教会和国家之间关于册封权问题的争端，并没有随格列高利七世的去世和帝国的明显胜利而平息，历经数任教皇，继续了30年之久。在《沃姆斯和约》（The Concordat of Worms）中，教皇卡利克斯特二世和皇帝亨利五世达成协议。亨利向教会屈服承认“以戒指及杖册封”，并且同意所有主教和僧院院长的选举皆“遵照宗教法而行”，即由有权势的教士或僧侣们来做——“且不受所有干涉”，也不贩卖圣职。卡利克斯特承认在日耳曼境内，选举握有王室土地的主教和僧院院长时，必须在国王面前举行。在有纠纷的选举中，国王须在咨询该行省主教们之后方能在争执者之中做决定。主教或僧院院长从国王那里获得土地，必须对其承担附庸向领主所当尽的所有义务税捐。英格兰与法兰西也签订了相似的协定。双方均宣称获得胜利。教会在迈向自治的努力上有重大的进展，但是封建关系使国王对欧洲的主教选举仍有主要的决定权。
1130年，在教皇选举问题上，红衣主教团分裂成两个集团：一部分选英诺森二世，另一部分选阿纳克勒图斯二世（Anacletus II）。阿纳克勒图斯虽出身皮埃莱昂尼（Pierleoni）的贵族家庭，但有一位犹太籍而皈依基督教的祖父。他的对手称他为“犹太大祭司”（Judaeo-pontifex）。而圣贝尔纳，虽在其他场合对犹太人友善，却写信给皇帝罗塞二世：“真是使基督蒙羞，叫一个犹太人的后裔来占据圣彼得的宝座。”——他忘了圣彼得的原籍。大部分的神父支持英诺森，有谣言称阿纳克勒图斯乱伦、劫掠基督教教堂，使其犹太朋友致富，这类谤言一时成为欧洲百姓茶余饭后的消遣。但罗马的人民支持他，直到他逝世（1138年）。可能是阿纳克勒图斯的故事引起14世纪“犹太教皇”的传奇。
哈德良四世是另一个“向所有有才干者开放”的例子。他出生在英格兰一个卑微的家庭，曾到修道院乞食，尼古拉·布雷克斯皮尔亲自以僧院院长、红衣主教及教皇所该具备的全部才能来抚育他。他把爱尔兰赐给英格兰的亨利二世，强迫“红胡子”腓特烈吻其足，而且几乎诱使这位伟大的皇帝承认教皇有权废黜皇位。哈德良去世，大多数红衣主教选亚历山大三世，一小部分选维克托四世。“红胡子”腓特烈想要恢复一度曾被日耳曼皇帝所拥有、超越教皇权之上的权力，邀请两人到他面前来呈请确认其权力，亚历山大拒绝，维克托同意。在帕维亚宗教会议，腓特烈承认维克托为教皇。亚历山大对腓特烈处以破门律，使臣民不服从皇帝，并且协助在伦巴底暴动。在莱尼亚诺一地，伦巴底联盟的胜利挫了腓特烈的锐气。他和亚历山大在威尼斯言和，而且再度吻教皇的脚。同一位教皇强迫英格兰的亨利二世赤足前往贝克特大主教的墓地，并在该处接受坎特伯雷的宗教法规的制裁。这是亚历山大的长期奋斗和完全胜利，而为另一位极伟大的教皇打开了一条坦途。
英诺森三世于1161年生于罗马附近的阿纳尼。身为塞尼（Segni）伯爵的子嗣，他具备贵族出身与受良好教养的种种优越条件。他曾在巴黎研习哲学和神学，在博洛尼亚研习宗教法和世俗法律。返回罗马后，因其精通外交与学理，加之家族的权势，他在教会的职阶上晋升得很快：30岁即为红衣辅祭；37岁时，虽不曾为神父，却被一致通过选为教皇（1198年）。前一日被任命，次日他即任圣职。他很幸运，因为控制南意大利和西西里的皇帝亨利六世已在1197年去世，而传帝位给三岁童稚的腓特烈二世。英诺森牢牢地抓住这个机会：罢黜在罗马的日耳曼行政长官，从斯波莱托和佩鲁贾逐出日耳曼的封侯，接受托斯卡纳的归顺，重建在教皇国中的教皇统治地位，亨利的遗孀承认其为西西里的大封主，并同意他作为她儿子的监护人。10个月之内，英诺森成为意大利的主人。
