第四次东征的丑闻，及十年前第三次东征的失败，使基督教无力应付即将到来的亚里士多德理论的复活和阿威罗伊精妙的理性主义。神为什么允许他的护卫者在如此神圣的战争中落败，而使威尼斯人的恶行得逞？思想家竭力回答这个问题，并进行辩解。在怀疑论甚嚣尘上之际，天真的心灵领悟到只有清白无辜的人才可以收复基督的领地。1212年，一位日耳曼青年，历史学家含糊地称他为尼古拉斯，宣称神指示他带领孩童前往圣地。教士以及俗人都谴责他，但是这个想法迅速地在那个年代传播开来，波及之广更甚于情绪化的狂热。父母极力劝阻自己的孩子，但是仍有几千名12岁左右的男孩（有些女孩穿着男装）溜出家门，追随尼古拉斯而去。他们或许为摆脱家庭专制，走向自由而深感欣喜。有3万名孩童——他们中绝大部分是从科隆出发的，沿莱茵河顺流而下，翻越了阿尔卑斯山。许多孩子死于饥饿，还有一些走散或迷了路，被狼吃掉。小偷则混在队伍中，窃取他们的衣物和食物。幸存者抵达热那亚，粗俗的意大利人嘲笑他们。没有船只愿意载着他们去巴勒斯坦。他们向英诺森三世求助时，教皇温和地劝他们回家。一些孩子再次翻越阿尔卑斯山，垂头丧气地走回家去。也有许多孩子留在了热那亚，学习在商界谋生之道。
同一年，在法兰西，12岁的牧童斯蒂芬求见“奥古斯都”菲利普，说在牧羊的时候，基督向他示现，嘱他率领童子十字军到巴勒斯坦。国王命令他回到羊群中去。尽管如此，仍有2万名孩童跟着斯蒂芬，穿越法兰西，到达马赛。在那里，斯蒂芬向他们保证说海洋将会分开，他们可以穿着鞋前往圣地巴勒斯坦。奇迹并未发生，不过倒有两位船主愿意免费送他们到目的地。他们挤在7艘船上，唱着胜利赞美诗驶向大海。有2艘船在撒丁岛失事，船上的人全部罹难。其余的孩子则被带到突尼斯或埃及，被卖为奴隶。后来，腓特烈二世下令绞死了船主。
三年后，英诺森三世在第四次拉特兰会议上，再次呼吁欧洲收复基督的领地，重提被威尼斯人破坏的计划——攻打埃及。1217年，第五次十字军东征从日耳曼、奥地利出发，匈牙利人也由国王安德鲁率领，由匈牙利起程。他们平安抵达达米埃塔——尼罗河最东边的出海口。该城被围困达一年之久，然后陷落，埃及和叙利亚的新苏丹马立克·卡米勒请求和谈，表示愿意交出大部分耶路撒冷，释放基督徒囚犯，并归还“真十字架”。十字军要求一大笔赔款，卡米勒拒绝了，战争重新开始，然而局势恶化，因为预期的援军没有到来。最终双方签署了为期八年的休战协定，协定规定将“真十字架”还给十字军，达米埃塔仍归穆斯林所有，而基督教徒全部军队必须立即撤离埃及的领土。
十字军将他们的失败归咎于腓特烈二世，日耳曼和意大利的年轻皇帝。他曾于1215年以十字军战士的身份宣誓，承诺参与对达米埃塔的围攻。然而，其时意大利政治局势日益复杂和动荡不安，或许是缺乏信心的缘故，他推迟了行动。1228年——彼时他已因为他的延误被处破门出教——他发起了第六次十字军东征。他抵达巴勒斯坦，但当地虔诚的基督徒非但不给予帮助，更远远避开这个教会的叛徒。他派密使觐见卡米勒，后者当时正在那不勒斯统率着穆斯林军队。卡米勒礼貌地回复了他，不过腓特烈通晓阿拉伯的语言文字、文学、科学和哲学，给苏丹大使法赫尔丁留下了至为深刻的印象。两位统治者友好会晤，相互称赞并交换意见。令人难以置信的是，基督徒和穆斯林签署了一项协议（1229年），卡米勒在协议中割让阿卡、雅法、西顿、拿撒勒、伯利恒及几乎全部耶路撒冷——只保留包括伊斯兰教圣所“岩石圆顶”在内的一小片地方——给基督徒，基督徒朝圣者更被赋予进入圣所范围、在所罗门圣殿祈祷的权利，同时，穆斯林在伯利恒也享有同样的权利，双方囚犯也被释放，发誓维持十年零十个月的和平。被逐出教会的皇帝居然成功地做到了一个世纪以来基督教世界都未能做到的梦寐以求的事情。两种文化暂时和平共处，彼此理解和尊重，并发现对方原来可以成为朋友。圣地的基督徒欣喜若狂，罗马教皇格列高利九世却指责该协约乃是对基督教世界的侮辱，拒绝认可它。腓特烈离开后，巴勒斯坦的基督徒贵族控制了耶路撒冷，联合亚细亚的基督教势力及大马士革的穆斯林统治者，对抗埃及的苏丹（1244年）。后者向阿尔瓜利密土耳其人（Khwarazmian Turks）求救，土耳其人攻下了耶路撒冷，大肆抢掠并屠戮众多当地居民。两个月后，拜巴尔在加沙击败基督徒军队，耶路撒冷再度落入穆斯林手中（1244年10月）。
