基督教内部的不安与衰微，使利奥九世的教皇职位无法与教会史上最强的教皇之一相提并论，可说是极大的不幸。
希尔德布兰德是日耳曼名字，暗示了日耳曼血统。格列高利那一代人则将它解释为“Hellbrand”（精纯的火焰）。他生于托斯卡纳沼泽地中的索瓦诺（Sovano）小村一户穷苦人家，在罗马阿芬蒂纳（Aventine）山上的圣玛利亚修道院受教育，并加入本笃派。当教皇格列高利六世于1046年被废黜并驱逐到日耳曼时，希尔德布兰德在旁陪伴，以为司祭。在科隆的那一年，他对日耳曼加深了认识，这对他后来与亨利四世争斗很有帮助。回到罗马后不久，他就被利奥九世任命为枢机副执事，并被任命为教皇辖区的执政及驻法兰西使节。我们知道25岁便能晋升这样快，完全是他在政治、外交上特具能力而声名大噪之故。教皇维克托二世（Victor II）及斯蒂芬九世（Stephen Ⅸ）均对他委以重任。1059年尼古拉二世成为教皇，主要是借希尔德布兰德的影响力达成。这位被倚重的僧侣当时还不是神父，被任命为教廷大臣。
在希尔德布兰德的催促下，尼古拉与拉特兰会议共同发出敕令，把教皇的选举转交给红衣主教团（College of Cardinals）。希尔德布兰德企图借此使教皇职权不受罗马贵族及日耳曼皇帝的控制。这位年轻的教会政治家已制定一项影响深远的政策，为了使教皇的权力不受日耳曼支配，他对诺曼底人虚张声势入侵南意大利视若无睹，任他们剥夺、没收，赞许他们的野心，但要求以军事保护作为交换。1073年，在25年间侍奉了8位教皇之后，他被升为教皇。他坚辞不就，宁可在幕后参政，但是红衣主教、教士和人民高呼：“圣彼得要希尔德布兰德当教皇！”于是他被任命为神父，并成为教皇，以格列高利为神圣名号。
他身材矮小，相貌平庸，但目光如炬，神采奕奕，意志坚定，相信真理，也十分自信。有四个目标在鼓舞着他：完成利奥的教士道德革新；制止俗人任命教职；把全欧洲统一于一个教会及一个共同之下，由教皇统领；领导基督教军队到东方把圣地（Holy Land）自土耳其人手中夺回。1074年初，他写信给勃艮第和萨伏依（Savoy）的伯爵，也写信给皇帝亨利四世，请求他们募集资金，组建军队为十字军，由他率领。伯爵们不为所动，亨利自己的王位岌岌可危，根本无心顾及十字军。
1059年的拉特兰会议在尼古拉二世及希尔德布兰德的主持下，把有妻妾的神父逐出教会，并禁止基督徒参加有妻妾的神父所主持的弥撒。伦巴底许多主教不愿拆散教士的家庭，因而拒绝传达这些训令；托斯卡纳较知名的教士们也护卫婚姻，以为合乎道德仪礼。训令于是无法贯彻。生活在“罪恶”之中的教职人员不能主持有效的圣餐礼的规定，遭到异端宣教者的激烈反对，教皇向会众的诉愿因而被驳回。当希尔德布兰德成为格列高利七世之时（1073年），他挺身攻击，态度坚决，毫不妥协。1074年的宗教会议重申1059年的训令，格列高利将训令发给欧洲各主教，严格规定他们要向教众宣布并强力执行，并且要避免俗众对某些不关心百姓的神父表示服从。反应仍然很强烈，许多神父宣称他们宁可放弃教职也不愿舍弃妻子；有人则抗议训令的要求不合理，违反人性，并预言训令如果强制执行，必有秘密滥交的现象发生。君士坦斯主教奥托公开赞许并保护他的已婚教士，格列高利开除其教籍，并解除其手下对他的服从。1075年，格列高利进一步命令斯瓦比亚及卡伦西亚的公爵及其他亲王，在必要时可以使用武力阻止抗命的教士继续执行神父的职务。几位日耳曼亲王接受命令，于是许多不愿遗弃妻子的神父的教区被没收。格列高利尚未尝到胜利的果实就要死去，但是乌尔班二世、帕斯加尔二世和卡利克斯特二世（Calixtus II）继续执行他的训令。1215年，英诺森三世所主持的拉特兰会议发表最后的宣判，教士结婚的现象才逐渐消失。
