像科学一样，伊斯兰国家在哲学方面通过基督教的叙利亚继承了异教徒希腊人的宝贵遗产，然后把它的成果传回基督教的欧洲。当然，许多影响交织在一起，产生了穆尔太齐赖学派的知识反动，以及阿尔金第、法拉比、阿维森那和阿成罗伊的哲学。印度的冥思方法（Speculations）经吉兹尼和波斯传入；祆教和犹太教的末世论（eschatology）占了一小部分；基督教的异端辩论上帝属性、基督和神道的性质、命定与自由意志、启示与理性等内容，搅乱了近东的气氛。但是促使亚洲伊斯兰国家思想发酵的原因——如意大利的文艺复兴——是希腊的再发现。纵然，翻译了许多伪书，但一个新的世界出现了：不经过神圣经典的审核，人类无畏地推论任何事情，并且认为宇宙秩序既非神妙的离奇事物，也非不可预计的奇迹，而是庄严且普遍的法则。希腊逻辑经亚里士多德的《论理学》（Organon）的引介传到伊斯兰国家并使人们为之着迷，并赋予了闲暇思考的能力，这些成了人们思考的条件和工具。3个世纪中，伊斯兰教发展了逻辑的新游戏，那里的青年像柏拉图时代的雅典青年一样沉迷于“最亲爱及令人愉悦的”哲学。伊斯兰教教义开始动摇和崩溃，如同希腊正统学说融化在诡辩学者的雄辩脚下，基督教正统派在知识渊博者的挑战和伏尔泰的智慧鞭笞之下枯萎一样。
伊斯兰教启蒙（Moslem Enlightenment）有其奇特争论的直接缘由。《古兰经》是永恒存在还是创造出来的？哲学家斐洛认为道即是无时间性的上帝智慧。第四部《福音书》指出基督即是道，道（或理性）“太初之时……即是上帝”，甚至没有道，“任何被创造的事物都因而不能被创造”。诺斯替教派与新柏拉图学派将神圣智慧人格化，视之为创造的代理人。犹太人坚信摩西五经的永恒性——这四者使正统伊斯兰教产生相应的观念，即认为《古兰经》无时间性地永远存在安拉心中，其对穆罕默德的启示仅是有时间性的一件大事而已。伊斯兰教哲学的首次展示（约757年）即为穆尔太齐赖派的成长。穆尔太齐赖意为“脱离者”，他们否认《古兰经》的永恒性。这派人郑重声明，他们虽然尊敬伊斯兰教的圣书，但是《古兰经》或圣传倘若违背了理性，则必须予以寓意性的阐释。这种理性与信仰之间的调和，他们称为“kalam”（逻辑）。他们认为照《古兰经》字面的意思把愤怒、仇恨以及一切都归于安拉是荒唐的，诗一般的神人同形论虽然适用于穆罕默德时代的道德与政治目的，但很难被知识分子接受。人的思想永远无法了解真正的自然或神的属性；只有在肯定一个精神的力量为一切实体的基础上，与信仰是相符的。更有甚者，如正统派的论点——相信所有事物均由上帝预先决定，并且认为得救或惩罚仅是武断性的选择，这种说法，在穆尔太齐赖派看来，似乎是人类道德与事业的致命伤。
上百种不同的论点，在阿尔—曼苏尔、哈龙·阿尔—拉希德、阿尔—马蒙的统治下，传播得很快。最初是学者和异教徒私下谈论，然后被哈里发们作为闲谈的话题，最后成了学院与寺庙中演说的题目。阿尔—马蒙对这种羽毛未丰的理性奔放很感兴趣而加以保护，最后宣布以这种观点作为正式的信仰。阿尔—马蒙掺杂了东方专制老习惯和希腊化的穆斯林最新观念，他在832年发布一道命令，要所有的穆斯林承认《古兰经》是在时间里的创造；后来又有命令，除非人们接受新的教条，否则不能担任证人或法官；以后更以法令的形式强迫人们接受意志自由及不可能以肉眼看见真主的观点；最后，拒绝接受这种考验和誓言的人将被判处死刑。阿尔—马蒙死于833年，他的继承人穆耳台绥木和阿尔—瓦提克延续了他的做法。神学家伊本·哈巴尔反对这种宗教法庭。他被迫接受审判，引用有利于正统派观点的《古兰经》回答所有问题。他被鞭打至昏厥并关入狱中。但是他所遭受的痛苦，使人民视他为殉道者和圣人，他为恢复占绝对优势的伊斯兰哲学做了准备。
