此外，塞尔苏斯还是个与时代脱节的人，他要求人们从一个使许多人陷入某个令大家皆成神明的神秘世界退出时，举止要像风雅的怀疑论者。作为宗教基础的这一超理性能力的意识，普遍地凌驾于一个光辉时代的唯物论与宿命论之上。所以哲学不再致力于那些属于科学领域的感官体验，而专心研究看不见的世界。信奉新毕达哥拉斯学说者及新柏拉图主义者将毕达哥拉斯的轮回说和柏拉图的神圣理念的研讨发展成禁欲主义，希望借生理感官上的饥渴，使灵性上的知觉敏锐些，并且借着自洁，使从天堂被贬谪到人间的灵魂再度回到天堂。
普罗提诺是这个神秘通神论的顶尖人物，他于公元203年出生在利科波利斯（Lycopolis），受希腊教育，却有个罗马名字，是讲埃及土语的埃及人。他在28岁那年对哲学产生兴趣，于是遍访名师，但是都不能使他满意，最后他终于在亚历山大找到了他所希望寻求的人——阿摩尼奥斯·萨卡斯（Ammonius Saccas）。阿摩尼奥斯·萨卡斯是个基督徒却改信异教，和他的学生俄利根一样，企图使基督教与柏拉图主义趋于一致。当普罗提诺受教于其门下十年后，为了直接学习古波斯僧侣术士和婆罗门的智慧，加入了开往波斯的军队，到达美索不达米亚，又回到安条克，最后又到罗马，直到逝世。他的哲学主张在当时非常流行，以至罗马的皇帝加列努斯请他做朝廷中的大臣，皇帝允许他在坎帕尼亚建立一个柏拉图的理想国，以《理想国》的原理治理国家。但是后来，可能是加列努斯担心普罗提诺失败而没面子，撤回了他的封赏。
而后，普罗提诺身居奢华的罗马，仍如品德高洁的圣人，再度赢回他在哲学上的声誉。他向来不注意自己的身体，波菲利（Porphyry）曾说：“普罗提诺深以他的灵魂有一个躯体而感到羞耻。”他拒绝别人为他描绘肖像，因为他认为身体是人类最不重要的部分——似乎是给艺术家追求人的灵魂的一点暗示。他不吃肉，只吃少许面包，没有什么特别习惯，举止很温和。他远离一些女色，但并不定罪她们。当俄利根前往听他讲课时，他羞惭地想结束当时的演讲，他说道：“当听众无法从演说者那儿获得一些东西时，演讲者的兴趣也自然降低。”他不是一个具有雄辩之才的演说家，但是他兢兢业业的精神及专一真挚的态度，代替了演讲术。只有到了晚年不得已的情形下，他才把他的教义写成著作，公之于世。不论波菲利如何校订，他从来不改他的原稿，因此《九章集》（Enneads）这，成为哲学史上最杂乱无章、最难懂的作品之一。
普罗提诺是位理想主义者。他虽然泰然自若地确认物质的存在，但又汲汲于辩说：就物质本身而言，它仅是形式无一定形状的可能结果。而物质能获得形式，在于其内在的能或是魂。构成世上诸种形式的本质，便是能或灵魂的总和。真实有高低之分，低层次的真实无法产生高层次的真实，高层次的存在（灵魂）能导致低层次的存在（具体的形式）。各个人的成长过程——从子宫内的孕育、器官的组成，到完全成熟——便是各个人内在主要原理（灵魂）的运作结果。躯体是依循灵魂的热望与引导而渐渐塑成的。每一事物都有灵魂——一种创造外在形式的内在能量。物质若摈弃成熟的形式，则属邪恶；物质是局限式的发展，而邪恶具有善的可能性。
唯有借着理念——感觉、知觉、思想，我们才能理解物质；我们所称的物质，就如休谟所说，仅是一束理念，至多它也不过是压迫我们神经末梢、令人困惑的假定性的东西。理念不是物质性的，所以在空间中扩展的概念，显然不适用于它们。拥有理念，并运用理念，这种能力就是理性。这是人类灵魂、心智、躯体三体合一所能达到的最高点。唯有借着感觉，理性才能被确定。只有成为创造性的和塑造性之魂的最高形式时，理性才是自由的。
