腓特烈转而注意行政，在阿普利亚的福查的宫殿中，处理王国的各种问题。1231年，他访问日耳曼，以一道“支持诸亲王律令”来确认他与其子对贵族们的宗主权与特权。他愿意维持日耳曼的封建制度，倘若此举能使他和平地在意大利施展抱负。可能他已了解，布汶之役已结束了日耳曼在欧洲的霸权，而13世纪将是属于法兰西与意大利的世纪，因此对日耳曼的叛变与其子的自杀，未予以重视。
他运用专制的手腕，在西西里人种复杂的环境中，缔造了秩序与繁华，令人追忆起罗杰二世统治时代的辉煌。山区叛变的阿拉伯人被掳，移送到意大利，加以训练成雇佣兵，后来成为腓特烈军队中最可靠的士兵。当教皇看到基督教的皇帝率领着穆斯林攻打教皇国时，其愤怒是不难想象的。在法律上，巴勒莫仍旧是两西西里的首都，但其实际上的首都是福查。腓特烈热爱意大利甚于大多数的意大利人，而对于当意大利存在时，上帝还能为巴勒斯坦那么费心，实感惊异。他称其南部的王国为他眼中的苹果，是“洪水激流中的避风港，荆棘荒野中的乐园”。1223年，他开始在福查建立排列散漫的城堡宫殿。一个宫殿城市很快建立起来，环绕着他自己的宫殿而为其侍从们所居住。他邀请意大利境内的贵族担任其宫廷随侍，随政府职能的扩大进而治理政事。皮埃罗·德勒·维格涅（Piero delle Vigne），毕业于博洛尼亚法律学校，腓特烈任命他为国务大臣（logothete），爱之如手足，甚至视同己出。在福查，也如70年后的巴黎一样，律师代替了教士掌理政务，在这最接近圣彼得教堂的国家，政府的世俗化终告完成。
腓特烈在动乱的时代长大，又学习东方的观念，他从未梦想国家的秩序不凭借君主的武力而得以维持。他确实相信，没有一个强而有力的中央政权，人们将因犯罪、无知和战争而毁灭自己以致渐形贫困。正像“红胡子”腓特烈，他认为社会的秩序较人民的自由更具价值，并认为有能力维持秩序的统治者得尽享一切的荣华。他容许政府中有某种程度的公意代表存在：在两西西里的5个地点，一年集会两次，以处理当地问题、控诉及刑案等。在这些会议中，他不仅召集该地区的贵族与高僧，也包括每一大城选出的四个代表，及每一镇选出的两位代表。除此之外，腓特烈是一个专制的君主，他接受罗马市民法的基本原则且视其为合理——公民已将立法权力交给皇帝专有。1231年，主要通过维格涅的法律知识与主张，他在梅尔菲为两西西里颁布了一部法典，《梅尔菲宪法》（Liber Augustalis），那是自查士丁尼以来第一次有系统编纂成的法律体系，也是法学史上最完整的法典之一。从某些方面看来，这是一部保守的法典，接受封建制度中所有的阶级差异，维持地主对农奴的权利。但就另外许多方面而言，它是一部进步的法典，剥夺了贵族的立法、司法及铸币的权力，而将这些权力集中在国家手中；废止格斗裁判与神权裁判，设立国家检察官，对以往若无公民提出控诉即不予惩罚的犯罪行为，加以追查。他还谴责诉讼上的迟延，建议法官删减律师们冗长的辩护内容，并要求除假日外，国家法庭应每日开庭。
正如大多数中世纪的统治者，腓特烈很谨慎地管制国家经济。各种劳务和货品，都设定一个公道的价格；盐、铁、钢、大麻、焦油、染色布、丝等的制造，则由国家经营，并由阿拉伯阉人工头和女奴工在纺织工厂操作；国家拥有并经营屠宰场、公共浴室；设立标准农场，鼓励种植棉花及甘蔗；在野兽出没处垦荒辟林，筑路造桥，凿井以供饮水。对外贸易大部分由国家管理，并由国有的船只载运货物，这种船只水手几达三百人。内地通行税减至最低，而国家主要税收则来自进出口税。一如所有其他的政府，这个政府也是总有需钱之处，因此还有许多其他税收。无论如何，腓特烈时代有一种健全而公正的货币制度。
