阿托利亚人对这种安排并不满意。有些被罗马人解放的城邦原是受阿托利亚控制的，此时并未交还联盟。第二次马其顿战争刚告结束，阿托利亚人便邀请安条克三世将希腊从罗马手中拯救出来。帕加马及兰普斯库斯正夹在北方高卢人不断的侵扰与南方塞琉古势力的扩张之间，便向罗马求援以对抗安条克。罗马元老院派出其最能干的将军——扎马的胜利者老西庇阿。这位罗马将军以几个军团及欧迈尼斯二世的部队，在马格尼西亚击败了安条克三世，然后转而向北逐退高卢人。罗马人将其保护行动延展到几乎地中海的全部亚洲海岸，然后班师回意大利。欧迈尼斯十分感激，但希腊本土各邦却指斥他是希腊的叛徒，说他竟召请野蛮的罗马人对抗他的希腊同胞。
此时易变的希腊人对曾从西方粗野的拯救者手中接受恩惠，已经后悔。据他们看来，弗拉米尼努斯及其后继人虽曾给希腊诸邦以自由，但也曾取得回报——凡是支持过菲利普，或安条克，或阿托利亚的城邦，皆遭他们劫掠——他们带走的战利品多得使希腊人拒绝再有这样的解放。弗拉米尼努斯得胜回国时，其希腊战役的掳获品在罗马以连续不断的纵队整整运输了3天：第一天有武器、甲胄、无数的大理石与青铜雕像，第二天有1.8万磅白银、3714磅黄金、10万枚银币，第三天有114顶冠冕。而且，罗马人通过他们的代理人，持续不断地支持希腊的富人阶层反对穷人阶层，并且禁止一切鼓吹阶级斗争的政见。希腊人并不希望用这样的代价换取和平。他们希望能自由解决自己的争端，并有机会实现扩大国家领土的野心。他们不能忍受没有改变的状态。不久，两个对立的联盟产生不和，党派斗争到处盛行。每一城市或集团都向罗马元老院提出互相冲突的控诉。元老院派遣委员会前往调查及仲裁。希腊人又指责此种干涉是采邑制度。外国控制的锁链虽属无形，却是真实的。一年接一年地，希腊人——唯有有钱的富人除外——都日益敏锐地感觉到这种锁链之苦，并祈求停止这样的自由。罗马元老院中有些议员认为罗马若不完全控制希腊，那么希腊永远不会享有秩序或安静，现在元老院开始听信他们的意见了。
公元前179年，菲利普五世去世，他的儿子珀尔修斯经过流血的斗争承继了王位。过去17年的和平使马其顿的经济得以恢复，也产生了新一代可用于战争的青年。珀尔修斯与塞琉古四世商订了联盟，并娶了塞琉古的女儿为妻。罗得斯也参加了联盟，并派出一支大舰队护送新娘。整个希腊皆大欢喜，认为珀尔修斯是希腊人当今对抗罗马的希望。欧迈尼斯二世深恐帕加马难保独立，便前往罗马，敦促元老院为其自身的利益去毁灭马其顿。他在返国途中因私人口角险遭杀害，罗马便将此次争吵解释为珀尔修斯派人暗杀国王的阴谋，而由一次外交上互相责备的备忘录宣告了第三次马其顿战争。只有伊庇鲁斯及伊利里亚有勇气帮助珀尔修斯，其余希腊各邦送来表示同情的函件，但未采取行动。公元前168年，埃米利乌斯·保卢斯在彼得那歼灭了马其顿军队，摧毁了70座马其顿城市，将其上层阶级放逐到意大利，将王国分成4个自治但须向罗马纳贡的共和国，四国之间禁止贸易及交往。珀尔修斯被囚于意大利，因受虐待，2年后死去。伊庇鲁斯大受蹂躏，其军民10万人以约合1美元1人的价格出售为奴。罗得斯虽未实际参战，仍被迫放弃亚洲海岸的领土，罗马人还在得洛斯建立了一座可与之竞争的自由港，以示惩罚。珀尔修斯的私人文件全被搜出，凡是曾向他提供帮助或安慰的人悉遭放逐或下狱。阿哈伊亚联盟的1000名显要人员，包括波利比奥斯在内，被放逐到意大利。这批人在放逐中过了16年之久，其中700人陆续死亡。当年希腊对解放者罗马的崇拜，实不及现在对征服者罗马的仇恨那样强烈。
胜利者的苛刻造成许多意外的不良结果。罗得斯被削弱后，其在爱琴海上的“警察”工作便停止了，致使破坏贸易的海盗再度猖獗。阿哈伊亚联盟诸邦许多贵族被掳去，激进派领袖于是随之得势，而阶级斗争达到最惨烈的时期之一。富人依靠罗马的保护，穷人则要求驱逐富人与罗马的势力。公元前150年，从意大利生还的阿哈伊亚放逐者响应否认罗马在希腊所享权力的要求。罗马为了削弱阿哈伊亚人的势力，便派遣一个委员会到希腊去，命令科林斯、奥尔霍迈诺斯及阿尔戈斯退出联盟。科林斯的一群贵妇将多桶垃圾倒在委员的头上以示答复。公元前146年，该联盟决议发动解放战争，希望罗马人在西班牙及非洲的战役会分散其力量而同意一种顺从的和平。高涨的爱国主义情绪席卷联盟诸邦。奴隶被解放并武装起来，债务经宣告延期偿付，土地被分配给贫民，不快乐的富人在社会主义与罗马之间战战兢兢，虽不情愿，仍不得不向争取自由的运动捐献其珠宝与金钱。雅典及斯巴达继续置身事外，但波奥蒂亚、洛克利亚、埃维亚皆勇敢地参加了战争。马其顿诸共和国也公然反叛罗马。
罗马元老院闻讯震怒，立即派来一支由穆米乌斯率领的陆军及一支由梅特卢斯率领的海军。他们的联合部队战胜了一切抵抗。公元前146年，梅特卢斯攻下了阿哈伊亚联盟的根据地科林斯。不知究竟是为了摧毁东方的商业敌人，就像同一年中小西庇阿摧毁西方的迦太基一样，抑或为了仿效亚历山大在底比斯的行动，以教训反叛的希腊人，这座充满商人与妓女的富裕城市竟被付之一炬，男人全遭屠戮，女人及小孩悉被出售为奴。穆米乌斯将一切可以搬走的财产全部运往意大利，连科林斯人用于装饰其城市及住宅的艺术作品也包括在内。波利比奥斯说，罗马军人曾用世界名画当作棋盘及掷骰子的台板。联盟被解散，其领导人员一律处死。希腊及马其顿被合为一省，由一位罗马总督治理。波奥蒂亚、洛克利亚、科林斯、埃维亚每年缴纳贡金，雅典及斯巴达得以幸免，并获准继续维持自己的法律。主张保护财产及秩序的党派到处得势，一切从事战争，或发动革命，或改革制度的行动一概被禁止。这些骚动的城市终于有了和平。
