埃及学者大部分都是祭师。他们有神庙作为靠山，生活安定，时间充裕，因此纵然受到种种迷信的包围，但终究能突破迷信，变成埃及科学的奠基者。根据祭师传说，科学是由透特大神于公元前18 000年发明，主宰地球达3000年。他是智慧的化身，由他所著的书，多达2万余册。埃及人都相信，所有有关科学的书籍，全部包括于这2万余册之内。
从有记录可考之时起，埃及数学的发展，就已非常可观，这是十分显然的事。金字塔的设计与建筑，其计算之精密周到，离开数学根本无从着手。尼罗河泛滥，是整个埃及生活之所系。为了计算及保存涨水退水的记录和清理土地的疆界，测量学与几何学应运而兴。
至于数学，约瑟夫斯（Josephus）认为是亚伯拉罕从迦勒底（Chaldea，即美索不达米亚）带到埃及的。不过，近代史学家认为，不仅数学，甚至其他学术，要说埃及是受自迦勒底的乌尔或西亚其他地方均不是不可能。
埃及人发明了一套记数法，不过这套记数法很笨。1划代表1，2划代表2，9划代表9。到了10，换个新符号。然后，2个10符号代表20，3个10符号代表30……9个10符号代表90。到了100，又换个新符号。然后，2个100符号代表200，3个100符号代表300……9个100符号代表900。到了1000，又换个新符号。及至到了100万，则画个人用手摸着头来代表。这好像说：“啊！怎么这样多？” 埃及人没有零的观念，也没有发明十进位法，也没有用十指及十趾来代表数字的观念，他们记个“999”要费27个符号。埃及人也有分数观念，不过表示分数时，总用分子是1来表示，例如：表示3/4时，他们写成1/2+1/4。对于乘法表与除法表，其历史和金字塔一样悠久。最早的数学理论，载于公元前2000至前1700年的水草纸卷本。但在那些卷本中，又曾提到某些远在500年前即已出现的数学著作。
从数学理论所举的若干的例子中，我们知道古埃及人由于对谷仓容量及田亩广袤的计算，代数观念已经萌芽。不过，埃及数学中最发达的还是几何。他们对几何的运用，不仅用来计算方圆立体，而且计算圆柱圆锥及球面。埃及人也早已知道圆周率，他们所使用的数值是3.16。4000年后的今日，我们才进步到认为圆周率是3.1416。
关于埃及人的物理化学，至今未发现任何资料。至于天文知识，埃及人所知者似乎不多。祭师认为地是一个长方形的盒子，盒子四角有四座高山，天就是由这几座山撑着。日食月食现象，埃及人所知者，似乎不比美索不达米亚的人为多。埃及人知道的最准确的一点，是尼罗河泛滥开始的日期。由于尼罗河泛滥始于夏至之日，因此埃及人的神庙在修建的时候，特别使其神庙正面中央与夏至早晨初升太阳在同一条线上。
有人这样想，祭师对天文的知识也许相当丰富，只是一来为维持神的尊严，二来为实行愚民统治，因此不欲将其公开。历经无数世纪，为了研究天体的运行，对于某些星球的追踪，祭师保有着上千年的资料。他们能区别行星与恒星。在他们的观测记录中，竟含有五等星——这种星肉眼无法观测——的资料。还有一桩事实，证实以上的推想，即祭师制定了历法——这对人类来说，也是一桩很大的贡献。埃及人把一年分为3季，每季分为4个月。尼罗河涨水，泛滥，至水退，为第一季。播种五谷使其生长，为第二季。最后收成为第三季。
埃及人把一天分为若干小时，一月分为30天。 这种分法较阴历每月定为29.5天，计算上来得便利。为了凑足一年之数，使太阳与尼罗河泛滥吻合，他们在第12月月尾加上5天。埃及人把尼罗河河水涨得最高的一天——这天也是天狼星（一颗最亮之星）与太阳同时升起的一天——定为一年的开始。由于一年只有365天——实际上应为365又1/4天——因此每4年便有一天之差。
对这项误差，埃及人始终没有设法校正。若干年后（公元前46年），希腊天文学家奉恺撒之命加以修正，即每4年加一天，于是便成举世知名的“儒略历”（Julian Calendar）——儒略是恺撒之名。1582年，教皇格列高利十三世（Gregory X Ⅲ）再加校正，即逢以400不能除尽的世纪年代内，令2月减少一天，于是便成目前世界所通行的格列高利历法，也就是我们所称的阳历。今天有历可用，饮水思源，我们不能不对埃及人表示感谢。