为了使这个强大统一的国家更加庄严神圣，而不须依赖敌视他的基督教，腓特烈力图恢复罗马皇帝所有的威严与光荣。在他精致的硬币上，没有印上任何基督教字样或表征，只刻着“罗马帝国恺撒奥古斯丁”，反面是罗马鹰，周围环绕着他的名字弗雷德里克斯（Fridericus）；并告谕人们，皇帝就某个意义来说是上帝的儿子，他的法律就是神圣正义的法典，而且被指为是卢斯蒂提亚——几乎像是新三位一体中的第三个身位。急欲使自己在历史上和艺廊中置身于古罗马皇帝之列，腓特烈委托一个雕刻家为他雕刻石像。在沃尔特诺（Volturno）的一个桥头和在卡普阿的城门上，以古典的风格装饰着腓特烈及其侍从们的浮雕。但除了一个美女头像外，这些作品到今日都已不复存在。这一文艺复兴以前为复苏古典艺术所作的努力归于失败，被哥特式浪潮冲毁。
尽管他极力制造神性的气氛，将一切工业归国有，腓特烈发现在福查的宫内，还是能够享受各阶层的生活乐趣。有一支大部分由萨拉森人所组成的奴隶军队供他差遣，支配整个官制。由于他第二任妻子已死，他在1235年再婚，但英格兰的伊萨贝拉不能够了解他的心情与德行，当腓特烈和其他女人有染并生下一子时，她隐身而退。他的敌人指控他蓄妾，教皇格列高利九世指控他鸡奸。腓特烈解释，这些黑白仕女或少年是因他们精于歌唱、舞蹈技艺或其他皇室宫廷中传统的技艺表演而被征用。此外他还有一个巡回动物园，他常带着一些豹、山猫、狮子、猿、熊等旅行，这些动物由一些萨拉森奴隶用链子牵着。腓特烈甚好狩猎和以鹰猎鸟，搜集珍奇的鸟类，他还曾为其子曼弗雷德写了一篇令人钦佩而且很科学的有关训练鸷鹰捕猎术的文章。
除了狩猎外，他也很喜欢有涵养而高雅的谈话，喜欢心灵的交流甚于长枪比武。他是那个时期最有修养、最擅长辞令的，以其机智和应答的敏捷闻名，这位腓特烈就是自己的伏尔泰。他能说9种语言，写7种文字，用阿拉伯文和卡米勒通信，称卡米勒为仅次于其子的最亲密朋友。又用希腊文和他的女婿——希腊皇帝约翰·瓦塔泽斯（John Vatatzes）——通信，用拉丁文和西方世界通信。他的一些同伴，特别是皮埃罗·德勒·维格涅，将罗马古典文学翻成拉丁文形式，他们热切地探寻并效法古典文学的精神，几乎预示着文艺复兴的人文主义的来临。腓特烈自己是诗人，他用意大利文写成的诗得到但丁的赞赏。普罗旺斯及伊斯兰教的情诗传入腓特烈的宫廷，这些诗都是由在那里工作的年轻贵族带来的。正像一些巴格达的统治者，腓特烈在处理公务之余或狩猎出征之后，也喜欢让一些漂亮的女人环绕着他，并让诗人歌颂他的丰功伟业及他身边的这群莺燕。
腓特烈步向暮年时，对科学与哲学更为重视，他尤其受到西西里伊斯兰教文化的鼓舞，自己曾博览许多阿拉伯文的重要著作，将伊斯兰教及犹太教的科学家和哲学家带到他的宫廷，酬以巨款，要他们将希腊和伊斯兰教的科学古籍翻译成拉丁文。他非常喜好数学，说服埃及苏丹将一个非常著名的数学家哈尼菲送给他，他与当时基督教世界最伟大的数学家莱昂纳多·菲布奥纳西也甚为亲密。他略受当时迷信的影响，研究占星术与炼金术，并诱使博学的迈克尔·司各特到宫中，向他求教玄学、化学、冶金学和哲学。他的好奇心是广泛的，提出科学和哲学的问题，向宫中的学者质疑问难，也向远在埃及、阿拉伯、叙利亚、伊拉克的学者发问求教。