阿拉伯人进入叙利亚时，人们只有简单的医学知识和工具。逐渐富裕之后，叙利亚和波斯出现了许多有才干的医生，并且吸引了希腊及印度的医生来到这里。由于宗教禁止活体解剖或解剖人类尸体，因此穆斯林满足于盖仑的解剖调查与伤患研究，阿拉伯的医学外科最弱，而药剂及其治疗为最擅长。阿拉伯人为传统药物增加了龙涎香、樟脑、肉桂、丁香、水银、旃那叶、没药，而且他们介绍新的制药配方——糖浆、加糖水的药水、玫瑰香水等。意大利与远东贸易的主要特色之一就是输入阿拉伯的药物。穆斯林建立了第一间药房和诊所，成立了中世纪第一所药剂学校，写了许多药学论文。穆斯林医生都热心提倡洗澡，特别主张在发烧时洗蒸气浴。他们治疗天花和麻疹的方法，并不比今天逊色。外科手术时，以吸入药物的方法麻醉，印度大麻叶制造的麻醉药和其他药品用于使人熟睡。我们已知有34座医院是伊斯兰国家在这段时间设立的，很明显是仿照波斯的学院与在琼德—伊—沙普尔的医院建造的。我们所知巴格达最早的医院，是哈里发哈龙·阿尔—拉希德时建立的，另外有5座是在10世纪时建立的。918年，巴格达医院中设有院长一职。伊斯兰教最有名的医院，是706年在大马士革建立的，978年时有24名医生。医学训练主要在医院中进行。非经考试合格与国家颁发证书，任何人皆不得行医；药剂师、理发师、整形外科医师都接受政府的规定与检查。负责医药的大臣阿里·伊本·伊萨（Ali Ibn Isa），组织医生巡回各地为患者治病（931年）。有些医生还每天到监狱里治病，对精神病患者有特别人道的治疗方法。公共卫生却普遍很糟糕，在四个世纪中，东方伊斯兰曾发生过40次流行病。
931年，巴格达有860名有执照的医生。医生的收入相当高。哈里发哈龙及阿尔—马蒙、巴尔马克家族的御医吉布里尔·伊本·巴克蒂萨（Jibril Ibn Bakhtisha）拥有8880万第尔汗的财富。据说他一年替哈里发放血两次的报酬是10万第尔汗，每半年清肠一次的报酬也同样多。他假装要在公众场合脱去一名女奴的衣服，从而治好了她歇斯底里的瘫痪。在吉布里尔之下，有一连串著名的穆斯林医生：尤哈纳·伊本·马萨瓦伊（Yuhanna Ibn Masawayh），以解剖猩猩研究解剖学而闻名；侯奈因·伊本·伊萨克，翻译家，《眼睛十论》（Ten Treatises on the Eye）——最早的有系统的眼科教科书——的作者；阿里·伊本·伊萨，伊斯兰世界最伟大的眼科医生，他的《眼科医生指南》（Manual for Oculists）直到18世纪都是欧洲的教科书。
这段时期有位杰出的医生艾卜·贝克尔·穆罕默德·阿尔—拉齐（Abu Bekr Muhammad al-Razi），即欧洲人熟知的拉齐斯（Rhazes）。同许多同时代的有名科学家和诗人一样，他是以阿拉伯文写作的波斯人。他出生在德黑兰附近的拉伊（Rayy），在巴格达研究化学、炼金术和医学，写了131，其中半数是有关医学的，多数已经散佚了。他的《丛书》（Comprehensive Book）涵盖了医学的每一门类，被译成拉丁文后，在白人世界中被使用了数世纪之久，是最受重视和最常用的医学教科书，这是1395年巴黎大学医学院图书馆所藏的九部医书之一。他的《论天花与麻疹》（Treatise on Smallpox and Measles），是由直接观察和临床分析而诞生的杰作。这是对传染病第一次准确的研究，是最先区分这两种疾病的著作。从1498到1866年一共印行了40个英文版，可见它声誉之隆。拉齐最有名的著作是献给呼罗珊王子的10卷的《曼苏尔书》（Kitab al-Mansuri）。经过克雷莫那的格拉德译成拉丁文后，其中第9卷《医学集成》（Nonus Almansoris）一直到16世纪都是欧洲通行的教科书。拉齐还介绍了新的治疗方法，如水银药膏与使用动物肠线缝合。那个时代，医生们一般只检查小便来诊断疾病，有时甚至连病人都不看，他于是热心地对小便进行分析。有些篇幅较短的著作也显示出了轻松的风格，其中之一是《论即使熟练的医生也不能治愈一切疾病》（“On the Fact That Even Skillful Physicians Cannot Cure All Diseases”），另一篇是《何以庸医、外行、妇女比受过训练的医生更会治病》（“Why Ignorant Physicians，Laymen and Women Have More Success than Learned Medical Men”）。他是公认的伊斯兰教最伟大的医生，中世纪最伟大的临床医生。他82岁时去世，死时一贫如洗。
