以色列人如今已有一部法律，但无国家；他们已有经书，却还没有家。614年，耶路撒冷是一座基督教城市。629年它为波斯城市，637年又为基督教城市，至1099年成为伊斯兰教地方首府。同年，十字军围攻耶路撒冷，犹太穆斯林并肩保卫该城，当该城陷落时，残存的犹太人皆被逐入会堂并活活烧死。1187年萨拉丁占领耶路撒冷后，巴勒斯坦犹太人又迅速繁殖起来。萨拉丁的兄弟艾拉迪尔苏丹欢迎1211年逃离英法的300名犹太拉比来此定居。不过，52年后，那克曼尼迪斯（Nachmanides）发现该城只有少数犹太人，圣城已完全成为穆斯林的城市。
纵然有改宗及不时受到迫害的情形，但犹太人在叙利亚、巴比伦尼亚（伊拉克）及波斯等伊斯兰国家人口仍然很多，并发展出一种生气蓬勃的经济与文化生活。至于其内政，与受萨珊诸王统治时一样，他们在族长及法师、学院院长领导下，享有独立的自治权。伊斯兰教王国统治者都承认犹太族长为巴比伦尼亚、亚美尼亚、土耳其斯坦、波斯及也门等地犹太人的首领。据陶德拉的本雅明（Benjamin of Tudela）说，所有伊斯兰教国王之子民应“在族长出现时起立致敬”。族长职位家族世袭，该家族血缘可直接追溯至大卫王，其权力是政治性而非宗教性的。因其致力于控制犹太拉比，而导致衰亡。262年以后，改由法师、学院院长选出族长并对后者加以节制。
位于苏拉及本伯地萨基地的法师学院，为伊斯兰国家犹太人及部分基督教国家犹太人提供宗教和学术上的领导人才。658年，哈里发阿里解除了族长对苏拉学院的统辖权，该学院院长马尔—伊萨克（Mar-Isaac）被尊为“阁翁”（Gaon），从此开始了巴比伦尼亚宗教与学术上的“阁翁时代”（Gaonate）。本伯地萨学院由于靠近巴格达而极其繁荣并受到尊重，其领袖也取得阁翁的头衔。自7至11世纪，犹太世界关于《塔木德》的疑问向这些阁翁咨询，而后者的答复又成为犹太教《塔木德》的新文献。
阁翁与动摇和分裂东方犹太人的异端同时兴起——或许部分由其促成。762年，犹太族长所罗门（Solomon）逝世，其侄安南（Anan Ben David）本应继承其位，但是苏拉及本伯地萨学院首领放弃原则，改立安南之弟查兰雅（Chananya）为族长。安南攻击两位阁翁，后逃至巴勒斯坦，另建自己的会堂，并呼吁各地犹太人服膺《摩西五经》。也就是恢复撒都该派的主张。类似于伊斯兰教什叶派主张毁弃“传统”，尊奉《古兰经》，也类似基督徒扬弃天主教传统，改奉福音书的主张。安南更进而于一篇评论中审查《摩西五经》，这是经文评述上大胆的行动。他抗议《塔木德》法师适应环境的解释对摩西律法所作的种种改变，并力主应严格执行《摩西五经》的规定，因此其信徒被称为经文派（Qaraites），源自闪米特语系阿拉姆语“qera”，意为“本文”；也源自“qara”，意为“研读”；“quran”即“经文信徒”。安南赞扬耶稣为圣者，因为耶稣并非要扬弃摩西的成文法，而是要毁弃犹太法学者及法利赛派的口述法。依安南的意见，耶稣并不是要另创新教，而是要净化与强化犹太教。在巴勒斯坦、埃及及西班牙，经文派信徒日益增多。至12世纪则趋于衰落，只有土耳其及阿拉伯地区尚存极少数的信徒。至9世纪，可能受到伊斯兰教中穆尔太齐赖派的影响，放弃安南逐字解释的原则，并建议以隐喻性的小量盐巴来象征《圣经》里肉体复活及身体的种种描述。正统犹太拉比，转取严格逐字解释原则，就像正统穆斯林一样，坚决主张“神的手”（God’s hands）或“神坐了下来”（God sitting down）等类片语应予逐字解释，某些评释家甚至估计神体、器官及胡须的精确量度。少数犹太自由思想家，如巴尔奇，甚至拒绝承认《摩西五经》为有拘束力的律法。由于经济繁荣、宗教自由及自由讨论，犹太教诞生了第一位著名的中世纪哲学家。
