有段时间，因在谨慎的批评中适当散布正统派的宣言，哲学得以在伊斯兰教的西班牙残存，而且企图发现统治者内部出现的自由思潮。虽然他们私底下是喜欢自由的，但认为思考对人民有害。因此阿尔摩拉维德王朝的萨拉戈萨省长选择了艾卜·贝克尔·伊本·巴雅（Abu Bekr Ibn Bajja）和他的僚属和朋友。他出生于约1106年，欧洲称他为阿维帕塞（Avempace）。他年轻时在科学、医学、哲学、音乐和诗歌方面就有很高的造诣。伊本·哈尔顿告诉我们这位省长如何欣赏这位年轻学者的一些诗篇，并发誓说这位诗人进宫时，会走在铺满黄金的道上。害怕这个诺言会减少对他的欢迎，于是伊本·巴雅在他的每一只鞋子里放了一枚金币。萨拉戈萨被基督徒攻下后，这位诗人、科学家、大臣逃到了菲兹，在那里，他发现自己处身于穆斯林中，一无所有，还被指控为无神论者。他死时年仅30岁，据传闻是被毒死的。他散失的音乐论文，被认为是西方伊斯兰教文学中有着精巧主题的杰作。他最有名的著作《隐士的准则》（A Guide to the Solitary），重新确定了阿拉伯哲学的基本理论。伊本·巴雅认为人类的知识是由两部分组成的：一为“物质睿智”（material intellect），是与肉体共生死的；另一为“主动睿智”（active intellect），或一般人共有的宇宙精神，是每个人都有而且永存的。思想是人类的最高功能，通过思想，而非神秘的幻想，人类可以获得“主动睿智”或上帝的知识，并与之合而为一。思考是冒险的事业，除非人能保持沉默。聪明的人可以生活在适当的幽静中，不接近医生、律师和人们，或者少数几个哲学家可以组成一个小团体，在互相体谅中追求知识，远离喧嚣的群众。
艾卜·贝克尔·伊本·图法伊尔（Abu Bekr Ibn Tufail），欧洲人称为艾卜巴赛尔（Abubacer），继续伊本·巴雅的事业，并几乎实现了他的理想。他也是科学家、诗人、医生和哲学家。他做了马拉喀什（在摩洛哥的阿尔摩哈德首府）哈里发艾卜·雅库布·优素福的医生和宰相。他尽量将精力消耗在王室的图书馆中，抽时间写作了许多技术性的著作，中世纪文学中最突出的哲学传奇，以伊本·西那的书为参考，并且（通过1708年的奥克莱英译本）可能启发了笛福（Defoe）的《鲁宾孙漂流记》。
哈伊·伊本·雅克赞（Hayy Ibn Yaqzan，意为“活泼、机警”之子），是这个故事的主人公，自幼被抛弃在一个无人居住的岛上，由母山羊将他喂养长大。他长大后非常聪明能干，用动物的皮做衣服、鞋子，研究星宿，解剖活的或死的动物，“在这种情形下，他获致了最博学的博物家所能知晓的学问的最高境界”。从科学到哲学与神学，他为他自己证明了一个全能造物者的存在。他实行苦行主义，放弃肉食，得到了与“主动睿智”超尘忘我的合一。哈伊现已49岁，已成熟得可以传授学问了。很幸运，神秘主义者阿萨尔（Asal）来到这个岛上，希望过独居生活。他遇见了哈伊，这还是哈伊首次发现人类的存在。阿萨尔教他说话，很高兴地发现他已经独自获得了有关神的知识。阿萨尔还告诉他尘世间一般宗教的粗俗，并且悲叹，连微不足道的道德也只有在对天国的向往和对地狱的恐惧下才能达到。哈伊决心回去，改造愚昧的人们，以使他们拥有更高和更富哲学意义的宗教。到达人类聚居区后，他在市集宣扬泛神主义。人们不注意他，或不理解他。哈伊最后认为穆罕默德是对的：人们只有相信宗教的神秘、神迹、庆典和超自然的惩罚与奖赏，才能接受社会秩序和规范。他为自己的干扰感到抱歉，回到了原来住的小岛，与阿萨尔朝夕相处，与温和的动物，与“主动睿智”生活在一起，并且“继续献身真主，直到他们死为止”。
伊本·图法伊尔以罕见的大度，在约1153年向艾卜·雅库布·优素福推荐了一位年轻的律师和医生，穆斯林叫他艾卜·瓦立特·穆罕默德·伊本·鲁什德（Abu al-Walid Muhammad Ibn Rushd），中古欧洲称他阿成罗伊—对伊斯兰哲学最有影响的人物。他的祖父与父亲都是科尔多瓦的大法官，并尽量给予他这个古都所能提供的教育。他的一位学生曾经转述阿成罗伊首次与总督谈话的内容：
