但是说来也奇怪，能以残忍的手段对待一位已届古稀之年、对国家不可能构成任何危害的老哲学家，也只有夺回政权的民主派政府才做得出来。民主派领袖之中，有一个在多年前就因为苏格拉底蔑视及“败坏”了其子而欲图报复的安尼托。安尼托是一个好人：他曾在色拉西布洛斯的领导下勇敢作战，曾挽救被其士兵捕获的寡头派人士的生命，曾促成大赦，并让那些被“三十人会议”没收财产的人享用他们被没收的财产。但是他独对苏格拉底吝啬。当他流放在外，他那留在雅典跟着苏格拉底的儿子变成了酒鬼，这事使他不能忘怀。尽管苏格拉底拒绝服从“三十人会议”的命令，而且（如果色诺芬的话可靠）曾指责克里提亚斯是一名恶劣的统治者，仍不能使安尼托释怀。安尼托似乎认为苏格拉底是道德与政治上的邪恶势力：他破坏了道德赖以支持的宗教信仰，在他的不断抨击下，雅典知识分子对民主政治的信赖被削弱，而苏格拉底为害之烈超过任何诡辩学家。凶暴的统治者克里提亚斯是苏格拉底的学生之一；卑鄙而叛逆的亚西比德曾是他的情人；他的早期亲密朋友查尔米德斯曾在克里提亚斯手下任将军之职，而且刚死于对民主派之战中。 因此，安尼托认为，苏格拉底应该离开雅典或死。
公元前399年，安尼托、米勒托、莱孔三人提出诉讼：“苏格拉底是公害，他非但不承认国家所信仰的神，反而另外相信邪魔”；“他同时还教坏青年” 。审判在普通法院中举行，有500名公民出席，大多数为非知识分子。我们无法确知柏拉图和色诺芬有关苏格拉底辩护的报道的可信程度如何，但我们能肯定地说，审判时柏拉图在场。他所叙述苏格拉底的“辩答”，许多地方与色诺芬报道的相符。柏拉图说，苏格拉底坚持辩称他相信国神，甚至相信日、月的神性。“你们首先说我不信神，而后又说我信邪神……你们也可以确定骡的存在，却否认有马和驴。”然后，他凄惨地提到了阿里斯托芬讽刺剧的影响：
有许多责骂我的人，他们说我老，他们虚妄的指控多少年来一直在继续着。我害怕他们甚于安尼托和他的伙伴……因为他们开始时你们尚在童稚之年，他们用荒谬言论占据你们的心灵。他们把智者苏格拉底说成研究上天入地，而且使坏的变成看似好的。我害怕这样的责难者，因为他们是这些谣言的传播者，而他们的听者不易想到这类思索者是不信神的。他们人数众多，对我的控诉始于久远。那时候你们尚在幼儿或少年时代，正是印象不易磨灭的年岁，而你们所听到的虚言妄语却始终未曾有过答案。令人最感困难的是，我不知道也不能说出他们的名字，除非在遇到喜剧诗人这样的情形下……这就是他们责难我的事实真相，也就是你们自己曾在阿里斯托芬的喜剧中所见到的。
他宣称自己所担任的是教导善与简朴生活的神圣使命，没有任何威胁能阻止他：
雅典的兄弟们，假若我在你们所选的、指挥我的将领波蒂迪亚、安费波利斯及德留姆的命令下，也和其他人一样，虽面临死亡，不擅自行动，那我的行为才是奇特——但若现在我想象自己奉上帝之命执行哲学探索自我及他人的任务，却为了怕死而逃避，我的行为才真正地乖常……假若你们对我说：苏格拉底，我们放过你，但有一个条件，你不能再像现在这样探究思索……我的回答将是：雅典的兄弟们，我敬爱你们，但是我将服从的是上帝，不是你们。只要我有生命与力量，我将永不停止宣扬与传授哲学。我将劝告我所遇见的人说：噢，我的朋友，为什么像你这样伟大、强盛、睿智的雅典城公民，如此关心金钱、荣誉及名声，对智慧与真理却又这样淡漠？因此，雅典的兄弟们，我告诉你们，听从安尼托的旨意，是否将我宣判无罪，悉听尊便。但是不论你们作何处置，我将永远不会改变我的作风，甚至必须冒万死我也在所不惜。
法官显然曾在此刻打断他的话，并告诉他不要再继续说在他们看来似乎是侮谩无礼的言论，但是他继续说下去，语气较之前更为傲慢：
