迈蒙尼德不但对犹太世界有影响力，对伊斯兰教和基督教也都有影响。伊斯兰教学者在犹太教师的指导下研究《指南》一书，蒙彼利埃及帕多瓦的大学均以该书拉丁文译本为教材。在巴黎，亚历山大和威廉也时常引述该书。大阿尔伯图斯在许多方面均采纳迈蒙尼德的观点，阿奎那也常常考虑他的意见，虽则旨在加以驳斥。斯宾诺莎或许因为缺少某些历史知识，批评迈蒙尼德寓言式地解释经文是保持《圣经》权威的不良尝试，但是他称赞这位伟大的犹太拉比是“公开宣告经文应配合理性的第一人”，而且他接纳迈蒙尼德关于先知、神迹及神性的某些意见。
就犹太教本身而言，迈蒙尼德的影响是革命性的。其后代继承迈蒙尼德的工作：其子亚伯拉罕于1205年继任犹太族长及宫廷御医，其孙大卫及其曾孙所罗门也继任埃及犹太人的领袖，且三人均继述迈蒙尼德哲学的传统理论。一时之间，运用寓言式的诡辩将《圣经》亚里士多德化的情形极为流行，而且否认《圣经》故事的历史性。例如，认为亚伯拉罕及其妻撒拉的故事仅是一种传说，所代表的乃是物质与形式，而犹太礼法则仅象征目的与真理。犹太神学整个架构好像要自法师的头上落下，就此崩溃。一些犹太拉比立即进行有力的反击，包括巴勒斯坦的阿里、包斯吉尔的亚伯拉罕·大卫、托莱多的艾卜拉菲、吕内勒的艾斯特拉克、蒙彼利埃的所罗门·亚伯拉罕、西班牙的乔朗第及其他人等。他们抗议“将经文卖给希腊人的行为”，抨击以哲学代替《塔木德》的企图，痛惜迈蒙尼德对永生的怀疑，扬弃无法使人崇敬或祈祷的那种隐喻、抽象的不可知上帝，犹太教神秘哲学的信徒也参与攻击，甚而渎污了迈蒙尼德的墓穴。
正当正统基督教派在法国南部发动铲除阿尔比异端之战时，迈蒙尼德之战也使该地犹太社区分裂了。而当基督教正统派反对理性主义，禁止大学讲授亚里士多德及阿成罗伊的著作以自卫之际，蒙彼利埃的犹太拉比所罗门·亚伯拉罕——或许是为了预防基督徒攻击犹太教会众为潜藏的理性主义者——采取非常步骤攻击迈蒙尼德哲学著作为邪说，并驱逐研读渎神科学及文学与以寓言解释《圣经》的犹太人出教。由基姆希及迪本领导的迈蒙尼德支持者们也采取报复，劝告法国南部普罗旺斯地区吕内勒、贝西亚、纳博讷诸城以及西班牙萨拉戈萨、莱里达等地的会众，将所罗门及其徒众驱逐出教。所罗门当即采取更惊人的行动：他向蒙彼利埃多米尼克教派宗教裁判所控告迈蒙尼德的书是异端邪说，对犹太教及基督教都有危险性。多米尼克教派僧侣加惠于他，于1234年一次公开仪式上，将能到手的迈蒙尼德著作付之一炬。1242年，巴黎也有同样的事情发生。四十年后，犹太《塔木德》也在巴黎被焚。
此类事件使迈蒙尼德的信徒勃然大怒。他们在蒙彼利埃拘捕了所罗门的重要信徒，控告他们诬告伤害同胞，并处以割舌之刑。显然所罗门也被处死了。乔那拉比（Rabbi Jonah）后悔参与焚毁迈蒙尼德著作事件，亲至蒙彼利埃，在犹太教会堂公开忏悔，并至迈蒙尼德墓穴参拜悔过。但是艾斯特拉克策划禁止研读任何渎神科学的律令，又引起冲突。那克曼尼迪斯及艾休支持他。1305年，巴塞罗那犹太会众受人尊敬的实力领袖艾得力特（Solomon Ben Abraham Ben Adret）针对任何传授，或年25岁以下研读任何世俗科学的犹太人发布驱逐出教令，但医药或非犹太哲学不在此列。蒙彼利埃自由派以驱逐禁止其子研读科学的犹太人出教作为报复。这两种禁止都没有广泛的效力，各处的犹太青年继续研读哲学。但在西班牙，艾得力特和艾休的广泛影响力，与在宗教裁判所控制下的欧洲迫害及恐惧的日益滋长，迫使犹太人返回学术及伦理的孤立状态。科学研究已经衰落，纯粹的犹太律法研究在希伯来学校大行其道。在其运用理性的冒险行动过去之后，犹太人不断为宗教恐怖行动及周围的仇恨所冲击，又埋首于神秘主义和虔诚敬神之中。
