仅仅定罪异端派的见解，并不足以迎战其对基督教所作的正面攻击。年轻一代饱尝哲学的烈酒。这场战争可以用理性赢回来吗？既然伊斯兰教的卫道神学家曾保护伊斯兰教，免于伊斯兰教哲学派的攻击，因此圣方济各和圣多明我派的神学家和奥弗涅的威廉以及根特的亨利等入世教士挺身而出，保卫基督教的教义和教会。
护教的势力自分为两个主要阵营：大部分圣方济各派的修道士崇尚诉诸神奇的柏拉图学说，大部分圣多明我派教士则崇尚运用智慧的亚里士多德学说。本笃会的僧侣们如圣维克托的修和理查德一样，深感护教的上策，在于人们直接意识到灵的实际较诸一切知识的度量更深，布洛瓦的彼得和图尔奈的斯蒂芬等“严谨派”（Rigorists），认为哲学不该讨论神学，若必须谈及，则须视哲学为神学谦卑的仆人，然而这个观念只被部分经院哲学派人士赞同。
部分圣方济各教士，如哈勒斯的亚历山大，运用智慧的探究，寻求哲学及亚里士多德的言词以卫教。但大多数圣方济各教士不相信哲学，他们了解理性的探索，纵然一时可能给教会带来光彩与力量，但终将一发而不可收拾，导致人们对教义信心的丧失，而使基督教在一个丧失信仰和道德沦丧的世界中衰微无助。他们选择柏拉图、圣贝尔纳及奥古斯丁的学说，而不崇尚亚里士多德及阿伯拉尔、阿奎那。他们根据柏拉图的理论对灵魂下定义，认为灵魂是一种安家于肉身中的独立精神，并为肉身所限。因此当阿奎那接受亚里士多德的主张，认为灵魂是肉身的“实质形式”时，他们大感震惊。他们在柏拉图的学说中，发现非人格的不朽对抑制人类兽性冲动毫无裨益。根据奥古斯丁的主张，他们认为不论人或神，其意志高于智性，人类的目标应为善而非真。在他们的价值层次中，神秘主义者较哲学家更接近生命的神秘本质和意义。
在经院哲学的行列中，倾向于柏拉图学说的奥古斯丁学派于13世纪的前半期，支配了正统神学思想。最卓越的代表人物是圣人般的圣波拿文都拉——他迫害异端却具谦和品质，是个神秘主义者却写作哲学论著，是学者但反对求知，是阿奎那的反对者却又是他的莫逆之交，一个卫教者，也是新教会守贫的典范。在他的主持下，圣方济各修会在公有财富上有了很大的净利。1221年，他在托斯卡纳出生，原名乔瓦尼·迪·菲丹托，后来不知何种原因，被称为波拿文都拉——幸运之意。小时因病几乎夭折，其母因此向圣方济各祷告，祈求他早日复原，此后乔瓦尼感谢圣方济各再造之恩。加入教会后，他被送往巴黎，受教于哈勒斯的亚历山大门下。1248年，他开始在巴黎大学中教神学。1257年，当他只是一个36岁的青年时，被选为圣方济各修会的总长。他致力于改革教会的腐败，但因过分宽大以致失败。他生活极为苦修朴实，当信差前往通知他成为枢机主教时，发现他正在洗碗碟。1274年，终因操劳过度而死。
其著作既简明扼要又很完善。他谦称自己仅是个编辑，但在他所讨论的主题中都显得有条理及抱着热忱与谦虚的态度。他的《短论》（Breviloquium）是有关基督教神学最上乘的摘要；他的《独白》和《心路历程》（Itinerarium Mentis in Deum）是神秘主义的珠玑。真知并不来自感官对物质世界的知觉，而是来自灵魂对精神世界的直觉。他敬爱阿奎那，但不赞成研究哲学，而且直率地批评阿奎那的某些理论。他提醒圣多米尼克教士们，亚里士多德是个异教徒，他的著作无法与基督教教父们的作品相提并论。我们最好去感觉上帝的存在，而不是去界定上帝。“善”高于“真”，单纯的美德甚于一切科学。据说有一天，埃吉迪奥弟兄震慑于波拿文都拉的博学，对他说：“啊呀！像我们这些无知单纯的人，要如何才能邀得上帝的恩宠？”波拿文都拉回答说：“我的弟兄，就如你所知，敬爱上帝就足够了。”埃吉迪奥又问：“那么你相信一个卑贱的妇人也能和神学大师们一样，使上帝喜悦吗？”这位神学家给他肯定的答复。埃吉迪奥奔到大街上，向着一个女乞丐大呼：“多让人高兴！只要你爱上帝，将能在天堂得到比波拿文都拉更高的地位。”
如果认为经院哲学只有一种单调而全体一致的内容与研究法，显然是错误的。经院哲学岂止百种。同一所大学的教员中，可能同时有多个推崇理性的“托马斯”，一个反对理性的“波拿文都拉”；一个追随伊本加比罗信仰意志论的奥弗涅的威廉；一个教授阿威罗伊学说的“希格”。存在于正统学说中的分歧和冲突，其强度不下于信仰与非信仰之间的争执。一位圣方济各派的主教约翰·佩克哈姆以阿奎那指责希格与阿威罗伊那样严厉的态度，来指责阿奎那的思想。大阿尔伯图斯在此时写道：“有些愚昧的人，用尽心机阻碍哲学的发展，特别是圣方济各教士，如同野兽一般，亵渎他们根本不了解的事物。”
