中古时代犹太人的科学和哲学均在伊斯兰教各国取得显著成就。中古时期住在基督教各国的犹太人极为孤立并受歧视，但是他们同时受到邻近民族的影响，以至于埋首于神秘主义、迷信及救世主的梦想中，以寻求解脱，历史长河中很少出现对科学发展如此不利的环境。不过，宗教鼓励研读天文学，因为必须依赖天文学才能正确确定各个节日。6世纪，巴比伦的犹太天文学家开始引用天文计算法取代直接观测天象的方法。他们根据太阳的显明运行计年，依照月球的盈虚计月，每个月均有巴比伦式的名字，满月为30天，缺月为29天，然后以19年为一个周期，每逢3、6、8、11、14、17及19各年均加上第十三个月，借以调和阴历与阳历。在东方，犹太人使用塞琉古历法（the Seleucid calendar）来记事，该历法自公元前312年起开始使用。在欧洲，自9世纪起，他们采用今日流行的犹太纪年，称为anno mundi，意为“世界年历”（year of the world）——它公认为公元前3761年首创并开始应用。犹太历法与很多历法一样有缺陷，也一样神圣不可改变。
犹太学者马夏拉（Mashallah）是伊斯兰国家早期的天文学家之一。其所著《天体运行轨道》（De Scientia Motus Orbis）由杰拉德（Gerard）从阿拉伯文译为拉丁文，在基督教各国很受赞赏。其《论价值》（De Mercibus）一书，是现存最古老的阿拉伯文科学著作。其时主要的数学论著有《论代数、几何及三角》（Hibbur ha-Meshihah）——为巴塞罗那的亚伯拉罕·西雅（Abraham Ben Hiyya）所著。他还主编了一部现已逸失的有关数学、天文学、光学及音乐的百科全书，并留下了现存最早的论历法的希伯来文论文。一个世纪之后，亚伯拉罕·艾兹拉发现写诗与研讨数学组合分析原理并不冲突，可以并行不悖。这两位亚伯拉罕是最早不以阿拉伯语而用希伯来文写作科学著述的犹太人。通过这些书以及无数翻译自阿拉伯文的希伯来文译著，伊斯兰教科学和哲学传入了欧洲犹太社区，使其超越了纯粹犹太律法学的范围，扩展了知识生活的领域。
部分得益于阿拉伯科学，同时也因恢复了其传统医术的关系，此时的犹太人写下了许多论述医药的杰作，并成为基督教欧洲最可敬的医生。以色列利（Isaac Israeli）在埃及成了享有盛名的眼科医生，受聘在凯鲁万担任御医。其医学著作已由阿拉伯文译成希伯来文和拉丁文，整个欧洲一致称赞其为古典名著。这些著作在沙莱诺和巴黎被列为教科书，在700年后被伯顿（Burton）的《忧伤的解剖》（Anatomy of Melancholy）引述。传说以色列利视富贵如浮云，是顽固的独身者，并为百岁人瑞。可能与他同时的耶夫地（Asaf ha-Jehudi），是最近才发现的一部现存最古老的希伯来文医学著作的作者，该书杰出之处在于，认为血液通过动脉和静脉循环。假如他也猜到心脏的功能，那么他比哈维更早知道血液循环的原理了。
在埃及，自迈蒙尼德到来后（1165年），当地的卫生事业完全由犹太医师和犹太医书主宰。开罗的法达（Abu al-Fada）写下12世纪主要的眼科著作，而艾塔（al-Kuhin al-Atrar）编写了至今仍被伊斯兰世界使用的方剂。南意大利及西西里的犹太医生成为阿拉伯医药进入沙莱诺的媒介。沙伯萨（Shabbathai Ben Abraham）被称为堂诺罗（Donnolo）。他生于奥特朗托，后为穆斯林所俘，在巴勒莫尽学阿拉伯医术后，回到意大利悬壶济世。耶路撒冷的犹太人格拉萨斯（Benvenutus Grassus）在沙莱诺学医，后在该地与蒙彼利埃教学。他写成《医学实践》（Practica Oculorum），被伊斯兰教与基督教各国公认为是讨论眼疾的精确论文。该论文发表后224年，成为第一部付梓的眼疾专科医书。
各地犹太律法学校，特别是法国南部，均开有医药课程，部分原因是使犹太拉比获得维生的技能。蒙彼利埃希伯来学院训练出来的犹太医生，协助创设了著名的蒙彼利埃医校。1300年，一名犹太人被任命为校董，竟使犹太人得罪了巴黎大学的医药权威，蒙彼利埃医校被迫不准犹太人入学（1301年），而且在1306年，该市希伯来医生与一般犹太人一样，被逐出法国。不过，由于接受犹太教及伊斯兰教的范例与影响，基督教医学此时已经革命化了。闪米特医生很久以前就已去除了他们认为魔鬼附体才会得病的观念，而且他们合理的诊断与医疗方法往往获得成功，减弱了人们对圣人遗物疗效与其他超自然疗法的迷信。
僧侣及世俗教士的修道院和教堂，都放置圣人遗物供人朝拜，当然不肯接受这种革命。教会反对基督教家庭殷勤延揽犹太医生，教会怀疑这些人只知医药而不知信仰，更担心他们在病人心中有太大的影响力。1246年，贝西亚宗教会议禁止基督徒聘请犹太医生。1267年，维也纳宗教会议禁止犹太医生替基督徒看病。尽管有这些禁令，有些基督教显贵仍然倚重犹太医术。教皇博尼费斯八世（Boniface Ⅷ）患眼疾，请莫迪凯（Isaac Ben Mordecai）诊断。西班牙教士和哲学家吕里（Raymond Lully）称每所修道院均有一位犹太医生，一位教皇特使发现许多女修道院也如此，大为震惊，而西班牙的基督教诸国王直到斐迪南及伊莎贝拉在位时，都欢迎犹太医术。阿拉贡国王詹姆斯一世御医、巴塞罗那的班万尼斯特（Sheshet Benveniste）著有当时最主要的妇科论文。直到13世纪基督教大学采用理性医学研究后，犹太人才失去在基督教各国行医的优势。
犹太人是迁徙频繁、散居各地的民族，因此在地理学上贡献很少。虽然如此，12世纪最杰出的旅行家却是两名犹太人——赖地斯本城的派他奇亚（Petachya of Ratisbon）和都德拉城的本雅明——他们用希伯来文把旅行欧洲及近东的情形翔实地记了下来。本雅明于1160年离开萨拉戈萨，他一路悠闲从容，访问了巴塞罗那、马赛、热那亚、比萨、罗马、沙莱诺、布林底西、奥特朗托、科孚、君士坦丁堡、爱琴海群岛、安条克、巴勒斯坦诸重要城市、巴勒贝克、大马士革、巴格达及波斯等地。回程时他又自印度洋和红海乘船至埃及、西西里及意大利，然后自陆路至西班牙。他于1173年平安抵达家门，不久去世。他主要的兴趣为犹太社区，描述沿途各国地理及种族特色，准确客观。其游记与一个世纪后《马可·波罗游记》相比，虽不如后者引人入胜，却更为真实可靠。该书几乎有各种欧洲语言译本，至今仍为犹太人喜爱。