同时，哲学界产生了第一个巨人。阿尔金第（Abu Yusuf Yaqub Ibn Ishaq al-Kindi）约803年诞生于库法，他是一个市长的儿子。他在家乡和巴格达念书，后来成为阿尔—马蒙和穆耳台绥木宫中著名的翻译家、科学家和哲学家。与许多伊斯兰思想全盛时代的思想家一样，他博览群书，广泛学习，写了265篇论文，涉及各领域——数学、几何、天文、气象学、地理学、物理学、政治学、音乐、医学、哲学……他同意柏拉图关于人必先成为数学家，始可成为哲学家的说法，而且努力简化健康、医学、音乐等与数学的关系。他研究潮汐，探求落体速度及其法则，在《光学》（Optics）一，他研究了光的现象，这对英国科学家罗杰·培根影响甚大。他以《为基督教辩护》（Apology for Christianity）一文震惊了伊斯兰世界。他和一名助手翻译了伪书《亚里士多德的神学》。他深深被这本伪书感动，他很高兴，并认为这将亚里士多德与柏拉图调和起来——将他们两人都转变为新柏拉图学派。阿尔金第的哲学是新柏拉图学派，认为精神有三等——上帝、道或有创造力的世界灵魂——从世界灵魂中流出人的灵魂，如果人类以正确的知识训练他的灵魂，就可得到自由与永生。很明显，他英雄式的丰功伟绩使他成为一正统教派，然而他采信了亚里士多德区分神圣的“发动”智性与仅属于思维能力的个人受动智性的观点。阿维森那可能将这种观点传给哲学家阿成罗伊—他以反对个人不朽而使世界掀起讨论热潮。阿尔金第加入穆尔太齐赖学派，当叛乱发生后，他的图书室被抄，性命危在旦夕。但他终于劫后余生，重获自由，逝于873年。
在一个政府、法律与道德都受宗教教义束缚的社会中，任何对教义的攻击都会被视为有害于社会秩序的基础。所有被阿拉伯征服的事物——希腊哲学、诺斯替基督教、波斯民族主义、祆教教派的共有主义——又复苏了，《古兰经》遭受质疑与嘲笑，一位波斯诗人因宣称他的诗句优于《古兰经》而被杀（784年），整个植基于《古兰经》上的伊斯兰教似乎就要崩溃了。在这种危机中，有三个因素使正统派获得胜利：保守的伊斯兰教哈里发，土耳其禁卫军的兴起，以及人民对他们固有信仰的忠诚。阿尔—穆尔瓦基勒在平民和土耳其人的拥戴下于847年即位。土耳其人是伊斯兰教新的皈依者，他们与波斯为敌，又对希腊思想相当陌生，主张以武力挽救信仰。阿尔—穆尔瓦基勒取消和改变了阿尔—马蒙的褊狭自由主义，穆尔太齐赖学派和其他异教徒被逐出政府和教育机构，任何表现异端观念的文学与哲学都被禁止，《古兰经》的永恒性以法律予以重建。什叶派被禁止，在卡尔巴拉地方的侯赛因寺庙被毁（851年）。欧麦尔一世公布反对基督徒的法令，哈龙更扩大到犹太教徒（807年），但不久即为人忽视，阿尔—穆尔瓦基勒复重新公布这一法令（850年）。犹太教徒和基督徒被命令穿上不同颜色的服装，上面要有某一颜色的补丁，只能骑骡和驴。他们还得在家门口钉上木制的魔鬼。新的基督教堂和犹太教堂都被拆除，而基督教的仪式中不准用十字架。基督教徒和犹太教徒不准在伊斯兰学校接受教育。
第二个三十年间，反动稍微温和一点。一些正统派的神学家勇敢地接受了逻辑的挑战，建议以理性来证实传统信仰的真理。这些逻辑家是伊斯兰教的经院哲学家，他们致力于宗教与希腊哲学的调和，正如迈蒙尼德（Maimonides）在12世纪时曾试图调和犹太教，阿奎那在13世纪时曾试图调和基督教一样。巴士拉的艾卜·哈桑·阿尔—艾什尔里（Abul Hasan al-Ashari）在讲授穆尔太齐赖学说的教条十年之后，于40岁时转而反对这些学说，他以穆尔太齐赖学派的逻辑武器来攻击穆尔太齐赖学派，使旧有的教义取得了辉煌的胜利。他毫不畏缩地接受穆罕默德的命令：安拉预先决定一切行动和事情，而且是它们的首要原因；他超乎一切法律与道德之上；“他是万物的君主，依其心意进行统治，即使他将他们完全送入地狱也毫无错误”。不是所有的正统派都有兴趣将信仰提交理性论证，许多人服膺“信而不问其何以然”的信条。多数的神学家都停止讨论基本问题，但是他们也沉醉于经院哲学的教条细节中，接受它们的原则为公理。