英诺森可能是当时最聪明睿智的人。在其早先30年中，曾写了四部神学的作品，既富有学术性且思想深刻，但在他的政治声望之下他的文才显得黯然失色。他所发表的教皇文告思路清晰合理，措辞贴切尖刻，使他成为一个才华横溢的“阿奎那”或思想正确的“阿伯拉尔”。虽然他身材矮小，但从其敏锐的眼神和严厉的黧黑面目，表现出威仪的神态。他有幽默感，善于歌唱、作诗；他也有和善温柔的一面，仁慈、有耐心、容忍他人。但是在学理上和道德上他绝不容许教会的伦理或教义有所偏差。基督徒信仰和盼望的世界，就是被他指定为要保护的帝国。像任何其他的国王，当用言语不足以保其疆土时，他也会诉诸刀剑。虽生于富贵之中，他过着一种恬淡朴实的生活。在一个贪污腐化的时代里，他仍保持方正清廉，当他就任圣职之后，禁止教廷的官员们对劳务收取费用。他愿意以世界的财富充实彼得的座堂，但是他以合理诚实的手段来处理教皇的基金，他是一个伟大的外交家，有分寸地参与那宗或与道德无涉的著名交易。他成为罗马的皇帝，斯多葛式的而非基督式的，而且从不怀疑其统治世界的权利。
由于在罗马人鲜明的记忆中有如此多强而有力的教皇，自然地，英诺森将其政策建立于教皇职位神圣不可侵犯及其任务崇高的信念上。他小心维护教皇典仪的庄严壮丽，从不在公众面前降低其至高的尊严。他真挚地相信自己是权力的继承人，这个权力在当时一般人承认是“上帝之子”赐给使徒和教会的。他几乎不承认有任何权威能与其抗衡。他说：“主所留给彼得来统治的，非仅整个教会，而是整个世界。”他并不要求在属地或纯粹尘俗的事务上有至高的权力（教皇国例外，但坚持若有精神权力与世俗权力抵触的，精神权力应优于世俗权力。他有格列高利七世的理想——所有的政府应组成一个世界国家，其中教皇为首，在所有涉及公义、道德与信仰的事情上，拥有至高无上的权力。有一段时期，他几乎实现了梦想。
1204年，由于十字军征服了君士坦丁堡，达成了英诺森计划中的一部分：希腊正教归顺于罗马公教。于是，英诺森愉快地说道：“基督无缝的外衣。”他使塞尔维亚，甚至远方的亚美尼亚，归于“罗马主教座堂”的统辖之下。渐渐地，他获得控制教会神职人员的任命权，并使强大的主教团体成为教皇的工具和仆役。经过一连串的重大冲突，他使欧洲的统治者史无前例地承认他的统治权。他的政策在意大利少有成效：多次尝试中止意大利的城邦战争，但失败了。在罗马，他的政敌使其陷入不安，他只好暂离都城。挪威的斯韦莱王（King Sverre）不顾破门律和停止教权的惩治，成功地抗拒了他。法兰西的菲利普二世不理其所下的与英格兰议和的命令，但屈服于教皇的坚持而迎回其弃妇。莱昂的阿方索九世被说服放弃贝伦加里亚，因为她在禁止通婚的近亲家族内。葡萄牙、阿拉贡、匈牙利和保加利亚都承认自己为教皇的封建领地，年年向其进贡。当英王约翰拒绝英诺森任命兰顿为坎特伯雷大主教时，教皇以停止教权的禁令与精明的外交迫使英格兰成为教皇采邑的一部分。英诺森在日耳曼扩张其权势的方法，是先支持奥托四世抗拒士瓦本的菲利普，再支持菲利普反抗奥托，其后支持奥托和腓特烈二世作对，然后支持腓特烈抵抗奥托，每一次均为教皇国强取租地作为支援的代价，也为教皇国解除了四面受困的威胁。他提醒诸位皇帝，是一位教皇把王权从希腊人手中“转移”到法兰克人手中，查理曼由于教皇的涂膏与加冕而成为皇帝，教皇有权赐予，也有权收回。一个到罗马的拜占庭游客描述英诺森“并非彼得的继任人，倒似君士坦丁的继位者”。
他打消所有世俗领主想未经教皇同意而向教士征税的念头，并以教皇的基金来供应贫困的神父，努力改善教士的教育。他清楚说明“教会”是基督教教士全体，而非指基督徒全体，借以提高教士的社会地位。为惩罚主教和僧侣们从教区收取什一税捐，他牺牲了教区的神父；为改革修道僧放纵的生活行为，他曾下令定期监督和视察僧院和女修道院；他又立法令教士和俗人，主教与神父，教皇与主教等之间的复杂关系恢复原有秩序。他使教皇的教廷发展成为有效率的议事、行政和司法庭，后来成为当时最有能力的统治团体，其所用方法与术语，有助于外交艺术与技术的形成。英诺森本人对所作的决定，都能从理论上和先例中找到法律上的支持。在他所主持的而由红衣主教所组成的高等教会法庭中，常有许多律师及博学宿儒前往参与“宗教会议”（Consistory），并从他对于世俗法和宗教法规的讨论与决策中获益。有些人称他为“法律之父”（Pateriuris），其他的人善意幽默地称他“所罗门三世”。
