理性医学的兴起，是伯里克利时代希腊科学发展史上具有重要意义的大事。即使在公元前5世纪，希腊人的医学大部分是与宗教纠缠在一起，治病仍然是由“医药之神”阿斯克勒庇俄斯庙里的祭司负责。他们所使用的是经验诊断加上拜神仪式与符咒的混合疗法，触发并消除了病人的幻觉，也可能使用催眠术及某种方式的麻醉。俗人医师与祭司医师相竞争。虽然双方都宣称阿斯克勒庇俄斯为其鼻祖，但俗人医师拒绝求助神力，承认不能凭奇迹治病，这样慢慢将医学导入正轨。
世俗医学在公元前5世纪的希腊分为4大派：小亚细亚的科斯和克尼都斯，意大利的克罗托那，及西西里岛。阿克拉加斯的恩培多克勒是半哲学家半奇人，在医学上，与理性医学执业者阿克翁同享崇高的荣誉。早至公元前520年就有出生于克罗托的医生德莫塞德斯（Democedes），他曾在埃伊纳、雅典、萨摩斯岛及苏萨等地行医，并为大流士王与阿尼沙王后治过病。晚年他返回故乡，在那里度过余年。毕达哥拉斯学派也在克罗托那出了一些在希波克拉底之前最出色的医生。阿尔克曼一直被称为真正的希腊“医学之父”，但是他显然只是其肇端年代渊远不可考的世俗历史中一个较晚期的名字。公元前5世纪初，他曾撰写了一本《论自然》（On Nature）——这是当时希腊人讨论一般性自然科学时的常用名称。据我们所知，他是第一个找出视神经与由中耳通至咽喉的欧氏管（Eustachian tubes），解剖动物，解释睡眠时的生理状态，认定脑为思想的中枢器官，而且精确地将健康解释为身体各部分组织处于和谐状态的希腊人。在克尼都斯，最著名的医生是欧里弗伦（Euryphron），他编纂了一本医学摘要——《克尼都斯摘录》（Cnidian Sentences）——而见知于世，说明胸膜炎（pleurisy）为肺病，将许多疾病归因于便秘，而且成为妇科名医。科斯与克尼都斯两大医派之间发生不愉快的争执。克尼都斯派不赞成希波克拉底以一般病理症状作“预断”（prognosis），即根据症状对病症的经过和结果所作的预断，而坚持将各种病症详细分类，然后予以对症下药。结果，出于明智的抉择，许多克尼都斯派医生遵循《希波克拉底文集》（Hippocratic Collection）所指导的方向。
我们从苏伊达斯所撰写的简本《希波克拉底传记》中知道，他是当时的杰出医生。他出生在科斯，与德谟克利特同年，虽然彼此的家相隔甚远，他们却成为莫逆之交，或许这位号称为“笑面哲学家”的德谟克利特对医学的世俗化也曾有一分贡献。希波克拉底是一名医师之子，在成千上万前来科斯取温泉水的病患与游客人群中长大及行医。其老师是色里布利亚的希罗底库斯（Herodicus），老师训练他，让他给病人多用食物与运动而少用药物治疗。马其顿王波底克斯（Perdiccas）与波斯王阿尔塔薛西斯一世曾接受他的诊治，可见其声誉之隆。公元前430年，雅典派人请他来遏止大瘟疫的蔓延。他的好友德谟克利特笑他老不死，这位伟大的医生谢世时享年83岁。
古代医学文献中没有比被认为由希波克拉底所编辑的论文集，搜罗更为详备的著作。文集中有供医生研读的教科书、家庭医疗指导、对学生的演讲稿、研究与观察心得报告、重要诊断临床记录，以及诡辩家就医学的哲学或科学方面所发表的论文。其42件临床记录，为此后1700年中所仅有的范例。这些记录说明60％的病例因药石罔效而死亡，记载非常忠于事实。文集中仅有4篇为一般人承认是出于希波克拉底的手笔：《箴言》《症状判断》《急性疾病之摄生疗法》及《论头部伤口》。《希波克拉底大全》的其余部分都是别人撰写，作者自公元前5世纪至公元前2世纪皆有。文集中也有不少胡诌的作品，但其情况不会比将来的人发现今天的论文与史料更为荒诞不经。多数材料是断断续续从零星片断中收集而成。在《箴言》中有一句名言：“艺术非一朝一夕之功，而时光飞逝。”