巴黎大学医学院挂着两位穆斯林医生的画像——拉齐斯和阿维森那。穆斯林认为他们最伟大的哲学家与最著名的医生是阿维森那。他的自传——少数阿拉伯文学作品之一——告诉我们，在中世纪时，学者或圣哲的生活是如何的流动。阿维森那的父亲在布哈拉经营钱庄，他的家庭教师使他由苏菲教派的神秘主义者变成具有科学思想的学者。伊本·哈立坎（Ibn Khallikan）带着东方人习惯性的夸张说：“10岁的时候，他在研究《古兰经》和一般文学方面就很杰出，并在神学、数学和代数学方面具备了相当程度的知识。”他学医乃无师自通，年轻时就开始免费为人看病。17岁时，他奉召为布哈拉的统治者努赫·伊本·曼苏尔（Nuh Ibn Mansur）治病，由此在宫廷中得到一个官职，专心地在这位伊斯兰教君王的藏书丰富的图书馆中研究了一段时间。10世纪末，萨曼王朝崩溃，阿维森那转到花剌子模的王子阿尔—马蒙麾下任职。当吉兹尼的马哈茂德宴请阿维森那、阿尔·比鲁尼及马蒙宫中其他俊彦之时，阿维森那拒绝前往。他与另一位学者玛西希（Masihi）逃入沙漠。在沙暴中，玛西希不幸死了，他经历千辛万苦，终于到了古尔甘，并在卡布斯（Qabus）宫中任职。马哈茂德将阿维森那的画像散发到全波斯各地，悬赏通缉他，但是卡布斯保护着他。卡布斯被谋杀后，他奉召为哈马丹的王侯治病。由于医术高明，他成为大臣。但是军队不喜欢他的统治，不但拘捕了他，而且洗劫他的家，想把他处死。他逃到一位药剂师的家里。在各种限制下，他开始写作，这使他很快就享有了有盛名。当他计划秘密离开哈玛丹（Hamadan）时，却被王侯的儿子逮捕了，监禁在牢中几个月，即便如此，他仍继续写作。再逃亡时，他伪装成苏菲教派的神秘主义者，经过长时间的历险，终于在伊斯法罕的白益族王侯阿拉·阿尔—多拉（Ala al-Dawla）宫中获得庇护和名声。大批的哲学家和科学家集合在他四周，由王侯亲自主持学习会。有人说这位哲学家享受到学术和爱情的乐趣，但也有人说，他日夜沉湎于研究、教学和政务。伊本·哈立兰直接引述了他不寻常的发人深省的话：“每日一餐……好好保存精液。这是生命之水，要进入子宫。”不幸的是，他在回哈玛丹的旅途中死了。今天仍有虔诚的崇拜者守护着他的坟墓。
无论周围如何扰攘不安，他仍然在办公室中、监狱中，用波斯文或阿拉伯文写了上百，几乎囊括了各种科学与哲学。他还写了一些优美的诗，现存15篇：其中一篇是影响了波斯名诗人欧麦尔·开俨的《茹别雅》（Rubaiyat）；另外一篇《灵魂的堕落》（The Descent of the Soul），至今仍被东方伊斯兰国家的学生传诵着。他翻译了欧几里得的著作，观察天象，设计了一种类似今天游标的仪器。他对运动、力学、真空、光、热和比重作了最基本的研究。他关于矿物的论文，直到13世纪都是欧洲地质学的主要资料。他对山脉的形成有很明晰的说明：
山脉的形成可能有两种原因。一种是地壳变动的结果，如剧烈的地震；另一种是水力的侵蚀，割裂了新的水道。地层的种类又有不同，有软硬之分；风和水使前者分解，而对后者无能为力。这种改变需要漫长的时间才能完成……而水是这些结果的主要原因，由许多山脉里留下的水生物化石就可证明。
有两部巨著包含了阿维森那的学说：《论治疗法》（Kitab al-Shifa）是一部18卷的数学、物理、形而上学、神学、经济学、政治学和音乐百科全书；《医学准则》是生理学、卫生学、治疗法与医药学的广泛调查，并且上升到了哲学研究。结构完整，有着滔滔不绝的讨论，但是它对分类与区别的学术热心变成了一种病态，作者并未适当地予以规范。他开篇即是令人沮丧的告诫：“每一个跟我学习而想适当运用它们的人，都应熟记这的大部分。”而这有100多万字。他认为医学是一种艺术，解除隙碍使身体恢复自然的正常功能。首卷讨论主要的疾病——它们的症候、诊断和治疗；一般与个别疾病的预防及卫生，以及灌肠、放血、烧灼、沐浴和按摩等治疗方法，都有专章论及。他提倡深呼吸甚至偶尔的大喊，以展开胸、肺——和小舌。第2卷集合了希腊与阿拉伯的药用植物知识。第3卷特别着重病理学，包含对肋膜炎、蓄脓、肠病、性病、性变态、神经病等详细的讨论。第4卷讨论发烧、外科、化妆品、头发与皮肤的保养。第5卷——关于调配760种药品详细的说明。12世纪时，《医学准则》被译成拉丁文，超过了拉齐斯甚至盖仑的著作，占据了欧洲医学院主要教科书的地位。直到17世纪中期，一直是蒙彼利埃和卢汶大学的必读教材。
阿维森那是最伟大的医学作家，拉齐斯是最伟大的医生，阿尔—布鲁尼是最伟大的地理学家，阿尔—海塔姆是最伟大的光学仪器学家，雅比尔可能是中世纪最伟大的化学家。像所有中世纪的科学一样，阿拉伯的科学常沾染了神秘学的成分；只有光学在累积前人研究结果的综合工作上，远比创造性的发明或系统的研究更有成效；然而，炼金术却发展了实验的方法，这是令人骄傲的，也是现代思维的工具。500年后的罗杰·培根（Roger Bacon）将这种方法介绍到欧洲，声称受到了西班牙的摩尔人的启迪，而他们又从东方穆斯林那里学到了这一方法。
