毫无疑问，在12世纪和13世纪中古时期的全盛时代，欧洲思想界的领导者是法国。早在11世纪初，它的教会学校已经享有了国际性的声誉。这些学校之所以在巴黎形成了一所规模庞大的“大学”，而不是在沙特尔、拉昂或兰斯等地，很可能由于塞纳河兴盛的贸易和首都巴黎的商业活动，为这个城市带来了足以吸引知识分子和各种经济资源、科学哲学乃至艺术的财富。
第一位为人所知的巴黎圣母院的教会学校校长是尚彼克斯（Champeaux）的威廉。促成巴黎大学知识成长的运动，是他在巴黎圣母院的一座修道院中所发表的演讲而引发的。当来自布列塔尼的阿伯拉尔用逻辑三段论推翻了威廉的理论（1103年），并且开始了他那些在法国历史上最有名的演讲之后，学生们纷至沓来听他的演说。逐渐地，巴黎学校的规模越来越大了，教师也随之增加了好几倍。12世纪的巴黎教育界，一个教师必须获得巴黎圣母院总教堂的秘书长的许可才能执教。巴黎大学就是在这种单一的执教许可下，逐渐由各级教会学校衍生出它的第一次结合。通常，这种教学许可都是免费给予那些曾在已拥有教师头衔的先生指导下学习过相当时期，而且他的学识受到该教师认可的人。阿伯拉尔曾经遭人非难，因为他没有经过这种公认的学徒制度而自封为教师。
这种师徒制教学艺术的观念，形成大学教育初期的构想。当教员倍增以后，他们自然地形成了一种行业协会。几个世纪以来，“大学”这个字就是指包括行会在内的一切集合体。1214年，马修·帕里斯形容巴黎的“教师同志团体”（fellowship of the elect masters）是一个有悠久历史的机构。我们猜测但不能证明“大学”是在约1170年成形，它较像一个教师行会而不太像一个教职员团体。约1210年，在英诺森三世——他自己也是巴黎的一名毕业生——的一项公告中，他批准了教师行会所拟定的章程；而在另一次公告中，他授权教师行会选派代理人，作为驻教廷的代表。
约13世纪中，巴黎的教师们分掌神学院、宗教法学院和文理学院。与博洛尼亚不同的是，1219年以后，巴黎大学不再教授民法；课程由七种学艺开始，然后是哲学，最后是神学。那时修习艺术的学生（他们被称为“artistae”，即艺术家）约相当于现在大学的学生，他们占巴黎人口结构中的大部分。也许是为了便于交往、互助和纪律的维持，他们依出生地或籍贯概分为四“国”：法国（法王直属的狭小地区）、皮卡第（Picardy）、诺曼底和英格兰。凡从法国南部、意大利和西班牙来的学生加入“法国”；凡从低地国来的加入“皮卡第”；从中欧、东欧来的则加入“英格兰”。由日耳曼来此就读的学生如此之多，以至日耳曼本国直到1347年才有他们自己的大学。每一“国”有一个训导长（procurator）管理；每一个支派有一位学监的领袖，后来他的职权逐渐扩大，到1225年，他成为大学的校长。
当时似乎没有任何特殊的大学建筑物。12世纪，学术演讲都是在巴黎圣母院的修道院，如圣吉拉耶夫、圣维克托和其他教会建筑中发表的。13世纪中，已有少数教师租私人的房屋供教学之用。这些教师（后来被称为教授）都是剃发的僧侣。15世纪以前，教师如果结婚就会失去他们的教职。当时的教学都采用演讲方式，原因是并非每个学生都买得起所有的教科书，而且图书馆也未必借得到。学生们上课就坐在路上或地板上记笔记。由于他们需要做太多记忆性的工作，有人发明了许多帮助记忆的东西，通常是些富于意义但令人讨厌的散文。大学规章禁止老师读讲稿，他必须即席演讲，甚至不许“拉长语调说话”。学生们常好心地警告新来的人：先听三次演讲，觉得满意以后再缴学费。康科斯的威廉曾抱怨，12世纪的老师为了获取声望、学生和学费，不惜开些简单的课程，同时因为每个学生都有权自由选择老师和课程，降低了教学的水准。
教学活动常由于教师、程度高的学生及闻名的来访者之间所举行的公开辩论，而显得生气勃勃。通常这种讨论都有一种固定的形式，叫作“学术辩论会”：先是有人提出一个问题，作出一个否定的答案，反对者引用经典和早期基督领袖的言论加以驳斥；然后有人提出一个肯定的答案，由赞成者引用《圣经》和教会的早期教父们的论著加以辩论，并对反对者提出答辩。这种辩论的形式决定了圣托马斯·阿奎那的经院哲学的完美形式。除了这些正式辩论以外，还有非正式的讨论，叫作“小型讨论”（quodlibeta）——任何人提出的任何问题都可以拿来讨论。这些较随便的辩论会，在圣托马斯次要的作品中，形成了另一种文学形式。不论是正式或非正式的辩论，都使中世纪人们的心灵更为敏锐，并且赋予思想和演说更大的自由。因此培养成某些人倾向于能证明任何事情的睿智；或者小题大做，以一大堆理论讨论一个微不足道的问题的习性。
