中古时期的异端裁判达成了它所预期的目标。铲除了法兰西的清洁教派，瓦尔多教派硕果仅存的死硬派也散处四方，正统派恢复在意大利南部的势力，西方基督教的分裂因而延缓了3世纪之久。法兰西虽然将欧洲文化领导者的头衔拱手让与意大利；但是法兰西王室并吞朗格多克后，势力为之一振，终于制服了博尼费斯八世主政下的教皇权，并且限制了克莱门特五世时代的教皇权。
1300年以前，西班牙的宗教裁判所仍然发挥不了作用。1232年，阿拉贡王詹姆士一世的告解神父，佩纳福特的雷蒙（属多米尼克教派）说服詹姆士一世，正式承认宗教裁判所的地位。为了抑制人们过分热衷异端裁判，1233年颁布法律，明文规定国家是异端信徒财产没收时的主要受益者。然而，其后几个世纪中，这项措施对君主们成为极诱人的刺激，因为君主们发现裁判异端与他们的私囊是密不可分的。
意大利北部异端教徒仍然滋生不息。正统教派仍居多数，他们并不热衷异端的清除工作。维琴察的埃泽利诺、米兰及克雷莫纳的帕拉维奇诺，依恃他们超然独立的地位，秘密或公然地采取保护异端的举动。僧人鲁吉埃里（Ruggieri）在佛罗伦萨组织一个正统派贵族的武装教士团体，支持异端裁判。巴塔里亚信徒与其血战到底，终被击败（1245年）。其后，佛罗伦萨的异端销声匿迹。1252年，维罗纳的宗教裁判官皮耶罗（Fra Piero）被异端教徒刺杀于米兰，他被册封为“殉道者”彼得（Peter Martyr）。教皇曾经组成十字军攻击埃泽利诺和帕拉维奇诺两位贵族，二者终于在1259年和1268年，相继被制服。表面上教会赢得了整个意大利。
异端裁判从未在英格兰生根。亨利二世与贝克特相处不睦时，因急欲证实自己属正统教派，不惜在牛津鞭笞并以烙印对付29位异端教徒（1166年）。威克里夫以前的英格兰，异端并不盛行。日耳曼境内异端裁判曾盛极一时，随后趋于没落。1212年，斯特拉斯堡的主教亨利一日内曾将80位异端教徒焚毙于火桩上。其中大都属于瓦尔多教派，他们的领导者约翰神父宣布他们不相信赎罪券、炼狱及僧侣守身之说，而坚称教士不应拥有财产。1227年，教皇格列高利九世指派马尔堡（Marburg）的康拉德为日耳曼境内宗教裁判所的首席裁判官，不但授权其铲除异端，并委以改革教士的重任，因为教皇认为教士的腐败生活，是信仰式微的根本因素。康拉德不惜以极其残酷的手段，厉行教皇交给他的两个任务。他对于所有被控诉的异端教徒只给予一个简单的选择：俯首认罪而接受惩罚，或者矢口否认而遭焚毙在火柱上。当他以同样的精力，积极改革教会，不论正统或异端信徒都群起反对。最后，他被罹难者朋友所暗算（1233年），而宗教裁判庭由日耳曼主教们接掌，改采较为合情合理的程序审判罪犯。但是波希米亚和日耳曼境内仍然残存着许多异端或神秘的宗派，为胡斯（Huss）及马丁·路德的来临铺下一条坦途。
我们对异端裁判下评语时，必须先了解一个对野蛮的行为已司空见惯的时代背景。今日阵亡于沙场的人数及未经正当法律程序而丧生的无辜生命，远较恺撒大帝至拿破仑期间捐躯战场及被迫害而死的人为多，生于这样一个时代的我们或许因而得以更确切地了解当时的情形。坚强的信仰很自然地具有排他性；唯有信仰的绝对性不复存在时，容忍才可能出现，所以信仰的绝对性乃是致命伤。柏拉图于其《法律篇》中不允许容忍的存在。16世纪的宗教改革家们也采取绝对的排外性。然而某些非难异端裁判的人，竟袒护现代国家实行类似的措施。包括酷刑在内的宗教裁判官所采行的方法，目前许多政府将其纳入法典中仍然加以沿用；或许今日对于嫌疑犯的暗施酷刑，模仿自异端裁判者更胜于罗马法典。较之1227年至1492年欧洲对异端的迫害，则公元初3个世纪中罗马人对待基督徒的迫害，可谓温和而人道了。作为一位历史学者及基督徒不妨稍留余地，视异端裁判犹如现时许多迫害事件及战祸一样，皆是人类历史上最黑暗的污痕，凶猛及丑恶的程度，非其他猛兽所可比拟。
