托马斯的哲学重心及主题是上帝而不是人。他写道：“此生我们所能得到关于上帝的最高知识，就是知道他是超乎我们对他所能思考的范围。”他反对安塞姆的本体论证。但也同样认为神的存在即神的本质。神是自存的：“我是自有永有。”
托马斯说上帝的存在，可由自然的理性得到证明：
（1）所有运动源于先前运动，则可推论至一不为他物所动的原动者，或是一个难以理解的“无限的回归”。
（2）一系列的因果关系也须有一个“第一原因”。
（3）可能而非必定的偶然性，是依赖于必定的必然性；可能性依赖实际性，此连锁关系导引我们至一个纯粹实际性。
（4）事物以不同程度而有善、真、美，那必定有一全然的善、真、美为这些残缺德行的根源与标准。
（5）有许多证据显示，世界有一定的秩序，即使微生物也有规则地运行；若无一创造万有的超然力量存在，何能致此？
（1）、（2）、（5）项师承大阿尔伯图斯撷自亚里士多德的思想；（3）项源于迈蒙尼德；（4）项撷自安塞姆的思想。
除上帝的存在外，托马斯对自然神学是一个不可知论者。“我们无法知道上帝的对，但知道他的错”——不是可以移动的、不是复合的、不是善变的、不是短暂的。为什么以我们极微小的头脑，总期望更了解那位“无限者”？托马斯比柏格森先一步说：对于我们而言，想象非物质的精神是困难的，因为悟性需要倚赖感官，而所有我们外在的经验均属物质事物，所以“没有形象的非具体事物，是与有形象而可感觉到的实体相比较后，才能得知”。我们能了解神（如同迈蒙尼德的看法），只有从我们本身及我们对他的经历类推与推论。所以，假若人类有善良、爱、真实、智慧、能力、自由，或任何其他的优点，这些也必然在人的创造者身上表露，同时在他身上表露程度更深，如同宇宙与我们自身的比例一样。我们以阳性代名词指上帝，这只是为了方便，上帝和天使本是无性别的。由于根据所界定的，他是自存的，又因宇宙的划一运行显示出单一的精神与法则，所以神是“一”。在这神圣的“一”内有三个身位，这是一个超乎理性的奥妙，只有在虔诚的信仰中才能坚持这个信念。
我们也无法知道世界是否是在时间里的创造，而它是无中生有的，或如亚里士多德和阿威罗伊所主张它是无始无终的。神学家所提出在时间里创造的论证，是微弱的，应予以弃绝，“免得天主教的信仰被认为似乎是建立在空的推理过程上”。托马斯得出结论，我们必须以宗教观点相信在时间里创造之说，但他附加说明这个问题无多大意义。因为上帝创造世界以前，时间观念是不存在的，没有变迁，没有移动的事实，也没有衍变的痕迹。他极力解释上帝如何从未创造过渡至已创造，而本身不产生变化。他说创造的行为是永恒的，但它是包含于行为本身所意愿的一个确定时间内，其效力是明显的——这是对思想迟钝人的机敏的遁辞。
天使们构成创造物的最高阶层。他们是精神的智慧结晶，是不朽的、永远的。他们被视为是尘世中上帝的使者，天体由他们移动和指引。每一个人有固定的天使守护，天使长掌管着多数人。他们是非物质的，因此能跨越空间的限制，由这端移到那一端。托马斯写了93页的篇幅，讨论天使的层级、活动、爱、知识、意志、语言和习惯，这是他内容广泛的《神学大全》中最牵强和最难驳倒的部分。
有天使，就有恶魔，恶魔依撒旦的意旨行事。他们不仅是人们心目中的想象；他们是真实存在，同时造成无限的伤害。他们激起了一个男人对女人的厌恶，而导致阳痿。他们也能使用各种形式的魔力，所以一个恶魔可能会隐藏于一个男人身内，进入他的精液中，带着精液轻轻地越过空间，与女人同住，而以该男子之精液使她受孕。恶魔亦能使术士预言这种不依赖人之自由意志的事情。他们利用想象的效果，或明显地表露或清晰地述说，以宣传恶行。或者他们与巫婆合作，帮助他们，以恶眼（望之将遭厄运）伤害儿童。
和很多人一样，托马斯承认占星术有极大的可靠性：
尘世中实体的运行……必归之于影响他们的天体运行……占星家常由观察星象预言真理，这可有两种解释。其一，因为大多数人随从肉体的喜好，因此，他们大部分的行为是依照天体的倾向而决定的；只有少数智者被称为运用理性缓和这些趋势……其二，由于恶魔的干扰。
然而，“人类的活动并非完全依照天体的运行，仍有偶发的及不规则的部分”，有一大的领域是留给人类的自由意志的。