埃及人会做木乃伊，可是对人体并无研究。他们以为，血管中所装的是气、水及液体。他们相信，心肝五脏为思想的中心。尽管如此，埃及人对人体主要骨骼的名称、内脏的位置及心脏的机能，还是有相当认识的。一份水草纸卷本曾有这样的记载：“血管，发于心脏，通于全身。名医置其指于头、背、手、足……对心脏的情况，皆可查知。”从这一认识到达·芬奇与哈维（Harvey）两人的见解仅是一小步，但是时间已过了3000年。
埃及人在科学方面最大的贡献，要数医学。和其他科学一样，医学也始于祭师，同时其起源也富有神话色彩。就一般平民百姓而言，治病大半靠符箓不靠医药。他们认为，生病是撞到了鬼，送走鬼病就会好。以感冒而言，感冒有感冒鬼。送走感冒鬼，要用下列的话：“走，走，走！感冒鬼。你来让他（病人）骨痛、头痛、七窍不舒服。走，赶快离开，滚到地上。臭鬼、臭鬼、臭鬼，赶快滚！”
埃及虽流行送鬼治病，但也产生了不少伟大的医生及医学家。他们所建立的规范，甚至连世称“医学之父”的希波克拉底，也不能不衷心服膺。埃及医学很早就有分类，有专攻产科的，有专攻胃科的，有专攻眼科的。古代埃及医学精深，即已国际知名。在波斯王居鲁士御医中，就有一位埃及医生。除专科医生外，埃及还有全科医生。全科医生的顾主，多半是平民。这些医生除能治各种疑难病症外，附带还会化妆、染发、修饰皮肤手足及灭绝蚤虱等。
现在留传下来的著作中，最有名的一种叫埃德温·史密斯纸草文稿（Edwin Smith papyrus）——此卷本以发现者史密斯命名，长达15英尺，约为公元前1600年之物，就此卷本内容而言，称之为历史上最早的科学著作亦不为过。史密斯卷本曾载临床手术48种——从颅骨碎裂至脊椎骨挫伤，每种手术，均按很严谨的步骤进行：（1）初步诊断，（2）详细查验，（3）症状讨论，（4）再诊断，（5）判病结局，（6）治疗。最令人敬佩的是卷本作者曾以极肯定的语气说：“控制下肢的器官，不在下肢而在‘脑’部。”此等观点，即便在18世纪的医学家看来，仍属非常新颖。
埃及人所患的疾病，为数不少。就木乃伊及卷本研究，他们所患之病有：脊髓结核、动脉硬化、胆结石、天花、小儿麻痹、贫血、风湿性关节炎、麻风、痛风、乳突炎、盲肠炎、畸形性脊椎炎及软骨发育不全等。梅毒及癌症，没有发现。不过，有些从木乃伊身上找不到的疾病，如脓漏及龋齿，在后来的埃及人身上却极普遍。这也许是拜文化发展所赐吧。人类小脚趾骨的萎缩，一般多归咎于穿鞋，但古埃及人无分贵贱老幼一律赤足，而这种现象也屡见不鲜。
为了对付这些疾病，医生有着不少药性大全之类的东西。埃伯斯纸草文稿（Ebers papyrus）所开的药方，多达700余种，从治蛇咬到治产后热，无不应有尽有。卡汗水草卷本（Kahun papyrus，公元前1850年）所开的药方中，有一种极现代化的东西，那就是避孕药。
第十一王朝皇后陵寝内，发现一个药柜。柜中藏有药钵、药匙、许多丸药及草药。古埃及的处方，大半处于药物与符咒之间。一般而言，多数是两者并用。埃及人的药物极为奇异，最著名的有：蜥蜴血、天鹅耳、天鹅齿、龟脑、孕妇乳、童女便、人粪、猴粪、狗粪、狮粪、猫粪、虱粪、古书烧灰调油、腐肉、腐油等。埃及人相信，以动物油摩擦，可治秃头。诸如此类偏方，曾由埃及传至希腊，希腊传至罗马，罗马传至欧美各国。今天我们所吃的药物，不少即是尼罗河谷居民发明的。
埃及人认为，人体健康的增进，必须做到：第一，注重公共卫生； 第二，男性割除包皮； 第三，不断清理肠胃。狄奥多罗斯告诉我们：
为了预防疾病，他们（埃及人）以下列方法增进健康：灌肠、断食、呕吐等。对这些方法，有的三四天行一次，有的每天行一次。他们的理论是，吃进身体的食物，除一小部分可以滋养身体外，大部分都是废物。这些废物如不清除，久之足以使人致病。
古罗马学者普利尼相信，埃及人之所以有这种理论，可能是从朱鹭学来的。埃及人视之为神鸟，这种鸟为了对付便秘，常常自行灌肠。其所使用的灌肠器，即它那副长嘴巴。希罗多德说：“埃及人每月设法轻泻一次，每次连续3天。他们行轻泻的理论为：清除肠胃中足以致病的食物残渣，可以使人延年益寿。”这样做有无效果？这世界第一位文明史的作者说：“全世界最健康的是利比亚人，而埃及人的健康，仅次于利比亚人。”
