一年后（1120年），在他的学生和大修道院院长的催促下，他在曼松塞莱（Maisoncelle）的本笃小修道院的地窖密室中继续讲学。也许我们可在他的著作中窥见他的演讲内容，但这些著作是由他陆续发表的作品编撰而成的，难于确定日期。作品在他晚年时曾修改过，当时他的精神几已崩溃，因此无法知道他年轻时的生命火花究竟有多少因时间的冲激而湮灭。有四部较小的作品涉及共相的问题，我们不必扰及他其余的作品。然而《辩证法》是一本多达375页的论文，讨论亚里士多德学派的逻辑观点：词类的理性分析、思想的范畴（物质、数量、地点、位置、时间、关系、性质、所有、动作、嗜好等）、命题的形式、推理的规则。西欧人再生的心灵必须为其本身澄清这些基本的概念，像一个小孩子学习阅读一般。在阿伯拉尔的时代，辩证法是哲学家的主要兴趣。一部分因为这新的哲学是受亚里士多德、波伊提乌和波菲利的激发，只有亚里士多德的逻辑论文（但并非全部这方面的著作）被第一代的经院哲学家所知。《辩证法》并不是一本吸引人的著作，但在其正文里，我们仿佛听到在信仰与理性首回合冲突中发出的疏落枪声。真理并非不可辩驳，阿伯拉尔说，《圣经》的真理应和理性的结论配合，否则给我们理性与信仰的上帝就会以其一来欺骗我们。
也许在早年——那个爱情悲剧以前——他写了《哲学家、犹太人、基督徒间的对话》（Dialogue Betueen a Philosopher, a Jew, and a christian）。他说：“在某晚的异象中”，三个男人走向他这著名的教师，而请求他对他们之间的争论做一个裁决。三个人都相信一个上帝，其中两个人接受希伯来文《圣经》。而哲学家则反对，认为生命、道德应基于理性和自然律。哲学家辩道：固守着我们幼年时的信仰，与无知群众同样迷信，然后宣判那些不接受这些幼稚行为的人都进入地狱，这是多么荒谬的事啊！他下了一个不合乎哲学精神的结论：犹太人是愚人，而基督徒是疯子。这时犹太人立刻反驳道：人不能在没有法律的情况下生活；上帝便像一个好的国王，他给了人们行动依据的法律。“摩西五经”中的告诫，给予犹太人勇气与道德，使他们得以度过几世纪之久的流浪与悲惨生活。哲学家问，那么你们的先祖在摩西和他订律法之前如何活得如此的高贵？——而且你如何相信这个启示，允诺供给你们现世的繁荣却一直给予你们贫穷和荒凉呢？基督徒承认哲学家和犹太人所说的大部分，但他辩称基督教教义同时发展并成全了自然律和摩西律法；基督教教义将人类道德的理想提高至前所未有的地位。这些既不是哲学也不是犹太教经典能提供人永恒的幸福，而是基督教给烦恼的人以希望，因此它是无比珍贵的。这个未完成的对话是一个惊人作品。
阿伯拉尔最著名的作品《是与非》提供了另外一个自由讨论的主题。最早提到它的是在圣提埃里（St.Thierry）的威廉给圣贝尔纳的一封信（1140年），描述它是一本神秘的书，秘密地流行在学生和阿伯拉尔的同伴中。以后它就失传，直到1836年，其手稿才被维克托·库辛（Victor Cousin）在阿夫朗什的一个图书馆里发现。这的形式，必定是他无法晋升为主教职位主要原因。在一篇虔敬的导论之后，它分成了157个问题，包括信仰的最基本教条。在每一个问题之下，排列了两组相对立的引句，一组是肯定赞同，另一组是否定的。而且每一组都引自《圣经》、教会早期教父的作品、异教徒经典，甚至奥维德的《爱的艺术》。这即成为学者讨论的参考工具，但的导论，有意或是无意地写出他们彼此之间的矛盾，甚至他们个人的矛盾，以此来贬抑早期教父们的权威。阿伯拉尔怀疑《圣经》的权威性，但他赞成它的字句应为文盲所理解，而且必须以理性来解释；《圣经》会被篡改的字句或错误的抄本所破坏，也可能与早期教父的作品互相矛盾，这时理性就必须调和它们。他比“笛卡儿的怀疑”（Carte Sian doubt）早400年，他写了这样的序言：“智慧的第一个秘诀是谨慎及不断的怀疑……因为由怀疑我们就会寻求答案，由寻求答案我们就可找到真理。”他指出耶稣本身在圣殿中面对东方博士们时，不断地问问题。首先讨论的大部分是哲学独立的宣言：“信仰必须建立在人类的理智上。”他引述安布罗斯、奥古斯丁及格列高利一世等人的话来护卫信仰，并引用奚拉里、哲罗姆和奥古斯丁等人的话，指出能以理性来证明一个人的信仰是好的。阿伯拉尔一面不断地肯定他的正统观念，一面也展开了一个有关“神与自由意志”“在一个由至善全能的神所创造的世界中罪与恶的存在”“神非全能的可能性”等问题之辩论。他对这些问题的自由推论，必定已动摇了爱辩论的年轻学生的信仰，然而这种自由的教育方法，很可能由于阿伯拉尔开了先例，变成法国大学在哲学或宗教写作上的正规程序，我们将发现圣托马斯曾毫无恐惧、毫无责备地采用它。在经院哲学中，理性主义也找到了生存的一席之地。
