我们不晓得在何时阿伯拉尔以何种方法逃避那些显要，及那些教区的审判。我们发现索尔兹伯里的约翰曾言1136年他参加阿伯拉尔在圣热讷维耶沃山（Mont Genevieve）的讲学。我们也不知道他是经过何人的允许而能继续其讲学。或许他未曾问过任何人，或许由于他对教会纪律的稍加轻视，而使教士皆反对他，而由于不诚实的手段导致他的最后失败。
若说阉割使他失去了男子气概，但在他流传给我们、载有他授课内容的作品中，却没有这种迹象。在其作品中，很难发现有明显的异端邪说的成分，却很容易找到使教会人士感到不满的章节。在一本名叫《认识自己》（Scito te Ipsum）的有关道德哲学的，他认为罪恶的产生，主要是在于意图而非行动；没有一个行动（甚至是杀人）其本身是有罪的。所以一个母亲，因其婴儿穿衣太少无法温暖时，紧紧地把婴儿抱在怀中，结果无心地使婴儿窒息而死。她杀死了她所爱的，虽然她受到法律的制裁，以使其他妇女提高警觉，但在上帝眼中她仍是清白的。更深一层来说，要构成一个罪行，须行为者不仅是触犯了别人，更重要的是违背了其自身的道德良心。因此杀害基督教的殉道者，对罗马人并非是罪，因为他们相信这样的迫害，对保存他们的国家或是他们信仰的宗教来说都是必要的。不但如此，而且“甚至那些迫害其所认为有责任去加以迫害的基督及他的跟从者的人，其行为固然被认为是有罪的，但假若他们违背良心，释放基督徒，则所犯的错误和罪行将是更大的”。这种解释即使合乎逻辑，也是使人愤怒的。但是，在这种理论下，罪恶的定义是对神的法律的一种亵渎，同时也增加对“犯罪意图”的曲解的阴霾。除了少数像保罗这类的人物，何人会承认他是违背良心行事？阿伯拉尔在1141年遭受控诉的16条原因中，有6条是因此书而生的。
阿伯拉尔比任何异端邪说更使教会感到困扰的，是他假设在宗教信仰内没有任何的奥秘，所有的教条都应能做合理的解释。据此而言，他是否太执迷于逻辑，以至把“神的话”也当成一种逻辑了呢？姑且承认这个具有吸引力的教师以非传统的方法导致正统的结论；有多少不成熟的头脑，受到他那善变的逻辑的感染，而且由于他那种似是而非的正反辩论而疑惑不决。如果只有他自己一人坚持他的论调，那他还不致被人怎样，因他不可能久留人世。但他有数百名热心的追随者，而且其他的教师如康科斯的威廉、吉尔伯特、图尔的贝伦格尔等人，均把信仰置于理智考验中。在这种情形下，教会还能使维系欧洲道德与社会秩序的宗教信仰上的一致与热诚维持多久？阿伯拉尔的一个弟子布雷西亚的阿诺德正在意大利煽动革命。
可能就是诸如此类的顾虑，促使圣贝尔纳公开与阿伯拉尔进行论战。贝尔纳久已带着不信任的眼光，注视着这个潜行的且具攻击性的勇敢的知识分子；寻求知识，除对神圣事理有益者外，对他而言显然都是异端派，意图用理智去解释这不可侵犯的奥秘是不敬与愚昧的；而类似的理性主义若以解释宗教的奥秘为始，终会导致对于此种奥秘的亵渎。但他并不欲寻衅。当圣提埃里的威廉（1139年）要他注意阿伯拉尔的授课所造成的危险性，并请求他谴责这位哲学家时，他敷衍他而未采取行动。阿伯拉尔自己写信给桑斯教区的主教，寻求在即将举行的基督教会议中能有一个为自己辩护的机会，以澄清一般对他有关异端邪说的指控，从而突然引起了这场论争。主教同意，希望他自己的主教座堂能成为基督教世界瞩目的焦点，为确保有个精彩的激战，他邀请了贝尔纳列席。贝尔纳拒绝，他认为在这个辩证法的游戏中，与在逻辑上有40年训练经验的阿伯拉尔相比，他“不过是个小孩”而已。但他写信给几位主教，力请他们列席卫道。在信中他说：
