教会对俄利根的指责，或许能被谅解。因为他的寓意释经的原则，不仅可能证明一切事情，同时也使《圣经》的故事及基督在世的生活变得无关紧要。但当人们维护自己的信仰时，这种释经的原则使人按个人的判断来随意解经。教会当局面临敌对而强大的罗马政府时，感到有统一各派的需要，因为若是教会任由说空话的学者随意发表异端邪说，或由不忠诚的教徒、入迷的先知等人将它分裂成上百个脆弱的各教派，那就没有安全可言了。塞尔苏斯就曾讥讽地批评基督教“分裂成如此多教派，每一派都欲求自己的独立”。公元187年，伊里奈乌斯计算出共有20个不同的基督教派；公元384年，伊皮凡尼乌斯计算出共有80个教派。每当基督教信仰中有外来的观念渗进时，就有一部分信徒另组新的教派。教会觉得它试验性的青年时期结束，而成年时期近了，它必须划定一个范围，宣告作为教友的条件。以下三个艰难步骤是必须做到的——教规的形成、教义的决定及教会的组织。
在2世纪，基督教的著作包括各种福音书、书信、启示和行传等。对于接受何者为基督教信条的权威性解释，各教派间有极大的差异。西方教会承认《启示录》，但东方教会普遍反对它；东方教会接受《希伯来书》和《雅各书》，而西方教会却摈弃它。亚历山大城的克莱门特把1世纪末的一本论文《十二使徒的教训》当作神圣的经典。马尔西翁出版的《新约》给教会当局一个方向。不知何时，我们现在所用的《新约》中的各部分被认为是圣典——被认为是可信的，是默示的，我们只知道《新约》的拉丁文片断由穆拉托里（Muratori）在1740年发现，这本以他命名的《新约》上注明的年代是公元180年，然而我们相信在那以前《新约》已经决定由哪几卷书组成。
在2世纪，教会常召集宗教会议；3世纪时，就只有主教们的会议；3世纪末，这些主教决定用“Catholic”（即“普及”之意）代表信仰基督的人。正统教义虽历经各种异端学说的困扰，但仍然存在，因为它满足了人们对固定信条的需求，以缓和各种争论、平息各种怀疑，同时也因为它得到教会的权力的支持。
教会组织的问题主要是决定权力的中心。自从耶路撒冷的母教会衰微后，每一个会众，除非加入其他的教团，显然都有独立的权力。然而在罗马的教会宣称是由彼得建立的，并且引述耶稣所言：“我还告诉你，你是彼得，我要把我的教会建造在这磐石上，阴间的权柄，不能胜过它。我要把天国的钥匙给你，凡你在地上所捆绑的，在天上也要捆绑，凡你在地上所释放的，在天上也要释放。”这段话被人怀疑是经后人篡改加入的。但也有可能彼得未曾在罗马建立教会，却在那里传教及任命主教。伊里奈乌斯（公元178年）写道，彼得“将主教的圣事委托利诺斯（Linus）办理”。公元200年，德尔图良证实了这个传说。迦太基的主教西普西安在公元252年力劝所有的基督徒，承认罗马教廷的最高权力。
彼得的继承者在历史上并无记载。再下一位继承人教皇克莱门特，于公元96年写信给在哥林多的教会，要求会众保持和谐或次序。这封信存留至今，克莱门特以此得名。我们看到，仅仅于彼得死后30年，罗马的教皇就以权威的口气对远方的会众说话。其他的主教，虽然承认罗马主教的最高权力地位，但仍一再地怀疑他压倒性的决定权。东方教会以犹太历7月14日为复活节，而不论这一天是星期几；西方的教会却将复活节定在这天后的第一个星期日。士麦那的主教波利卡普在公元156年访问罗马，企图说服罗马主教阿尼塞图斯采用东方教会的复活节日期，但没有成功。他回去后，也拒绝了教皇希望东方教会接受西方教会复活节算法的建议。教皇维多（Victor）在公元190年接受了阿尼塞图斯的要求并以命令下达。在巴勒斯坦的主教们得以遵行，但在小亚细亚的主教们却拒绝遵行。维多写信给各教会的会众，若有反对此命令的教会将被逐出基督教。许多的主教，甚至有些是西方的主教，对如此严厉的措施表示反对。显然，维多无法坚持他的命令。
