非宗教性的学校在意大利特别多；教师中很多人不是教士，与越过阿尔卑斯山一带的教师都不同。意大利的精神和文化，总体上比其他地方较少宗教性。约970年，有一名叫维尔加德斯（Vilgardus）的人在拉韦纳组织一项恢复异教运动。当然，也有许多天主教学校，如米兰、帕维亚、奥斯塔和帕尔马等地的天主教学校都有相当的水准，我们可从兰弗朗克和安塞姆等毕业生看出；在德西德里乌斯管理下的卡西诺山也可算是一所大学。市立学院的维持，伦巴底城对“红胡子”腓特烈的成功抵抗（1176年），及对法律和商业知识的需求等因素，促使意大利得到兴建中世纪第一所大学的荣幸。
1925年，帕维亚大学庆祝其1100周年纪念。这是由罗塞一世所创立的大学，也许它该是一所法律学校而非大学，直到1361年它才收到一张被称为“studium generale”——中古时代对设有多种科系的大学的称呼——的特许状。它是几所研究罗马法的学校之一，其余的包括9世纪的罗马、拉韦纳和奥尔良等地的学校，10世纪的米兰、纳博讷和里昂等地的学校，及11世纪的维罗纳、曼图亚与翁热（Angers）等地的学校，博洛尼亚是西欧第一个扩大其学校成为一个大学的城市。1076年，编年史学者奥德弗雷德斯（Odofredus）说：“某位教师佩波（Pepo）开始其权威性的法律演讲……在博洛尼亚，他是一个非常有名的人。”很多教师也追随他。在伊尔内里乌斯（Irnerius）时代，博洛尼亚法律学校被公认为是欧洲最好的学校。
1088年，伊尔内里乌斯开始在博洛尼亚一个地方教授法律。不知是由于他研究罗马法使他深信历史上与实际上皇帝应凌驾于宗教权力之上的论据，或是由于为帝国服务的报酬吸引了他。总之，他从教皇党改宗吉伯林派（保皇党），同时按照皇帝所要求的来解释复苏的法律哲学。皇帝因此赐赠一笔基金给该学校，同时，一群日耳曼学生也来到博洛尼亚就读。伊尔内里乌斯编了一本关于《查士丁尼法典》一书的注解，他还应用科学方法来整理法律。从他所编纂或从演讲稿中搜集的《法典大全》（The Summa codicis Irnerii）一书可以说是说明文与议论文的杰作。
随着伊尔内里乌斯展开了中古法律哲学的黄金时代，很多人从拉丁欧洲赶到博洛尼亚去向他学习新生的法律学，他的学生格拉提安将新的方法应用在宗教法律上，同时出版第一本《宗教法典》（1139年）。继伊尔内里乌斯之后，四博士——比尔加努斯、马蒂努斯、雅各布斯和雨果在一系列著名的注解中，引用《查士丁尼法典》来解释12世纪的法律问题，并使罗马法适用于广泛的领域。早在13世纪，较年长的阿科西乌斯，最伟大的法典编纂者，在《标准注释书》（Glossa Ordinaria）一搜罗了其他注解学家及他自己的著作。由于国王与自治市都根据此书破除封建法的控制或打击罗马教皇的权力，而使该书成为标准的权威。罗马教皇尽其可能地避免宗教沦为国家的工具或奴仆，但这种新的研究培养并表现出了12世纪和13世纪大胆的理性主义与世俗主义，促使雄厚的律师阶级的产生。这些律师削减了教会在政府中的作用，并扩大了政府的权力。圣贝尔纳抱怨欧洲诸法庭被查士丁尼法所包围，而不再听从上帝的法令了。新的法律哲学传播得极为迅速，犹如阿拉伯和希腊的翻译工作，对理性作了强烈的刺激，这种对理性的重视与热爱，激起了并结束了经院哲学。
我们不知道博洛尼亚何时才有教授七种文理学艺的文理学校，也不知道何时建立起一所著名的医学院。我们仅知这三所学校之间的联系，是他们的每一位毕业生都由博洛尼亚的副主教颁发学位。教授自己组织成一个行会组织，约1215年，学生联合成两大集团：阿尔卑斯山以南的学生联合会和阿尔卑斯山外的学生联盟。13世纪初，已有女学生进入大学，而到14世纪，博洛尼亚已有了女教授。
学生协会（基尔特）是组织起来互相保护和自治的，到13世纪发展出额外的权力来对付教员。在博洛尼亚，可对不满意的教授进行抵制，并结束其教书生涯。由很多案例得知，教授的薪水由学生所付，他们被强迫宣誓服从大学的“校长”（rectors）——学生团体的领袖。如老师渴望放假离开，即使只有一天，将对学生领袖准假感到异常欣喜，但他们被禁止“随意放假”。学生协会制定规则限制老师，何时应开始讲课，何时应下课，及若违规须受何种处罚。若他讲得太久，超过了预定时间时，学生协会即命令学生离开，另规定对遗漏一章或忘记对法案加以解释的教授罚款。同时还规定教科书上哪些部分授几堂课。