为了体认经院哲学并非是毫无趣味的抽象概念的堆积，我们须明白13世纪并非大经院哲学家们未经挑战的园地，而是一个战场，其中70年来，怀疑论者、唯物论者、泛神论者和无神论者都在与教会的神学家们竞争，企图独霸欧洲的思想界。
我们注意到，少数欧洲人已有不信仰上帝的迹象。13世纪以来，十字军东征和翻译作品的流传，造成欧洲人与穆斯林的接触，更扩大了这些少数人的阵容。他们发觉还有其他宗教的存在，同时也造就了诸如萨拉丁和金迪等卓越人才及阿维森那和阿威罗伊等哲学家。这些发现本身就是令人烦恼的显示，比较宗教对宗教是有害无益的。“智者”阿方索曾报道：可能是由于阿威罗伊思想渗入民间，西班牙的基督徒对永生已有普遍的怀疑。在法国南部，13世纪时已有理性主义者，他们认为上帝在创造世界以后，就让一切循自然法运行，奇迹绝无可能。而祈祷无法改变自然力量的本质，新物种的起源并非由于有意的创造，而是自然的发展。巴黎有许多自由思想家，甚至包括很多教士，他们否认神学的化体论。在牛津，一位教师埋怨说：“祭台前的圣礼才是最严重的偶像崇拜。”里尔的阿兰曾说：“现在有许多虚伪的基督徒否认复活，认为肉体和灵魂一起消逝”。那些人引用伊壁鸠鲁和卢克莱修的理论，归结出享受现世人生才是上策。
在佛兰德斯，都市工业主义的勃兴促使信仰丧失。13世纪初迪南的大卫和13世纪末布拉班特的希格正领导一个强烈的怀疑运动。大卫（约1200年）在巴黎教授哲学，并以明敏辩词取悦教皇英诺森三世。他玩弄一种唯物论者的泛神论，使神（God）、心（mind）、纯质（Pure matter），未被赋形之物。形成新的三位一体。其已失传的书《特时努利》（Quaternuli），在1210年被巴黎会议定罪并烧毁，这次宗教会议又公开指责另一位巴黎教授贝纳的阿马里克的泛神论，他主张上帝与万物为一体。阿马里克被迫收回言论，据说因此羞愤而死（1207年）。但教会仍决定掘其尸骨，并在巴黎广场焚烧，以警告同党之人。他们仍坚持己见，否认天堂和地狱及圣礼的力量。1210年，十位阿马里克的门徒被烧死在火刑柱上。
腓特烈二世时，意大利南部自由思想弥漫，这就是阿奎那生长的地方。腓特烈的朋友枢机主教乌巴尔迪尼（Ubaldini）公开宣布唯物论。意大利北部的工人、商业阶级、律师和教授都陷入怀疑主义中。博洛尼亚大学的全体教员漠视宗教，最为人诟病。这里和其他学校的医学院更是怀疑论的中心据点，随而产生一句俗谚：“三个医生中，有两个是无神论者。”约1240年，在意大利受过教育的俗人，皆以熟知阿威罗伊的学说为一种时尚。成千的人接受这种思想，认为宇宙运行受自然法则的规范，而上帝并不干预；世界与上帝永远共存；唯一不朽的灵魂是宇宙间的“永恒智慧”，而个人灵魂只是霎时的出现或形式；天堂地狱之说纯是杜撰之词，为的是劝诱或恐吓民众，使之安分守己。为了缓和宗教裁判法庭的激情，部分阿威罗伊派的学者，从事于一种两面真理的理论探讨：他们认为一种命题可能在哲学或自然理性下是对的，但在《圣经》和基督教信念中却是错的；他们坚称我们可在同时因宗教信仰的缘故，而相信理性所怀疑的事情为真实的。这种理论否认了经院哲学最基本的假设及协调理性与宗教的可能性。
13世纪末到15世纪，帕多瓦大学是阿威罗伊学说的中心。阿巴诺（Abano）的彼得，曾担任巴黎大学的医学教授，当时为帕多瓦大学的哲学教授。1303年，他写了一《矛盾的协调》（Conciliator Controversi arum），意图使医学和哲学理论相辅相成。但他在科学史上取得一席之地，是由于指出脑是神经的主宰、血脉的中枢，并且精确地指出一年有365天6小时零4分钟。他深信占星学，使他几乎抹杀了大部分造成星球运转的力量和原因，几乎将上帝摒于宇宙体系之外。宗教裁判官控告他为异端，但由于玛奎斯·阿佐·德埃斯特（Marquis Ao d’Este）和教皇洪诺留四世是他的病人，他受到了保护。1315年，再度被告，终因寿终正寝得以逃过审判。但法庭依然判决将他的尸体在火刑柱上焚毁，朋友们把尸体藏得很隐秘，最后只好以他的肖像为执刑的对象。
