宗教与哲学的冲突此时已经经历三个阶段：哲学攻击宗教，如苏格拉底之前的情形；试图以自然的伦理学代替宗教，如亚里士多德及伊壁鸠鲁的做法；怀疑论者及斯多葛学派的重返宗教——这个运动在新柏拉图学派及基督教精神中达到了最高峰。类似的情况在历史上已不只出现一次，现在也可能发生。泰勒斯相当于16、17世纪的伽利略，德谟克利特相当于17世纪英国的托马斯·霍布斯，诡辩学家相当于18世纪法国百科全书编撰人，普罗泰戈拉相当于18世纪法国的伏尔泰，亚里士多德相当于18、19世纪英国的斯宾塞，伊壁鸠鲁相当于19、20世纪法国的法朗士，庇罗相当于17世纪法国的帕斯卡，阿色西劳斯相当于18世纪苏格兰的大卫·休谟，卡尼阿德斯相当于18世纪德国的康德，芝诺相当于19世纪德国的叔本华，普罗提诺相当于19、20世纪法国的柏格森。
这个伟大哲学体系的时代终因怀疑主义者的兴起而结束了，他们认为不论是为求了解世界，或为求控制人群的冲动以使其合于秩序与文明，人类推理的能力都是可疑的。当时的怀疑主义在实质上并不是休谟派的，而是康德派的：他们对哲学与教条同样怀疑，破坏了唯物主义的基础，劝人安静地接受古典宗教。庇罗正像帕斯卡一样，其怀疑主义不是远离宗教，而是走向宗教，庇罗本人最后竟成为他那城市中受人尊敬的祭司长。伊壁鸠鲁学派的人放弃了政治去专讲伦理，由国家转向灵魂，仅能代表钟摆回头时的一瞬间，而且他们对个人解救的重视，已为一种注意个人甚于国家的宗教铺好了进路。有许多人不能在生命中找到伊壁鸠鲁认为满意的那些安慰，贫穷、不幸、疾病、死亡、革命或战争打击着他们，这些贤士的劝告使他们的灵魂空虚了。昔兰尼人赫格西亚虽与伊壁鸠鲁同样以快乐主义哲学的立场为起点，却断言生命中苦多于药，愁多于喜，自然主义哲学唯一合逻辑的结果便是自杀。 哲学就像一个堕落了的女儿，历尽辉煌的冒险及黑暗的幻灭之后，放弃了对真理及快乐的追求，以悔改者的姿态回到她母亲——宗教——的怀抱，再度从信仰中寻求希望的基石及仁慈的赞助。
斯多葛学说一方面想为知识阶层建立自然的伦理，另一方面又想为普通人的道德保存超自然的帮助，而且随时间的进展，也给自己的形而上学及伦理思想以日益增加的宗教色彩。芝诺曾否定民间所信的神有任何真实的存在，一代以后，克里安塞却提议控告阿利斯塔克为异端。芝诺从未提过人的不朽，但塞涅卡几乎以与埃莱夫西斯神秘教及基督教完全相同的说法提到天堂的赐福。芝诺之后的斯多葛学说变成了神学而非哲学，几乎每一项主张都带着神学的形式。这派学说大部分是讨论上帝的存在与本质、世界从上帝扩散出来、神意的真实性、道德与天意的一致、人类在上帝父权之下的兄弟情谊以及世界最后回归到上帝。在这派哲学中，我们发现了原罪的意义——原罪在原始及新派基督教中都是有很严格的作用的，还有不分种族阶级的宽大精神，以及源自犬儒学派哲学家而由流传久远的基督教僧侣达到最高峰的独身禁欲精神。从塔尔苏斯人芝诺到塔尔苏斯人保罗之间，只有一步之差——这便是前往大马士革的路上所走的。
斯多葛的信念中很多成分是源自亚洲的，有些是出自闪米特。在本质上，斯多葛学说正是东方文明胜过希腊文明的一种重要表征。在罗马征服希腊之前，希腊已不是原来的希腊了。