当我被引至贝利埃维尔王子面前时，我发现他与伊本·图法伊尔在一起，他……在王子面前对我赞誉有加……王子发问而开始了谈话：“哲学家们对天堂的看法如何？它们是永恒的，或是有一个起点？”我感到万分的惶恐与困扰，想顾左右而言他……但是王子察觉了我的困窘，转向伊本·图法伊尔，开始和他讨论问题，叙述了伊斯兰教对柏拉图、亚里士多德和其他哲学家的一些看法，及伊斯兰教哲学家对他们的批评。他良好的记忆力，我想即使是专门的哲学家也不一定能胜过。王子叫我放松心情，试验了我的知识。当我告辞时，他给了我一笔赏赐和坐骑以及一件昂贵的锦袍。
1169年，阿成罗伊被任命为塞维利亚的大法官，1172年又担任科尔多瓦的大法官。10年之后，艾卜·雅库布召他到马拉喀什担任御医。1184年雅库克·曼苏尔继位时，他仍继续担任这一职务。1194年，他被驱逐到科尔多瓦附近的卢塞纳（Lucena），以平息群众对他的异端邪说的愤怒。1198年他被赦免召回，但当年就去世了。他的坟墓现在马拉科什。
因为他哲学家的名气，他的医学著作几乎被人遗忘，但他是“当时最伟大的医生之一”，是第一个说明视网膜功用，认识天花病症及尝试免疫的人。他的《医学百科全书》被译成拉丁文，被基督教各大学普遍采用为教科书。同时艾卜·雅库布曾经表示，希望有人能写一部清晰的亚里士多德释义，伊本·图法伊尔建议由阿成罗伊担任这一工作。这项建议被接纳了，因为阿成罗伊早已肯定地下过结论，认为各家各派的哲学都包含在亚里士多德之中，亚里士多德的理论仅需因不同时代加以不同解释即可。在乔治·圣塔耶纳《理性生活》（The Life of Reason）一，也采取了相同的原则。他决定对亚里士多德每一部主要著作先作一个摘要，然后作简明的评论，继而作深入研究的详细评论——这种由易而难，由简单而复杂的说明体裁，是伊斯兰教大学的习惯。遗憾的是他不懂希腊文，要靠叙利亚翻译的阿拉伯文译本，但他仍以耐心、明晰和敏锐的分析，在整个欧洲赢得了评论家的美誉，一跃而与伊斯兰教哲学泰斗齐名，地位仅次于伟大的阿维森那。
对这些著作，还加了几本自己关于逻辑、物理学、心理学、形而上学、神学、法学、天文学和文法的著作，及一本回答阿尔—伽萨尼《毁灭的毁灭》（Tahafut al-Tahafut）一一篇名为《哲学之毁灭》的文章的书。他与弗朗西斯·培根一样，认为虽然少量哲学会使人倾向于无神论，但彻底的研究会使人对宗教与哲学之间的关系有较清楚的了解。因为虽然哲学家不能接受“《古兰经》、《圣经》和其他启示性书籍”字面的意义，但他认为对一般人民，很有必要发展一种全面性的虔敬与道德，因为他们深为经济方面的需求所困扰，以致除了偶然的、皮毛的与冒险的思索外，无暇思索已有的事情。因此一位成熟的哲学家，既不会发表，也不会鼓励任何反对旧有信仰的言论。同理，哲学家应该让他自由地寻求真理，但应将他讨论的对象限于知识分子所理解的范围内，而不对一般民众进行宣传。用符号来解释，宗教的教义可以与科学、哲学上的发现互相调和，经由符号与寓意对宗教经典解释，已经实施了好几个世纪，甚至连神职人员也如此。阿成罗伊并不明确地说教，他只是暗示，基督教的批评使他获得一个原则——一项命题可能在哲学（在知识分子）中是真的，但在宗教（及道德）中却是假的（有害的）。所以阿成罗伊的主张绝对不能在他为一般读者而写的简短论文中去找，而要在他对亚里士多德更深奥的评论中去发现。
他为哲学下的定义是以人类的进步观点来“探究存在的意义”。世界是永恒的，天体的运行无始也无终。创造是一个谜：
