宗教改革终于传到罗马。城市的民众一向难以驯服，甚至皇家如兀鹰利爪般支配着数千兵团时也是如此。教长们（pontiffs）只拥有衰弱的国民军，办公场所的堂皇及法令的严苛，使他们成为贵族和公民愤恨的对象。罗马人太骄横，国王无法说动；也太熟稔了，教皇威吓不了。他们见到所谓“基督的代理人”（vicars of Christ）也不过跟他们一样，容易受到疾病、过错、罪恶、挫败的支配。他们认为教皇并非安定秩序的堡垒，也非永生的宝塔，而是一个代理人，把欧洲的金钱拿到罗马发展救济。以教会的传统，非经罗马教士、贵族及人民同意，不得选举教皇，而斯巴拉脱、本尼凡托、那不勒斯及托斯卡纳的领导者和罗马贵族各成派系。城市中势力最大的那一派图谋选举并支配教皇，他们于10世纪把教皇的实际地位降到历史上最低水平。
878年，斯巴拉脱的朗伯特（Lambert）公爵领军进入罗马，逮捕教皇约翰八世，恐吓要饿死他，强迫他支持卡洛曼取得王位。897年，教皇斯蒂芬六世把教皇福尔摩塞（Formosus）的尸体掘出来，为它穿上紫袍，在教会会议中控告他违反教会法律。尸体被判极刑，鞭尸并将其肢解后，丢入台伯河中。同年，一场政治革命推翻斯蒂芬，他锒铛入狱，被处以绞刑。数年之间政权由失德的地位显赫的妇女操纵。教皇的职位上演了一系列的贿赂丑闻，谋杀教皇的狄奥菲勒（Theophylact）家族，任意拥立或罢免教皇达半个世纪。狄奥菲勒的女儿玛洛齐娅（Marozia）操纵选举，立情夫为教皇塞尔吉乌斯三世。他的妻子狄奥多拉操纵教皇约翰十世的选举，约翰曾被指控为狄奥多拉的奸夫，惜证据不足。他确实是优秀的世俗领袖，916年将阿拉伯人驱逐出罗马便得力于他筹组联盟。玛洛齐娅享用过一连串的情夫之后，与托斯卡纳公爵基多结婚，两人阴谋推翻约翰，当着约翰的面把他的哥哥杀掉。教皇被监禁起来，几个月以后死亡，死因不明。931年，玛洛齐娅又拥立传闻中她与塞尔吉乌斯三世所生的私生子为教皇约翰十一世。932年，玛洛齐娅之子阿尔贝利（Alberic）把约翰拘禁在圣安杰罗（St.Angelo）要塞中，但允许他在狱中履行教皇的精神职责。阿尔贝利统治罗马，俨然“罗马共和”的专制领袖，为时22年。临终之际他把权力授予儿子奥克塔维安（Octavian），并强迫教士和人民许诺在教皇阿加佩图斯二世（Agapetus II）死后立他的儿子为教皇。后来人们照做了：955年玛洛齐娅之孙成为约翰十二世，他以在拉特兰宫廷中的放荡淫乱而闻名于世。
为约翰十二世加冕的日耳曼皇帝奥托一世，于962年首先获悉教皇职位的败坏腐化。963年，借助外高卢的教士，奥托回到罗马，召约翰至教会会议接受审判。红衣主教控告约翰任命主教时收受贿赂，使一名10岁的男孩成为主教；与其父的姬妾私通，并与其父遗孀及其侄女乱伦，把教皇的公所弄成妓院。约翰拒绝出庭应讯而出去打猎。会议废黜他，一致选举奥托的候选人——一位俗人为教皇利奥八世。奥托回到日耳曼后，约翰逮捕罗马皇室党的领导人，将其分尸，并强迫教会会议恢复他的教皇职务（964年）。约翰死时（964年），罗马人选举本笃五世继教皇之位，而冷落了利奥，奥托又从日耳曼赶来，罢免本笃，复立利奥。利奥于是公开承认奥托及其继承人有权否认未来的教皇选举。罗马天主教会认为利奥八世对抗教皇（antipope），因此不承认他的行动和训令。利奥死后，奥托把持约翰十三世的选举。本笃六世被罗马贵族博尼法齐奥·弗朗哥内（Bonifazio Francone）拘禁起来并绞死，弗朗哥内自立为教皇，一个月后，他卷走大量的金银财宝，逃到君士坦丁堡。9年后他又回到罗马，杀死教皇约翰十四世，夺取教皇公所，此后竟安详地死在床上（985年）。“罗马共和”马上又抬头，大权独揽，以克雷森提乌斯为执政官。奥托三世带兵突袭罗马，势如破竹，同来的日耳曼高级教职人员调查团推举奥托的神父为教皇格列高利五世以平息纷乱。这位年轻的皇帝敉平“罗马共和”，饶恕克雷森提乌斯，然后返回日耳曼。克雷森提乌斯马上又重建共和，罢免格列高利（997年）。格列高利将他逐出教会，但是克雷森提乌斯一笑置之，又布置约翰十六世的选举。奥托又回来，免掉约翰之职，把他的眼睛挖出，割掉他的舌鼻，把他绑在驴背上，脸朝驴尾，绕行罗马街头示众。克雷森提乌斯及12位共和领导者被斩首，尸体悬于圣安杰罗城的城垛上（998年）。格列高利恢复教皇职位，后来大概中毒死亡（999年）。奥托让一位极英明的继承人承袭教皇之位。
