托勒密六世死后，埃及就每况愈下，诸王已无力维持社会秩序或国家的独立自由。罗马元老院常常指示他们如何制定政策方针，并以军队保卫亚历山大港。托勒密十一世遗嘱吩咐要把王位让给他的儿子托勒密十二世和女儿克娄巴特拉，并希望他们两人结婚后共同主政。
克娄巴特拉是马其顿王国的后裔，她并不十分漂亮，但是她态度与举止的优雅、身心的活泼，她的多姿多彩、风度的娴雅、讲话声音的韵律等，和她高贵的身世，都足以使一个罗马将军神魂颠倒，惊为天人。她熟谙希腊历史、文学和哲学，学习过希腊文、埃及文和叙利亚文。据说她曾写了一篇关于化妆品的论文，还有一篇是讨论埃及的度量衡和钱币的。她是个能干的统治者和行政官，有效地发展了埃及的工商业，甚至在谈情说爱时也是个能干的理财家。她如此出色，很多人争着要娶她，以致引起残杀争夺和一场源于政治野心、觊觎王室的争战。如果她不具托勒密皇族血统的话，她很可能达到成为地中海地区女王的目的。她深深知道埃及没有办法脱离罗马而独立，因此她决心要统御其联盟。
恺撒得知波蒂努斯已将克娄巴特拉驱逐，而为年轻的托勒密十二世摄政时，甚为不悦。他秘密地叫克娄巴特拉来商计，克娄巴特拉智巧地藏在被褥底下，由她的侍者带进恺撒的房间。这位沙场猛虎、情场老将立刻被她的勇气和机智迷住了。他设法使她和托勒密十二世言归于好，并且重新建立她和她哥哥的埃及王位。恺撒从他的理发师处获知波蒂努斯和埃及将军阿基拉斯（Achillas）正阴谋暗杀自己和消灭自己带来的部队，于是恺撒就先发制人，巧妙安排刺杀波蒂努斯的事宜。阿基拉斯闻讯后逃到埃及部队里，号召军队起义。不久，亚历山大港便纷乱迭起，箭头指向恺撒。元老院派来的罗马驻防军，也被一些军官煽动，加入“起义”的行列。
在这千钧一发之际，恺撒临危不乱，冷静地运用他的智谋。他把皇宫和附近剧院改成临时堡垒，并向小亚细亚、叙利亚和罗得斯等地求援。当他发现那些不设防的舰队将要落入敌人之手时，就下令烧毁，也烧掉了很多亚历山大港的藏书。在几次拼命出击后，他终于占领了援兵必经之地——法罗斯半岛。在数次交战中，有一次埃及军队把他和部下赶到海里，在弓矢如林的海面游泳求生。此时托勒密十二世以为叛军已获胜，于是离开皇宫，加入叛军的行列，从此也生死不明。当援军到来时，恺撒一举把埃及军队和元老院的驻防击溃。在这次危机中，克娄巴特拉一直站在恺撒一边，恺撒便把政权交给她和她的弟弟托勒密十三世，以示报答。从此，克娄巴特拉成为埃及的女王。
正当敌军在乌提卡城阴谋叛乱，而罗马也由于凯利乌斯和米洛的煽动，混乱不已，正需要恺撒来稳定局势之时，他竟留驻在亚历山大港达九个月之久，实在令人费解。也许恺撒认为他该歇歇，作乐一番，因为打了十年仗已使他疲惫不堪了。罗马历史学家苏埃托尼乌斯记载说：“恺撒时常与克娄巴特拉饮酒作乐到天明，要不是他的部下威胁要叛变的话，他就会带着她乘船到伊索匹亚去了。”恺撒很殷勤地等着她的分娩，以便和她分担痛苦。公元前47年，她终于产下一个男婴，取名为小恺撒。安东尼记载说，恺撒承认这个男孩为他的儿子。我们可以想象得到她如何向恺撒耳语，要他称自己为王后并跟她结婚，把整个地中海掌握在他们两人手里了。