希波克拉底和其后继者的历史任务，是将医学从宗教与哲学的束缚中解脱出来。偶尔，像在《急性疾病之摄生疗法》中建议用祷告帮助治疗，但是文集中绝大多数都是坚持依赖理性疗法。在《神圣疾病》的论文中，直接攻击疾病由神所引起的理论。所有疾病，作者认为皆有其自然原因。一般人认为是着魔的癫痫症也不例外：“人们仍旧相信此病起因于神，是由于他们对其茫然无知……江湖郎中和庸医对其束手无策的情形下，躲藏在迷信后面。将‘神圣’两字加在此病头上，为的是掩饰自己的愚昧无知。”希波克拉底的思想属于典型的伯里克利时代精神——富于幻想但切合实际，痛恶神秘，厌倦神怪，认识宗教的价值，但极力以理性的观点来了解世界。诡辩学派的影响力可以在这医学解放运动中感觉到。事实上，由于哲学强力地左右了希腊的治疗法，科学不得不为扫除障碍而与哲学和神学两面作战。希波克拉底坚持认为，哲学理论不容有在医学上立足的余地，治疗必须凭借对各个病例与实际状况的仔细观察及正确的记录。他并没有确切地体会到实验的价值，但决心接受经验的指导。
希波克拉底派医学受到哲学影响的是其曾名噪一时的“体液”（humors）之说。希波克拉底说，人体是由血液、黏液、黄胆汁及黑胆汁所组成的。当一个人的体内这四液的比例适当而调和，他就能享受最佳的健康，疾痛是由于其中一液不足或过多，或与其他三液隔离所致。这项理论比任何其他古代的医学假说更为持久，直到上一个世纪才被放弃，或许因转变为今天的荷尔蒙或腺分泌而得以延续。因为“体液”的功能被认为受气候与饮食的影响，而希腊当时最流行的疾病是感冒、肺炎及疟疾。希波克拉底曾就空气、水、环境与健康的关系，撰述了一篇简短的论文。“人可以大胆地使自己暴露于寒冷，”他告诉我们，“但是饭后或运动以后却例外……不让身体受冬天的寒气冻一冻，是不好的。”这位科学化的医生不论定居何处，他总要研究气候、时令、饮水及土壤对当地人口的影响。
希波克拉底派医学的最大弱点是其诊断方法。他们显然不摸脉搏，测量体温用简单的触觉，听诊用直接方法。他们了解疥癣、眼炎及肺结核是传染病。《希波克拉底大全》中对于下列病症有极为卓越的临床诊断：癫痫、传染性腮腺炎、妇产败血症、每日热、间日热、四日热。但未曾记载天花、麻疹、白喉、猩红热、梅毒，也未提及伤寒症。《急性疾病之摄生疗法》因倡议先期征候诊断及防治疾病于未然，而促进了保健医学。希波克拉底特别偏爱“预断”：他认为一名好医生应该从经验中学习观察各种身体状况下的征候，并且须能于发病初期预测病情可能发生的变化。多数疾病到达严重阶段时，若不能予以治愈，就可夺走病人的生命。对危险期的准确推算，是希波克拉底理论的特征要素。假若在危险期中身体本身产生的热能克服病原体，并将其排泄掉，病即可痊愈。诊疗时，本能——体力与体质——为主要治疗手段，医生所能做的只是排除或减少对这种本能防御与复原功能的障碍。因此，希波克拉底派的治疗很少用药物，而主要凭借新鲜空气、催吐、坐药、灌肠、吸器放血、抽血、热敷、涂药膏、按摩及水疗法。希腊医生用药多属净化剂。皮肤病以硫黄浴及涂敷海豚肝油治疗。“过一种健康生活，”希波克拉底建议说，“这样除了传染病或意外伤害外，你不容易得病。假如不幸得病，适当摄生疗养，最能使病体复原。”如病人身体状况许可，医生常让其停食，因为“越营养病体，越对它们不利”。一般情形下“人应该每天只吃一餐饭，除非他的肚子太干枯”。
解剖学与生理学在希腊也稍有进步，这点成就多归功于卜卦时研究动物内脏的心得。被收辑在希波克拉底文集中的《论心脏》小册子，曾描述心室、大动脉及心瓣。塞浦路斯的塞内西斯（Syennesis）与克利特的第欧根尼曾著文讨论血管系统，而第欧根尼还了解了脉搏的意义。恩培多克勒认识到心脏是血管系统的中心，并认为心脏是将重要呼吸（可能是氧气）经过血管而输送至身体每一部分的一个器官。《希波克拉底大全》继续阿尔克曼的研究，认定脑是知觉与思想的中心，“通过脑，我们思想，眼看，耳闻，辨别丑与美、好与坏”。
外科手术大多数情形下仍然属于资深的普通医生所做的非专门工作，虽然军队有外科医生的编制。希波克拉底的文献中叙述切锯手术，而治疗肩骨或颚骨脱臼的方法，除了没有麻醉剂外，其他都合乎“现代化”。雅典阿斯克勒庇俄斯庙的一块贡碑（votive tablet）上刻着装有全套外科器具的折叠包。埃皮达鲁斯的小博物馆为我们保留下来古代的外科工具，其中镊子、探针、小刀、导尿管及反光镜，大致像今天所用的，某些雕像显然在示范减少髋关节脱节的方法。希波克拉底的《论医师》（“On the Physician”）一文中，对手术室的准备、自然与人工光线的布置、手的清洁、器具的保养与使用、病人的位置、伤口的包扎等，都有详细的说明。
