有关圣方济各的记载，部分是正史，部分是逸闻，由于这些逸闻多属中世纪文学佳构，故其中某些下文也引用到，并预先以记号示之。《圣方济各之花》（Little Flowers of St.Francis）及《至善的楷模》（Mirror of Perfection）二文中多半为逸闻，引自这些作品时，均会如此加以注释。
乔瓦尼·贝纳多内（Giovanni de Bernadone）1182年诞生于阿西西。他的父亲塞尔·皮埃特罗（Ser Pietro）是一位经常与普罗旺斯进行贸易的富贾。皮埃特罗在那里爱上了一位法兰西女郎皮卡，并迎回阿西西为妻。当他再度由普罗旺斯返回故里时，发现皮卡为他生了一个儿子，为表示他对皮卡的爱意，将小孩的名字起为方济各（Francesco，即Francis）。小孩在意大利最风光明媚的地区长大，对翁布里亚地区的山水也无法忘怀，并自他的父母那里学习了意大利文和法文，自教区神父那里学得了拉丁文。此外，他并未受过正式的教育，即辅佐他父亲的事业。皮埃特罗对他入不敷出、挥霍无度的表现十分失望。他是城中最富有的青年，又最为慷慨大方，一群酒肉朋友终日与他为伍，吃喝玩乐，哼着抒情诗人的歌曲。方济各经常是一身五彩缤纷的游吟诗人装束。他原是一个俊美的少年，有乌黑的双目和头发、一张温和可亲的面孔、悦耳的声音。他早期的传记作家断言他除了与两位妇女有一面之缘外，与异性概无任何关系存在，但这实在是冤屈了方济各。可能在启蒙时期，他已由父亲口中得悉不少有关法兰西南部阿尔比派和瓦尔多派的异端思想，及他们所传有关安贫乐道亦新亦旧的福音。
1202年，他参加阿西西攻打佩鲁贾的军队时，不幸被掳，在沉思默想中度过了囚牢的一年。1204年，毅然加入教皇英诺森三世所号召的自愿军，进抵斯波莱托，当他发烧静卧于床席时，觉得有声音向他说：“你为何背弃神，而服侍神的仆人，背弃王而服侍王的家臣？”“主啊，你要我做什么事呢？”有声音回答说：“回到你的老家，在那里你会得到指示。”于是他脱离戎马生涯，回至阿西西。此后，他对他父亲的事业益感乏味，而宗教热忱相对提高。阿西西附近有一所贫困的教堂，名为圣达米安小教堂。1207年2月，方济各在此教堂祷告时，感觉到基督自圣坛上对他说话，并悦纳他将生命、灵魂献上作为祭物。从那时起，他觉得自己的生命焕然一新，便将身上携带的金钱，悉数捐献给教堂的神父，然后才回家。某天，他遇上一位麻风病人，下意识地，他即掉头而去；然而，良心上的自我谴责，使他感到不忠于基督，所以再度回头，倾囊资助麻风病人，并且亲吻其手掌。方济各告诉我们这种举动正表明他属灵生活的开始。以后他屡次拜访麻风病人的居所，带给他们无数的赈济品。
这次经历以后不久，他有数日在教堂内外度过，而且显然很少进食。当他再回至阿西西时，显得瘦削憔悴，面无血色，衣衫褴褛，神智颓丧不清，广场上正在游玩的儿童惊叫道：“疯子！疯子！”他父亲找着他，视其为蠢材，拖回家去，锁于密室中。他的慈母暗地将他释放后，他随即逃回教堂。愤怒的父亲又将他追回，责骂他使全家成为众人的笑柄，并谴责他赚回的钱少得可怜，简直无法与双亲哺育他所花费的相比，最后命他离开该城。方济各曾变卖私产资助教会，他将变卖所得交其父亲点收。