哲学上的骚动，却在巴格达平息下来，只在小宫廷中造成一些波澜。萨伊夫—多拉（Sayfu’l-Dawla）在阿勒颇为第一位在哲学界享有声誉的哲学家，土耳其人穆罕默德·艾卜·纳什尔·法拉比（Muhammad Abu Nasr al-Farabi）安置了一处住所。他出生在土耳其斯坦的法拉比，在巴格达和哈兰跟随基督教老师学习逻辑，亚里士多德的《物理学》他读过40遍，《灵魂论》（De Anima）读过200遍，他在巴格达被指控为异端，接受并带有苏菲教派的色彩，生活得非常自在。伊本·哈立兰说他是“最不关心世事的人，他从不设法使自己为了生活或住所而操心”。萨伊夫—多拉问他需要多少生活费用，法拉比认为每天4个第尔汗足够了，于是这位王公终身供给他这个数目的津贴。
法拉比的著作有39部留传下来，大半是评论亚里士多德的著作。他的《科学百科全书》（Ihsa Alulum）集合了他那一时代的语言学、逻辑学、数学、物理学、化学、经济学和政治学的知识。他率直地否认共相（属性、种类或性质）远离个体而存在，因而激怒了基督教国家的经院哲学家。一些人受《亚里士多德的神学》欺骗，而他将不流于空想的亚里士多德转变成了神秘主义者。法拉比享寿之高，足以使自己“沉入”正统信仰之中。年轻时，他曾声明自己是理论上的不可知论者，等到晚年，他却花费很大的心血来详细描述神祇。他如三个世纪后的阿奎那一样，接受亚里士多德对上帝存在的论证：为了理解一系列的偶然事件，必须假设有一个最后且必然的存在（necessary being）；一系列的因果关系（Cause），必有其第一因（First Cause）；一连串的运动（Motion），必有一不为他物所动的原动者（Prime Mover）；杂多（Multiplicity）中必有单一（Unity）。哲学的最终目的（从未真正达到过）就是第一因的知识，到达这个知识的最佳途径就是灵魂的纯洁。像亚里士多德一样，法拉比小心地避而不谈不朽的问题。他于950年死于大马士革。
他的遗稿中，仅有《理想城》（Al-Medina al-Fadila）颇富创见。它始于对自然法则的描述，每种机体永远不断地同其他机体竞争；在最终的分析中，每一种生物都视其他所有生物为达成其目的的手段。法拉比指出，有些犬儒派学者不同意这个说法：在这一不可避免的竞争中，聪明的人最能使他人屈服在自己的意志下，从而达到自己的愿望，人类社会如何从蛮荒法则中产生？如果我们相信法拉比的说法，穆斯林中会有卢梭主义者和尼采主义者提出这样的问题：有人认为社会是由契约开始的，在个人之间，为了生存而需要接受经由习惯和法律产生的某些限制；其他人嘲笑这种社会契约是不符合历史的，坚信社会或国家起源于强者征服弱者和兼并。国家本身，根据尼采主义者的说法，是竞争的机构，所以为了权势、安全、力量与财富，很自然地要互相竞争；战争也是自然且不可避免的；就像自然界的法则一样，最后的裁决就是强者即公理。法拉比反对这种观点，呼吁与他志同道合的人共同来建立一个不肇基于嫉妒、权力和敌对的社会，即一个根植于理性、忠诚和爱的社会。最后他向人们推荐根植于坚强的宗教信仰的君主政体。
约970年，法拉比的再传弟子在巴格达成立了一个学者联合会来讨论哲学问题。会员不问种族、宗教的差异，一致沉湎于逻辑学和认识论，不过这个团体的存在显示了首都残存的知识气息。另一个较为重要的协会，是与之性质相似但秘密存在的，由科学家与哲学家组成的兄弟会，983年成立于巴士拉。这些诚笃的弟兄会成员为伊斯兰教政权的衰弱、人民的贪婪和道德的堕落忧心，他们渴望伊斯兰教道德、精神和政治的革新，并且认为这种革新可以通过混合希腊的哲学、基督教及其伦理、苏菲教派的神秘主义、什叶派的政治主张及伊斯兰教的法律达成。他们认为友谊是能力和美德的合作，每一个团体都把其他人缺乏和需要的品质提供出来。他们认为，众人的心灵的思考要比个人更容易得到真理。因此他们私下聚会和讨论时，以自由、宽容和礼貌来谈论一切人生的基本问题。最后发表了51本小册子，这是他们合作得出的科学、宗教和哲学摘要。一名西班牙穆斯林约1000年时赴近东旅行，他很喜欢这些论文，搜集并保存了它们。
