1227年起，格列高利及以后的教皇，所派遣的宗教裁判官逐渐增多。他非常宠信这批新托钵僧团（mendicant orders），一方面是他们朴素的生活和宗教的热诚，正足以弥补教会奢华的丑行，另一方面教皇深深体会到主教的不可信赖。但宗教裁判官若要严厉惩罚异端教徒，仍然要先征求地方主教的同意。因此，雇用许多多米尼克教派的僧侣，从事此项工作，他们因此都被冠予“上帝的猎狗”（The hunting dogs of the Lord）的绰号。他们大都是严守清规、铁面无私的人。自认为并非公正不偏的法曹，而仅是肃清耶稣之敌的斗士。其中像贝纳德·圭一类的人称得上谨慎与耿直；而似多米尼克僧侣罗伯特等一类有虐待狂者也非绝无仅有。罗伯特原为巴塔里亚教派异端信徒，后来皈依正宗。他曾于1239年的某天，送180位犯人上火刑柱，其中包括一名主教，罪名是给予异端信徒过分的自由。格列高利剥夺罗伯特的职权，并判以无期徒刑。
宗教裁判官的管辖范围仅局限于基督徒，犹太人和穆斯林若不再改奉其他宗教，并不加干涉。多米尼克教派的僧侣特别致力于改变犹太人的信仰，然而，他们所采行的方法，仅止于和平的方式，绝不诉诸暴力。1256年，数名犹太教徒被控在礼拜仪式中谋杀，多米尼克教士和圣方济各教士们，冒着自身生命的危险，从暴民中将他们解救出来。宗教裁判所的宗旨和权限，由尼古拉三世的谕旨中充分显现无遗（1280年）：
我们借此诅咒并处所有异端信徒以破门律，包括清洁派、巴塔里亚教派信徒、里昂的贫者（瓦尔多派的别名）……及其一切有名目的异端。被教会定罪后，则将他们交予世俗审判官惩罚……任何被捕者，若及时忏悔，并愿苦行赎罪，则将他们终生监禁……所有庇护、助长异端信徒的人，应处以破门律。倘若被处破门律逾时一年又一天，更应加以放逐……涉有异端嫌疑者，若无法举证表明他们的清白，也要处以破门律，一年内无法恢复身份者，推定他们是异端信徒。他们不得上诉……为他们行基督教葬礼者，同受破门律的处分，待他赎罪后方得终止处分，非待他亲手掘开他们的棺木，任其曝尸野外，无法获得宽恕……禁止平信徒讨论天主教的信仰，违者处破门律。任何知悉异端信徒者，或晓得他们的秘密集会者，或认识违反正统信仰者，应该设法通风报信，让所告解的神父或其他人得悉，以传达于主教或宗教裁判官，否则将被处破门律。异端信徒或所有隐藏、支持或援助异端信徒者及其第二代子嗣，不得充任圣职……其后我们永久剥夺他们的圣俸。
异端裁判的程序始于押解所有异端信徒，有时所有嫌疑者也一起出庭，或者巡回裁判官召集全区的成人，预先调查案情。在起初为期约30天的“恩典时期”（time of grace）中，异端信徒若能俯首认罪，并且诚意忏悔，改邪归正，则只予短暂的监禁或从事慈善工作后，随即释放。若此时不认罪，便转交宗教裁判法庭。一般而言，地方官吏从主教或宗教裁判官所呈的候选名单中，挑选12人组织宗教裁判法庭，其他尚有两名公证人及数位“仆从”。被告若能把握这个机会招供，则其处罚将依情予以减轻；若仍矢口否认，则予以监禁。被告不出庭或死亡，裁判仍旧进行。控诉需要两位见证人。认罪的异端信徒可以出庭指证其他被告；妻子及儿女只准作不利于丈夫及父亲的反证。所有被告必须过目当地所有的原告名单，但严禁指明某一个被告的原告是何人，借以防范个别的对抗，导致被告的朋友残杀原告。李（Lea）说道：“事实上许多证人即因少许嫌疑而横遭杀害。”通常均要求被告列出他的仇人，以便防止仇人故作伪证。诬告要接受严厉的惩罚。1300年以前，被告不准有法律上的应援。1254年，教皇谕令宗教裁判官，证物不仅要提交主教，并应送交当地士绅，共同票决。有时聘请专家审查证据。宗教裁判官的判决必须凭借明确的证据或自白书，否则宁纵毋枉。
