1150年，阿伯拉尔的学生彼得·郎巴德（Peter Lombard）出版了一，成了略去异教思想的阿伯拉尔专集，开始了正式的经院哲学。彼得像安塞姆、布雷西亚的阿诺德、圣波拿文都拉和托马斯·阿奎那一样，都是到法国进修神学和哲学的意大利人。他敬爱阿伯拉尔，称《是与非》是他每日的祈祷书，但他也想成为主教。他的《信念四讲》（Sententiarum Libri Ⅳ）运用并琢磨了《是与非》的方法：针对神学中每个问题，节录《圣经》或初期基督教领袖的经句以为支持或反对的理由，但彼得有意努力将所有的矛盾变成正统的结论。他终于成为巴黎主教，而他的书成为以后4个世纪最受欢迎的神学教本。罗杰·培根甚至谴责这已取代了《圣经》的地位。4000多位神学家，包括大阿尔伯图斯和托马斯，据说都为该书写过评注。
郎巴德的书拥护《圣经》的权威性和教会的地位，而反对个人理性的要求，使理性主义的发展停止了半个世纪。但在这半个世纪中，一桩奇特的事件使神学发生转变。9世纪阿拉伯译本的亚里士多德的科学和形而上学作品，曾迫使伊斯兰教思想家在9世纪时，寻求伊斯兰教义和希腊哲学之间的协调。同时，亚氏对西班牙的希伯来思想也产生了很大的冲击，促使12世纪的伊本·多德和迈蒙尼德在希腊和犹太思想之间寻求调和。因此，当亚氏作品披着拉丁文的外衣，1150—1250年间进入欧洲后，迫使天主教神学家尝试将希腊形而上学与基督教的神学加以综合。此外，由于亚里士多德似乎不受《圣经》权威的限制，神学家被迫借助语言和理性的武器。这位希腊大哲若得知这许多震撼世界的信仰都对其思想表示尊崇，他将如何地含笑九泉之下！
但我们也不能过分夸张希腊思想家对当时哲学催生的影响力。教育的普及；讨论之风的持久不衰；12世纪各级学校从事心智生活；罗塞林和香槟地区的威廉、阿伯拉尔，康科斯的威廉，索尔兹伯里的约翰等人的启迪；十字军东征后视野的扩大，增加了对伊斯兰教生活和东西文化的认识，即使没人知道亚里士多德，这一切也足以造就一个阿奎那了。事实上，阿奎那的孜孜不倦，并不是由于对亚氏的敬爱，而是对阿威罗伊的害怕。12世纪，西班牙的阿拉伯和犹太思想正影响着基督教的思维。金迪、法拉比、加扎利、阿维森那、伊本加比罗、阿威罗伊和迈蒙尼德，步着柏拉图、亚里士多德、希波克拉底和盖伦、欧几里得以及托勒密的后尘，跨进南欧的门槛。
外来思想的侵入，是对未臻成熟的西方上层阶级人士一种心智上的震撼。我们无须讶异于这些外来思想在传入之初受到的抑止和延误，我们倒要惊奇于其惊人的适应能力，这些古老知识的重新传入，为这新的信仰所汲取。亚氏的《物理学》和《形而上学》及阿威罗伊的评注，在13世纪的最初10年传入了巴黎，震动了许多学生的正统思想。即使是贝纳的阿马里克和迪南的大卫等学者都转而攻击上帝创造世界、奇迹、个人永生等基督教的基本教义。教会怀疑并担忧阿拉伯—希腊思想的渗入法国南部，使传统教义的信念在知识界动摇，同时也削弱教会控制阿尔比异端的决心。1210年，巴黎的一次教会会议指控阿马里克和大卫，并立即禁止阅读亚里士多德的形而上学和自然哲学或对他著作的各种“评论”，但1215年，教廷使节的重申禁令，似乎更加刺激了大众阅读禁书的兴趣。第四次拉特兰会议只允许教授亚氏的逻辑和伦理学，但其他依然在禁止之列。1231年，教皇格列高利九世赦免那些不服从诏书的学者，但他再次宣告：“禁令是暂时性的，须至亚氏的书经过审查删除某些不妥处之后才做最后决定。”三位被指派修订亚氏作品的巴黎学者似乎未能完成任务。禁令未能长久执行，因为1255年亚氏的《物理学》、《形而上学》和其他作品成为巴黎大学的必修课。1263年，乌尔班四世重申禁令，但显然阿奎那曾向教皇力言亚氏的作品是永不能被改编或压抑的，而乌尔班也就不再坚持他的否决权。1366年，乌尔班五世所有派驻巴黎的使节们要求巴黎大学的文学学位候选人，须深入研究亚氏的所有作品。
拉丁基督教王国所遭遇的困境，在13世纪的前25年里，造成宗教史上最大危机。新哲学的风行是一种思想上的狂热，弥漫各地，难以收拾。教会终于放弃以前的禁令；转而发展本身力量来同化外来者。忠于教会的僧侣们研读这位横扫三教的希腊奇才。圣方济各修会的教士们虽然推崇奥古斯丁甚于亚里士多德，但对第一个尝试协调基督教和这位大哲的亚历山大，仍表示相当欢迎之意。西班牙多米尼克修会也同样鼓励大阿尔伯图斯和托马斯·阿奎那，致力于相同的事业。在这三位哲人完成使命后，对于基督教而言，亚氏已不致引起危险。
