这些学者不全是儒家学派，在15世纪，反对派的思想已经茁壮，学术界已经激起一股反对儒家的浪潮。渗入了中国人心灵的佛教思想此时甚至已影响到了哲学家。大部分人都受到佛教独居沉思这种习惯的影响；有些人甚至更激烈，蔑视孔子的那套玄学，反对孔子对于解决人生和心的问题的方法，他们认为孔子的那套太表面，不够成熟。内省的功夫变成探求宇宙的方法，中国第一次出现了认识论。君王倡导佛教或道教作为讨好百姓或教化百姓的方法。有时候看来统御着中国的儒家思想，似乎就要寿终正寝了。
朱熹是儒家的救星，就如8世纪印度的商羯罗从《奥义书》整理出一套有智识的系统，而使《吠陀哲学》立于最高之地；也如13世纪欧洲的阿奎那不久即把亚里士多德和圣保罗的哲学，捧上了胜利的经院哲学的地位；所以12世纪的朱熹，从孔子的精华里整理出一套有系统的哲学。这套哲学足以满足这个学术时代的口味，也足以使儒家思想在中国的政治和学术界居于领导地位达700年之久。
此时，最根本的哲学争论点在关于《大学》上一段话的解释。争论的一方是朱熹，另一方是反对儒家的学者。争论的焦点在于“治国必先齐家，齐家必先修身，修身必先诚心，诚心必先格物致知”这段话是什么意思。
朱熹认为这段话的意思就如其文所说，哲学、道德和治国之道应以谦虚地研究实体为开始。他同意孔子的实证主义。虽然，他曾详细地解释孔子的实体论的问题，但因为他解释得太过分，也许孔子不会同意他的这种解释。但他所得到的关于无神和虔敬的这种奇怪的综合结论，也许孔子会感兴趣。就像那部中国的玄学《易经》所说的，朱熹承认在实体中有二元：到处充斥阳和阴——主动和被动，动和静——二者交合作用而产生金、木、水、火、土五行，万物因五行之变化而生。理和气——法与物——也是充塞于宇宙，理与气相倚恃，万物发展的作用于是乎起，而赋万物以形象。但在这理气之上者，统摄主宰它们的则是太极，太极是自然之法，是世界的构造物。朱熹解释说这个太极就是天，即正统儒家所谓的那个天。在朱熹看来，神是一种不具人格或形象的理性的过程。“自然就是法。”
朱熹说，这个宇宙之法也就是道德和政治之法。道德与自然之法相和谐，而治国之道就是把道德之法应用到治国的行为上。自然之最终的本意是善，人性也是善；顺从自然即是智慧与和平的秘诀。周茂叔窗前草不除，问之，则云：“因与自家意思一般。” 因此我们的本能也是善。因此，我们可以自自然然地顺从本能。但是，朱熹把本能视为气，他认为气必须顺从理和法（礼）。要达到道德家和逻辑学家的地步，不是一蹴而就的。
关于这一套哲学，有人持异议。反对最力的是王阳明。但朱熹的这些看法，并没有困扰这位文质彬彬而奇特的王阳明。因为王阳明是圣人，也是哲学家；大乘佛教的那套沉思的精神和习惯已经深深地渗进了他的心灵。他认为朱熹的最大错误不在于他所说的理，而在于方法。王阳明认为格物的方法，不是始于观察外在的宇宙，而是诚如印度教所说的，始于深邃地揭示自我内在的世界。要解释一颗竹芽或一粒稻谷，实非任何时期的物理科学所能胜任的：
初年与钱友同论做圣贤要格天下之物，如今安得这等大的力量；因指亭前竹子令去格看。钱子早夜去穷格竹子的道理，竭其心思至于三日，便致劳神成疾。当初说他这是精力不足，某因自去穷格，早夜不得其理，到七日，亦以劳思致疾。遂相与叹圣贤是做不得的。
因此，王阳明摒弃了对事物的观察，甚至抛弃了古代的经典；他认为用沉思来“读”自己的心，要比读所有的东西和书更可获得智慧。他因弹劾小人而被忤旨下狱，谪贵州，与那些未开化土人和毒蛇猛兽为伍，但他与他们交朋友，并教化那些逃避到这里来的罪犯；他教他们哲学，与他们生活游乐在一起。在一个三更半夜的晚上，他突然从他的茅屋里跳出来，惊喜地叫道：“圣人之道，吾性自足，向之求理于事物者，误也。”他的同伴们也不分青红皂白地就随着他，但渐渐地，他把他们引到他那理想的结论：“夫物理不外吾心，外吾心而求物理，无物理矣，遗物理而求吾心，吾心又何物邪？”他不从神是想象的虚构之物来推论；相反，他认为神是一种混沌而无处不存在的道德力量，因为其力至大，绝非一个人，但对人类有同情和愤怒之心。
从这个理想的出发，他获得与朱熹一样的伦理原理的结论：“自然是至善”，人欲达于至善，须完全地接受自然之法。 当有人指出自然的手包括蛇蝎和哲学家时，他以阿奎那、斯宾诺沙和尼采的口吻答道，持善恶者即是偏见，善恶之分是相对的；凡对我有利者，即为善；对我不利者，即为恶；自然本身是超越善与恶，它也不顾我们的善恶之分。他的弟子曾编了下面这一段对话：
侃去花间草，因曰：“天地间何善难培，恶难去！”
先生曰：“未培未去耳。”少间，曰：“此等看善恶，皆从躯壳起念，便会错。”
侃未达。
曰：“天地生意，花草一般，何曾有善恶之分？子欲观花，则以花为善，以草为恶；如欲用草时，复以草为善矣。此等善恶，皆由汝心好恶所生，故知是错。”
曰：“然则无善无恶乎？”
曰：“无善无恶者理之静，有善有恶者气之动。不动于气，即无善无恶，是谓至善。”
……
曰：“然则善恶全不在物。”
曰：“只在汝心，循理便是善，动气便是恶。”
不错，王阳明和佛教的这种精微的唯心论玄学，在正统的儒家思想之前，听起来是相当响亮的。虽然这些学者对于人性和治国之道，提出了以前哲学所未曾提到的这种很公正的看法，但是他们的智慧太对这些琐事着迷了，以致变成一种令人厌烦的学术官僚，而与每一种有自由和创造性的思想为敌。到了最后，假如朱熹的学派获得了胜利，假如朱熹的灵位能光荣地被置于孔庙内，假如他对于“四书五经”的注释能变成所有正统的思想的一部指针达700余年，那是因为他那种健全而明洁的意识战胜了那扰人而繁琐的玄学心灵。但是，一个国家就像一个人一样，它可以一样很敏感，神志很清明，并且绝对地正确。中国之必须来一次革命，原因之一是朱熹和儒家思想完全彻底地战胜其他学派。
