一个世纪以来的革命，把自私的贵族政治破坏殆尽，但是始终没有找到一个可以取代这种政治的政体。失业、贿赂等已使议会腐化成一个短视浅见、感情用事的暴民集团，自身都难保安，遑论统治整个帝国了。而所谓民主政体，已岌岌可危，这正与柏拉图的律则（Plato’s formula）相符：自由导致放肆，放肆演成紊乱；社会紊乱，则人们厌恶自由，企求秩序。恺撒和庞培都同意“共和时代已经死亡”这一说法。恺撒说：“共和政体现已仅存其名，既没有躯体，也没有形式。”专制独裁势在必行。然而，恺撒仍然希望建立一个进步的领导权，使现状起死回生，去除使民主堕落的贫穷、不平等和权利滥用等现象。如今他已54岁了，由于在高卢的长期征战，他已经体衰心疲。他实在不想和他的同胞与旧友为敌，但是，摆在他眼前的却是重重陷阱。一想到曾为意大利效劳疆场，戎马倥偬数十年而今天竟得到这种下场，他不禁摇头三叹。他的总督任期将在公元前49年3月1日结束，一直到当年秋天为止的这段时间，他不得再竞选执政。因此这个空档期，他就会失去依恃，如果进入罗马城，判刑公告上准会有他的大名。马赛勒斯将军已经建议元老院解除恺撒的职务——在任满前解除，以使他受审或流放。保民官把这个议案否决了，但是元老院很显然还是赞成这个提议。加图就坦率地公开表示，希望恺撒遭受控告、审判，而后被驱逐出意大利。
恺撒尽力采取怀柔政策。当元老院要求他和庞培各自拨出一个军团对抗帕提亚时，他马上答应。而当庞培向他索回去年借给他的一个军团时，恺撒也如期交付。然而，恺撒的友人告诉他说这些军团并没有派到帕提亚，仍留驻在卡普亚镇。得到在元老院的朋友的协助，恺撒请求议会批准他保有执政的名义。元老院拒绝把他的请求呈给议会，同时要求他解散部队。但恺撒认为军团是他唯一的后盾，他平常要求他们效忠的目的也许就是为了应付像这种危机的情况。恺撒仍建议，如果他解除职务的话，庞培也要解职释兵。元老院以370票对22票通过，可是庞培反对。公元前50年的除夕，元老院说除非恺撒在公元前49年7月1日前解职，否则就要被宣布为人民公敌。公元前49年元旦，库里奥把恺撒给元老院的信公开，信中恺撒说如果他能任职到公元前48年，他愿把他的十个军团解散，只留两个军团。恺撒还附带说，如果他的建议不获接受，就等于向他宣战。西塞罗赞成，庞培也同意，但是一个叫伦图卢斯的执政干预此事，他把恺撒的副将库里奥和安东尼赶出元老院。经过一场辩论后，伦图卢斯、加图和马赛勒斯三人终于说服元老院，给庞培一种“无损于国家利益”的权力——这就是罗马语言里“独裁者”和“戒严令”的代用语。
至此，恺撒更裹足不前了。照理说，元老院这样做并无错误，恺撒根本不能提出辞职的条件。他知道内战会使高卢人乘机反抗、暴动，而意大利也就从此陷入混乱的局面。但是如果他现在屈服的话，那就等于把整个帝国交到无能、腐败的人手里了。正在他盘思不决中，他获知他的一个最亲近也是最能干的副官提图斯·拉比埃努斯（Titus Labienus）竟投奔到庞培的旗下去了。于是，他把最可靠的第13军团集合起来训话，晓以大义。他的第一句话——“同胞们”（Commilitones）——就引起他们的共鸣。知道恺撒与士兵们共患难、同生死的人会认为他有十足的权力用这个称呼。