身为立法者与教皇，他最后的胜利是1215年主持的第四届拉特兰会议，该会议在罗马的圣若望的拉特兰大教堂举行。1500名僧院院长、主教、大主教与其他高级教士，来自联盟的基督教世界中各个主要国家，参加第12届全基督教教会会议。教皇的开场白是勇敢地承认罪过与接受挑战：“民众腐化主要根源于教士，由此产生基督教世界中各种的罪恶，信心丧失，宗教被败坏……正义遭践踏，异端猖獗，助长了教会的分裂，不信的势力日趋强大，而伊斯兰教也大行其道。”至此，教会集体的力量与智慧完全由一人来辖制。他的意见成为会议中的指令。大会允许其重订教会的基本教义。至此，化体论首次被正式阐释。大会接受其命令，要求所有在基督教的土地上之非基督徒必须佩戴用以区别的标志。大会热烈地响应其征讨阿尔比异端教派的号召，但大会也附从他承认教会的缺点。大会谴责欺人的圣迹等琐事，严厉地责难“轻率而无限制的赎罪券，许多高级教士……毫无顾忌地滥发，于是教会之钥被污蔑，告诫后的满足感也消失了”。他试图对僧院生活作长远的改革，又指责教士的酗酒、不道德、秘密结婚，并通过极严厉的措施加以限制，但是他指责阿尔比异端关于所有性交均有罪的主张。就其出席的人数、规模及效果而言，第四届拉特兰会议是尼西亚会议以来教会最重要的一次会议。
从其事业的巅峰，英诺森很快地跌落下来，以致英年早逝。他毫不松懈地鞭策自己致力于行政与职权的扩张，55岁之龄即已精疲力竭。“我没有空闲，”他忧伤地说，“去默想超现世的事物，我现在呼吸渐促，必须全心为别人而活，忘怀我自己。”可能在临终时，当他回顾一生所作所为，他能较在激烈争斗中更客观地评判其得失。他所组成的用以重占巴勒斯坦的十字军失败了。铲除法兰西南部的阿尔比异端教派在他死后才实现。他赢得同时代人的钦慕，但像格列高利一世或利奥九世一样，并未赢得他们的爱戴。有些教会人士抱怨他太像国王，不像神父。圣鲁特加迪斯（St.Lutgardis）认为他难逃地狱之刑；而教会本身，虽然对其过人天分引以为荣，并感谢其劳苦功高，却未将他列入圣人的名册中，这项荣誉，教会曾赐予一些地位不甚重要，却更完美无缺的人。
但是我们也不能抹杀他的功绩，他曾把教会带至鼎盛的阶段，几乎实现了教会所梦想的道德性世界国家（a moral world-state）。他是当时最有才能的政治家，凭其远见、赤诚、百折不回的精神及无比的精力追求其目标。他去世时（1216年），教会无论在组织、威望及权势上都达到巅峰状态。
洪诺留三世未被重视，他因为过于柔弱，无法强而有力地进行帝国与教皇之战。格列高利九世，虽年届80岁始登教皇位，却以一种近乎狂热的固执从事争战，成功地攻打腓特烈二世，致使文艺复兴延迟百年。他还组织了宗教裁判所。他是一个绝对真挚而作英雄式献身的人，全力护卫其所认为人类最珍贵的财富——因基督而生的信心。他不是一个刚硬无情的人，当其任红衣主教时，曾保护并智慧地引导可能偏向异端的圣方济各。英诺森四世摧毁了腓特烈二世，而且批准宗教裁判所使用酷刑。他是哲学的赞助人，协助各大学，并成立法律学校。亚历山大四世是一个恬静、和蔼、仁慈而公义的人，“以其主张免除暴政之自由而震惊世界”。他反对前几任教皇的好战作风，喜欢虔敬行为甚于政治，一位圣方济各修会的编年史家说：“他因终日思虑基督徒之间可怕而日益增多的争斗，终至心碎而死。”克莱门特四世时，又恢复了战争，打败曼弗雷德，倾覆霍恩施陶芬王朝和神圣罗马帝国。君士坦丁堡再陷希腊手中，使希腊正教与罗马公教之间的和解问题受到威胁。但是格列高利十世获得迈克尔·巴利奥略（Michael Palaeologus）的感激，因为他不支持安茹的查理征服拜占庭的野心，复位的希腊皇帝使东方教会归顺罗马，而教皇权再度变得至高无上。