在1134页的文章中，我们发现关于潮汐、地震、日食、音波和许多自然现象的科学解释。它还收集了占星学和炼金术的成果，还有关于巫术和数学游戏的内容。在神学方面，几乎同所有伊斯兰教思想家一样，是诺斯替与新柏拉图学派：从第一因（或上帝）产生了发动的睿智（Active Intelligence，如道理、理性），进而产生躯体与灵魂的世界。所有物质都由灵魂形成并经由灵魂活动。每一个灵魂都是永无休止的，直到它与积极的知识再结合为止。这种结合需要灵魂的绝对纯净，伦理学是获得这种纯净的艺术，科学、哲学与宗教是这种纯净的手段。在寻求纯净的道路上，我们必须仿效苏格拉底的知识热诚、耶稣的博爱和阿里的谦逊与高尚。当心灵经由知识获得解放后，通过寓言可以再次作自由解释，而与哲学调合。总之，这51本小册子，是我们所拥有的，对阿巴斯王朝时代穆斯林思想最完全和最一致的说明。巴格达的正统派领袖，于1150年将这些小册子当作异端邪说予以焚毁，但它们仍继续流传，并融入伊斯兰教和犹太教哲学之中，产生了深远的影响——对阿尔—伽萨尼、阿成罗伊、伊本·嘉毕罗、杰胡达·哈勒维、哲学家和诗人阿尔—马亚里影响甚大，或许对企求在短暂的一生里能与这部集体作品在深度与广度方面匹敌，并超越它的人也有影响。
对阿维森那来说，他并不以当科学家与世界著名医学权威为满足。无疑，他知道一个科学家唯有经过哲学研究才能使自己成为一个完全的人。他告诉我们，他读了40遍亚里士多德的《形而上学》还不能够了解，而法拉比的评论却使他能够理解这，他欣喜若狂地冲到街上大肆施舍。亚里士多德在哲学里揭露了他的最高目标，早在《医学准则》这本，他已用哲学家来称呼亚里士多德，在拉丁世界，这个名词乃是亚里士多德的同义词。他在《论治疗法》一对自己的哲学有详细的说明，然后又在《医典》（Najat）中予以概要的叙述。他有逻辑的才华，坚持精确的定义。他对共相或普遍理念是否远离殊相而存在的问题，给予中世纪式的回答：它们存在于（1）“事物之先”（ante res)，即存在于上帝的心中，如柏拉图的学说，所有事物皆依照它们的范型而造；（2）“事物之中”(in rebus），在事物之中，它们显现或做范例；（3）“事物之后”（post res），在事物之后，它们是人类心灵中的抽象观念。然而，共相并不远离殊相而存在于自然世界中。一个混乱的世纪之后，阿奎那与法国哲学家阿贝拉德也作出同样的回答。
的确，阿维森那的形而上学几乎就是两个世纪之后拉丁思想家所汇集的经院哲学的摘要。他在开头时费力地重述了亚里士多德和法拉比关于质与形、四种原因、偶然与必然、多与一的看法；并且对于偶然与变易的万物——必朽的事物——如何从必然与不可变易的一面流出的难题感到焦虑。他像普罗提诺一样想以假定一个“居间的自动的睿智”来解决这个难题，这一智慧有如灵魂一样，普遍存在于天国的、物质的及人类的世界。欲使上帝从尚未创造世界至创造世界的过程中的变迁，与上帝的神圣不可变迁论相调和，他认为尚有困难，他主张如亚里士多德一样，相信物质世界的永恒性，但是他了解这样会开罪伊斯兰教的经院哲学家（mutakallimun），于是他妥协地采取了有利于经院哲学的说法：上帝先于世界是从逻辑上说，而非从时间上说（所谓逻辑上，指次序、本质和原因）；世界的存在，每一时刻都有赖于支持它的力量而存在，这就是上帝。阿维森那承认，除了上帝之外，一切实体都是偶然的——那就是说，一切实体的存在是可以避免的及可以减少的。因为这些偶然事物需要一个存在的原因，除了在“原因之链”中复归于“必然的存在”外，别无其他解释，这个必然的“有”，它的本质和意义即已蕴涵“存在”；而这个“存在”，为了诠释他物的存在，势须先予设定。上帝是唯一本然自存的“有”；他的“存在”是最重要的，因为没有这第一因，万物不可能“有”。由于一切的物质是偶然的——它的本质并不蕴涵它的存在——因此上帝不可能是物质的。因为如同理性一样，他必须是单一的。既然在它所创造的万物中有睿智存在，那么万物的造物者也必有睿智。最高的睿智能刹那间洞悉万事万物——过去、现在以及未来——而不受时间局限，它们的发生是他永久思考的暂时现象。但是上帝并非直接促成每一行动及事件，万事万物由于其内在目的——它们有其自明的目的及命运——而发展。所以上帝并不需要为罪恶负责任，罪恶是我们为意志自由而付出的代价；同时，人类的罪恶才显出上帝的荣耀。