塞地亚（Saadia ben Joseph al-Fayyumi）于892年生于法尤姆（Fairyum）小村迪拉斯（Dilaz）。他在埃及长大，并在那里结婚。915年，他移居巴勒斯坦，后又移居巴比伦尼亚。他是品学兼优的学生，又是春风化雨的教师，36岁时已经是苏拉学院的阁翁。鉴于经文教派及怀疑主义对于正统犹太教的攻击，他致力于证明传统信仰完全与理性及历史相合，如同穆台凯里蒙派（the mutakallimun）对伊斯兰教所做的工作。在五十年的生命中，塞地亚写了很多著作，多数为阿拉伯文著作——在中古犹太思想史上只有迈蒙尼德可比拟。其所著《阿格龙》（Agron）一书为希伯来文闪米特阿拉姆语字典，建立了希伯来哲学。其所著《语意学》（Kitab al-Lugah），是已知最古的希伯来语字典。其所译的阿拉伯文版《旧约》，至今仍为说阿拉伯语的犹太人所用。其对《圣经》等所作的几篇评论，使他成为“也许是有史以来最伟大的《圣经》评论者”。其所作的《哲学理论与信仰》（Kitab al-Amanat），是反非犹太神学的概论。
塞地亚接纳启示与传统，及成文法与口述法，但他也接受理性，想要以理性证实启示与传统的可靠性。《圣经》有与理性矛盾之处，我们几乎可以肯定，以成人的心智，不会逐字解释并予以接受。神人同形论应视为另有隐喻去加以了解，盖神与人是不会相似的。世界运行有其次序与定律，可见必有一位天纵睿智的造物者。若认为睿智的神竟不知奖善亦非合理，唯显然的善行不一定在此生中获得善报，因此必然有来生，以补偿今生的明显不公。或许善人受到各种责难是他们偶然犯过的责罚，以便他们死后立即进入天堂乐园。而恶人在人间得逞其威，是他们偶然行善的报酬，以便……但即使是那些具有最高德行，在人间富足，享尽福泽者，心中也会感觉到可能有一个比目前这个更有无限可能，但成就却很有限的更好的世界存在，假如这些希望永远不会实现，则那个聪明睿智，能创造这样奇妙世界的神，要怎样才能使这些希望存在于灵魂中呢？塞地亚采纳少量伊斯兰教神学家的意见，并学习他们解释的方法，甚至不时引用他们意见的细节。他的著作最终散布于犹太世界，并影响了迈蒙尼德。本·迈蒙（Ben Maimon）说：“假如不是塞地亚，律法几乎就消失了。”
我们承认塞地亚脾气有些暴躁，他与族长大卫（the Exilarch David Ben Zakkai）的争吵伤害了巴比伦尼亚的犹太人。930年，大卫驱逐塞地亚，而塞地亚也将大卫逐出犹太教。940年，大卫死去，塞地亚任命一位新族长，但是继任者被穆斯林刺杀，理由是他曾轻视穆罕默德。塞地亚不久任命死者之子继承其位，然后者又被刺身死。沮丧的犹太人于是不再填补这一空缺，942年，巴比伦族长在七个世纪后消失了。同年塞地亚逝世，巴格达的伊斯兰教统治制度解体，埃及、北非、西班牙建立独立的伊斯兰国家，凡此种种削弱了亚洲、非洲及欧洲犹太人之间的联系。到了10世纪以后，巴比伦尼亚的犹太人也承受了东方穆斯林经济落后的命运。1034年，苏拉学院关门了，四年后本伯地萨学院也遭受同样的命运。至1040年，阁翁制度宣告结束。十字军进而把巴比伦尼亚犹太人孤立于埃及和欧洲犹太人之外，而自蒙古人于1258年围攻巴格达后，巴比伦尼亚犹太社区就几乎从历史中消失了。
在这些灾难尚未到来之前，许多东方犹太人移居亚洲、阿拉伯、埃及、北非及欧洲内陆。1165年，斯里兰卡竟有希伯来人2.3万名之多。阿拉伯许多犹太社区在穆罕默德的高压统治下仍能幸存。阿姆尔于641年征服埃及时，其报称有“4万进贡的”（付税的）犹太人住在亚历山大港。当开罗日见繁荣时，犹太人口不论正统派或经文派均有增加。埃及犹太人在其亲王（Nagid）统治下享有内政自治的权利，他们在商业上极为繁荣富裕，而且在伊斯兰国家政府中担任要职。960年，根据传统说法，有四名犹太拉比自意大利巴里（Bari）搭船西来，他们被西班牙伊斯兰教海军大将所俘，被贩为奴。摩西法师（Rabbi Moses）及其子邱诺克（Chanoch）被贩至科尔多瓦，薛玛利亚法师（Rabbi Shemaria）被贩至亚历山大港，胡希尔法师（Rabbi Hushiel）被贬至凯鲁万。就我们所知，犹太拉比后来均获自由，并在贩往的城市开创学院。我们常假定，但并不肯定，他们是来自苏拉的学者，无论如何，他们已把东方犹太人的学术带到了西方。当犹太教在亚洲趋于式微之际，却在埃及和西班牙进入和平盛世。