相信创造说的人认为，行为者上帝制造一个（新的）事件，不需要任何已经存在的物质……这种想象使得我们今日存在的三大宗教的神学家认为，有些东西可以由无中生有……运行是永恒和继续的，一切运动都有一个先于动作的原因。无运动即无时间。我们不认为运行有一个起点，或一个终点。
不过上帝仍是世界的创造者，在某种意义上，即上帝只存在于他持久的权力及经历的每一时刻，也就是说存在于神力的不断的创造中。上帝是宇宙的秩序、力量和精神。
根据这个最高的秩序和智慧，在宇宙中散射出一个秩序和智慧。根据最低天体（月亮）的智慧，产生“主动或有效的智慧”，使它进入每一个人的躯体与精神之中。人类的精神由两种元素组成。一种是受动或物质的智慧——是思想的能力与可能性，组成肉体的一部分，也随着它的死亡而消失（神经系统）。另一个是自发智慧——一种神圣的注入，刺激受动的智性成为正确的思想。这种自发智慧并不个别存在，对所有的人都相同，而且永远存在。阿成罗伊将自发智慧对个人或受动的智性的功能，与本身永远是一个的太阳——它的光芒照亮许多事物——相比较。就像火焰接近易燃物一样，个人的智性热望与自发智慧合一，这种结合，使人类的精神可能成为与上帝相似的精神，因为在思想能及的范围内，它紧握住了宇宙的一切。的确，除非了解它的精神，世界与它的内容对我们是不存在、也毫无意义的。唯有经过理性而对真理的知觉，才能导致个人精神与神的结合，苏菲教派认为这可由苦行的戒律或神迷的舞蹈达到。阿成罗伊无助于神秘主义。他的天国概念是圣人的安静与仁爱的智慧。
这也是亚里士多德的结论，而且主动与受动的智性可回溯到亚里士多德的《动物学》第3章第5节，经过阿佛洛狄西亚的亚历山大和亚历山大港的特米斯提乌斯解释发展了“新柏拉图主义”的原则，并经过法拉比、阿维森那和伊本·巴雅等人，传到了哲学的朝代。结果，就像它的开始一样，阿拉伯的哲学是亚里士多德的新柏拉图学派。但是反过来说，对大多数的伊斯兰教和基督教哲学家而言，亚里士多德的主张被修改成适合神学的需要，在阿成罗伊的伊斯兰教教条，被减低到最低限度，使他们能适合亚里士多德的见解。因此阿成罗伊在基督教世界中的影响，大于他在伊斯兰教中的影响。他的伊斯兰教同辈控诉他，伊斯兰教的后代遗忘他，他大部分著作的阿拉伯文版本都散佚了。犹太人保存了很多希伯来文译本，迈蒙尼德追随阿成罗伊之后，寻求宗教与哲学的调和。在基督教中，他的许多文章从希伯来文译成拉丁文，培养了异端布拉奔特的希格（Siger de Brabant）和意大利帕多瓦学派的理性主义，并威胁到了基督教的信仰基础。阿奎那著《神学大全》以压制阿成罗伊的潮流，但是他也采用阿成罗伊对亚里士多德作品的各种评论方法，在对亚里士多德释义时，在选择内容如“个体化原则”，对神人同形论的《圣经》的符号解释，在承认世界永存的可能性，在反对神秘主义作为神学的充分基础，及在认为宗教的某些教条虽是超乎理性的但可由于信仰而接受，在这些方面他都模仿阿成罗伊。罗杰·培根将阿成罗伊放在亚里士多德和阿维森那之后，并夸大地说：“在今日（约1270年）阿成罗伊的哲学得到了明智之士的一致赞同。”
1150年，哈里发穆台齐德（Mustanjid）在巴格达下令焚毁一切阿维森那及“诚笃的兄弟会”的著作。1194年，塞维利亚的统治者艾卜·优素福·雅库布·曼苏尔又下令焚毁除极少数自然科学之外的阿成罗伊著作。他禁止他的臣民研究哲学，并鼓动他们把在任何地方找到的哲学书籍付之一炬。人们很热心地执行这些命令，人民痛恨对宗教的攻击，因为他们大多数都以宗教为困苦生活的最好慰藉。大约就在这个时期，伊本·哈比布因研究哲学而被处死。当政治力量在伊斯兰世界中衰退时，它寻求更多的神学家和正统派律师的协助。虽然得到了他们的帮助，相反的，也镇压了独立思想。即使如此，他们的协助也不足以挽救国家。在西班牙，基督教从这个城市推进到那个城市，直到仅有格拉那达一地保持伊斯兰教信仰为止。在东方，十字军占领了耶路撒冷。1258年，蒙古人攻占并摧毁了巴格达。
