1271年，格列高利十世登基时，教会权力再度达到鼎盛。他是一位道地基督徒的教皇；心平气和，并不好大喜功，但寻求公义。为了要集众力夺回巴勒斯坦，他说服了威尼斯、热那亚及博洛尼亚偃旗息鼓；一方面确认哈布斯堡皇族的鲁道夫为皇帝，同时安抚其他未登王座的权贵；另一方面调停了教皇党和保皇党在佛罗伦萨及锡耶纳的纠纷，他对教皇党支持者说：“保皇党人士是你们的仇敌，可是他们一样也是人、公民和基督徒。”1274年，他召集教会高级教士举行里昂会议。结果有1570名教会领袖出席，每个较大的邦国也派遣一位代表参加；希腊皇帝指派希腊教会领袖与会，重新申明隶属“罗马教廷”的关系。拉丁及希腊教会人士得以聚首一堂，齐声高唱赞歌。他要求主教们纠举教会的弊端以待改革，主教们也表现得出奇的坦白真诚，并通过改革的必要手段。整个欧洲团结一致，形成一股巨大的力量，对抗穆斯林。可惜在回罗马途中，格列高利教皇不幸病故（1276年）。后继者忙于应付意大利境内的事务，无法完成他的计划。
不过，1294年，博尼费斯八世刚被推举为教皇时，教皇国仍然不愧为欧洲力量最坚强、组织最严密、行政最迅速、财源最充裕的政府。教会势力达到巅峰状况时，权力不幸落入博尼费斯八世手中，他对教会的热爱及对目标的真挚，完全被其不够完美的品德、个人的狂傲及不够明智的权力运用所淹没。他也不是一无是处的人：极为好学，论其在法学上所受的训练及学识的广博，堪与英诺森三世一较长短；他创立罗马大学，不仅重建梵蒂冈图书馆，并且加以扩展，任命乔托及阿诺尔福·迪·坎比奥（Arnolfo di Cambio），并且资助兴修令人赞叹的奥尔维耶托（Orvieto）大教堂的正面。
为了追求权力，他处心积虑地说服了品德高尚、才能较逊的西莱斯廷五世，辞去就任方才5个月的教皇职务，这在教会史上并无先例，显出博尼费斯一开始所怀的恶意。为了防止复辟的阴谋，他下令将80岁高龄的西莱斯廷拘禁在罗马。西莱斯廷逃亡，但被捕回；他再次逃离罗马，流亡阿普利亚数周，随后抵达亚得里亚海滨，计划跨海潜逃至达尔马提亚，不幸所乘轮渡搁浅，他又漂回意大利，被人捉住送到博尼费斯跟前。教皇将他拘禁于费伦蒂诺（Ferentino）的斗室中，10个月后即逝世于此（1296年）。
历经一连串外交上的挫折及代价不赀的胜利后，这位新上任的教皇脾气更加乖张。首先，他阻止阿拉贡的腓特烈接受西西里的宝座，待腓特烈不接受他的劝阻后，将腓特烈处以破门律，1296年停止该岛教权。这一非难均不被腓特烈与人民重视，最后，教皇也被迫承认既成的事实，追认腓特烈王位的合法性。他为了筹组十字军，命令威尼斯与热那亚签约休战，然而，两国拒绝教皇从中斡旋，烽火继续3年之久。佛罗伦萨秩序喧嚷不安，他束手无策，于是停止该地教权，并且授权瓦卢瓦的查理开入意大利，剿平叛乱（1300年）。查理一事无成，徒然招来佛罗伦萨市民对他和教皇的怨恨。为寻求教皇国本身的和平，博尼费斯也想插足调解望族科隆纳的家庭纷争，但皮埃特罗和雅格布两位红衣主教都婉拒他的好意，他愤而罢黜他们，并处以破门律（1297年）。两位叛逆权贵，在罗马各教堂门上张贴宣言，并将宣言置放在圣彼得教堂的祭坛上，为将教皇此举诉诸公决。博尼费斯再申破门律令，这一惩处并延及另五名叛逆者，下令没收他们的财产，并且派遣教皇军队侵入科隆纳的封地，攻克城堡，夷平帕莱斯特里纳。叛军被困而告投降，教皇赦免他们后，他们又揭竿而起，再度被这位勇士教皇平定，残部遁离教皇国，图谋东山再起。
正当意大利多事之秋时，博尼费斯在法兰西又面临重大的难题。菲利普四世决心统一封疆，占领加斯科尼的英格兰领地。爱德华一世于1294年向他宣战。为了弥补浩繁的军费，两位国王不约而同地宣布，开始稽征教会财产及教士的税捐。以往教皇只允许他们为了十字军东征而向教会课税，从未核准国王为了纯粹俗世的战争而向教会抽税。法兰西境内的教士虽然也同意为国防而纳税，以求间接保障自己的财产，但深恐国家课税的权力在不受节制的情况下，可能过分扩张，危及教会的安全。菲利普已采取行动削减教士在法兰西境内的地位，领主法庭、皇家法庭、行政机关及国王的咨询机构再也见不到他们的踪迹。西多会鉴于局势的恶化，终于拒绝菲利普因对抗英格兰而要求的第五笔税收，其领导者转向教皇告急。在教皇与日耳曼及罗马帝国对立时，法兰西曾是教会主要的长期支持者，面临这个棘手的问题，博尼费斯也不得不小心翼翼地商求对策。但他又觉得国家在未得教皇的特许下，向教会征收税捐，将严重损害教会的经济力量及自由活动的能力。1296年2月，他发表了教会史上著名训令中的一件。一般人就以它起首的《教俗敕谕》（Clericislaicos）加以命名，令文中开宗明义却非常不智地承认道：