现在他自认为属于基督所有，他的父亲再也无权指使他。他谦卑地接受主教法庭的传讯，出现在圣母玛利亚教堂广场。据乔托的记述，在众人围观之下，主教接纳了方济各并命他放弃所有的财产。方济各退到主教庭一个小室中，不久，即赤裸裸地出现在众人之前，将一捆衣物及剩余的银钱交予主教说：“此刻以前我称皮埃特罗·贝纳多内为我的父亲，但是，现在我要侍奉神。因此，我将身上所留的金钱，身上穿着的衣服，及其他所有得自他的东西，全部退还给他。此后，除了‘我们在天上的父’外，不愿再提其他字句。”贝纳多内拿走他的衣服，主教则以自己的斗篷覆盖战栗不停的方济各。随后，方济各至圣达米安教堂，自制一套隐士的道袍，沿门托钵度日，并以双手修复这座残破不坚的小教堂。有些镇民也前来协助，他们一面工作一面歌唱。
1209年2月，弥撒时当他听到神父念及耶稣训诫使徒的一段话，突然深有所感。经上说：
随走随传，说“天国近了”，医治病人，叫死人复活，叫长大麻风的洁净，把鬼赶出来，你们白白地得来，也要白白地舍去。腰袋里不要带金银铜钱，行路不要带口袋，不要带两件褂子，也不要带鞋和拐杖。
在方济各心中，这简直是耶稣本人对他的耳提面命，所以他决心严格切实地奉行这些话——传扬天堂，弃绝任何财物。他要回到1200年前耶稣在地上的行迹，并模仿这神圣的典范，再造他的生活。
所以，是年春天，不顾一切冷嘲热讽，他毅然站在阿西西与邻近村镇的广场上，公然传播耶稣救世及安贫乐道的福音。不齿世人的寡廉鲜耻、一味追求财富，并震惊于某些教士奢侈浮华的生活，他视金钱为魔鬼，为万恶之源，命其门徒弃之如粪土，呼吁善男信女变卖所有，分给穷人。少数的人，带着惊异钦羡的表情，聆听他说话，绝大多数人都认为他是基督傻子，不予理会。阿西西有位心地善良的主教坦然说道：“你所主张一无所有的生活方式，对我似乎十分困难而不易实行。”方济各回答：“阁下，如果我们拥有财产，就需要以膀臂去保卫它。”他感动了部分人士，12位信徒自愿依从他的教义，践行他的生活方式。他也表示由衷的欢迎，并以上述所引耶稣的训诫，作为对他们的托付及日常生活的清规。他们身着褐色袍子，以树干自己搭建小屋。一反旧日修道僧孤立隔绝的作风，方济各与他们身无分文打着赤足四处传播福音。有时他们数月不回，而随便借宿于马厩、麻风病院或教堂屋檐下。当他们归来时，方济各必定为他们洗濯双足，并奉上食物充饥。
他们彼此问安，并以古东方的问候语“主赐你平安”向路上所遇见的人问候。当时尚未有方济各会之名，他们互称“小兄弟”（Friars Minor，Minorites）。“Friars”意即弟兄们，而非指神父；“Minor”则指其为基督最卑微的仆人，永远臣服在至高的权柄之下。即使对最低阶层的神父，他们仍持守其属下的地位，与任何神父相遇时，必定亲吻其手。首批组成这个教团的人中，鲜少被授予圣职的，方济各本人也不过是辅祭而已。在他们自己的小群体中，彼此服侍，一起工作；闲懒者毫无置足的余地。学术研究也非他们所提倡的，因为方济各体察到世俗的一般知识，不过是教导人们如何收敛财富、追求权力，此外一无是处。他感叹道：“凡为求知欲所牵引的弟兄们，当大灾难的日子来临将发现自己两手空空，一无所有。”他指责历史学家本身并无多大作为，而仅因记载他人的丰功伟业而享功名。早在歌德之前，方济各已倡言无法学以致用的知识不仅无益，而且有害，他说道：“人们只要具备工作所需的知识即可。”所有的弟兄均不准私据书本，甚至《诗篇》也不例外。传道时他们不仅以演讲的方式进行，而且辅以歌曲，方济各说，他们甚至模仿游吟诗人，而成为上帝的乐团。
