在这种岌岌可危的局势下，一批有武力的豪族各自拥地自立，每年只向天皇缴纳象征性的税捐。一般庶民因得不到皇室的保护，自然将从前的租税转交给有实力的将军，希望得到保护免受盗贼的蹂躏。封建制度形成的原因，无论在日本或欧洲都如出一辙：中央政府权力式微，不能维持安全与秩序，代之而起的即为地方势力的抬头。
约在1192年，源赖朝（Minamoto Yoritomo）集由军士及奴仆组成的兵力，创置幕府（Bakufu）于镰仓，掌握实权。幕府原有“行营”的意义，但在本质上显示出新政权的存在。1198年，源赖朝谢世后， 继承者年幼体虚，大权旁落至外戚北条氏手中，北条氏建立北条摄政（Hojo Regency）。此后的134年中，幕府政治变成摄政政治，即北条挟持天皇发号施令于全国。此时元朝忽必烈汗受朝鲜人的怂恿，趁着征服神州的余威，想再席卷日本诸岛。于是大举伐木造舰，编成庞大舰队，中国诗人称山上的树都被砍光了，童山濯濯让山脉也悲叹。据日本人英雄式的追溯称：元军船只约7万艘。而据历史学家的估计，元军约为3500艘船只，10万战士。1291年元军强大舰队进迫扶桑诸岛，日军以临时制造的小舰队仓皇勇敢应战，所幸天不绝人，是时恰逢台风大作，元军船只大都触礁，约有7万战士溺毙，其余残存者皆沦为日本俘虏。
北条氏自时宗以后，政治腐败、滥权，当权者生活糜烂又昏庸，遂于1333年结束统治。例如最后一位执政的北条高时（Hojo Takatoki）沉溺于养狗斗犬，饲养有四五千条狗，百姓居然可以奉狗以代替交税。高时整日与狗为伍，饰以金银，佐以美馔，甚至让狗坐花轿，荒唐至极。这时，后醍醐天皇（Go-Daigo Tenno）眼见北条氏昏庸，认为时机已到，乃集源氏及足利尊氏（Ashikaga Takauji）推翻北条摄政，北条高时与其870位家臣和将军终于败退至一座庙宇，饮尽最后一滴酒后，切腹自杀。
足利尊氏眼见一般武士对新政不满，遂欲再建武家政治，举兵推翻曾受其拥戴的后醍醐天皇，代之以傀儡光严天皇（Kogon Tenno），建立室町幕府于京都，此后足利尊氏幕府统治动荡不安的日本几达250年。无可否认，室町幕府统治不得安宁的部分因素，乃因足利尊氏独裁者一意热爱艺术。足利义满（Ashikaga Yoshimitsu）厌倦连年的征伐，专心致力于绘画，终成为当代的大画家之一；足利义政（Ashikaga Yoshimasa）则善交文人画士，曾热心捐助十几位画家从事绘画，他所收藏的作品，今天成为无价之宝。但政府组织与施政未受重视，致使将军幕府如同天皇一般枯朽，不足以维持社会安全与和平。
人民生活在动荡不安的社会，朝不保夕，大家殷切盼望着英明有为的领袖早日带来社会安宁，统一全国，免使生灵涂炭。织田信长（Oda Nobunaga）、丰臣秀吉（Toyotomi Hideyoshi）、德川家康（Tokugawa Iyeyasu）等3人，在年轻力壮时，即以统一全国为己任，3人并誓言，任何人若得天皇同意统治日本，则其余2人应归顺于他。信长先试不成；秀吉再试虽有所成，不幸早亡；家康恰逢其时，平定全国，建立了德川幕府（Tokugawa Shogunate），缔造了日本史上为期最久的和平。此时期艺术上亦臻升华境界。