在学年之初，教授被要求存10镑在博洛尼亚银行。从这些钱扣除罚款，剩下的在学年结束时，由“校长”通知银行退还教授。学生委员会被指定考察每位老师的行为，向“校长”报告其犯规或过失。这些措施在现在的学生看来是难以想象的，但我们须想想博洛尼亚法学院学生是17岁到40岁间的人，年纪大得足以训练自己。他们上学是研究而不是来玩的，教授不是雇主，而是自由席位的演讲者，且须令学生信服。博洛尼亚的教师的薪水，包括学生所付和与学生协议的薪资，这种给付制度在13世纪末被改变，当时一些意大利城市急于成立大学，由市政府付与某些博洛尼亚籍教授薪水。1289年，博洛尼亚市政府答应付两位教授年薪，但应由学生决定付给哪两位教授。逐渐地，市政府支付薪水的名额增加了，到14世纪，已由市政府负责选聘教授及决定他们的薪资额度。1506年，博洛尼亚变成罗马教皇国的一部分时，教授的指定成为教会权威的运用了。13世纪，博洛尼亚大学和意大利的其他大学，皆具有一种俗世的、甚至是反教会的精神，尤以博洛尼亚大学最甚，这是其他欧洲教育中心少有的现象。当时欧洲教育的主要科目是神学，但博洛尼亚在1364年以前没有神学课，而代之以宗教法规。甚至修辞也采取法律的形式，而写作的艺术在博洛尼亚、巴黎、奥尔良、蒙彼利埃、图尔等地，广泛应用于法律、商业和官方公文等领域，使这一学科得到一种特殊的地位。那时流行的说法认为，只有到博洛尼亚才能受到最实用的教育。一个人们津津乐道的故事说：一位巴黎的腐儒到博洛尼亚学习与他在巴黎所学完全相反的学问，回到巴黎后却遗忘其所学。12世纪博洛尼亚领导了欧洲思想的变迁。但13世纪，该地的教育困于呆滞的法律条文中。阿科西乌斯的注解成为一种神圣而且几乎不可更改的教科书，因之阻碍了法律逐渐适应于变动生活的可能性。探索的精神也就因此消逝而隐遁到自由的领域中了。
意大利各地的大学林立是在12世纪和13世纪时，其中某些大学是由博洛尼亚的一些教授和学生迁居新地方而成立的。如1182年，皮利乌斯离开博洛尼亚，在摩德纳另创学校；1188年，雅各布斯·德曼德拉（Iacobus de Mandra）来到雷焦艾米利亚，并带走了一批学生跟随他；1204年，另一批移民，可能是来自博洛尼亚，在维琴察创立一所平民学校；1215年，洛弗雷德斯（Roffredus）离开博洛尼亚大学，在阿雷佐开设一所法律学校；1222年，一群教师和学生离开博洛尼亚，移去帕多瓦的一所旧学校，使这所法律学校增设了医学和艺术等科系而扩大。威尼斯曾派遣其地的学生到此学习，并由市政府支付教授们薪水，到了14世纪，帕多瓦成为欧洲思想最光辉的中心之一。1224年，腓特烈二世成立那不勒斯大学，使南意大利的学生不须至北部求学。大概是基于同样的理由，同时也为了训练有外交能力的教士，英诺森四世建立了罗马宫廷大学（1244年）。后来这所大学随着教皇宫廷迁移，甚至移到了阿维尼翁。1303年，博尼费斯八世设立罗马大学，它在尼古拉五世和利奥十世的全心照顾下发扬光大，声名大噪，到了保罗三世时赢得了“智慧”的美名。1246年锡耶纳为它的市立大学举行开幕式；1248年皮亚琴察也成立一所市立大学。13世纪末，几乎所有意大利较大的城市都拥有法律、艺术，甚至医药学校了。
西班牙的大学以一种较特别的方式成立，它是由国王特许而设立的，同时完全交由政府控制。卡斯提亚王国在巴伦西亚设立了一所王室大学（1208年），后来又在法来多利另设一所大学（1304年）；莱昂在萨拉曼卡有一所大学（1227年），巴利西亚群岛在首府帕尔马设立一所大学（1280年），加泰罗尼亚在莱里达设立一所大学（1300年）。除了与王室的联系外，西班牙的大学还接受教士的监督与奖学基金，有些如巴伦西亚大学逐渐发展而脱离教会学校的范畴。13世纪，塞拉曼加大学，由于圣费尔南多和“智者”阿方索的关系，使它得天独厚，很快地就与博洛尼亚和巴黎大学齐名，鼎足而立。这类学术机构大多都传授拉丁文、数学、天文学、神学和法律，有些还传授医药学、希伯来文或希腊文。一所东方研究学校在1250年由多米尼克教派的僧侣在托莱多开设，教授阿拉伯文和希伯来文。那儿的教学必然很成功，因为有一位毕业生雷蒙·马丁显然与所有伊斯兰教的大哲学家和神学家熟识。对阿拉伯文的研究在塞维利亚大学也很兴盛，该大学是在1254年由“智者”阿方索设立的。1290年，诗王迪尼兹（Diniz）在里斯本设立了一所大学。