有时小兄弟会修士遭受冷嘲热讽，并被打得遍体鳞伤，身上的罗衫也几乎被剥得一干二净，方济各嘱咐他们切勿还手。好几次，他们视权势与财富如同浮云的超人态度，使这班恶棍大为惊愕，自动归还劫取的衣物，而要求传教士弟兄会士赦免。以下有关《圣方济各之花》一一个典型的事例，我们不知是正史还是逸闻，但它确实描绘出这位圣者在各种事情上表现的忘我敬虔态度：
某一个寒风刺骨的冬天，方济各正冒着严寒离开佩鲁贾，他说道：“利奥弟兄啊，即使小兄弟会修士在神圣与训诲的事上树立了楷模，可是千万要记得真正的乐趣并不在其中。”方济各向前行走片刻时，又表示：“啊！利奥弟兄，纵然小兄弟会修士能令盲者看见，佝偻者直立，把鬼赶出，令聋者听见，瘸子行走……在坟墓里已四天的死人复活，切记：真正的乐趣仍然不在其中。”再行走一段时间，他又大声喊道：“哦！利奥弟兄，小兄弟会修士若能懂得万人的方言及各种的知识和所有的经文，不仅能够预卜未来，而且洞悉灵魂及良心的奥秘，切记：其中也找不到真正的乐趣。”……又走了一段路后，他又喊道：“哦！利奥弟兄，即使小兄弟会修士极擅传讲，能说动普天下之人皈依上帝，切记：其中仍无真正的乐趣。”如此说了又说，继续了两英里路程，利奥弟兄问道：“教父啊，请你奉神的名告诉我，究竟真正的乐趣何在呢？”方济各答道：“当我们带着被雨水湿透，被严寒冻僵，被泥沼污秽，受尽饥饿折磨的身子来到天使圣玛利亚教堂叩敲大门后，门丁恼怒地前来问道：‘你们是谁？’我们说：‘我们是你的两位穷弟兄。’而他回道：‘你们说谎，你们是两名骗子，诈欺天下，窃取人的赈济品，滚开！’拒绝为我们开门，迫令我们整夜饥寒地在风雪中挨过。此刻，若是我们仍耐心地承受这种残酷的对待，既无怨言，也不忧伤，心中谦卑而宽厚地相信，是神使这位门丁如此奚落我们——哦！利奥弟兄，切记：真正的乐趣乃在其中！假如我们仍继续不断地叩门，门丁出来愤怒地赶走我们，并凌辱、殴打我们的面颊说道：‘滚蛋，你们这些可恶的窃贼！’——若是我们满怀爱意，欢喜耐心地忍受，切记，哦！利奥弟兄：这就是真正的乐趣。假如我们因饥寒交迫，再度叩门，并泪流满面地苦求门丁秉着上帝的恩爱，开门让我们进入教堂之内，而他……带着多节的大木棒，抓住我们的袍子，将我们猛推于地上，在雪中翻滚并以那重重的木棒伤了我们身体里每根骨头；倘若我们仍体恤耶稣基督临死前的痛苦，而为爱它的缘故，耐心并欣悦地忍受一切的苦楚。切记，利奥弟兄，这才是真正的快乐。”
