托马斯的形而上学是一些难解的定义与精微的区别的复合物，他的神学即建立在下列基础上：
1.上帝创造的事物，其本质（essence）与存在（existence）不同。本质是一事物概念所必需的；存在是生存的动作过程，三角形的本质是三条直线围成一个空间，而不论其真实存在或仅为想象中的三角形皆相同。但是上帝的存在和本质是合一的，因为他的本质即他是万物的第一原因，也是万物最根本的能力（或如斯宾诺莎所言的本体，sub-stantia）。据此定义则为了其他万物的存在，上帝必然存在。
2.上帝是实际存在的。他是万物之神，是万物得以维持的原因。所有其他存在者的存在是由类推或有限地参与上帝的实体而完成。
3.所有受造之物都是主动（active）和被动（passive）的——即他们自发或受外力而动作。同样地，他们是实有（being）和转化（becoming）的混合物：他们具有特殊的性质，而且可能失去其中一些而获得其他补偿。如，水可以被加热，托马斯指出这种对外在行动及由于潜力而引发的内在变迁的感受性。唯独上帝不具有这种潜能。他不能受动，也不会变迁。他是纯粹的行动体（actus purus）及纯粹的显势（pure actuality），他已从他所能成的一切中表现出来。在上帝之下，所有的实存物，皆能依其外在受动的最大“可能”，而依序排列下来。
4.所有具体的存在物是由实质（matter）和形式（form）组成。但是这里谈到的（一如亚里士多德所指）形式非指外表形体，而是指与生俱来的活力及其特殊的原理（principle）。当一种形式或生命的动力构成存在物的本质时，它就是实质的形式；所以理性的灵魂——一种赋予生命能思考的力量——是人类躯体的实质形式，而上帝就是世界的实质形式。
5.所有实体或为实质存在，或为依附而存在：他们或是个别的实存物，如一块石头、一个人；或其存在仅为他物的特质；如白色、密度。上帝是纯粹的实质存在，是唯一完全自存的实存物。
6.所有实质存在的都是个体（individuals），个体外之物只存在于理念中；认为“个体独立存在是一种幻觉”的概念是一种幻象。
7.存在物由形式和实质构成。个体化（individuation）——在某一物种或类别中众多个体的个体化而言——的根源与原理在于实质。在同一物种中，其形式或生命的原理，在本质上是相同的；在每个个体中这种原理将实质的定量与形体加以利用、占有并赋予形式。而这种以量区分的实质，就是个体化的根源——不是指个性（individualily），而是指个体（separate identity）。