俗人任命教职的问题似乎比教士结婚的问题简单。正如国王和教皇同意的，假设是基督建立教会，显然主教和院长应由教会人士选举，而不应由俗人选举。国王不但任命主教（如在日耳曼），还授予他们主教权杖及戒指（神圣的精神权力象征），是一大丑闻。可是对国王，反面的结论也是确凿有据的，如大多数日耳曼主教和院长所做的，他们承认国王既然赋予他们土地、岁收及世俗的责任，则根据封建法规，这些高级教士——至少是主教——应将他们的任命和俗世的忠诚还给国王，像他们顺从于君士坦丁和查理大帝的统治一样，这是非常公平合理的。他们一旦解除臣服和忠贞的义务，掌握在主教和修道院手中的日耳曼半壁江山便可脱离政府的控制，并可免除纳贡和惯常的劳役。日耳曼主教及许多日耳曼血统或其授命的伦巴底主教，怀疑格列高利正打算废黜他们的教会自治权而使他们彻底归属罗马教廷。格列高利允许主教继续对国王尽封建义务，但不愿意他们把皇室给予的土地让渡出去，依照教会法律的规定，教会财产是不可分割的。格列高利抱怨俗人任命教职，致使日耳曼和法兰西主教辖下出现买卖圣职、卑鄙及失德的行为。他认为主教须在教皇的威权下加以控制，否则西方教会就要重蹈东方教会的覆辙，变成国家的附属物。
在这历史性的冲突背后，存在一个教皇与帝国竞争的问题：谁来统一欧洲，治理欧洲？日耳曼皇帝认为他们既然是维持社会秩序的必要角色，他们的权力就是神圣的。圣保罗不是说过“凡掌权的都是神所命”吗？教皇本身不也承认他们是罗马帝国的继承人吗？他们代表部分的自由，正如格列高利代表全体的一致与秩序。他们在宗教改革（The Reformation）之前很久，就暗暗不满大量黄金和公帑从日耳曼流到意大利。他们也从教皇的政策中看出拉丁罗马试图恢复对意大利斥为蛮荒之地的条顿北方的控制权。他们同意教会在精神事务上具有至高无上的权力，但也强调政府在世俗事务上的无上权威。对格列高利来说，这简直是混乱的二元论，他认为精神事务必须支配世俗的问题，就像太阳支配月亮，原理相同；政府必须听命于教会——人之城听命于上帝之城——所有关于教义、教育、道德、公理、教会组织等方面的问题均须如此处理。法兰西的国王和神圣罗马帝国的皇帝不也承认精神是世俗权力的源泉与主宰，因而接受大主教及教皇的涂油或任命吗？教会是神圣的机构，应具普世权威；教皇是上帝的代言人，有权利及义务废黜不良的国王，并认可或否定人民在某些情况下选举的统治者。格列高利在给梅斯主教赫曼的一封书信中激动地问道：“谁不知道国王和亲王们都是出自那些背离上帝，全身充满骄傲、暴力、背信，事实上是所有的罪恶……荒淫放纵，蛮横无道，却还宣称为人民统治者的人？”眼看欧洲陷于政治分裂、动乱及战争，格列高利认为逃避这悲惨景况的唯一出路就是政府放弃一部分权力，承认教皇为他们的封建宗主，世界的或至少是全欧洲的“基督教共和”（Christian Republic）的神圣领导者。
迈向这个目标的第一步是把教皇权力从日耳曼皇帝的掌握中解放出来，第二步则是把所有的主教都集中于教皇的权威之下。至少主教的选举应由教区的教士团体和人民，在一位由教皇或大主教指定的主教的协助之下完成，选举也须经大主教或教皇认可才能成立。格列高利首先写信给查伦斯（Ch?lons）的主教，警告将把法兰西国王菲利普·奥古斯都逐出教会，因为他出售主教职位。1074年，他又送一封公开信训诫法兰西教区的主教，要他们当面揭发国王的罪行，假使菲利普拒绝革新，就把全法国的宗教仪式都停掉。俗人任命教职的事仍层出不穷，但法兰西的主教们已能提高警觉，把问题留给日耳曼解决。