维多的继承人泽菲利努斯（Zephyrinus）是一个头脑简单、未受过多少教育的人。为了便于管理罗马广大的主教区域，泽菲利努斯将卡利斯图斯升为副主教。卡利斯图斯的操守比他的学识更令人怀疑，据他的敌人说，他原是一个奴隶，后来成为银行家，因盗用银行的存款被判处服劳役，释放后又因在犹太人的集会所暴动，被送往萨丁尼亚的矿区，后来他暗地将自己的名字填入被赦罪的名单中而逃脱。此后他在昂蒂乌姆度过了10年痛苦而平静的生活。当他被任命管理罗马教皇的墓地时，他将墓地迁到阿庇亚大道。泽菲利努斯死后，卡利斯图斯被选为教皇。希波里图斯和一些神父们公开指责他，认为他不是适当人选，并另外设立一个敌对的教会和教皇。教义上不同的看法，更加剧了基督教的分裂，卡利斯图斯对那些在受洗之后犯了致命罪过（如通奷、谋杀、叛教）的人，如果向教会方面忏悔的，仍旧允许他再加入教会。希波里图斯认为这是一种具有毁灭性的宽大，在他所著的《向所有异端辩驳书》（Refutation of All Heresies）一，曾特别提到这点。卡利斯图斯将他逐出教会，任命其他适当的人选管理教会，并极力主张罗马教廷对所有基督教世界具有至高的权力。
希波里图斯的教派在公元235年结束。但当科尼利乌斯任教皇时，借着两位神父，此一教派又告复兴，这两位神父一位是迦太基的诺瓦图斯，另一位是罗马的诺瓦替安（Novatian）。他们建立了分裂的教会，严厉排斥那些受洗后仍犯罪的人。西普西安主持的迦太基会议及葛内路斯主持的罗马会议，决定驱逐这些分裂的团体。西普西安请求葛内路斯的支持来加强他的职权。但当教皇史蒂芬一世（254—257年在位）宣布，凡异端教派而改信者不需要再受洗，西普西安召开非洲方面的主教会议，反对这项命令。史蒂芬俨然是另一个加图，将他们逐出教会，从而引起了宗教上的迦太基与罗马之战。幸而他在位不久便去世，使战争停止，而避免了势力强大的非洲教会的脱离。
罗马教廷虽然有时过度伸张，有时受挫，但罗马教廷的权势每隔10年都有增加。它的财富和善行提高了其威望。基督教世界的任何重大事件，都要向它请示，由它决定对异端的处置方法与各项经典采用与否。但在学者方面，它十分缺乏，它不能以拥有像德尔图良、俄利根及西普西安等人而自夸。它将注意力放在组织方面，而忽略了学术方面。它只建立和管理教会，由其他的人著作或讲述。西普西安虽是个反叛者，但在《论公教会的统一》（De Catholicae Ecclesiae Unitate）一，也承认教宗座椅是所有基督教会的中心，并声明所有基督徒共同一致持守的原则，这些原则是公教会的主要精神和依靠。3世纪中叶，教皇的地位非常稳固，财源非常丰富，甚至德西乌斯情愿在罗马有一个敌对的皇帝，也比有一个教皇更好些。罗马帝国的首都自然成了基督教教会的首都。
就像犹太给予基督教的是伦理方面的观念，希腊给予基督教的是神学，而现在罗马给予它的是组织。所有这些再加上一些敌对的信仰，综合成了基督教。罗马教会不仅接受了罗马在接受基督教前的各种宗教上的服装及形式——异教徒的长巾及法衣、香料和斋戒中用的圣水、圣坛前的蜡烛及长明灯、圣者的祝祷、古希腊式的会堂建筑、罗马式的法典及教皇称号。到了4世纪，拉丁文成了天主教所用的语言。最重要的是教会承袭了罗马政府的体制，当地上政权衰亡时，它变成了新的统治者。不久，主教们代替罗马地方行政长官成了各城市的掌权者及秩序维持者，大主教变为各省省长的支持者。主教们的宗教会议也好像是省级会议，罗马教会步上了罗马帝国的后尘。它征服了各省，美化了首都，在各地建立了它的纪律并获得了统一。我们可以这么说，教会的产生导致罗马政府的灭亡，而教会也因继承和接受了罗马政府的责任而更趋成熟。