早年无拘无束的放荡生活给他留下无比的内疚，假如《圣方济各之花》中所记为实的话，我们可以知道，他有时也怀疑上帝是否会宽恕他昔日的罪恶。有一个感人的故事说：在此教团草创时期，有次教堂中欠缺每日朗诵的祈祷文时，方济各临时写成一篇忏悔的祈祷文，并要利奥弟兄跟着他反复朗诵这些控告方济各之罪的词句。利奥弟兄本想随着重述一遍，但发现自己说的竟是：“神的怜悯慈爱无限量。”又有一次当方济各患四日热而渐愈时，竟然强以赤裸的身子出现于阿西西市场区的民众前，命令一位小兄弟会修士当众以整盘的灰投撒在他的脸上，并对群众说道：“你们相信我是一位圣洁的人，但是我对上帝和你们坦白承认，在我这次病中，我曾吃肉并喝肉汤。”此举也令庶民折服，由衷钦佩他的圣洁高风。人们流传着一位年轻的小兄弟会修士，曾经目睹基督和圣母与方济各彼此交谈及许多有关于他的奇迹，他们带着病人及被鬼附身的人到他跟前来，请求他予以治疗。他的博爱慈善使他成了传奇人物。每当目睹较他更贫困的穷人出现，他一定毫不犹豫地将自己褴褛的衣裳转赠他们。所以他的门徒们觉得要使他一直有衣在身是很难的。《至善的楷模》可能也只是一本传奇，有如下的故事流传着：
曾有一次，当他自锡耶纳回来时，途遇一位贫民，他即刻对一个同行的弟兄说道：“我们应该将这外套还给它的所有人。因为我们这外套只是暂时借来的，当我们瞥见较我们更加寒酸的穷人时……我们若不将它转给此刻更迫切需要它的人，则我们将被算为窃贼。”
他的仁心惠及各处。《至善的楷模》可能已显露他日后写《太阳赞美歌》（Canticle of the Sun）的端倪：
早晨旭阳上升时，每个人应该称颂为我们缔造太阳的上帝……当黑暗降临时，每个人又得赞扬赐予我们光明的上帝；否则我们如同盲人一般不见天日；上帝以太阳及火照明了我们的眼睛。
他爱惜火种，绝不轻易吹熄星星之火的蜡烛，因火本身可能不愿被熄灭。对任何生物他都有怜悯之心，他希望向皇帝（当时的皇帝腓特烈二世，为猎鸟专家）恳祈，“为上帝及我的仁心，请皇帝制定一种特殊法令，禁止残杀、捕捉或者伤害人们的益友百灵鸟；同样地，所有城镇的镇长或郡主或城堡、村庄的领主都得明令属区下所有百姓，每年圣诞节时都应撒播五谷于郊外，让人们的益友百灵鸟及其他鸟类食用”。他曾经说服一位青年，将提往市场售卖的一些斑鸠转让与他，并为它们砌筑巢穴，“让你们可以绵衍不绝地繁殖下去”。后来，果然不出所料，斑鸠活泼地与僧侣们为伍，有时还分享僧侣们桌上的食物。一时有许多的传闻以此为主题虚夸地叙述这类事情，其中之一描述方济各如何向停于加诺拉和贝瓦格纳路口的小鸟说教，“那些栖于树上的鸟群也飞下来聆听他的话，寂然无声，直至方济各结束他的讲词”——
我可爱的小鸟们，你们应该感谢上帝，你们的创造主，无论置身何地，都要赞美，因他倍增你们美好的霓裳，又赐予你们自由飞翔的能力；你们不须播种，不必收成，上帝自然喂养你们，并创造河流及源泉供你们饮用，山野让你们休憩，高树使你们构筑归巢，你们不须纺线编织，上帝自然赋予你们及你们子孙以羽毛……所以我的小鸟们应该牢记，不要忘恩负义，而应该赞颂他。
通过詹姆斯与玛塞奥两位小兄弟会修士的证实，我们得知小鸟均十分恭敬地听从方济各，并且一直到他祝福它们后，才姗姗展翼离去。