1075年2月，由格列高利主持，意大利的主教在罗马召开宗教会议，会议发布训令，反对买卖圣职、教士结婚及俗人任命教职。格列高利出其不意，以出售圣职为由，将亨利四世五位咨政主教一齐逐出教会，暂时取消帕维亚和都灵两地的主教职位，罢黜皮亚琴察的主教，命令巴姆伯格的主教赫曼到罗马澄清所遭到的买卖圣职的指控，当赫曼企图向教皇的裁判所行贿时，他被格列高利革职。格列高利客气地请亨利提名一位适当的继承者以填补巴姆伯格主教的空缺，亨利不但提名宫廷的罗马宗教会人物，且未经教皇同意就授予他主教戒指和权杖——这程序固然合乎当时的习俗，却公然违反会议的训令。亨利似乎有意显示他对格列高利命令的反叛，几乎当着教皇的面任命了米兰、费尔莫、斯巴拉脱等地的主教，并且留下被逐出教会的咨政人员以为己用。
1075年12月，格列高利发出一封告诫信给亨利，并叮嘱送信人口头转告亨利，如果他继续漠视罗马宗教会议的训令，教皇一定把他废黜。亨利召开在沃姆斯的日耳曼主教会议（1076年1月24日），24人到场，一些人拒不赴会。罗马红衣主教休在会场控诉格列高利淫佚、残暴、玩弄巫术，其教皇职位是以贿赂及暴力取得。他提醒主教们几个世纪的传统习俗，是要求选举教皇须事先征得日耳曼皇帝同意，而格列高利并未这样做。皇帝最近平定了撒克逊人的叛乱，勇气大增，正拟废黜教皇，与会的主教都签名表示赞成，皮亚琴察的伦巴底主教会议也同意这一行动。于是亨利将这一命令送给格列高利，在该命令上附笔：“经上帝任命而非篡位的国王亨利，致假教皇且虚伪的僧侣希尔德布兰德。”这封信送到格列高利手上时，他正在罗马的宗教会议（1076年2月21日）上，在场的110位主教均来自意大利及高卢，他们想要把信差杀死，但格列高利庇护他。会议把所有在沃姆斯训令上签字的主教统统逐出教会，教皇开出三条判决给国王：逐出教门、革职、解除臣下对亨利的效忠宣誓（1076年2月22日）。亨利说服乌特勒支的主教，联手把格列高利——“伪证的僧侣”——逐出教会的讲坛。全欧洲都因教皇废黜皇帝而受震惊，更因皇帝废黜教皇及主教诅咒教皇而惊恐。宗教情绪比民族感情更为高涨，人民支持教皇，迅速地把国王摒弃了。撒克逊人再度叛乱，当亨利召集主教、贵族到沃姆斯及美因茨参加会议时，丝毫未引起注意，相反，日耳曼贵族见时机对他们有利，再次趁机扩张封建势力以对抗国王，于是他们在特里博集会（1076年10月16日），同意将皇帝驱逐出教，并宣称如果他于1077年2月22日之前未从教皇手中取得赦罪文状，则他们将推选另一个人继承王位。贵族与教皇使节安排于1077年2月2日在奥格斯堡召开会议，由教皇主持，以解决教会与皇室之间的问题。
亨利退隐施派尔，极为狼狈，他确信教皇将召开的会议一定会确认他的被废，于是派遣信差到罗马，想回去那里并请求赦罪。格列高利答复说他将赴奥格斯堡，无法在罗马接见亨利。动身北上后，教皇在曼图亚受到朋友及支持者托斯卡纳的女伯爵玛蒂尔达的热情款待。听说亨利已到意大利，教皇怕这位国王会在反对教皇的伦巴底人中募集军队，就避到玛蒂尔达在加诺萨的城堡里去，该城堡坐落在靠近雷吉奥·埃米利亚（Reggio Emilia）的亚平宁高山上。1077年1月25日，意大利罕有的严冬，格列高利从这里向日耳曼亲王报告：
亨利亲自到加诺萨来……只带几个随从……他出现在城堡门口，赤脚，只穿一件褴褛的毛衣，怯懦地恳求我们给予赦罪与宽恕。就这样一连三天，在旁的人大受感动，开始同情他，流着眼泪祈祷，代他恳求……最后我们撤销对他的废黜，再度引他回到圣母教会（Holy Mother Church）的怀抱中。