托马斯·阿奎那由意大利到法国之后，发现阿威罗伊学说已长期左右部分教师。1240年，奥弗涅的威廉指出在巴黎大学中，有“很多人不假思索，轻易相信阿威罗伊学说”。1252年，阿奎那发现阿威罗伊学说在青年中蔚为风气。也许是震于阿奎那的这项报道，教皇亚历山大四世在1256年命令大阿尔伯图斯撰写一篇论文《知识分子联诋阿威罗伊书》（On the Unity of the Intellect Against Averroes），当阿奎那在巴黎执教时，阿威罗伊运动正值高潮。布拉班特的希格是此派在法国的领导人物，他1266至1276年执教于巴黎大学。30年间，巴黎成为阿威罗伊主义与天主教教义的大战场。
希格为入世教士，是一个饱学之士。在他残存的片断作品中，发现有引用金迪、法拉比、加扎利、阿维森那、阿维帕塞、艾维斯勃朗、阿威罗伊和迈蒙尼德的句子。在一系列对亚里士多德的评注中，及在《驳斥哲学名家大阿尔伯图斯特和阿奎那》（Against Those Famous Men in Philosophy, Albort and Thomas）那本引起争论的小册子里，希格认为大阿尔伯图斯特和阿奎那误解亚里士多德，只有阿威罗伊才是正确了解他。他与阿威罗伊一样归结出世界是永恒的，自然法则永恒不变，个体死亡后，唯有灵魂不灭。在希格的心目中，上帝是造成事物最后的但并非是最有力的因素——他是万物的目标，但不是万物创造的原因。希格就像维科和尼采一样受到逻辑的深深吸引，在阴郁轮回的理论中打转，他辩道：“既然地球上的万物万事都注定由星般的物质结合而成，而这些可能的组合在数目上是有限的，因此在无限的时间中他们必须重复出现，而且和前次循相同的轨迹。‘同一物种’将会重生，因此思想、法律和宗教同样地也会再现。”希格增加了一个小注：“这种看法，完全是出于亚氏的观点，但并不坚持这一定论。”希格对其所有这类异端论点，都附加了类似的注解。他不赞同两面真理的理论，他以自认是根据亚里士多德和理性而来的结论教导学生。每遇到结论与基督教教义相违背时，他就保证自己对教理的信仰不二，而将真理之标签用之于教理上，而非用于哲学上。
巴黎大学希格的信徒极多，这可从他1271年成为校长职位候选人得知，但他失败了。没有比巴黎主教艾蒂安·唐皮埃尔（Etienne Tempier）的再三公开指责，更足以证明阿威罗伊运动在巴黎造成的严重性。1269年，主教宣告正在大学里教授的13项主张是异端学说：
世人中只有一人是智者……世界是不朽的，……绝没有所谓第一个人类……灵魂随肉体同朽……个人意志之运用是取决于必要与否……神并不知道个别的事情……人类行为并不为天意所注定。
显然，阿威罗伊主义者继续执教，因为1277年主教又发布了一份列有219项见解的表格，正式谴责为异端加以禁止。依据主教的说法，这219项异端都是包括在达西卡的波伊提乌、罗杰·培根、阿奎那和其他巴黎教授的教学大纲中。219项中除了已在1269年列为异端的13项以外，可由下文中瞧出大概内容：
上帝创造万物是不可能的……肉体一旦死亡，无法再以相同的肉身复活……因不能用理性证实，故将来复活之说不能使哲学家信服……神学家的言词建立在神话的基础上……神学无益于知识的累积……基督教妨碍学习……幸福存在于现世生活中，而非来世，……地球上唯哲学家才是有智慧的人……最完满的是具有从事哲学的闲暇。
1277年10月，希格被宗教裁判所定罪。在意大利罗马教廷的监狱中度过生命的最后一年，在奥维埃托为近乎疯狂的刺客谋杀。
