日本民族的起源，和其他民族一样，失落于理论的宇宙星云之中。在日本的民族中，混合了三种成分。其一为原始的白色种族——虾夷族（Ainu，又称阿伊努人），于新石器时代即从黑龙江一带进入日本；其二为黄色的蒙古种族，这是在公元前7世纪由朝鲜进入日本；其三为黑褐色的马来西亚及印度尼西亚人，由南边的岛屿渗进日本。日本如同其他地区一般，在建立共同语言、创造新文明的新种族形态成形的几百年前，即曾出现复杂的种族混合。迄今为止，种族混合仍未完全，这可由高、瘦、长头的贵族，与矮壮、宽头的百姓之间鲜明的对照得到明证。
4世纪中国历史的记载，曾描述日本人为“倭人”，并且说：“彼等既无牛也无野兽，彼等依其身份地位而纹其脸，彼等仅穿着由一片布所织之衣，彼等仅有矛及以石、铁为尖之弓箭，彼等不穿鞋，守法而多妻，嗜烈酒而长寿……妇人涂粉红于其身。”记载又说，日本没有小偷，争讼之事不常见，文明尚未开始云云。入日本籍的美国作家小泉八云（Lafcadio Hearn）以其溺爱敏锐的眼光，把早期的日本描绘成不为剥削与贫穷所沾的伊甸园。芬诺洛萨则形容其为独立的士兵与绅士组成的农民社会。至3世纪由朝鲜传入了手工艺，并且很快有了行会。在自由的艺匠下面，即为数可观的奴隶阶级。这些奴隶系由监狱与战场中征集而来。当时的社会组织兼有封建与部落的色彩，有些农民投靠裂土封地的贵族，以耕其地。每一家族均有其唯我独尊的家长，而政府组织则松弛且极其微弱。
早期的日本人满足于灵魂信仰、图腾制度、祖先崇拜与性崇拜等宗教需求。举凡天上之星辰，原野之植物与昆虫、草木、鸟兽，以及人类——物物均有灵魂。无数神祇在人之住宅上空徘徊，并在灯火的火焰与光辉中飞舞。往昔人们借炙烙龟壳与鹿骨以施占卜，并由专人解释由火烙壳骨而生之花纹。据中国古史记载：“彼等施占卜以探究祸福并预测可否出海或远行。”人们畏惧并礼敬死者，唯恐死者作祟在世上产生更多祸害；死者生前遗物多作为殉葬——诸如男人的刀剑与女人的镜台；甚且人们每日须在祖宗灵位前供奉佳肴并施礼拜。人们的祭品时常被用来求神制止暴雨或佑护建筑与城池的坚固；而贵族去世时其仆人偶亦殉葬，这样才能追随侍候于九泉之下。
最早的日本宗教系源于祖宗崇拜。神道（Shinto）有三种仪式：即家庭祖宗的家祭，宗族祖宗的社祭，与皇家祖宗及创始神的国祭。皇家圣祖每年有7次祭典，由天皇或其代表主祭，并且总是在国家发生重大事件时举行。神道不需要教条，不需要精密的仪式，亦不需要道德的准绳；神道无特殊僧侣，无关于天国与不朽性的抚慰教义；忠实信徒只需偶尔朝圣进香，并对祖先、天皇及历史表示虔诚敬意。神道曾经有一段时间因太不重视对信徒之报偿与需求而遭到挫折。
522年，佛教传入中国500年之后，继传日本，随即急速发展并风靡日本。其所以如此顺利，主要有两个因素：即人民的宗教需求与国家的政治需求。这里所说的佛教并不是释迦佛教抱持神祇不可知论的、悲观的、严守德行的清教徒生活和梦想在极乐中圆寂的主张，而是阿弥陀佛及观音诸神的大乘佛教才重视欢欣热闹的宗教礼仪（菩萨诸神除外）及个人的永生。尤其是该教谆谆勉人以孝顺、和平及服从等德行，益于使人民顺从其政府，且其态度极为庄重圣洁，使人无以为拒；又给予被统治者希望与安慰，从而使其满足于一己之命运；又以似诗的神话与祷告及戏剧似的多彩多姿之盛典，来调剂日常劳苦的生活；同时使人民的感情与信仰得到调和。政治家对此极表欢迎，视其为社会秩序的源泉及国家基础。
我们不知佛教在日本盛行到底是基于政治还是由于虔诚。586年，当用明天皇（Yomei Tenno）驾崩时，有两家敌对世族以武力争夺继承权。但是两者在政治上均致力于新的佛教信条。据云圣德太子出生时手握圣者遗物，他确立推古天皇（Suiko Tenno）登极，并使东瀛三岛处于皇太子之治理下长达29年（592—621年）。圣德太子广筹款项，兴建佛寺，鼓励并支持佛教僧侣，颁布佛教伦理为国法，大体而言，变成日本佛教的阿育王。他保护艺术与科学，并从中国与朝鲜输入艺人与工匠；他编纂历史，兴绘作画，并监督建造法隆寺（Horiuji Temple），该寺乃日本艺术上最古老、尚残存的杰作。
尽管有如此多彩多姿的文明杰作，以及佛教对德性之教诲与倡导，但在圣德太子驾崩后30年内，日本却爆发巨大危机。一位充满野心的贵族中臣镰足（Nakatomi Kamatari）勾结中大兄皇子（Prince Naka）发动宫廷政变，使日本的政治历史发生明显改变，史学家称之为大化革新（Taika Era Reforms，645年）。皇太子遭受暗杀，一位年老的傀儡被推出来，镰足俨然以摄政自居，虽然后来中大兄皇子被立为皇太子，亦即为天智天皇（Tenchi Tenno），却把日本政府带向专制的帝国政权。君主的权力由原来的对宗族的领导权而扩增至对全部公职官员拥有任命权。所有地方长官由君主任命，所有税收径向君主缴纳，举国之下莫非王田。至此，日本由松散的宗族结合与半封建首长制急速地转变至一密切结合的君主国。
