在这方法背后的是一种哲学，令人难以捉摸，属于假设性而缺乏系统，但是实质上却非常真实，其主人为它而死。乍看起来，似乎没有苏格拉底哲学，这主要是由于苏格拉底接受了普罗泰戈拉的相对论，而拒绝使其思想独断化，而且了解自己的无知。
虽然受到反宗教的指控，苏格拉底至少在口头上信奉雅典城的神祇，参加其宗教庆典，而且从来没有被人发现说过对神不敬的话。他承认，其所作的一项极为重要的消极决定，是遵循他形容为来自上天的征兆的“精神指导”（inner daimonion）。或许这种精神是苏格拉底的另一种讥讽的手法。如果真是这样，其表现是非常出色的。对于苏格拉底，这不过是祈求神谕与圆梦作为神示的许多方式之一。他辩论说，有太多的自然适应与故意安排的实例，使我们无法将世界归因于机缘或非蓄意的原因。关于不朽，他并不十分确定。他在《斐多篇》中固执地恳求不朽，但在《申辩篇》中，他说：“假设我自称比别人聪明些，是因为我不认为我对其他世界有足够知识，而事实上我对其根本无所了解。”在《克拉底鲁篇》（Cratylus）中，他将这同一不可知论应用于神：“关于神，我们一无所知。”他告诉他的门徒不要去为这一类问题争论；像孔子问其弟子，他问他们是否已熟知人事而欲干天命乎？最佳的方法，他认为是承认我们的无知，同时服从德尔菲的神谕。当他被问及应如何信奉神时，他回答说：“按照你们国家的法律。”
他将这种怀疑论甚至更严格地应用于自然科学。人研究自然科学的范围仅限于其对生活的指导，超越那范围，就是深不可测的迷宫。每一个奥秘，在其解决之后，又有一个更深的奥秘。当他年轻时，他跟阿克劳斯学过科学，在他成年之后，他或多或少把它当作似真又幻的东西离开它，于是他所关心的不再是事实与起源，而是价值与目的。色诺芬说：“他所讨论的总不离开人的事务。”诡辩学家也曾经从自然科学“转向”于人，而且开始研究感觉、悟力及知识，但苏格拉底更深入地研究人类的性格与目的。“告诉我，欧西德谟斯，你是否去过德尔菲？”“是的，去过两次。”“你有没有见过庙墙上所刻的格言——了解你自己？”“是的，见过。”“你见到那几个词后，是没有去想它呢，还是对其加以注意，而设法反省你自己并确定你是属于哪一类性格？”
因此，哲学对苏格拉底来说，既不是神学、形而上学也不是物理学，而是伦理学与政治学，而且以逻辑作为其基础与手段。诡辩学家的时代将结束时，他就已观察到诡辩学家已造成文化历史中最严重的情况之一——削弱了超自然的道德基础。他不但没有因为恐惧而复归正统，相反，他继续朝向一个伦理学所允许的最深奥的问题进发：有自然伦理的可能吗？若没有超自然信仰，道德仍能存在吗？哲学在制定有效的世俗的道德律之后，能挽救思想自由而欲将它摧毁的文明吗？当苏格拉底在《欧绪弗洛篇》（Euthyphro）中辩论说：“神所赞同的善非真善，因其本质善而善者为真善。”他是在提倡哲学革命。他那距宗教思想甚远的对善的观念，其世俗程度接近功利主义。他认为，善不是普通而抽象的，而是特殊而实用的，“有所为而善”。善与美是可用性与人类利益的形式，即使是一只粪桶，如果非常适合其目的，也是美的。因为苏格拉底认为没有任何东西比知识更有用，所以知识是最高的美德，而罪大恶极是无知——虽然“德”在这里的含义是善而不是无罪。没有适当的知识，便不可能有正确的行为；有了适当的知识，必定产生正确行为。人永远不做他们知道是错的事，即不智、不利于自己的事。善的最高境界是快乐，达成快乐的最犀利的工具是知识或智慧。
苏格拉底辩论说，假如知识是最佳的美德，贵族政治便是最理想的政府形式，而民主政治是胡闹。“用抽签决定地方官员是一桩很可笑的事，”色诺芬笔下的苏格拉底说，“但另一方面却没有人想到以拈阄的方式来选用舵工、泥水匠、吹笛者或任何工匠，虽然这些人的缺点所造成的危害程度远不如搅乱政府的人来得严重。”他指责雅典人的好讼成性，互相妒忌，以及其政治团体之间纷争的酷烈。“这些问题，”他说，“是我最忧虑的，深恐将来严重灾祸降临在这个国家时，它将承受不起。”他认为，除非以知识与才能治理政府，否则雅典无可救药。知识和才能政治决不可再用投票的方式决定，好比不能用抽签来决定舵工、药师、医生、木匠的资格一样。也不可以凭借权力与财富来选择政府官员，暴政与财阀政治和民主政治同样坏。一个合理的折中办法是贵族政治，但是担任公职者必须心智健全并受过政务训练。尽管苏格拉底对雅典民主政治有这些批评，但是他承认其优点，同时也欣赏民主政治所给予他的自由与机会。他对其门徒主张“复归自然”的趋势报以微笑，而且对安提西尼与犬儒派，抱持与伏尔泰对卢梭同样的态度——尽管有其各种缺点，文明仍是一项宝贵的资产，不能为了原始的淳朴而予以放弃。
但大多数雅典人仍以愤懑而怀疑的态度对待他。正统派的教徒认为他是诡辩学家中最危险的一分子，因为当他遵守古代信仰的礼仪的同时，他排斥传统，希望将每一项法则置于理性的观察中，将道德建立在个人的良知上，而不是在社会利益或天命上，并且以使理性本身陷入内心紊乱而不接受任何风俗与信仰的怀疑论作为其结束。旧有事物的歌颂者如阿里斯托芬，将当代的反宗教思想、年轻的一辈不知尊敬长者、知识阶级道德的松弛以及扰乱法纪而腐化雅典人生活的个人主义，都归咎于苏格拉底、普罗泰戈拉与欧里庇得斯。虽然苏格拉底拒绝支持寡头派，但是许多寡头派的领袖是他的弟子或朋友。当其中之一的克里底亚领导寡头派发动富人革命与残暴的恐怖活动时，安尼托和米勒托等民主派人士认定苏格拉底是知识上引起这次寡头派反动的根源，并决心将他从雅典人的生活中除去。
他们虽然铲除了他的人，却毁灭不掉他那深远的影响力。他从芝诺学来的辩证法，经柏拉图传至亚里士多德，亚里士多德又将其演变为一套非常完整的逻辑学，被人沿用1900多年而未曾更易。他对科学的影响是有害的：学者放弃了自然科学的研究工作，而其关于“外在安排的理论”（the doctrine of external design）对科学分析并无鼓励作用。苏格拉底的个人主义与知识主义的伦理观，对雅典道德的破坏或许有相当关系，但其强调良知重于法律，却成为后来基督教的主要教义之一。苏格拉底思想的许多提示，经过其门徒的阐扬，成为其后两个世纪中所有重要哲学的本质。他的影响力之中最强有力的一个因素，是其在生活上与人格上所树立的典范。在希腊历史中，他已成为殉道者和圣人，因而每一个时代想找一个生活淳朴并具有大无畏的思想的模范，总是以对他的思念来培养其理想。“当我们想到人的智慧与崇高的品格时，”色诺芬说，“我无法使自己忘怀他，或在思念他时，又情不自禁地赞美他。那些以追求德行为其目标的人，如果能遇上比苏格拉底对人更有帮助的人，那我认为他可称得上是最幸运的。”