然而，这只是猜测和令人反感的想法而已。不久米特拉达梯的儿子法尔纳塞斯（Pharnaces）又夺回本都、小亚美尼亚、卡帕多西亚等地，同时唆使东方起来反抗分崩离析的罗马帝国。如果东方与西方一起起来对抗罗马，罗马帝国早就瓦解了，而我们也就看不到罗马还有个奥古斯都王朝了。恺撒组好三个军团后，于公元前47年6月以迅雷不及掩耳之势进军叙利亚、小亚细亚，然后到达本都，于8月2日在泽拉（Zela）地区打败法尔纳塞斯时，发送一份简明的报告给他在罗马的一位朋友，说：“我至，我见，我胜。”（Veni, Vidi, Via，“I came, I saw, I conquered.”）
9月26日，恺撒在塔兰托港遇见西塞罗，西塞罗要求他饶恕自己和一些保守派分子，恺撒很亲切地答应了。恺撒得知自己离开罗马20个月，罗马的内战已经演成社会革命后，甚为惊愕：西塞罗的女婿多拉贝拉（Dolabella）与凯利乌斯联盟后，向议会建议取消所有债务的法案；安东尼没有尽职地讨伐多拉贝拉的叛军，以致广场有800个罗马人被杀死。凯利乌斯以副执政的身份把米洛召回，他们两人一起在意大利南部组织一支军队，并邀请奴隶参加他们的阵容。他们虽然少有成就，但是他们的精神却为人争颂不已。罗马城里，激进分子正在为喀提林举行纪念庆祝会，并到他的坟墓前献花致敬。同时庞培遗留在非洲的军队正日见壮大，他的儿子塞克斯图斯在西班牙又组成了一支军队，于是意大利的粮源再度遭困。这就是公元前47年10月恺撒带着克娄巴特拉与小恺撒回到罗马时的大概情势。
于是，恺撒着手整顿社会秩序。他再度被任命为独裁者后，以撤销苏拉的最后律法和取消低于2000塞斯特斯的罗马房租，来安抚急进分子。同时，他又以任命布鲁图为南高卢总督，以保证不没收西塞罗和阿提库斯的财产以及重建苏拉的雕像等措施来取悦保守派分子。但当他想到如何处理庞培的军队时，他同时得知他最可靠的军团因为长期领不到军饷，起而反抗，并拒绝乘船前往非洲。恺撒甚为沮丧。由于国库呈空虚状态，他只好没收造反贵族的财产，然后拍卖以筹资金。恺撒自己说他深知金钱、军队和势力三者的连环重要性，于是他神不知鬼不觉地到达叛变的军团营里，小声地通知他们说他已准许他们回家。他又补充说等他在非洲打胜仗后，一定会报偿他们。历史学家阿庇安说：“听到他的话后，这些士兵都深深地为他们在恺撒危急之时背叛他而感到羞耻……于是他们惭愧地大哭，并请求恺撒再次领导他们出战。”恺撒率领他们向非洲进军。
公元前46年4月6日，恺撒在塔普苏斯（Thapsus）与梅特卢斯、西庇阿、加图、拉比埃努斯和努米底亚国王朱巴一世的联军相遇。第一回合恺撒战败，他重整旗鼓，再度出战，终获胜利。他那些好战的士兵埋怨恺撒太过仁慈，要不然在法萨卢斯城之役就可把敌人打得落花流水，而使他们无东山再起的机会。他们把庞培的8万军队打死了1万人，毫无怜惜与留情。朱巴一世自杀，西庇阿逃脱，后在海上的交战中被杀。加图则率领一小撮部队逃到乌提卡城，他的部下希望抵抗恺撒，加图劝他们少做傻事。他向那些准备再逃命的人一一发给路费，同时劝他的儿子向恺撒投降。他自己则既不准备逃命，也不屈服。每到傍晚时分，他就集合同事，讨论哲学，然后回房休息，展阅柏拉图的大作《斐多篇》（Phaedo）。他的朋友因怕他自杀，把他床边的剑拿走了。等他们疏于戒备时，加图强迫他的侍从将它取回。他假睡了一会，然后拔剑自杀。他的朋友闻讯冲入房里，医生把外流的肠子装入腹腔，缝好伤口、绑上绷带。等大家都离开房间后，加图解开绷带，挖破伤口后，把大小肠都拉了出来。他就这样惨死了。
恺撒赶来时，深以无机会赦免加图为憾，现在他只能宽恕他的儿子了。当地人为加图举行了一次大场面的葬礼，好像知道他们把500年的共和时代也一起埋葬了。