我想让你们知道，假如你们杀掉我这样的人，你们伤害自己比伤害我更严重……因为杀死我，你们将不容易找到另一个像我这样——容我譬喻不当——上帝遣下来给我们国家的牛虻。我们国家像一匹硕大高贵的马，由于它体积大、行动迟缓，需要给予刺激使其提起精神……因为你们不容易找到另一个像我这样的人，所以我建议你们还是把我留下来。
第一次宣判他有罪的只是超过60票的多数，假若他的辩护稍稍缓和一些，他很可能会被宣判无罪。他曾有机会提议以刑罚代替死刑判决。开始时他甚至不肯作此让步，但是在柏拉图及其他朋友的请求与担保下，他愿意出30个米纳（合3000美元）的罚款。第二次投票表决，判他有罪的票比第一次多出80票。
此时他仍有机会脱离牢狱，克里托与其他朋友（假若柏拉图的话可信）准备用钱买通法官，而安尼托可能也曾希望有此折中办法。但苏格拉底自己则坚持到底。他觉得自己只能再活几年，他所“放弃的只是生命最累赘的一部分，全部智力都消退了”。他不但不接受克里托的建议，反而用道德观点对其加以检讨，以辩证的方法予以辩论，大玩逻辑游戏。在他受审到执行死刑之间的一个月中，他的弟子每天都到牢里去探望他，直至临刑前，他似乎始终平静地与他们谈话。柏拉图记得当时苏格拉底用手抚弄小斐多的头发，对他说：“明天，斐多，我想你这几根头发要剃掉。”——以示哀悼。赞西比怀里抱着他们最小的孩子，泪潸潸地在那里伤心。他安慰她，并叫克里托送她回家。“你死得冤枉。”一名虔诚的弟子说。“那么你将怎样使我死得不冤枉？”苏格拉底问他。
狄奥多鲁斯说，苏格拉底死后，雅典人后悔那样对待他，于是将控告他的人处死，民众用乱石砸死米勒托。普卢塔克则有另一种说法：控诉者受到民众的鄙视，没有人理睬他们，没有人跟他们搭腔，没有人愿意和他们在一起沐浴。最后，他们精神上受到太大的压力，自己上吊而死。第欧根尼说，米勒托被处决，安尼托被放逐。雅典人为纪念这位哲学家，曾替他雕塑铜像。我们不知道这些故事是否真实。
黄金时代随着苏格拉底之死而结束。雅典的躯体与灵魂都已衰竭，只有用长期战争极度的痛苦败坏了雅典人的品格，才能解释他们为什么要残酷地对待米洛斯岛，对米蒂利尼岛执行狠毒判决，将凯旋的将领集体处死，以及将苏格拉底献于一个信仰衰亡的祭坛上。雅典生活的一切基业都被毁坏：雅典乡镇的土地被斯巴达人蹂躏，须长年才能成长的橄榄树被焚毁；雅典海军被摧毁，贸易与粮食补给的控制权已丧失；国库已罄，私人财产也因为苛税压榨殆尽；公民三去其二。在伯罗奔尼撒战争中希腊所受到的生命与财产的损失，远比波斯人入侵时对其所造成的灾害来得严重。自萨拉米斯与普拉蒂亚战役之后，希腊人固然变穷，但他们的勇气与骄傲却因此增高。现在希腊再度陷入穷困，而雅典精神上所受的创伤太深，似乎难以医治。
继续支撑着雅典的有两个因素：其一，恢复民主政治，且领导人有见识与节制；其二，在其最后60年中，甚至处于战乱中，雅典的艺术和文学超越人类有史以来任何时代的同类作品。虽然阿那克萨戈拉已被放逐，苏格拉底已被处死，但是他们所给予哲学的刺激，足够使雅典自此后不由自主地成为希腊思想的中心与崇高的目标。从前那种散漫而试验性的思索现已演变成熟，成为激荡欧洲许多世纪的伟大哲学系统。诡辩学家在游历中所提供的无定所、无定期的高等教育，已为历史上最早的大学所取代——这些大学使雅典成为“希腊学府”（如修昔底德曾经称呼的那样）。迭经战火与动乱，艺术传统并未因而衰退，今后许多世纪中，希腊的雕刻家和建筑师仍将继续为整个地中海区域从事雕刻与建筑。雅典从其战败的绝望中，以令人惊异的活力使其成为新的财富、文化及权势中心。它的后期生命是丰富的。