新教团的成立需要教皇的核准，1210年，方济各率同12位弟兄前往罗马，条陈他们的清规，请求教皇英诺森三世批准。教皇仁慈地垂询他们，希望等待他日证明清规能够切实实行时，方才正式予以承认。他说：“我亲爱的孩子们，你们的生活未免过于严肃。我可以看出你们一股伟大的热忱……但是我不得不从长计议，你们的生活方式可能远非常人所可承受。”方济各一再坚持，教皇终于让步——这是力量向信仰让步。他们正式取得僧职纳入教会神职系统中，并由阿西西附近苏巴希奥（Subasio）山的圣本笃会手中，接收天使圣玛利亚教堂。这一座不及十英尺长的建筑物即是日后所谓“波尔蒂恩古拉”（Portiuncula），即“小屋”（Little Portion）之意。环绕小屋，他们自行搭建许多茅屋，构成了圣方济各第一修会的初期修道院。
出乎意料，新会员如同雨后春笋般地申请加入，更令圣方济各兴奋的莫过于年方18岁的富家女子克拉拉（Clara dei Sciffi）竟要求他的批准，另外成立一个专为妇女而设的圣方济各第二修会（1212年）。她离家出走后，即宣誓践行安贫、贞洁及服从三大戒律，成为圣达米安教堂附近圣方济各修女院的院长。1221年，圣方济各第三修会在平信徒间又告成立，他们并不完全受方济各清规的约束，但生活在“尘世”中，仍尽力地遵守，并不时以劳力和赈济事业帮助第一和第二修会。
伴随方济各修会的日益壮大，1211年时已将其福音传入翁布里亚，随后又逐渐传入意大利中部的其他省份。他们并未另立新说，只是传扬少许的神学理论，更不苛求听众实践他们本人身体力行的安贫、贞洁及服从的戒律。他们说道：“敬畏上帝，颂扬及感谢他……忏悔……因为你们业已了解，我们死期已指日可待……远避恶事，持守善道。”这类的言词在意大利并不新鲜，可是却不似他们那般诚恳，人们闻道而来聆听，尤其翁布里亚某一村庄得悉圣方济各前来传道，集体带着花、旗帜，唱着歌，夹道欢迎。得悉锡耶纳城市发生内乱，他前往传道，使双方前来，从中斡旋，得以暂时平息一场纷争。就在他周游意大利、传播福音的旅程中，不幸罹致疟疾而告早逝。
生前，鉴于意大利境内传道的成功，加之对伊斯兰教教义的隔阂，他毅然决然想前往叙利亚，说服这些穆斯林及其国王皈依基督教。1212年，他乘坐的船驶离意大利港口，但遭到暴风的吹袭，飘至达尔马提亚海岸，被迫折回意大利。传说圣方济各使巴比伦的邦主皈依基督教。另一个可能也是虚构的故事中述道，同年，他远涉西班牙，欲劝摩尔人改奉基督教，不幸当他抵达目的地时，感染重症，其门徒只得将他护送回到阿西西。另外尚有一待考的流传，描写他的埃及之行；他丝毫未损地通过达米埃塔地区正与十字军交锋的伊斯兰教军队，直接向其君王提议，倘若他能无害地通过火堆，则伊斯兰教军队全体皈依天主教，提议被婉拒，可是圣方济各被安全护送回到基督教军营区。惊闻十字军攻掠达尔马提亚后，竟然惨无人道地屠杀城内的穆斯林，圣方济各悲伤、厌恶地返回意大利。据说，他除感染全身发冷的疟疾之外，在埃及还罹患眼疾，使他在余生中几乎成为一个盲人。
圣方济各周游各地时，其门徒的人数遽增，但不都能守其清规。昧于他的威名，部分新人未于事前慎加考虑即仓皇加入，事后有些人方才后悔，而多数则抱怨清规过分苛刻。鉴于众口铄金的形势，圣方济各被迫让步。毫无疑问地，他所组成的团体，迅速地扩及翁布里亚全境，分散成数个修院。庞大的机构，自然需要讲究行政技巧，而非只专注于神秘事理所能应付的，这实非始料所及。据说，某次有一个僧侣议论他人的短处，圣方济各毫不留情地处罚他吞食一团驴粪，以禁止他再口出秽言。这个僧侣毫无异议地遵从，但是其他僧侣为这一处罚比为该僧侣的过错，更为惊讶。