几乎所有的希腊国家都参与了这场战争，不是帮甲方就是站在乙方一边。伯罗奔尼撒半岛上的全部国家除阿尔戈斯外，都支持斯巴达，如科林斯、迈加拉、波奥蒂亚、洛克利及弗西斯。雅典在开始时尚有伊奥尼亚人及黑海诸城市与爱琴海各岛不太热心的帮助。像现代的世界大战一样，伯罗奔尼撒战争初期是海权与陆权之争。雅典海军将伯罗奔尼撒半岛的沿岸城市夷为废墟，但另一方面斯巴达的陆军侵入雅典乡镇，夺取作物，毁坏耕地。伯里克利将雅典乡镇地区的居民遣入雅典城，禁止其部队出战，告诉激动的雅典少安毋躁，等待他们的海军去赢得这场战争。
伯里克利的计划在战略上说来是正确的，但是他忽略了一项几乎决定这场冲突胜负的重要因素。雅典城内人口的过分聚集导致了一场瘟疫（公元前430年）——可能是疟疾——蔓延了将近3年，1/4的军队及大量的老百姓病死。雅典人民陷入传染病与战争的双重煎逼中，痛苦不堪，指责伯里克利应对这两者负责。克里昂联合其他人控告他滥用公款，因为他显然动用国库的钱贿赂斯巴达诸王讲和。当然说不出适当的理由，他被判有罪，剥夺职位，罚款50塔伦（30万美元）。约在同时（公元前429年），他的一个妹妹及两名嫡子也死于瘟疫。雅典人找不出人来接替他，再请他复职（公元前429年）。雅典人为尊敬他及对他的伤痛表示同情，否决了伯里克利自己通过的法律，将公民权授予阿斯帕西娅为他所生之子。但是这位年迈的政治家本人也染上了疾病，他的身体日渐衰弱，终于在其复职后数月即病逝。在他的治理下，雅典进入全盛时代。其成功，部分借收敛非出于心悦诚服的联盟的财富，并借招致四面仇视的武力。因此，黄金时代的基础并不稳固，当雅典政治领袖的和平策略失效，即必遭受惨败的命运。
或许如修昔底德所说，雅典若将伯里克利所订立的“延宕政策”执行到底，可能会获致最后胜利。但是他的继承者缺乏这份耐心来贯彻一项需要自我克制的计划。雅典政府民主派领袖都是一些商人，如克里昂是皮革商，欧克拉底斯是绳索贩子，希波布鲁斯则以制造灯为业。这些人要求在海上陆上积极作战。他们之中以克里昂最精明、最擅长口才、最跋扈、最腐化。普卢塔克形容他是“雅典人中在对人民演说时脱掉外衣猛拍大腿的第一人”。亚里士多德说，克里昂上台演讲时，必着工人装。他是自伯里克利死后至雅典在喀罗尼亚（Chaeronea）丧失独立（公元前338年）期间统治雅典的一长列野心政客中的第一人。
公元前425年，当雅典海军将麦西尼亚的匹拉斯附近斯福克特利亚岛上的一支斯巴达陆军围困住时，克里昂表现了他的才干。没有海军将领能攻克该坚固据点，可是在雅典议会将围攻的责任交给克里昂（一半是希望他作战阵亡）之后，出人意料地，他居然以战术与勇气发动攻击，迫使斯巴达人空前地大规模投降。斯巴达被慑服，提出和平与结盟要求，以换回斯巴达战俘，但克里昂以其口才说服议会拒绝斯巴达的要求，继续作战。他掌握雅典民众的绝招是颇易生效的一项提议：雅典人以后不必再纳税支援作战，应以增加属国的贡款来筹措经费（公元前424年）。在这些属国中，其情形如在雅典一样，克里昂的政策是尽可能向富人榨取金钱。当米蒂利尼岛的上层阶级发动叛变，推翻了民主派政权，并宣布脱离对雅典的臣属关系（公元前429年）时，克里昂提议将反叛城内的全部成年男子一律处死。议会（或许是以最低法定人数）表决同意，并派遣一艘船，将此项命令授予曾平定这次叛乱的雅典将领帕客斯。关于这项残暴不仁的命令的事传遍雅典城内之后，稳健派领袖又另外召开一次议会，设法撤销了这一项命令，并另遣一艘船，刚好赶上帕客斯，避免了一场大屠杀。帕客斯送回雅典1000名叛乱头子，这些人在克里昂的建议下且按照当时的风俗，全部被处死。
克里昂以战死在与斯巴达英雄布拉西达斯的对阵中赎回自己的罪孽。此时，布拉西达斯连连夺下大陆北部雅典的属国或同盟国。修昔底德就是在这次战役中，由于未能及时解救控制色雷斯金矿的安费波利斯，而丢掉海军官职与雅典的居留权。布拉西达斯于同一战役阵亡，领军后继乏人，而内部又面临奴隶叛乱的情形下，斯巴达再度要求谈和，雅典因接受寡头派领袖的建议，签订了《尼西亚斯和约》（Peace of Nicias，公元前421年）。斯巴达与雅典双方不仅宣布战争结束，而且签了50年的联盟，雅典承诺，一旦斯巴达发生奴隶叛变，即给予支援。