当英诺森四世再次呼吁组织十字军征讨腓烈特二世，并允诺凡是参与对抗皇帝的人，在意大利都可享有与在圣地服役的人一样的特权以及赦免权，法国国王圣路易九世发起了第七次十字军东征。耶路撒冷沦陷后不久，他就高举十字架振臂高呼，同时劝说他的贵族与他一起行动。对那些不愿参与的人，他在圣诞节时赐予他们织绣着十字架的贵重的袍子。他煞费苦心地在英诺森与腓特烈之间斡旋，以使他们和解，如此则欧洲将联合起来支持十字军东征。英诺森不但拒绝，还差遣一位托钵僧侣乔瓦尼·德尔卡尔皮内去面见大可汗（Great Khan），提议蒙古人与自己联合，共同打击土耳其人。可汗则提出基督教世界臣服于蒙古势力的建议。最终，1248年，路易和他的法兰西骑士出发了，尤安维尔随行，他后来在他著名的编年史记载了国王的丰功伟绩。远征军抵达达米埃塔，不久就攻取了它。但是，尼罗河一年一度的泛滥刚好在十字军到来时开始——他们忘记在军事计划中写下这一条。他们被洪水围困，滞留达米埃塔半年之久。然而，他们对这次远征不能说深恶痛悔，因为尤安维尔写道：“贵族整天沉湎于宴饮……平民则结交荡妇。”当军队再度开拔时，它已因饥饿、疾病、开小差耗竭殆尽，也因缺乏训练而变得虚弱无比。曼苏拉一役，尽管奋勇作战，他们还是输了，士兵四散逃逸。约1万名基督徒成为俘虏，包括路易本人在内，据说他当时因罹患恶痢而不省人事（1250年）。一位阿拉伯医生治愈了他。在一个月的痛苦囚禁之后，他终于获释，不过马上就面临着归还达米埃塔和缴纳50万利维尔赎金的局面。路易接受了这样偌大的一笔赎金，苏丹随即体贴地减免1/5，并相信国王定会在日后将剩下的数目补足。路易带领残兵败将抵达阿卡，在那里停留了四年之久，徒劳地呼吁欧洲停止内战，前来参加他新的征伐事业。他又派出一位僧侣鲁布鲁奎斯的威廉，向蒙古可汗提出结盟的建议，而他得到的答复正与英诺森曾得到的相同。1254年，他返回法兰西。
在东方的日子里，他敉平了当地的纷争，然而他离开后，摩擦又起。1256至1260年，威尼斯和热那亚为争夺叙利亚诸港口进行了一系列内战，几乎每一派系都被卷入战争，这使巴勒斯坦的基督教军事力量来源近乎枯竭。拜巴尔，这位奴隶出身的埃及苏丹，总算找到了机会，于是沿着海岸进军，将基督教城市——从恺撒里亚（1265年）、萨法德（1266年）、雅法（1267年）到安条克（1268年）——一个接一个地握在手中。被俘的基督徒不是被屠戮就是沦为奴隶。安条克更惨遭洗劫和战火，陷于万劫不复之境。年迈的路易昏昏欲睡的心灵被新的热情唤醒，他第二次举起了十字架（1267年）。他的三个儿子效法他，但是法兰西贵族反对他堂吉诃德式的狂想，拒绝参加，甚至无限爱戴他的尤安维尔也不愿有第八次十字军东征。政治上英明神武、战争上迟钝愚蠢的国王，带着他莽撞的军队在突尼斯登陆，希望能说服当地要人改信基督教，以便自己能从西边攻打埃及。他刚踏上非洲的土地，“就被胃出血击倒”。他在弥留之际吐出的最后一个词是：“耶路撒冷……”（1270年）一年后，英格兰的爱德华王子勇敢地率领小股无能的军队在阿卡登陆，转瞬又匆匆归国，去接受英格兰的王冠。
当基督徒冒险家在叙利亚抢劫了一支穆斯林商队，并绞死19名穆斯林商人，进而劫掠当地的伊斯兰城镇，十字军最后一幕悲剧达到了高潮。哈里利苏丹索要赔偿未果，挥军攻打阿卡——基督徒在巴勒斯坦最强大的前哨。该城被围攻43天。陷城后，苏丹纵容部下大肆屠杀，并使6万人沦为囚犯（1291年）。提尔、西顿、海法和贝鲁特相继沦陷。耶路撒冷的拉丁国王，在相当长的一段时期内，徒有君王之名而无其实。两个世纪以来，冒险家和狂热分子断断续续作着徒劳无益的努力，冀图恢复“伟大的宣道”（Great Debate），但是整个欧洲知道，十字军已经走到了尽头。