假如这本《是与非》因为它的通用度被限制了而受到较少的攻击，阿伯拉尔企图应用理性解释“三位一体”的奥妙，但这个尝试不会如此狭窄地限制它的影响力和警戒性。因为这是他在1120年的讲学和他的书《论神的唯一与三位一体》（On the Divine Unity and Trinity）中的主题。他说：
就我的学生们来说，因为他们总是喜欢寻求理性或是哲学上的解释，他们要求的是能了解的理由，而不只是对于“字”的了解，而且认为发表一些不可能本于知识的话是无用的。因此，他们认为除非先被了解，否则不足以相信，并认为向别人鼓吹一件他自己或他所教导的人所不能理解的事，是很荒谬的。
他告诉我们，这“变得非常受欢迎”，而且人们赞赏他的灵巧。他指出神的唯一性，是被最伟大的宗教家和哲学家赞同的一点。在一神里，我们可视他的力量为第一身位，他的智慧为第二身位，他的高雅仁慈和爱心为第三身位，这就是神质的形态。但神所有的成就包含并结合了他的权力、智慧和爱心。很多神学家觉得这是一个可承认的推论。巴黎主教拒绝年老且固执的罗塞林对阿伯拉尔异端邪说的控诉。而沙特尔的杰弗里主教在众人恼怒这位鲁莽的哲学家时，保护了阿伯拉尔。但在兰斯有两个教师阿尔贝里克和洛图尔菲曾于1113年与阿伯拉尔在拉昂辩论过，鼓动大主教召见阿伯拉尔，要他带着讨论三位一体的书到苏瓦松来回应那些指控他为异端邪说的攻击。当阿伯拉尔到达苏瓦松时，他发现民众已群起反对他。“他们走近来用石头砸我……相信我已宣传有三位神的存在。”沙特尔的主教要求阿伯拉尔在会议上为自己辩护，阿尔贝里克和其他的人反对，因为他们认为阿伯拉尔在说服和辩论上是令人无法不信服的。这次会议责备他不听教令，强迫他将书付之一炬，而且命令圣梅克拉克尔的修道院长监禁他一年。但不久以后，罗马教皇释放他，并把他送回圣丹尼斯。
在那里与不守法的僧侣度过了动荡的一年后，新任的修道院院长阿博特·苏格尔允许他在枫丹白露（Fontainebleau）与特鲁瓦间一处荒凉的地方建立自己的小庐舍（1122年）。在那里约束少，他用芦苇和稻草建了一座小教堂作为祈祷的地方，称之为“神圣的三位一体”。当学生们得知他愿意免费教学后，他们为自己搭建了一所临时学校；他们在广场上建茅屋，睡在灯芯草和稻草上，同时以粗糙的面包和原野的香草为食。因为求知的热望，这里很快地就聚成大学。学生们为报答他，群起助他开垦原野，造房子，并以木材和石头造了一座新教堂。这座教堂命名为Paraclete（译按：即指圣灵），说明当他逃离人类社会而变得孤独和失望时，其门徒们的爱却俨如圣灵般地进入其生命中。
他在那里的三年过得非常愉快。也许他对这些热心学生的演讲，被保存下来并重编集成两本新书。一本叫《神学的基督教》（Theologia Christiana），另一本叫《神学》（Theologia）。这两的教义均是正统的，但在一个对大部分希腊哲学仍很陌生的时代里，发现有许多对异教思想家的赞美，及暗示柏拉图的思想中也包涵某种程度的宗教启示时，不免让人有点惊奇。他不能相信所有这些基督教以前时代中的大思想家都失去救世之意，他坚信神把他的爱给所有的人，包括犹太人和异教徒在内。阿伯拉尔固执地再回到对神学的理性辩护，他认为异端邪说必须以理性而非以武力来阻止。那些坚持认为信仰不须理解的人，在很多事件上，想要掩饰他们无能力睿智地启导信仰。此言真似一根芒刺刺入某些人的肤肉！在寻求基督教的理论基础上，阿伯拉尔的勇气并不比在他之后的哈勒斯（Hales）的亚历山大、马格努斯、托马斯·阿奎那更大。但即使如勇气可嘉的托马斯，也将三位一体论及上帝创造世界的说法，置于超乎理性信仰之上。阿伯拉尔却在理性的范围内，寻求最奥妙的教义。
他著书立论的大胆及敏锐智慧的咄咄逼人，使他招致了新的敌人。可能在提及明谷的贝尔纳和普雷蒙特雷修会的创建者诺贝特（Norbert）时，他写道：
某些为世人所相信的后辈传道者，到处奔走……无耻地以各种可能的方法对我造谣中伤，以致他们能及时引起许多权威人士对我的嘲笑……当我得知有一个新的教士会议要召开，那么上帝将是我的证人，我相信这个会议是为了我的被定罪而召开的。
可能为了平息这种批评，他放弃了教学而接受了一个邀请，担任布列塔尼的圣吉尔达斯修道院的院长（约1154年）。更可能是精明的阿博特·苏格尔故意安排这一转机以平息这场风暴。这是一项提升，也是一种监禁。这位哲学家发现他自己处在“野蛮”和“不可理喻”的人民及“卑鄙不驯服”、公开和姘妇同居的教士群中。教士们愤恨他的改革，他们放毒药在他弥撒时饮用的圣餐杯里。不过这个计划失败了，他们又贿赂他的仆人在食物中下毒，另一个教士吃了这食物而“立刻倒地暴卒”。
