这一时期教会被三个内在问题困扰：教皇及主教职位的买卖，世俗教士的结婚或蓄妾，僧侣间零星发生的淫乱行为。
以世俗的方式买卖教会职务是发生在教会中的与政治腐败相关的现象。善良的信徒是圣职买卖的来源之一。诺根特的盖伯特的母亲急于把他奉献给教会，于是付给教会当局一笔钱，在他十一岁时将他立为教堂司祭。1099年，在罗马召开的教会会议慨叹类似的事情层出不穷。由于英格兰、日耳曼、法兰西及意大利的主教不仅可以主持教会之事，而且可以主持俗务，并拥有封建采邑、乡村甚至城市以供其岁入，因此许多野心家便以巨款、世俗权势来收买这些职位，贪婪的统治者也置操守于不顾，收受贿赂。在纳邦，一个10岁的男孩被立为大主教，代价是10万罗马金币。法兰西的菲利普一世以轻松的口吻安慰争取主教之位失败的人说：“让我从你的对手处取得利益，然后你设法使他出卖职位，以后我们就可以考虑满足你的要求。”法兰西的国王遵循查理建立的传统，任命森斯、兰斯、里昂、图尔及布尔热等地的主教，其余各地的主教则由公爵或伯爵任命。许多主教辖区在11世纪时成为贵族家庭的世袭财产。日耳曼有一位封建贵族把持并移交八个主教辖区。一位日耳曼红衣主教断言，圣职及其俸禄的买家曾把教堂的大理石，甚至屋顶上的瓦卖掉，以抵偿他们购买圣职的成本。这些人都是俗人，生活奢侈，轻启战端，准许主教在宫廷中公开行贿，给予自己的亲戚各种教会职位，崇拜金钱而且忠贞不贰。教皇英诺森三世批评纳邦的一位大主教，说他的心已经掉在钱袋里了。职位买卖变得如此频繁，以致现实的人们都以之为常态，但是改革者却高叫术士西蒙（Simon Magus）已把教会掳去了。
对于教士而言，道德问题总离不开结婚与蓄妾。9世纪和10世纪，神父结婚在英格兰、高卢及北意大利是很平常的事。教皇哈德尼二世（Hadrian II）就曾结过婚。维罗纳的主教罗色纽斯（Ratherius）报告说：实际上他教区中所有的神父都已结婚。11世纪初，世俗教士中独身的已经是微乎其微。认为教士结婚不道德实则是一种错误看法，虽然它违背了教会的规条与理想，却合乎时代的习俗与道德标准。在米兰，公众对已婚的神父比未婚的评价更高，因为后者有蓄妾的嫌疑。姘居——一般未婚男人与未婚女子同居生活——也被大众舆论宽宥。虽然大多数的欧洲教士都过着高洁的道德生活，我们也知道中世纪前后许多神父、主教忠心耿耿，把生命献给人民。然而，也有些例外的丑闻。742年，博尼费斯主教向教皇撒迦利亚抱怨主教之职都被“贪婪的凡人及淫乱的教士把持着”，某些执事有“四五个情妇”。“可敬的”比德在同一世纪指责英格兰“某些主教笑闹、嘲弄、瞎说故事、狂欢、酗酒以及……过着淫逸的生活”。11世纪末，类似的指责愈多。拉尔斐·格拉贝（Ralph Glaber）描写这个时期教士与俗人共度失德的生活。意大利僧侣彼得·达米安（Peter Daemian）把一本《不吉利的书》（Liber Gomorrhianus）献给教皇，该书作者的圣洁，可能使他夸大地描写教士团体的堕落行为，其中一章名为“论违反自然之道的多端罪恶”。达米安极力呼吁禁止担任教职人员结婚。