1220年，圣方济各自请解职，要求其门徒另选贤能主持，随后，视自己为一名普通僧侣，然而翌年，不满于原定清规（1210年）的日益松弛，他另外起草一条新规章，即著名的《圣约》（Testament）——以恢复绝将遵守安贫誓言为宗旨，禁止僧侣们从波尔蒂恩古拉的茅屋，搬至市民为他们所筑较有益的健康地区。他将这一团体的清规呈递给洪诺留三世，后者转交给高级主教委员会审查，他们对方济各致以无比的敬意，同时对清规做大幅度的放宽。英诺森三世以前所作的预测，得到证实。
圣方济各勉强而谦卑地顺服下来，其后他过着几乎与世隔绝、终日沉思冥想、禁欲祈祷的生活。由于他坚贞的信仰和强烈的想象力，他眼前常出现耶稣基督或圣母玛利亚，或十二使徒的幻影。1224年，他率领三位门徒离开阿西西，翻山越岭前往基乌希附近维尔纳山上的隐居所。蛰居在人迹罕至、简陋无比的茅屋中，其间有深谷与世隔绝，除了利奥弟兄外，其余人概不接见。而利奥弟兄，一日也仅能入访两次，而且不得他的答应，仍不得入内。1224年9月14日“光荣十字圣架庆日”（The Feast of the Exaltation of the Holy Cross），圣方济各经过长久的斋戒和彻夜守望的祈祷，突然觉得自己看见了天使长由天而降，身边带着钉在十字架上的耶稣基督塑像。待异象消失时，他感觉无以名状的隐痛，发现手掌内外、足掌上下及身躯上均起了肉瘤，其所在部位及颜色，均类似耶稣被钉十字架时四肢的钉痕及肋旁的枪伤。这种肿瘤，可能是在缺乏现代医学治疗的情况下，恶性疟疾所促成紫色皮下出血的现象。
圣方济各返回隐居所后，即刻赶抵阿西西。出现圣痕后一年，视力逐渐衰退。正当他拜访圣克拉拉所主持的修女院时，终告失明。圣克拉拉予以治疗，以恢复他的视力，并挽留他在圣达米安的修女院住一个月。1224年的一天，可能因复明而欢乐，他在那里，以意大利诗式散文写成《太阳赞美歌》的诗篇：
无上，万能，至善的主。
颂赞，荣耀，尊贵及一切祝福，皆归于你；
至高的主，一切皆归于你，
无人够格称你名。
赞美你，我主，赞美你的一切造物，
尤其是弟兄太阳，
赐给我们白日和光明。
他诚挚热烈，光辉四射；
至高无上的主，他可与你相并提。
赞美你，我主，赞美姐妹月和星；
你在天堂造了她们，澄明，稀有而又美丽。
赞美你，我主，赞美弟兄风和气，
赞美云，赞美雨，以及一切气候，
你由他们赐给万物以粮食。
赞美你，我主，赞美姐妹水，
她极为有益，谦卑，稀贵而又纯洁。
赞美你，我主，赞美弟兄火，
你以他照亮黑夜，
而他热诚，欢悦，坚定而又强健。
赞美你，我主，赞美我们的姐妹地母，
她抚养我们，并使我们茁壮成长，
她生产种种水果，各色花卉，以及香草和药物。
赞美你，我主，赞美那些为了你的爱而宽恕他人和忍受病苦的人。
祝福那些默然忍受的人，
因为你，至高的主，将赐他们以荣耀。
1225年，累提（Rieti）的医生鉴于涂“男童的尿”无助于圣方济各的视力改善，改以炽热的铁棒擦额而过。据说，圣方济各求助于“弟兄火：你远较万物漂亮；此刻敬请善待我；你可知道我一直是如何地热爱着你”。日后，他表示当时丝毫不感到痛楚。他的视力因而得以恢复少许，于是他继续踏上传教的旅途。跋山涉水的辛劳，拖倒了他，疟疾和浮肿令他寸步难行，终于被送回阿西西。