从这些及其他资料中，我们可以清楚地看出，希腊医学到了希波克拉底时代，不论在技术上与社会上都已有长足的进步。在他以前，希腊医生从这城奔到那城，像当时的智者学派或现代的传教士，视工作需要而迁徙。在希波克拉底时代，他们定居下来，开设“医疗处”或办公室，看门诊或出诊。女医师为数甚多，通常给她们的同性看病。她们之中部分曾就有关皮肤与头发的保养问题，发表权威性论文。政府并不对想执业的医师举行公开考试，但要求被认可的执业医师提供学徒或受业的及格证明。各城邦政府借雇用医师从事公共卫生与保健工作及给予贫苦民众免费治疗，而推广私人医学，使医学社会化，像德莫塞德斯这样第一流的由政府聘请的医师，年薪达2塔伦（1.2万美元）。那时候当然也有庸医，以及像任何时期的情形一样，有数不尽的滥竽充数的江湖郎中。医师这一行，像其他时代一样，受到少数庸劣或不肖之徒的牵累。希腊人和其他民族一样，关于庸医的笑话之多，犹如男女婚姻方面的逸闻。
希波克拉底以强调医德来提高其职业地位。他既是医科老师，也是从业医生，人们认定由他首创的医师誓约，是用来确保学生对教师的忠诚的。
《希波克拉底誓约》
本人在医神阿波罗和阿斯克勒庇俄斯、健康女神希吉亚（Hygiaea）、医疗之神潘那西（Panacea）以及所有神和女神之前宣誓，以他们为我的见证，我愿尽我的能力与判断，践履本誓约与契约。对待我们的业师如我自己的父母一样。以他为我生活上的伙伴，他若需钱，与他共享。视他的子嗣为我的兄弟，如他们愿意学习，我完全有义务教导他们。我们的信条、口述和所有其他知识，除我自己的儿子、老师的儿子及曾立下医师誓约与契约的学生外，不传授给任何其他人。我愿尽我的能力与判断，用医疗帮助病患，但决不用来伤害人及用于不正当目的。我决不受人要求去毒害任何人，也决不建议人这样去做。我同样不用子宫环为妇女避孕。我将使我的生命和技艺保持纯洁而神圣。我决不用刀伤害患者，即使是结石病，也让从事结石治疗的专家去做。不论进入任何人的住宅，我将帮助病患，我决不故意做错事与伤害人，尤其不摧残男人或妇女的身体，不论他们是奴隶或自由人。不论我在执业时，还是工作以外与人接触中，所见所闻，只要不应对外揭露，我决不宣泄，而将其视作神圣的秘密予以保守。现在假如我实践了本誓约而未曾违背，愿我在众人中为我的生命和技艺获得永远的荣誉，但是，假若我背弃誓约，愿相反者降临在我的身上。
医师，希波克拉底补充说，应该保持个人的整齐清洁，适宜的仪表。他必须永远保持冷静，必须使自己的举止能触发病人的信心。他必须：
谨慎检点自己，而且……仅在绝对必要时才说话……当你进入病人的房间时，须注意坐姿、保持拘谨、整饬衣服、说话肯定而简洁、安详，除仪态外，还须自制，要求人静肃，而且随时准备做应做之事。……我希望你们不可太严苛，但必须仔细地衡量病人的经济能力。有时候你应该免费为人服务。假如有机会为陷入贫困的陌生人服务，应尽力予以协助。因为人有爱，我们的技艺亦有爱。
假若医生除了具备这些之外再研读及运用哲学，他就能成为理想的医生，因为“一名酷爱知识的医生，堪与一个神并驾齐驱”。
希腊医学在其各医学创始者之前1000年中，未曾显示对埃及的内外科医学发生重大影响。就医学专精方面，希腊人似乎不如埃及人。从另一角度看，我们必须对希腊人表示崇高的敬意，因为在19世纪我们的时代以前，他们的医学理论与实际应用一直为人们沿用而未有重大改革。大致说来，希腊人在科学上已经做到，在没有观察与精密仪器及没有实验方法的环境下所能完成的。若未受到宗教的干扰及哲学的打击，其成就可能更大。正当许多雅典年轻人满腔热诚地从事研究天文学和比较解剖学，其科学上的进步因反启蒙主义者的立法、阿那克萨戈拉、伯里克利的情妇阿斯帕西娅以及苏格拉底的骚扰而受阻。在此同时，苏格拉底与诡辩学家著名的自外面的世界至内部的世界、自物理至伦理的“大转向”，将希腊人的思想从自然的问题与进化引入形而上与道德上的问题。在希腊人迷恋于哲学之际，其科学停止向前达一个世纪之久。