平常他也都使用这个称呼，而不草率地用“兵士们”（Milites）这个比较不雅的词语。他的部下大都是南高卢一带的人，他都赐给他们罗马公民权，尽管他们知道元老院并不承认他们为罗马公民。有一个元老院议员鞭打他们一个战士，借此故意蔑视恺撒授予他们的公民权，因为鞭打罗马公民是不合法的。在经历多次的战役后，他们渐渐地尊敬恺撒、爱恺撒。对于胆怯和不遵守军纪者，恺撒严惩不贷；但是对于一些极平常的过错，恺撒都不追究。兵士们纵欲，他也默许；他使他们脱离险境，以其不凡的将才救了他们的性命，付他们双薪，同时跟他们平分战利品。现在他把他向元老院的建议原原本本地告诉他们：“并提醒他们说，腐败、懒散的贵族政治无法带给罗马和平、正义和繁荣。”他问：“有谁要跟随我呢？”众人皆无异议。当他向士兵说他现在没钱付给他们薪饷时，大家反而慷慨解囊，倾己所有，为他捐钱献物。
公元前49年1月10日，他率领一个军团渡过卢比肯河，此河与南高卢地区邻界。据说他渡河后说：“大势已定了。”他这一次的用兵似乎有点愚蠢，因为他的另外九个军团还远在高卢，要赶来助他，至少要数个星期的时间。而此时庞培已有十个军团，共6万之众，同时随时都可征兵补充，又有足够经费作装备和军饷之用。恺撒的第12军团在皮切鲁姆城与他会合，第8军团也在科菲尼乌姆城会合了。他又从平民、自愿军和犯人等处募集了3个军团。现在他要募兵已没有什么困难了，因为意大利还没忘记公元前88年发生的“社会战争”的惨痛教训，大家都把他看作意大利的救星。意大利的城市一个接一个地打开门来迎接恺撒，有的城市还倾城出来欢迎他。西塞罗描述说：“市民奉他如神。”科菲尼乌姆城稍加抵抗后，就弃械投降了。于是恺撒免其劫掠之灾，把掳来的军官都释放了，还派人把拉比埃努斯弃置在城里的金钱和行李送到庞培的营里去。虽然他囊空如洗，但他现在也避免没收对手的财产——这实在是一个明智之举，使中产阶级由反对他转而中立。他宣布说，保持中立的人都是他的朋友。现在他还是采取和解的政策。于是他送信给伦图卢斯，请求他以其执政的影响力来维护和平。恺撒写信给西塞罗说，如果自己能平静地了其余生，他愿马上退休，把一切大权让给庞培。于是西塞罗想尽办法使这两雄妥协，但是徒劳无功，一事无成。
虽然庞培的军力现在远比恺撒雄厚，但他还是从首都撤军，成群结队的贵族跟在他的后面，把他们的太太和儿女留下，任恺撒摆布和处置。庞培拒绝一切和平的建议，还宣称说任何留在罗马城的元老院议员，都是他的敌人。但大部分的元老院议员仍留下未走。庞培率军到布伦迪西姆港后，渡过亚得里亚海。他深知自己的军队还需要一段时间的训练，才可以与恺撒一争高下，同时他希望在他控制下的罗马舰队会截断意大利的粮源，迫使其投降就范。
恺撒把军队留驻在罗马近郊后，在毫无抵抗的情形下独自进城了，他马上宣布大赦，恢复市政和社会秩序。保民官召集元老院开会，恺撒要求元老院提名他为独裁者，元老院拒绝了。他又请求元老院派遣使者与庞培磋商和平事宜，又被驳回。他向国库索取基金，保民官卢西乌斯·梅特卢斯从中阻挠，但经不起恺撒的威迫利诱，终究屈服。于是，恺撒可以任意支配国库的金钱了，但他还是把最近几次战役所得的战利品储存在国库里。事毕，他又回到他的军队里，准备对付庞培在希腊、非洲和西班牙所组成的三支军队。