格列高利迟疑这么久并非心肠冷酷，因他未请示日耳曼亲王就已答应决不与亨利妥协；他也知道假使亨利被宽恕后又起而反抗，第二次的废黜效力就会减低，贵族的支持力量也会锐减。但是另一方面，基督教世界的信徒会为基督的代言人拒绝赦免一个谦卑的悔罪者而感到不可理解。这件事对格列高利来说是精神上的胜利，对拿回王位的亨利来说则是外交手腕的成功。格列高利回到罗马，此后两年一直致力于教会立法，目的在于强化教士的独身。日耳曼亲王们宣布斯瓦比亚的鲁道夫为日耳曼国王（1077年），看来亨利的策略是失败了，不过他已脱离教皇的控制，又获得不迷信贵族的人民的同情，于是一支新的军队很快组建起来保卫他。这以后的两年间，内战使日耳曼惨遭破坏。格列高利犹疑不定，最后决定支持鲁道夫，第二次将亨利逐出教会，禁止基督徒帮助他，并把赦罪文书给予所有投到鲁道夫麾下的人民（1080年3月）。
亨利镇定应变，一如往常，他在美因茨召集支持他的贵族及主教开会，废黜格列高利。在布里克森（Brixen）召开的由来自日耳曼及北意大利的主教参加的会议确认这一废黜，宣布拉韦纳主教吉尔伯特为教皇，授权给亨利执行此一决定。两军在撒克逊的萨勒河畔（1080年10月15日）遭遇，亨利被击溃，鲁道夫也受创而死。当贵族争论由何人继鲁道夫之位时，亨利进入意大利，他穿过伦巴底，未遭抵抗，在途中又添一支军队，把罗马团团围住。格列高利向罗伯特·吉斯卡求援，但他鞭长莫及；教皇又向在他帮助下征服英格兰的威廉一世求救，但威廉无意使亨利在这场大规模的争斗中落败。罗马的人民奋勇保卫教皇，但亨利已占领大部分罗马，包括圣彼得修道院，格列高利便逃到圣安杰罗的城堡。在拉特兰宫廷召开的宗教会议，遵从亨利的嘱咐，把格列高利罢黜并逐出教会，立吉尔伯特为教皇克莱门特三世（1084年3月24日）。一周之后，克莱门特加冕亨利为王，统治罗马为时一年。
1085年，罗伯特·吉斯卡放弃对拜占庭的战役，带领3.6万大军直逼罗马，亨利无力抵挡，逃到日耳曼，罗伯特进入首府，释放格列高利，劫掠罗马，使半座城市陷于瘫痪，把格列高利带到卡西诺山，罗马市民恨透了诺曼底人，因为这些人竟使他们所支持的教皇无法安然坐镇。克莱门特回到罗马当教皇，格列高利继续召开另一次会议，再度将亨利革出教门，接着已感心力交瘁，说道：“我热爱正义，痛恨邪恶；是以我将死于流亡之所。”他年仅62岁，但迭经变故，身心俱疲，已无力继续支持，而又栽倒在昔时他在加诺萨赦罪的人手中，使他无意再活下去。1085年3月25日，他逝世于萨莱诺。
或许他过于热爱正义，过于激烈地痛恨邪恶。在敌人的立场观察正义的成分，一个哲学家还会保持缄默，但一个充满行动的人就无法抑制内心的不平了。一个世纪之后，英诺森三世实现格列高利梦想的一大部分——基督的代言人之下的一统世界。但他是以较温和的手段，较明智的外交赢得的，然而正因为格列高利的挫败，才使英诺森的成功变为可能。希尔德布兰德所获得的，已比他真正达到的为高，他把教皇职位推到最高点，其巅峰历十年而不衰退。他对教士结婚的现象，不妥协地展开攻伐已获成功，并为后来的继承者预备了一个坚固的教士团体，其忠耿之心，大大地强化教会。他对圣职买卖及俗人任命教职的攻击，赢得一场迟来的胜利，最后他的观点也胜出了，教会的主教们也将成为教皇的忠仆。他派遣教皇使节的目的，是扩张教皇的势力，使之及于基督教区的每一个地方。由他开始，目前教皇选举无须由皇室支配，使教会产生一连串的强者。格列高利去世后十年，乌尔班二世带领十字军，会聚了基督教义、封建制度、骑士精神及帝国主义等特点，世界上的国王和贵族无不承认他是欧洲的领袖。