据说，平信徒对教士相当敌视；根据我们的体验，目前这种控诉属实……经过教会会议决定后，基于罗马教皇的权利，我们在此明文告谕，凡是任何教士未征得教皇同意，而向平信徒缴纳个人所得税或财产税者，将遭到破门律的严重处分……同时我们也明确地表示，凡是蓄意要求此类税收，或觊觎教会或教士财产的权贵……将被处以破门律。
菲利普的观点则是，法兰西境内教会拥有庞大的财产，应该分担国家的支出。对于教皇公之于世的律令，他采取相应措施，禁止金银财宝及食物的输出，驱逐所有在法兰西境内居留的外国商贾或使臣。此举不仅斩断教皇主要的财源，并且将法兰西划出，不再是十字军东征募款的范围。随后博尼费斯于《不能命名的爱》（Ineffabilis Amor，1296年9月）的文告中表示让步，首肯教士得基于国防上的需要，自动捐输，至于是否有此需要的决定权，则握于国王手中，由他斟酌实际情形。菲利普也取消报复的措施，并征得爱德华的同意，博尼费斯得以私人的身份，而非以教皇的职位，调解他们彼此间的纠葛。博尼费斯在排难解纷中，尽力袒护菲利普，在英格兰不介意时，也就相安无事地过着和平的生活。
从英、法两国教会的收入减少后，一方面为了弥补这笔财源，一方面又因为储备战费，以便收复西西里为教皇国的封邑，并且伸张教皇国的势力到托斯卡纳，博尼费斯宣布1300年为禧年。这项策划可谓功德圆满。罗马呈现空前的拥挤，车水马龙。其时，交通规则显然首次被执行，以管制人民的行动。由于教皇博尼费斯及其助理人员事前的妥善安排，得以公定的合理价格，大量供应食物。对于这笔庞大而未指定特殊用途的款项，完全取决于教皇的分配。纵然得失参半，而目前仍是他的巅峰时期。
然而，这时被放逐的科隆纳家族，提供菲利普国王有关教皇贪婪、偏袒、私持异论邪说的传闻。教皇派驻法兰西的特使贝尔纳·塞瑟特（Bernard Saisset）与菲利普国王的侍从之间起了纠纷，被控以叛逆的罪名，被捕下狱，在皇家法庭受审，判其有罪，交纳邦的大主教予以监禁（1301年）。博尼费斯对这种即决裁判大表震惊，立即要求菲利普国王释放特使，同时训令法兰西境内的教士们，中止教会对国家的纳贡。1301年12月，在告谕所有教徒的文告《听着吾子》（Ausculta Fili）中，教皇要求菲利普国王谦逊地听从他。基督在尘世的代理人，是世俗国王在属灵领域上的驾驭者，并且抗议世俗法庭任意审判教士的恶例及任意挪移教会的财产，供作非宗教性的活动事宜。他还表示要召集法兰西境内的主教及修道院院长，共商对策，“借以保全教会的自由，改革国家及废置国王的权力”。当教皇的特使呈递这项文告给菲利普时，阿图瓦（Artois）伯爵随手夺取文告，并将其掷入火中。而另一份要教士们公之于世的副本，也遭查禁的厄运。双方更因两份捏造文件的流传，剑拔弩张。其中一份伪出教皇之手，甚至要求菲利普国王在一般事务的处置上，也应以教皇的意旨为是；另一份菲利普国王致博尼费斯的伪造文件中，说道：“你这愚不可及的人，国王在一般事务的处置上，乃是至高无上的。”虽然这两份文件全属赝品，但是一般人总是信以为真。
1302年2月，另一张教皇的文告，在国王及民众的众目睽睽下，在巴黎公开予以烧毁。预测到教皇会宣布召开宗教会议，为了先声夺人，菲利普国王迅速地于4月在巴黎召开三阶层会议。在这次法国史上具有划时代意义的聚会中，三阶层的人分别致书罗马教皇，异口同声地赞同国王及其在宗教事务以外的权力。约有45位高级教士，不顾菲利普国王禁止及没收财产的威胁，毅然出席1302年10月在罗马召集的宗教会议。发布文告，明白强调教皇的权力，认为仅有一个真正的教会，舍此别无拯救；基督的身体及头只有一个，而不是两个；头是基督，而基督的代表则是罗马教皇。世上存有两把剑或说两种权力——属灵之剑和世俗之剑；前者属教会所有；后者属国王所有，但是为了教会，在教士的意旨及默许下使用。属灵的权力凌越世俗的权力，有关后者的最高目标，必要时前者可加以指导；倘若后者用之失当，自然也由前者来加以纠正。文告最后做结论道：“我们明白地宣告，为了全世界的得救，所有世界上的人类，都应该臣服于教皇之下。”