学生大多住在学生团体所租来的招待所或旅馆里。有时某些慈善机构只收象征性的费用，让穷学生免费寄宿，如巴黎圣母院附近有家客栈“神的旅馆”（Hǒtel-Dieu）就留了一间房子，专门让穷学者居住。1180年，伦敦的乔西乌斯（Jocius）买下了这栋客栈，并与医院共同负担18个学生的吃住。1231年，这群学生已有了较宽敞的居室，但他们仍自称为“十八人学院”。其他由修道院、教会、慈善家建立的有津贴的住宿处，减轻了学生的生活负担。1257年，罗贝尔·索邦（Robert de Sorbon）赠给16位神学学生一栋“神学院之屋”（House of Sorbonne），路易及其他人的恩赐带来了更多的设备，并增加奖学金的名额至36名。索邦学院即由此逐渐发展而成。16世纪，索邦学院成为巴黎大学的一个神学院。1792年，因法国大革命而结束课业；其后拿破仑使之恢复，现在其在巴黎大学中占有科学与文学课程的席位。1300年以后，学院（collegs）成立了。教师们住在其中做指导老师，他们听学生背诵，“念”教科书。15世纪，教师们在住屋大厅中授课，这种课程逐渐增多，相对地，在外面开的课逐渐减少了。同样地，这种由招待所发展成的学院在牛津、蒙彼利埃、图卢兹等地也有。大学最初原是一个用来对付学生团体的教师协会，后来竟变成了由学派和学院组成的协会。
在巴黎的学生宿舍中，有两座是专门用来给多明我派或圣方济各派的学生住的。多明我派自创始就强调教育是用来对抗异教的手段，他们有自己的一套学校系统，其中在科隆的多明我国民教育学校（Dominican Studium Generale）最为有名。此外，在博洛尼亚与牛津也有类似的学校。许多修道士成为教师以后，就在他们自己教会的大厅中授课。1232年，哈勒斯的亚历山大是巴黎最有才干的教师之一，他加入了圣方济各修会，并在该会所属的修道院中继续他的公开演讲。年复一年，在巴黎演讲的修道士越来越多，而他们的非修道院的听众也日益增加。非修道士的教师们悲悼他们已被遗忘在他们讲台上，“有如屋顶上孤独的麻雀”；修道士则认为这些世俗教师吃得太多，喝得太多，变得又懒又笨。在1253年的一次街头械斗中，一个学生被杀死了。市政当局逮捕了几个学生，并且不顾他们的权利和要求，未将他们交予大学教师或主教去审判。为了抗议，教师们发动了一次罢讲的行动。当时有两个多明我修会和一个圣方济各修会的教师（他们都是教师协会的会员）拒绝遵照命令停止演讲，因而遭到教师协会开除会籍的处分。他们上诉于亚历山大四世，他下令教师协会让他们三人再度加入成为会员。可是教师们不肯屈服，便解散了该组织，而教皇则把这些教师全部开除教籍。此后，在街上，修道士常受到学生和民众的袭击。经过六年的争论，终于达成了一项协议：重新组织的教师协会允许修道士加入，但他们必须宣誓遵从大学的法令；而艺术学院则决定永远不让任何僧侣加入。如此一来，原本最为教皇所喜爱的巴黎大学，变得对教皇非常敌视，它支持各国国王对抗其主教，甚至成为“高卢化运动”（Gallican Movement）的推动中心——那是一个主张法国教会与罗马教廷分离的运动。
自亚里士多德以来，没有一个教育机构能和巴黎大学所造成的影响相比。3个世纪以来，它不但吸引了最多的学生，并且招来了心智最敏捷最突出的人士。阿伯拉尔、索尔兹伯里的约翰、大阿尔伯图斯、布拉班特的希格、托马斯·阿奎那、圣波拿文都拉、罗杰·培根、邓斯·司各特、奥卡姆的威廉等人，几乎构成了1100至1400年的哲学史。这期间必然存在着某些伟大的教师，及一种唯有在人类历史达到巅峰状态的时候才会产生的、令心智激昂兴奋的气氛，才能造就出这些更伟大的学者。此外，在这3个世纪中，巴黎大学在教会和政府两个方面都有相当大的权力。它是一个有影响力的评议机构，14世纪它是自由思想发展的温床，15世纪它又成为正统思想和保守主义的避难所。不过关于处死圣女贞德这件事，我们不能说它扮演了一个公正无私的角色。
其他的大学对促使法国成为欧洲文化的领导者，也有很大贡献。早在9世纪，奥尔良就拥有一所法律学校；12世纪，作为一个古典与文学研究的中心，它足可与沙特尔匹敌。13世纪，它在民法与宗教法的教学方面仅次于博洛尼亚。翁热的法律学校也不逊色，1432年它是法国的几所主要大学之一。图卢兹大学的成立原是肇因于异教的言论。1229年，教皇格列高利九世强迫雷蒙伯爵保证负担14位由巴黎派到图卢兹教学的教授的薪水。这些教授负责神学、民法与艺术，教会打算利用他们对阿基坦的青年的影响力，来对抗阿尔比异端。
除巴黎大学外，法国最著名的大学要算位于地中海边、界于马赛和西班牙之间的蒙彼利埃，该城在血缘与文化上是法国、西班牙、希腊、犹太的混合体，外加少许意大利商人和一度占领该地的摩尔人的残余。在这里，商业活动很频繁，不论它是否受到萨莱诺或者是阿拉伯，还是犹太人医药学的影响，蒙彼利埃在某个时间建立了一所医药学校，不久这所学校声名之盛，已超过了萨莱诺的医药学校。随后法律、神学和艺术学校相继成立，虽然他们各为独立的个体，但彼此之间关系良好，而且合作无间，为蒙彼利埃赢得了更好的声誉。不过这所大学在14世纪，一度衰微中落。直到文艺复兴时期，它的医药学校才再度兴盛起来。1537年，弗朗索瓦·拉伯雷（Francois Rabelais）曾以希腊语在此开课，讲解有关医学之父希波克拉底的理论。
