随着这种复杂而多彩的宗教仪式，教会发展出一种更为复杂的教会法，规范教会的行为和决策，统治着比当时任何帝国都广大而充满分歧的地区。宗教法就是教会“统治的法律”，是由古老宗教习惯、圣经的文句、教父们的见解、罗马或蛮族的法律、教会会议的谕令及教皇的意见和决定慢慢累积而成的。《查士丁尼法典》中的部分被用来管理教士们的行为，其他部分则依照教会对婚姻、离婚及遗嘱的观念加以改写。在西方，这种宗教法的搜集是在6世纪和8世纪。在东方，则由拜占庭皇帝定期进行。罗马教会法律的中世纪定本是格拉提安在约1148年完成的。
格拉提安是博洛尼亚的僧侣，曾在该地的大学跟从伊尔内里乌斯（Irnerius）学习，因此他所汇编的法典中，显示其对罗马法律和中世纪哲学有广博的认识。他称他的书为《整理法律汇编》（Concordia Discordantium Canonum），以后的世代称该书是他的教令。将1139年以前有关教会的教义、仪式、组织、行政、教会财产的维持、宗教法庭的审判程序、判例、教士生活的规范、婚约、遗产等的法律、习惯、宗教会议或教皇的谕令均依先后顺序加以编排整理。其所采用的说明方法得自阿伯拉尔的《是与非》（Sic et Non）一书，对格拉提安之后“经院学派”的方法也颇有影响：它以一个权威性的命题开始，然后引述一些与其相反的陈述和先例，再寻求以解决此间的矛盾，并加注一些评论。虽然该书并没有被中世纪教会接受而成为最后的权威法典，但它是当时不可缺少的神圣法典。格列高利九世（1234年）、博尼费斯八世（1294年）及克莱门特五世（1313年）为之加了补充，到1582年与格拉提安的《汇编》一齐出版，成为整套《教会法典》。
的确，宗教法的范畴远较当代任何世俗法广泛。它不仅包括教会的组织、教条、运作，也包括在与基督教领土内之非基督徒交往的法则、调查及压制异端的程序、十字军的组织，有关婚姻、合法性、寡妇所应得财产、通奸、离婚、遗嘱、埋葬、寡妇及孤儿、宣誓、伪证伪誓、亵渎、买卖圣职、毁谤、放高利贷及公道价格等法条，学校及大学等法规，“神命休战”及其他限制战争缔造和平的方法，主教和教皇法庭的审理，破门律、咒逐（anathema）及停止教权的使用，教会刑罚的执行，世俗法庭与宗教法庭间的关系，国家与教会的关系。教会运用庞大的整套立法来约束所有的基督徒，并且教会保有用各种肉体上或精神上的刑罚来惩罚任何违反法规的人的权利，但没有一个宗教法庭作“血的审判”，即判处死刑。
在宗教裁判所（Inquisition）成立以前，通常教会依靠精神上的恐惧感来行使职权。任何神父都能处人以轻微的破门律，即不允许一个基督徒参加教会仪式和圣典。对于一个信徒而言，假如死前未获完全的赦免，则这种惩罚意味着打入永远的地狱中。而重大的破门律则必须由教士会议或高僧来宣判，而且仅限于自己辖区内的人民。这种惩罚是断绝受罚者与基督教社会一切合法的、精神的联系，在法律上他不能提起控诉或继承或从事任何有效的行为，但可以被控告，并且没有一个基督徒愿与他共食、谈话，否则将受轻微的破门律的惩罚。当法兰西国王罗伯特因娶其表妹而被处破门律时（998年），他所有的朝臣和仆从均弃绝他，有两名留下来的仆人则将他饭后的残羹剩饭丢到火里，以免为其玷污。某些严重的案子中，除破门律外，还加上咒逐——以法律上的用语切实详尽地诅咒。而最后的手段是教皇能对基督教王国内任何地区颁布停止教权令。即停止全部或大部分的宗教活动。当一个人觉得有圣礼的需要，或惧怕带着未得赦免的罪去世时，这些被处以破门律者迟早会被逼得和教会和解。这种停止教权令，曾在998年对法兰西、1102年对日耳曼、1208年对英格兰、1155年对罗马行使过。
11世纪以后，由于过度的行使破门律和停止教权令，削弱了其效果。教皇为了政治目的而时常运用停止教权令，如英诺森二世以此威胁比萨加入托斯卡纳联盟。至于大规模的被处以破门律——如向教会缴纳什一税作不实的陈报——被行得甚滥，以致基督教社会中大部分地区立刻或毫不知情地被革出教门。而许多知道的人则不予重视，甚至一笑置之。13世纪和14世纪，米兰、博洛尼亚及佛罗伦萨三次受到这种集体被处破门律。米兰对第三次的谕令不予以理会达22年之久。1311年，主教纪尧姆·勒·麦尔（Guillaume le Maire）曾说：“有时，我亲眼看到在一个教区内，三四百个被处破门律者，甚或可达700个，他们轻视钥匙权，用一些渎神的秽言谩骂教会和他们的神父。”“奥古斯都”菲利普和“美男子”菲利普对处他们以破门律的谕令并未放在心上。
这种时常的漠视态度，正说明了宗教法对欧洲平信徒权威减低的开始。基督教第一个1000年中，教会将如此广大区域的人类生活置于其统治下，而世俗的权势却瓦解。但13世纪和14世纪，当世俗政权逐渐增强，人类事务逐渐再度受到世俗法的统治，而脱离了宗教法的拘束。教会在教士任命上仍保有权力，而在其他方面，例如教育、婚姻、伦理、经济及战争方面，其权威则逐渐下降。国家在教会缔造的社会秩序的保护下，逐渐成长，直至强大，遂挣脱宗教的束缚，开始了漫长的世俗化历程，于今则达到世俗化的巅峰。但圣典学者的工作，就像大多数创造性的活动一样仍未消失。它替教会准备并训练出最伟大的政治家，也将罗马法律传送到现代世界，它确立寡妇和儿童的合法权益，并在西欧世俗法内树立寡妇自先夫处得到遗产的原则，也有助于经院哲学形式与语汇的形成。宗教法是中世纪心智活动方面最主要的成就之一。