菲利普国王也不甘示弱地连续召开两次阶级会议（1303年3月、6月），草拟一份正式控诉书，指责博尼费斯为暴君、男巫、凶手、奸夫、不信之徒及盗用公款、贩卖圣职、偶像崇拜。要求召开宗教大会予以革职，并且指派其首席法律顾问诺加雷的威廉前往罗马，通知教皇国国王召集宗教大会。博尼费斯当时正在阿纳尼（Anagni）的行宫，宣称宗教大会只能由教皇召集，正准备将国王处以破门律，并停止法兰西境内的教权。诺加雷的威廉和西亚拉·科隆纳（Sciarra Colonna）先发制人，乘教皇未签署之前，率领2000名外国雇佣兵，直捣行宫，呈递菲利普国王的谕旨，劝告教皇光荣引退（1303年9月7日）。博尼费斯立即拒绝。一个“相当可信”的传说提到，西亚拉曾经掴打教皇的面颊，若不是威廉从中制止，可能愤而杀害教皇。72岁高龄的教皇纵使身体虚弱，处此危局，仍然不甘屈服。他被软禁在宫中3天，而雇佣兵则乘机洗劫行宫财物。阿纳尼的人民，配合奥尔西尼的400骑兵，才迫使雇佣兵慑服，释放教皇。显然3天中士卒断绝了教皇的饮食，因为教皇伫立市场时，曾乞求道：“若是有任何心地善良的女士，能够慷慨解囊，施舍酒与饼，上帝及我必将祝福她。”奥尔西尼的一行人护送教皇返抵罗马及教皇国。不幸他于此罹致高烧，不数日即告疾逝（1303年10月11日）。
本尼狄克特十一世随即继立，他首先将诺加雷、西亚拉及其他13位被目击闯入阿纳尼行宫者处以破门律。一个月后本尼狄克特死于佩鲁贾，显然是遭受意大利保皇党的毒害。菲利普同意支持波尔多的大主教贝特朗·戈特（Bertrand de Got）登上教皇的宝座，却要以接受某些安抚措施为前提：赦免曾经攻击博尼费斯而被处以破门律的有关人士；五年内，允许国王向法兰西境内的教士，每年征收1/10的所得税；恢复科隆纳家族的职位及财产；定罪已故的博尼费斯。我们无法确知贝特朗接受了何许条件，但是他被选为教皇则是事实，并且改号克莱门特五世。红衣主教们警告他，若继续置身罗马，则生命危在旦夕。经过一番犹豫，待菲利普给予明确的表示后，克莱门特才毅然迁抵罗讷河东岸，来到地处法兰西东南陲外的阿维尼翁（1309年）。于是开始了68年的教皇“被俘于巴比伦的时期”（Babylonian Captivity）。教廷虽然免除了日耳曼人的威胁，却在无意中屈服于法兰西了。
克莱门特不惜违反心中脆弱的意志，甘愿充任贪婪的国王的御用工具，他赦免国王的罪行，恢复科隆纳家庭的职位与财产，撤销1296年2月份的文告，纵容圣堂武士的掠夺行为。甚至在1310年同意在阿维尼翁附近的格罗索（Groseau）召开宗教会议，审判已故的博尼费斯。初次审判由教皇及其所任命的委员共同主持，6位教士出庭作证，指出博尼费斯在就任教皇前一年曾经说道，所有有关上帝的规定，全是人类自行制定的，其用意在于使一般民众因慑于地狱之刑而循规蹈矩；随意相信三位一体、童女生子、上帝成为人、饼可转变为耶稣的身躯或尚有来世的说法，是“愚不可及”的事。“因此我所相信所持定的均与有教养的人一样，而一般庶民则大不相同。我们是谈吐力求与庶民打成一片，但是思维、信仰方面，则要超群。”在以后的第二次审判中，这6位教士中的3位，仍然坚持他们的指控属实。圣杰米诺（San Gemino）的圣吉勒斯（St.Giles）大修道院副院长也述及博尼费斯正像红衣主教盖耶塔尼（Gaetani）一样否认灵魂及身体复活的说辞；其他数位教士也作同样的见证。另一位教士也引述博尼费斯对祝圣的圣饼所说的一句话：“只不过是面饼而已。”先前他的管家也谴责他在性行为违反戒律；其他的人士则非难他曾企图以魔法与“黑暗的权势”交往。
在正式审判前，克莱门特说服菲利普国王，将审判博尼费斯是否有罪的问题，留待即将在维埃纳召开的全体基督徒大会加以决定。1311年大会开幕时，3位红衣主教出庭为已故教皇的忠贞和道德作证。另两位骑士不惜以生命为赌注，接受任何怀疑教皇有罪者的挑战。可是始终无人出面挑战，全体基督教大会宣告此案审查终了。