吉尔伯特生于奥弗涅奥里雅克附近的贫贱人家（约940年），早年进入当地的修道院，院长建议他到西班牙学习数学。970年，巴塞罗那的博雷尔（Borel）伯爵带他到罗马。教皇约翰十三世见其学识丰富，大为赏识，便把他推荐给奥托一世。吉尔伯特在意大利执教一年，当时或稍后几年，奥托二世是他的学生。接着他又到兰斯的教会学校学习逻辑，不久即成为该校的校长。他教授的课程繁多，包括关于古典诗人的课程。他写得一手好拉丁文，文笔优美。每到一个地方，他必收集书籍，并倾囊誊抄其他图书馆的手抄本，我们今日能读到西塞罗的演讲集，或许要归功于他。他领导基督教世界研习数学，介绍早期的阿拉伯算术形式，写作有关盘算及天体观测仪的文章，发表几何学论文，还发明了一种机械钟及蒸汽驱动的风琴。他的科学成就非常之多，以至他死后人们认为他拥有神力。
亚德贝罗去世后，吉尔伯特企图接任兰斯大主教，但是修·卡佩任命式微的加洛林王朝的私生子阿诺夫为大主教，阿诺夫却背叛修谋反，教会会议不顾教皇反对将他废黜，推选吉尔伯特为大主教（991年）。4年后，教皇使节怂恿莫伊森（Moisson）的宗教会议阴谋推翻吉尔伯特，这位受尽屈辱的学者逃往日耳曼奥托三世的宫廷，在那里他备受尊崇，并把改革罗马帝国、以罗马为首都的策略灌输给年轻的皇帝。奥托任命他为拉韦纳的大主教。他于999年升任教皇。吉尔伯特自称西尔维斯特二世，似乎想要成为第二个统一世界的君士坦丁的西尔维斯特。如果他和奥托能多活十年的话，他们的梦想也许可以实现，因为奥托是拜占庭公主之子，而吉尔伯特可能会成为一位哲学家国王。但教皇在上任第四年逝世，罗马人谣传他是被毒害奥托的斯蒂法尼亚毒毙。
他们的热望及环绕他们的扰攘政治，反映出基督徒很少有人真正把世界将于1000年灭亡的看法放在心上。10世纪初，某次教会会议宣称历史的最后一个世纪已经开始。会议结束时，少数人相信这一预言并准备接受最后的审判（Last Judgment），大多数人则我行我素，工作、玩乐、犯罪、祈祷，设法活得更久。1000年时并没有证据显示惊恐、慌张或对教会有利的转机。
吉尔伯特死后，教皇职位又再度腐化，图斯库鲁姆（Tusculum）的伯爵与日耳曼皇帝联盟，收买主教、出卖教皇职位，明目张胆，毫不掩饰。由他们任命的本笃八世是精力充沛，聪敏明智的人，但本笃九世——他12岁时被推举为教皇——行为却极为无耻、放纵，以致人民起而反抗，把他逐出罗马。图斯库鲁姆的人帮助他，他才夺回教皇之位，但他已感厌倦，故将它卖给格列高利六世，价格是1000（或2000）磅金子。格列高利不辱教皇之位，操守正直，倒使罗马人感到惊讶。事实上，他收买教皇之位动机纯正，真心想有一番作为，并欲把教皇一职从各领主手中解放出来。图斯库鲁姆的宗族不允许革新的来临，又推选本笃九世为教皇，第三个派系同时立西尔维斯特三世。意大利教会组织向国王亨利三世陈情，请他制止这些可耻的事，他驾临苏特里召集会议，将西尔维斯特逮捕入狱。他不但接受本笃辞职，还以私自收买教皇职务的罪名将格列高利革职。亨利说服与会者，只有一位由皇帝保护的外国教皇才能制止教会的继续腐化。巴姆伯格（Bamberg）的主教被推选为教皇克莱门特二世，但他于一年后死亡。达玛沙斯二世也感染由排水不畅的罗马四周的平原传来的疟疾死亡。最后，教皇职位庆幸得人，利奥九世以他的勇气、学识、专一及在罗马城很久以来难得一见的宗教热诚来面对问题。