阿伯拉尔认为他可以借着人类的理智去彻底了解上帝，他正设法抹杀基督教信仰的价值。他上穷碧落下黄泉，无物能遁隐于其视界之外！……他不愿满意于透过一面镜子模糊地观看事物，他要面对面地观察所有事情……当他谈到三位一体时，他具有阿里乌斯的风味；当他谈到上帝的慈悲时，他具有佩拉纠的风格；当他谈到基督的身位时，他具有聂斯脱利的味道……对公义信念的信仰，是不须争论的。但这个人无心相信未经他的理性检验过的信仰。
贝尔纳的支持者托称他们自己的能力薄弱，恳劝贝尔纳出席。当阿伯拉尔到达桑斯之后（1140年6月），他发现只因贝尔纳的出席及其敌对的态度，公众的情绪像19年前在苏瓦松一般的不利于他，致使他几乎不敢在街上露面。大主教实现了自己的梦想，因有一星期之久，桑斯似乎成为世界的中心。法王在其威仪的朝臣陪伴下出席，数十位教会显要都出席。贝尔纳由于风湿而微跛，严肃凛然不可侵犯，慑服了所有人。这些高级教士，不论是个人或全体，都感觉到阿伯拉尔攻击教会缺点、教士及僧侣的淫荡行为、赦罪券的出售，及伪造奇迹等的刺痛。阿伯拉尔相信这个会议将定罪于他，因此仅在会议初期出席，宣称只接受教皇为其审判官，于是退出会议，离城而去。在此要求之后，这个会议也不能确定能否合法地审判阿伯拉尔，而贝尔纳确信能做到。接着，这个会议从阿伯拉尔的举出其中十六点议论，包括他所下“罪恶”的定义及有关一位神集力量、智慧、仁慈于一身的三位一体论。
几乎身无分文的阿伯拉尔想到罗马教皇跟前申明案情，但是年老力衰阻止了他的行动。到了勃艮第的克吕尼修道院，他受到“尊贵者”彼得同情与关切的接待，在那里休息数天。同时英诺森二世发布命令认可了会议的判决，终身禁止他发表任何言论，并监禁于修道院。阿伯拉尔仍想继续他的朝圣行程，彼得则劝阻他，说教皇永远不会做违反贝尔纳的决定。由于身心交瘁，阿伯拉尔终于屈服了，他变成克吕尼的修道士，隐身于面壁苦修及其宗教仪式中。他以虔诚、沉默及祈祷来感化他的弟子。他写了一封表白其信仰教会教义的感人书信给他以后未曾再见面的埃洛伊兹。可能是因为她的缘故，他写了一些中世纪文学里最有名的赞美诗，其中有一篇被人认为是他的作品《悲悼》，形式上是一篇大卫哀乔纳森的挽歌，但任何读者都可领会其中微妙的弦外之音：
倘能与君共墓眠，
赴死也甘愿，
世人所爱珍宝物，
哪比此恩典！
倘君已逝而我活，
亦形同死亡；
半个灵魂半口气，
做鬼也欠全！
我置竖琴不复弹，
为止苦泪与长叹！
我指久弹酸且痛，
喉心弱，为悲惨。
不久他病了，仁慈的住持送他到靠近查伦斯的圣马赛尔修道院，换换空气。1141年4月21日，他死于该地，享年63岁。他被葬于修道院的礼拜堂里，但埃洛伊兹提醒“尊贵者”彼得说阿伯拉尔曾要求葬于“圣灵”。仁慈的院长把遗体交给埃洛伊兹，并安慰她，那故世的爱人是那个时代的苏格拉底、柏拉图与亚里士多德，并给她一封充满着基督教柔和的慰问信：
主内亲爱而可敬的姐妹，你俩经由肉体的结合，借着更美好更坚固的神圣爱情之维系，联结为一……一同侍奉天主。而今，天主将他取去，怀抱于胸臆，以他代替你或当作另一个你。但当那日，他再降临，在天上有天使长的声音，并神的号吹响，天主矜怜，会使他再回到你身边。
1164年，她也以63岁之寿并与其已故爱人等量的盛名而去。她也葬在“圣灵”的花园里，与阿伯拉尔为邻。至于那座小礼拜堂，已在法国革命时被摧毁，他们的坟地也受破坏而难以分辨。但一般相信他们的遗体在1817年转葬至巴黎的拉雪兹神父（Père Lachaise）公墓。现在，我们仍能看到许多男女在夏季的某个星期日至其墓前献花致意。