为了获得意大利的命根——粮食，他命令库里奥率领两个军团去占领西西里。加图战败后，逃向非洲。库里奥猛追不舍，与加图交战，被加图击败，终至战死。临死前他不为其命运多舛悲伤，而深深为他给恺撒所带来的创伤难过。此时，恺撒正率领军队攻打西班牙，一方面是为了使西班牙恢复对罗马的输粮，另一方面则要为他攻打庞培做准备。然而在西班牙，他犯了几次跟在高卢一样的战略上的错误。他的大军一度曾面临饥饿和被挫败的危险，由于他的机智和果敢才免于灾难。他很有耐心地按兵不动，以待敌军堕入陷阱，他的手下却跃跃欲试。最后庞培的军队投降，整个西班牙于公元前49年8月都归恺撒统治。于是他由陆路班师回意大利，在马赛与卢西乌斯·多米提乌斯的军队相遇。经过激烈的围城战役后，恺撒终于占领该城。不久，他又重新组织高卢人的行政部门，同年12月，他回罗马去了。
这一次战役由于解决了首都的粮食问题，恺撒的政治地位愈加巩固。元老院终于提名他为独裁者，但是恺撒放弃了这个头衔，因为他已被选为公元前48年的执政了。此时意大利发生囤积金钱、影响物价的危机，同时一些债务人拒绝偿还债权人所要求的高利贷借款，于是恺撒便颁令说债务可拿相当于战前物价的物品抵偿。恺撒认为这是“维持债务人的荣誉和避免赖债不还的最适切的方法”。这一切显示改革对罗马发生不了大作用，于是他不得不再三禁止由于债务而沦为奴隶的事件发生。他允许已付的利息可从本金中扣除，并且把利息降低至月利率1分。这些措施使大部分债主都感到满意，因为他们本来生怕恺撒没收他们的贷款。一些激进分子则对这些措施感到相当失望，因为他们原以为恺撒会继承喀提林的政策，废除所有债务，并重新分配土地。恺撒把粮食分给穷人（除米洛外），把一些要放逐的人都赦免了，同时返回罗马城的贵族也都被无罪释放。恺撒的这些仁慈做法却得不到人们的一点感激之情。保守派分子继续企图谋害他，而当他在色萨利地区对抗庞培时，激进分子背叛了他，转而投靠凯利乌斯（Caelius）。因为凯利乌斯答应他们废除一切债务，没收富家财产，重新分配土地等。
公元前49年底，恺撒加入他的副官在布伦迪西姆港所募集的军队和舰艇。这支军队在严冬要跨越亚得里亚海，在那时确是不可思议之举。恺撒的12条船一次至多只能载运他1/3的军队，况且庞培的占优势的舰队在各个岛屿和对面的沿岸巡哨。尽管如此，恺撒仍然扬帆出航，率领2万士兵渡海到伊庇鲁斯地区。当他们班师回意大利时，一些船只搁浅。恺撒到达岸上后才发现一些船没有跟上来，于是他又率领部下乘着小艇回头查看。小艇出航不久，即遇海浪，士兵几乎全被淹死。恺撒不顾一切，再三鼓励幸存士兵鼓起勇气向前挺进，他说：“别怕，有恺撒和他的命运随着你们。”然而大风浪把船吹回岸边，恺撒只得放弃这个企图。此时庞培率领4万大军攻取都拉基乌姆，由于踌躇未决，他没有乘机攻击恺撒的溃乱军队。就在这犹疑的片刻，安东尼已聚集了另一支舰队，把恺撒的其余部队集合起来了。