他拥有一个动物园，与其说是为了娱乐，不如说为了研究。他将饲养家禽、鸽子、马、骆驼及狗的经验组织整理起来。在他的法律中，所规定的禁止狩猎期就是以经谨慎小心地观察动物交尾期及饲育期所作的记录为根据。据说，阿普利亚的动物曾因此向他致谢。其立法中包括一项很开明的有关行医开业、动手术、卖药品的管制。他赞成解剖尸体，穆斯林医生对他解剖学的知识甚为惊异。从他要求一些穆斯林博学宿儒为他解决亚里士多德与阿弗洛迪西亚斯的亚历山大对世界永恒看法的矛盾之处，可以看出他哲学知识的广博。迈克尔·司各特说：“幸运的皇帝啊！我的确相信如果一个人可以因他的博学而免于一死，那这个人就是你。”
唯恐他四周学者的学问随着他们的离世而消失，腓特烈于1224年在那不勒斯设立一所大学，那是中世纪大学不受教会约束的罕有的一个实例。他聘请科学和艺术领域的学者任教，酬以高薪，并设立奖学金以使清寒而优秀的学生得以就学。他禁止在其统治下的两西西里的青年到别处受更高等的教育，并希望那不勒斯能很快地成立一所法律学校，与博洛尼亚竞争，以训练公共行政的人才。
腓特烈是否为一个无神论者？他在年轻时非常虔诚，可能一直到他发起十字军时还是保持基督教的基本信念。以后似乎是因和伊斯兰教领袖及思想家亲密的交往而使其基督教信仰中断。他被伊斯兰教的知识所吸引，认为那比当时的基督教思想和知识高出甚多。在弗留利（Friuli）的日耳曼联邦议会（1232年）中，他很亲切地接待一个伊斯兰教的代表团，其后，又当着主教和亲王们之面，参加这些穆斯林的宴席，庆祝伊斯兰教节日。马太巴利斯报道称：“他的对手们说，他对摩诃末法律的遵守与信仰甚于对耶稣基督的法律和信仰……他对穆斯林比对基督徒更为友善。”曾有一则被格列高利九世相信的谣言指控他说：“三个魔法师如此狡猾地诱使当代人跟从他们，以便能获得世界的统治权。这三人是摩西、耶稣和摩诃末。”整个欧洲对这一亵渎上帝之言议论纷纷。腓特烈否认这一指控，但在他临终垂危之际这一指控更助长舆论对他的谴责。毫无疑问，他是个自由思想者，对世界的创造、个人永生、童女生子及其他基督教信仰的教义发生怀疑。在弃绝神裁判法时，他问道：“一个人怎能相信炙红烙铁之热，未有充分的理由，而能变为冷却，或因良心的麻木，而使水拒绝吞浸被控者？”在他整个统治期间，他建立了一所基督教教堂。
在一定限度内，他给予其王国内各种不同信仰崇拜的自由。希腊正教徒、天主教徒、穆斯林、犹太教徒都被允许平安无事地举行其宗教礼拜，但（有一个例外）异教徒不能在大学里任教，也不能任官职。穆斯林和犹太人必须穿着他们的服装，以便与基督徒有所区别。而伊斯兰教统治者在他们的统治地向基督徒与犹太人征收的人头税，在此也向穆斯林和犹太人征收，以代替服兵役。依照腓特烈的法律，由基督教改宗为犹太教或伊斯兰教将受严厉的惩罚。但1235年，当福查的犹太人被控在仪式中谋杀（在逾越节时杀死一个基督徒小孩，并取他的血），腓特烈竟袒护他们，谴责这种故事为一个残忍的传说。
在他理性的统治中，最反常之事是对异端的迫害。腓特烈不允许有思想、言论自由，即便对大学里的教授们也是如此。思想、言论自由只是他及其友人的特权。就像大部分的统治者，他承认宗教对社会秩序的必要性，而不让其被他的臣仆破坏。此外，压制异端能使他更易于与教皇维持暂时的和平。当13世纪一些其他的君主迟疑不决是否与宗教裁判所合作时，腓特烈却给予全力的支持，也只有在这一点上，教皇与其最大的敌人能达成一致。