身体是灵魂的器官和监牢，灵魂知道它是高于身体的实体，它能感觉到它与宇宙中最大的一个具有创造能力的魂之间的关系。借着完全思维，它渴望再度与宇宙中至高属灵实体会合，虽然灵魂知道自己已堕落到非常羞耻的地步。由此我们可以看出，普罗提诺似乎有点毫无层次地屈服于他以往曾公开表示拒绝的诺斯替派，并且描写了灵魂不同高度的降落，由天堂降至肉体的人身中。一般说来，他颇喜爱印度的轮回观念，即由低层次转到高层次，或由高层次转向低层次，生命的形式是按照每个化身中的善和恶而定。有时候，他又是一个毕达哥拉斯学说的信仰者，认为那些过分喜爱音乐的人，来世将会变成喜欢唱歌的鸟；而那些过分讲理论的哲学家，来世会变成老鹰。灵魂越是被彰显，它就越是想寻求出它的来源。就好像一个迷途的小孩或流浪在外的人更渴望家的温暖。假如灵魂具有美德，真正热爱文学、艺术、科学等九位女神，它将会寻找到可以通往神那里的梯子。那么就让灵魂洁净自己吧！让它热烈地渴望一些看不见的精髓吧！让它在沉思之中遗忘这个尘世吧！然而，也许在突然之间，一切凡俗的喧嚣都平静了，而物质也不再击打心灵之门时，灵魂就要觉得自己被沉浸于神里，亦即最后属灵的实体。梭罗在悠然自得地泛舟于瓦尔登湖（Walden Pond）上时，曾写道：“欲的消逝，是神的诞生。”普罗提诺说：
这件事发生时，只要灵魂是合乎神的标准的，将要看见神……也将要发现自己被智慧之光所照亮，或者，她可能把自己想象成真光，没有任何重担，头脑敏捷，变成好像神一样。
但是，究竟神是什么？“他”也是“三位一体”的——个体、理性及灵魂。“他是超越所有生命之外的。”我们对它毫无所知，除了知道它是存在的！若是我们用一些实际的形容词，或用褊狭的代词冠在它头上，都是对它不当的限制。也许我们只能称它为“元一”（One）和“起首”（First），我们欲望所能及的最好的事务。由它所流露出来的，是世界理性，相当于柏拉图所称的“理念”，是形成万物的模式及统治万物的法则。我们可以这么说，它们是神的思想、世界的次序及理念。“理念”是持久的，然而物质却是随时变化的万花筒，“理念”才是宇宙间唯一持久的实体。虽然“独一”与“理性”使整个宇宙合而为一，但它们都不是宇宙的创造者；这种功能乃是借着神的第三个特性——给予人能力和预定的形式，充满于万有中——赋予生命的来源。从原子到行星，每一样物体均有一个魂，而这些魂都是世界性的魂的一部分。每一个魂唯有就能或活力来讲，才是永恒的；而就性格来讲，并非永恒的。“不朽”并非人格的残存物，它是魂对不朽事物的吸收。
美德是灵魂超向神的一种运动。美不只像柏拉图和亚里士多德所想象的只是和谐和均衡而已，而是事物中活的灵魂和看不见的神性。灵魂支配身体，形式支配物质，理性支配事物。而艺术，将这些理性与灵性之美变成另一种媒体。魂可以经过培养，而由追求物质与人外在的美，进而升为寻求内在美及其法则，及科学和科学所显示出的次序之美。最后他追求宇宙中“独一者”之美，即能将那万物聚集在一起，而使互相冲突的化为和谐的、宇宙中最高实体的美。最终，美与美德均归于一，即部分与整体的一致与合作：
当你深察你的内在时，若是觉得自己不够美，那么你可以模仿雕塑家……他把这里去掉一块，又把另一处弄平；把这个线条刻得浅一点，把另外一个线条刻得更清晰一些；直到完成一个非常可爱的面孔，他的工作才告完成。你是否也是：去掉你所多余的，修直你弯曲的部分……从未停止雕琢你自己的塑像，直到……你看到在你心灵中，已有完全的良善。
在这种哲学里，我们可以感受到与同一时代的基督教有着相同的属灵气氛，就是由对一般世上事物的兴趣转向宗教，由对国家的忠心转向神。普罗提诺与俄利根之所以成为同道好友，并非偶然，而且克莱门特在亚历山大发展了一种基督教的柏拉图主义。普罗提诺就像爱比克泰德和奥勒留一样，也是一位不信基督的基督徒，基督教几乎接受他的全部作品，而奥古斯丁的许多文章中，也随声附和那些至高神秘的神魂超拔境界。通过斐洛、约翰、普罗提诺及奥古斯丁，柏拉图征服了亚里士多德，并进入教会中最深奥的神学。至此，哲学与宗教间的缝隙即告消失，这也就是一千年来哲学沦为神学挑水担柴的女仆的原因。