此时恺撒虽然已经部署妥当，但是他还想作最后努力，避免内讧，于是他遣使者建议庞培与其一起解职释兵。庞培避不作答，恺撒就发动攻击，旋被击退。庞培失策，没有乘胜追击。庞培的军官违反他的命令，把俘虏一一处死，而恺撒却把俘虏释放。这么明显的例子一比较，大大地激励了恺撒士兵的士气，同时也使庞培军队的斗志一蹶不振。恺撒的士兵与庞培的军队第一次交锋时胆怯败阵，于是他们主动请求恺撒处罚，恺撒不应，他们就再请求上战场杀敌，以洗前耻。然而恺撒认为暂时退居色萨利地区休整才是上策。
此时庞培作了一个使他踏上死亡之途的决定。阿弗拉尼乌斯忠告他班师回来攻打几无设防的意大利，但是他的大部分参谋都催促他追击恺撒。庞培营里的贵族们夸大庞培在都拉基乌姆获得的胜利，并且认为大局已定，稳操胜券。西塞罗后来也加入庞培的行列，看到战时庞培军队的奢侈生活后惊异不已：用银盘装菜肴，用毛毯作为帐篷，还用花环装饰营地。他描述说：
除庞培本人外，庞培一伙的人都贪得无厌。他们的口气凶恶残暴，我很难想象在他们胜利的背后不会暗藏几许恐怖气氛。他们认为除了既定的目标外，再也没有什么好的事情了……剥夺权利的公告不光是个人的意志，也是集体的意志……伦图卢斯已在等待没收霍滕西乌斯的房产、恺撒的花园及巴亚别墅了。
庞培本来要采取拖延战略，但是经不起嘲笑与讥讽，就下令进攻。
公元前48年8月9日，两军在法萨卢斯（Pharsalus）城作了一次殊死战。庞培拥有4.8万名步兵和7000名骑兵，恺撒只有2.2万名步兵和1000名骑兵。普鲁塔克记载说：“一些罗马贵族以旁观者的身份参战，深为人类的感情用事、不惜刀光剑影互相残杀而惊叹。”有些兄弟或近亲分属在两边，相遇时也互相肉搏，残酷至极。恺撒下令不准射杀投降的敌军；至于年轻的贵族布鲁图，只能活捉，不得伤害；捉不到就放他逃走。庞培的军队在领导、训练和士气上均逊一筹，以致有1.5万名士兵战死或受伤，2万人投降，其余则竞相逃命了。庞培把衣服上的将领标志撕下，也跟着逃走。恺撒告诉我们说，他只损失200个人。他的军队看到庞培士兵的军营布置得优美高雅时，觉得可笑和有趣。桌子上摆满了山珍海味，正好供他们庆祝胜利之用。当晚，恺撒就在庞培的营地里吃晚饭。
庞培连夜赶到拉里萨（Larissa）城，到达海边后即乘船到亚历山大港。在密特里尼（Mytilene）他与太太会合，当地的人民留他住下，庞培婉拒他们的盛意，并且劝告他们向恺撒投降，他说：“恺撒是个大好人，他有天使般的心肠。”布鲁图也逃到拉里萨城，闲荡了几天后，写了一封信给恺撒。恺撒获悉他还活着，欣喜异常，马上告诉他说他已获宽恕。布鲁图要求恺撒原谅卡修斯，恺撒也答应了。对那由上层阶级控制的东部——一向都支持庞培——恺撒也以厚道相待。他把庞培的存粮分给希腊的饥民。雅典人民向恺撒祈求恩惠与宽恕，恺撒面露笑容地责备说：“你们祖宗的荣耀常会保佑你们，难道会使你们自我灭绝吗？”
或许恺撒被警告说庞培希望重振旗鼓，与他争取埃及的军队和资源，但是当庞培到亚历山大港时，托勒密十二世的大臣波蒂努斯（Pothinus）就命他的仆人杀死庞培，此举目的大概是要向恺撒领功。庞培是在要上岸时被刺死的，其时他的太太还在船上，目击丈夫被杀，她伤心欲绝。当恺撒赶来时，波蒂努斯的部下把庞培的头颅献上。他见庞培死后的惨状，不禁悲从中来，命令以香料涂在庞培的脸上而礼葬庞培。恺撒在托勒密王朝的皇宫设立政治中心后，就开始整顿这个古国的一切。