教会很久以来即反对教士结婚，理由是一个已婚的神父会有意无意把忠心转向妻子儿女，更甚于对教会的热诚，因此他易受诱惑而去搜刮金钱财物，也会尽力把他的职位或俸禄传给后代，世袭的教士阶级在欧洲兴起，联合起来的有产教士阶级经济力量之大，就非教皇所能控制了。神父应该全心奉献自己给上帝、教会及同胞。他的道德标准要比一般人高，他因之树立起使人民信服及尊敬的依归。许多教会会议都要求教士独身。1018年，在帕维亚召开的一次会议谕令所有神父的后代永远为奴，取消其继承遗产的资格。但是教士结婚之风依然盛行。
利奥九世发现，由于教士将教会财物留给后代，采邑领主侵占教会田产，及朝圣者到罗马来祈祷、请愿、供奉却遭到侵夺等，使彼得教堂变穷了。他组织朝圣者的保护队伍，拿回被分割的教会财产，投身消灭买卖圣职及教士结婚的艰巨工作中。他把教廷内部的管理问题移交给精明而忠诚的僧侣之后，于1049年离开罗马，决定亲自调查欧洲各大城市教士的道德状况及教会的功能。他以威严的举止和简朴的生活，使人们对教会高级人员的尊敬程度大大提高。他所到之处，罪恶藏匿无踪。曾经劫掠教会、反抗国王的戈弗雷（Godfrey of Lorraine）在教皇开除其教籍时，全身发抖，甘心情愿地在凡尔登他以前曾破坏过的教会圣坛前接受鞭笞，并修理该教堂，亲自动手参与工作。利奥在科隆掌控了权力，日耳曼教士团体以有一位日耳曼教皇为荣，非常拥护、爱戴他。然而他又到法国，在兰斯主持裁判所，调查世俗及宗教界的道德情况、买卖教职、掠夺教会财产、修道院规条的废弛及异端邪说的兴起。在场的主教都遵命坦白说出自己的罪过，一个接一个，大主教也都控诉自己。利奥严厉指责他们，将一些人革职，宽恕了另外几位，开除四人的教籍，命令其余的人到罗马，由公众制裁。他命令教士遗弃妻妾，停止武装暴动。兰斯的会议更进一步规定主教和院长由教士团体和人民选举，禁止贩卖圣职，不许教士在主持圣餐礼、探望病患、埋葬死者时收受报酬。美因茨的一次会议（1049年），在利奥的督促下，颁布与上述类似的日耳曼教会改革方案。1050年，利奥回到意大利，主持维尔塞利（Vercelli）的会议，审判图尔的贝伦加尔的异端邪说。
利奥长期在北部热心奔波，使教皇之位恢复原有的权威，日耳曼皇帝重新成为日耳曼教会的统治者，法兰西和西班牙的主教承认教皇的权威，并率先开创了扫荡教士唯利是图、放纵情欲等败德行为的风气。1051年和1052年，他进一步在日耳曼和法兰西推行改革。他在沃姆斯主持一场盛大的宗教集会，在曼图亚主持另一场。最后他回抵罗马，以武力保护教皇辖区。皇帝亨利三世曾赐他本尼凡托的公爵领地，卡普阿的潘德尔夫公爵（Duke Pandulf）拒绝承认这一赠与。罗伯特·吉斯卡（Robert Guiscard）的一群诺曼底人提供帮助，于是他得以占领了公爵领地。利奥要求一支日耳曼军队助他驱逐潘德尔夫，但他只接受700人，加上一些未经训练的意大利人，在他们引领下直趋诺曼底人部队。对方骑兵共3000人，都是善战的海盗。诺曼底人吞没了利奥的队伍，逮捕他，却跪在他面前，求他饶恕他们杀死了他的500人。他们带他到本尼凡托，软禁他9个月，其间他备受礼遇。利奥很悲痛，后悔动用武力，只穿忏悔服，睡在垫着毛毡的石头上，整天几乎都在祈祷。诺曼底人看他一副奄奄一息的样子，把他放了。他回到罗马，万众欢腾。他赦免所有被开除教籍的人，命令手下在圣彼得修道院放置一具棺材，在旁边坐了一整天，最后死在圣坛上。跛子、聋子及麻风病人闻讯从意大利各地赶来，瞻仰他的遗容。