灵魂的存在，由我们当下的内在知觉就可证实。同样，我们天经地义地认为灵魂是精神性的，我们的观念很明显与感官不同。灵魂是肉体能够自己活动与成长的内在根源，就此意义说来，甚至天体星辰也有灵魂，“整个宇宙是生命本源的显现”。肉体本身并不能运动，它的每一动作皆是由与生俱来的灵魂促成的。每一灵魂或睿智拥有相当于第一因的自由与创造能力，因为它是由这个第一因所流出的。人死后，纯净的灵魂重新与世界灵魂（World Soul）结合为一体，这种结合洋溢着至善的真福。
阿维森那也像其他人一样，试图调和追寻已久的人们的信仰与哲学家的推论。他像罗马哲学家留克利希阿斯一样，不希望为了哲学而摧毁宗教，也像一个世纪后的阿尔—伽萨尼，不希望为了宗教而摧毁哲学。他只以理性处理一切问题，不为《古兰经》所限，他对神灵的启示作了客观的分析，但是他肯定人民需要能为他们颁布道德法则——在形式上与寓意上都能为一般民众所理解，并且有拘束力——的先知。所以从树立或保存社会基础与发展道德的观点看，先知是上帝的信使。因此穆罕默德宣称肉体的复活，有时也以物质名词描述天堂。哲学家怀疑肉体的不死，但是他了解如果穆罕默德以纯粹的精神天堂来教导人民，一定不会有人听从，而且也不会有一个有纪律和强大的国家。那些能以精神上的爱来崇拜上帝的人，既不怀抱希望，也不心存恐惧，是最高尚的人，但是他们只能向最成熟的学生而非群众表现出这种态度。
阿维森那的《治疗法》与《医学准则》代表着中世纪思想的最高潮，而且是思想史上最重要的作品之一。其中许多内容都是跟随亚里士多德和法拉比的引导，就像亚里士多德追随柏拉图一样；只有狂人才会完全独创。他有时也谈及就我们易错的判断似乎是无意义的事，但是这在柏拉图和亚里士多德，也有同样的情形，这种愚蠢仅能在哲学家的找到。他缺乏坦率的易变性、批评精神和阿尔—比鲁尼的开放心灵，而且还有许多错误。他那清晰明快的风格，以轶事和诗篇阐释抽象思想的能力，及其科学与哲学的广阔视野，远胜过他的对手。他的影响是远大的：一直到达西班牙，影响了阿成罗伊（Averroes）和迈蒙尼德（Maimonides）；并进入拉丁基督教世界，对经院哲学家颇多助益。令人惊讶的是，哲学家大阿尔伯图斯·马格努斯和阿奎那（Thomas Aquinas）也有不少论点可以追溯至阿维森那。英国科学家罗杰·培根称他是“自亚里士多德以来哲学界的主要权威”，这么说并非仅出于礼貌，阿奎那的确非常尊敬他，将他与柏拉图相提并论。
在东方，阿拉伯的哲学几乎与阿维森那一起消逝。接踵而至的是塞尔柱人对正统派的强调，神学家们信仰主义的威胁，及阿尔—伽萨尼神秘主义的浩大声势，纯理论的思想遂告一段落。很可惜，我们对这三个世纪（750—1050年）的阿拉伯全盛时期所知甚少。上千种阿拉伯科学、文学和哲学书稿藏在伊斯兰世界的图书馆中：仅君士坦丁堡一地就有30座清真寺图书馆，但它的藏书还只是杂凑而成的；在开罗、大马士革、摩苏尔、巴格达，藏书汗牛充栋，还远未完全编目；马德里附近埃斯科里亚尔（Escorial）的一座大图书馆，几乎无法把伊斯兰教科学、文学、法学和哲学文稿编成目录。我们所了解的这几个世纪的伊斯兰思想，只是残存的一鳞半爪，而这些得以留传后世的，也只是当时作品的片段而已。当学者彻底研究这个半被遗忘的遗产时，可能会将东方伊斯兰教的10世纪列为思想史的黄金时代之一。
