益、最悦人的。”“人最适当的作为就是去了解。”