人们不顾圣方济各反抗，将他移置在主教寓所的床铺上。在他的恳求下，医生以实情相告，说他的时间不多了。出乎众人意外地，他竟然唱起歌来。又在《太阳赞美歌》的诗篇上加上一节：
赞美主，赞美我们的肉体姐妹死神，无人能逃过她的掌握。
哎呀！那带着重罪而死的人何等悲哀；
祝福那些寻得你圣旨的人，
第二次的死将不能加害他们。
据说，在此残年中，他对禁欲表示后悔，认为这“残害他的身躯”。他乘主教公出时，说服僧侣们，将他转送至波尔蒂恩古拉，随后口授遗言，令人笔录下来，谦逊而带命令的口吻，嘱咐他的门徒，要安于“贫苦、荒凉的教会”，不要接受违反安贫誓言的屋宇；教团中任何持异端或不忠的僧侣，均应提交主教；不得任意改变清规。
1226年10月3日，他唱诗时气绝而死，享年45岁。两年后，教会追封他为圣人。在那充满活力的时代，尚有另外两位影响时代的领袖人物：英诺森三世和腓特烈二世，前者使教会臻于巅峰状态，但教会百年内即告败落；后者重振帝国声威于极致，而帝国十年内也告式微。圣方济各虽过分强调安贫及无知的美德，但不可否认，他将基督的灵带回教会中，而恢复了基督教的生机。今日只有学者才知道教皇英诺森三世及腓特烈二世皇帝，但是圣人的事迹深刻留在千百万人心中。
圣方济各溘然长逝时，这一教团的会员约5000人，遍布于匈牙利、日耳曼、英格兰、法兰西及西班牙各地。它为教会保全了意大利北部的广大地区，使其从异端的势力中回归天主教安贫与无知的福音，仅为少数人所接受。大体而言，欧洲仍然被笼罩在追求财富与私欲，蔑视科学、哲学及理性的氛围之下。同时，圣方济各在极不情愿的情形下所同意修正的清规，于1230年终于再度放宽尺度，因为人们无法长期忍受那种缩短了圣方济各生命的禁欲生活。清规放宽后，约1280年，小兄弟会修士已达20万人，分住于8000座修道院。他们变成了伟大的传道家，而入世教士也模仿他们，到处传道，在此之前，传道是主教们的专利。他们中间，产生了许多圣人，如锡耶纳的圣贝尔纳、帕多瓦的圣安东尼，并有科学家罗杰·培根，哲学家邓斯·司各特，杰出教师有哈勒斯的亚历山大。有些荣任宗教裁判法庭的官员，少数高升至主教、大主教、教皇的职位；更有许多冒着生命危险，离乡背井，远赴异域散播福音。虔诚的教徒踊跃乐捐，部分领袖人物类似埃利亚弟兄，逐渐沉溺于奢侈的生活，不顾圣方济各禁建华丽教堂的规定，在阿西西的山岭上兴建富丽堂皇的教堂以纪念圣方济各。在意大利的艺术中，契马布埃（Cimabue）和乔托的绘画，是首批表现有关圣方济各深广影响及其生平轶趣的艺术作品。
许多小兄弟会修士仍然一本圣方济各初衷，坚决反对放宽清规。这些“属灵派”（Spirituals）或“狂热派”（Zealots）隐居于亚平宁山的隐居所或修女院中，而其他大部分方济各僧侣则生活在宽畅的修道院中。属灵派力言耶稣基督及他的使徒们全无财产可言；圣波拿文都拉同意他们的说词，教皇尼古拉三世于1279年正式批准。但是1323年教皇约翰二十二世却持异见。因此，坚持此说的属灵派者，此后即被视为异端而遭压制。圣方济各逝世百年后，他最忠诚的信徒，居然被宗教裁判所焚毙于火刑柱上。