罗马法律纵容严刑迫供；主教法庭却未援引，至少宗教裁判法庭创设的前20年未曾采用。教皇英诺森四世授权（1252年）法庭的法官，可以用酷刑迫使证据确凿的罪犯俯首认罪，后来的教皇们则持异议而作罢。教皇认为酷刑是一种万不得已的手段，仅可用一次，并以“不损害手足及生命为原则”。宗教裁判官引申“应用一次为限”为每次审问施刑一次；有时暂停体罚，重行审问；如此，又得再度体罚的机会。有时以严刑强迫证人出庭作证，或威迫异端信徒指认其他的异端信徒。酷刑包括鞭打、烙印、拷问台（将犯人仰天绑缚，而拉脱四肢关节的刑具），或者独自将犯人囚禁在不见天日而窄狭的地窖里。可能令被告的双足置于灼热的木炭上烤烙；可能把犯人捆绑在三角架上，以绞盘拉拽其手足。有时利用饮食来折磨犯人的身体，削弱其意志，令他感到若不屈服，只有走向死亡一途。严刑迫供的证词不受宗教裁判法庭的重视，3小时后，仍要犯人证实其在严刑下所作的供词，若他抗拒，则再施酷刑。1286年，卡尔卡松地区的官吏致书法王菲利普四世及教皇尼古拉四世，抗议宗教裁判官让·加兰德（Jean Galand）所使用的酷刑。部分接受拷问台刑罚的犯人，手足竟告残废；有些经不起严刑迫供，而告死亡。菲利普痛斥此项暴行，教皇克莱门特五世（1312年）也呼吁减缓酷刑，可惜未被重视。
错过两次改过自新机会而被证明有罪的犯人，及虽然改邪归正、而后来仍然崇拜异端的人，就是不被处死，也难逃无期徒刑的厄运。终身囚禁的罪刑或可因享受有限度的行动、拜访及娱乐的自由而减轻苦楚，或可因禁食或锁链而增加苦楚。顽抗的犯人，其财产可能被没收，其中一部分落入地方官吏的私囊，其余则变成教会的财产，意大利境内1/3归告发者，法兰西则全部属于国王所有。财迷心窍的人和国家滥行诬告，甚至对已逝世的也不放过，照例予以审判；已立遗嘱的死者可能因异端而被控，使无辜的继承者丧失本来可以继承的财产。上述的实例，虽然教皇振臂疾呼，仍然无法阻止它的泛滥。罗德兹（Rodez）地区的主教，自诩在其管区的某一件异端案件中，即获得10万银币。
宗教裁判官定期在一个可怖的典礼中公布罪犯和刑罚。悔罪苦修者站在教堂中间的台阶上，聆听他们的悔过书后，加以认证，并且发表弃绝异端声明。主持仪式的宗教裁判官立即赦免他们免遭破门律之惩，并且酌情给予各种不同的判决。被“放给”或者交付地方官吏的犯人，则可留待他日改变信仰；凡悔改者，即便是在火刑柱下才悔改，也被判处终身监禁；执迷不悟者则当众烧死。西班牙将审讯和行刑的整个过程，称为“信仰的行为”（auto-da-fé），因为它可以坚固人们对正统教派的信守，并重申教会的信仰。教会从不宣判死刑，因为它有句格言——“教会远离血腥”（The church shrinks from blood）；教士不得杀人。因此，在将已被定罪的犯人，委交地方官吏予以“适当的处分”时，也警告地方官吏避免“所有流血及危及生命的可能”。教皇格列高利九世以后，教会和国家一致赞同上述警告不应只是表面文章，但被定罪的犯人，可以用不流血的方式被处死刑——在火刑柱上烧死。
正式为宗教裁判所判决死刑的人数比一般历史学者想象的少。热心的宗教裁判官贝纳德·考克斯（Bernard Cux），死后留下他所承办的成堆案件的记录，但是从未有将犯人交由地方官吏加以处罚的。历任十七年宗教裁判官的贝纳德·圭，判处了930位异端信徒，其中只处死45位。1310年图卢兹的审判中，判决20人赴圣地朝圣，65人终身囚禁，只有18名死刑。1312年的一次审判中，51名需要步上朝圣的旅途，86名接受时间长短不一的监禁，仅有5名犯人委由世俗的官吏处罚。所以说异端裁判最悲惨的一页，是在暗无天日的地窖中，而不是在火光灼灼的火桩上。