大阿尔伯图斯热爱知识，而且仰慕亚里士多德的异教思想。在经院哲学家中，他是第一个浏览亚氏所有主要作品的人，并用基督教的措辞解释。约1201年，他出生于士瓦本的劳英根（Lauingen），是富有的波尔斯塔特（Bollstdt）伯爵的儿子。他在帕多瓦大学念书，加入圣多米尼克修会，在希尔德斯海姆、弗赖堡、拉蒂斯邦、施特拉斯堡、科隆、巴黎等地的圣多米尼克学校教书。虽然他宁愿过学者生活，但仍成为该教派在德国的管区长及在拉蒂斯邦的主教。有的人相信他所有旅程都是赤足跋涉的。1262年，他获准退休到科隆的一所修道院中。当他76岁时，为了卫道和对其在巴黎已死的门生阿奎那的怀念，放弃了平静的日子。事成之后又重回修道院中，享年79岁。他这种奉献精神，谦和的个性，对各方面知识的浓厚兴趣，显示出中世纪修道生活的极致。
我们唯有从他在修道院生活时的有条不紊及在德国做学问时的勤勉态度中，才能解释何以一个人花了无数时间在教书和处理事务后，仍能就每个科学现象为题材，撰写文章，而且论文的内容包括了哲学和神学的各个部分。大阿尔伯图斯在哲学和神学方面的主要著作为：
Ⅰ. 逻辑学方面：《哲学的基本理论》（Philosophia Rationalis）、《宾词论》（De Praedicabilibus）、《范畴论》（De Praedicaemntis）、《哲学六原则》（De Sex Principiis）、《解释》（Perihermenias）、《先验的分析》（Analytica Priora）、《经验的分析》（Analytica Posteriora）、《主题》（Topica）、《反对论证》（Libri elenchorum）。
Ⅱ. 形而上学方面：《知识分子联诋阿威罗伊书》、《形而上学》（Metaphysica）、《论事实》（De Facto）。
Ⅲ. 心理学的著作有：《灵魂》（De Anima）、《论感官与感知》（De Sensn et Sensato）、《论记忆与回想》（De Memoria et Reminiscentia）、《论智力与悟力》（De Intellectu et Intelligibili）、《生命之潜能》（De Potentiis Animao）。
Ⅳ. 《伦理学》。
Ⅴ. 《政治学》。
Ⅵ. 神学：《宇宙万物总论》（Summa de Creaturis）、《神学汇论》（Summa Theologiae）、《评彼得·郎巴德的信念四讲》（Commentarium in Sententias Petri Lombardi）、《圣名的论评》（Commentariumde Divinis Nominibus）。
其中逻辑学方面的5篇论著，已收集在大阿尔伯图斯的21卷作品中，大阿尔伯图斯的所有作品，尚未完全出版。历史上很少有如此多产的哲学家，或如此多的借用他人学说，或如此坦诚的承认其学说的转借。几乎大阿尔伯图斯的所有作品，皆依据亚氏作品而命名。他用阿威罗伊的评注解释这位哲学家，但若是他们的思想与基督教有别时，他立刻对此二人的作品擅加纠正。他也引用伊斯兰教思想家的思想，使他的作品成为今日研究阿拉伯哲学的重要来源。他每隔一页就引用阿维森那的句子，有时也引用迈蒙尼德的《疑难指引》。他推崇亚里士多德为科学和哲学的最高权威，奥古斯丁则是神学大家，而《圣经》则凌驾一切之上。但他堆积如山的论文，缺乏组织，甚至从未有前后一贯的思想体系；他在一处为某一学说辩护，却在另一处加以攻讦；有时在同一篇论文中即如此，他没有工夫去解决其自身的矛盾。因过于善良虔诚，他不能做个客观的思想家。他能够针对一本亚里士多德学说的评论而写出长达12本的论文《赞美圣母玛利亚》（In Praise of the Blessed Virgin Mary），在，他声称玛利亚对文法、修辞、逻辑、代数、几何、音乐和天文都有充足的知识。
那么，他的成就到底是什么呢？首先，我们所见到的是他对当时科学研究和理论的实际贡献。在哲学上，他将亚里士多德介绍给拉丁世界——这就是他所力求的。他提高亚氏在哲学教学上的重要性，更搜集异教徒、阿拉伯、犹太和基督教的思想，及其间所有的争论，他那位得意门生阿奎那从中得到一种更清明、有条理的综合。若无大阿尔伯图斯，可能不会有托马斯·阿奎那。
