自亚当和夏娃以来
对异教徒的迫害在西班牙达到第一个高峰时，异教裁判所的基本框架已经完全确定下来。人们后来一再碰到的一条基本原则已经明确：“宁可错杀一百，不可放过一个。”告密是宗教审判制度的重要规则之一：教会期待着邻居之间、父母子女之间、夫妻之间相互告发。“令人痛苦的问讯”是对酷刑的称谓，是得到教会承认和合法的手段，用以证实怀疑或强索密告、证词和供状。即使某人死后，仍可以被判为异教徒，其尸体被从坟里挖出来并焚烧——同时，其财产被教会没收，死者的后代们也不得不忍受贫穷。
但是，认为异端裁判所只是西班牙人的发明，也是不确切的。其实西班牙人在是否引进异端裁判所的问题上犹豫了很久。它在阿拉贡出现后，差不多过了整整一个世纪才开始在卡斯提尔发挥作用。西班牙的宗教裁判所最终有了它那非比寻常的严苛和残酷的形式，其根源肯定与西班牙人恢复在伊比利亚半岛的统治，既“收复失地运动”有关，它带有一个可怕的观念，就是要把这统一的国家建成重要的神权政体国家，并消灭移居到伊比利亚半岛的摩尔人和犹太人。
这种延续很久的灭绝异端制度，为西班牙人树立了许多敌人。首先在启蒙时期出现了一个“黑暗的传说故事”，但它在细节上却远离事实。胡安.安托尼奥.罗伦特在他的《西班牙异端裁判所的谴责故事》（1812）、弗里德利希.席勒在他的《堂.卡洛斯》（1787）、陀斯妥也夫斯基在他的《宗教法庭大法官》（1880）、维克多.雨果在他的《托尔克马达》（1882）以及吉赛培.威尔第在他的歌剧《堂.卡洛斯》（1867）中都利用了这一传说，并进一步将它传播下去。甚至弗兰西斯科.戈雅的讽刺性版画也以其为素材。
有人曾企图引用“时代的精神”来掩饰（“受害者数目没有10万人，而且比这一数目少得多。”）或否认（“宗教法庭没有使用酷刑”）西班牙历史上这黑暗的一章。他们说，人们不应用今天的尺度来严厉谴责西班牙的异端裁判所，而应该对它们存在的原因作出解释。但宗教裁判所的存在事实、其挖空心思编造出来的由告密和逼供构成的体制却无人能加以否认，只是人们不应忘记，对政见不同的人的控制和迫害并不是基督教或罗马教会的发明，而几乎在所有时代和所有社会中，“异端”都是被排斥，或多或少被残酷地打人冷宫的，当今的时代也不例外。因此，我们应以逝去的宗教裁判所为鉴，防止历史的悲剧重演。
在这个异端裁判所之上还有一个异端裁判所，即在这个西班牙专属的异端裁判所之上还有一个共同的教会的裁判所。宗教法庭的法官们带着助手，四处荡游，以便发现那些神甫们或地方官员们有意无意地保护着的异教徒。法官们到达后，由发布消息的人通知民众，要求大家在教堂里集合，听取布道。没有出席的人就是可疑的。在布道中，宗教法庭时常会直接追根溯源到上帝。声称上帝对亚当和夏娃的处罚，在某种程度上就相当于宗教裁判所对异教徒的判决，因为上帝在没有听取任何证词和辩护人辩护的情况之下，就对亚当和夏娃作出了判决，并将他俩逐出了天国，并给他们穿上兽皮制的遮羞布。布道者还引．用《圣经》中的其它条文，作为宗教裁判所的权威的根据，例如约翰福音书中的“我的羊群的草地”（21，15）一段。布道结束时，要求每个人在往后的日子里都要向宗教法庭报告他所知道的当地的异教徒。谁说出一个异教徒的名字，就会得到免罪符。凡是“对上帝，我们的主，和神圣的天主教信仰表达过异端的、可疑的、错误的、放肆的、不恰当的、有伤风化的或者亵渎的观点的人都必须予以举报。”首先要注意“仍然信奉犹太教或者伊斯兰教、路德教派，或者为它们说好话的人，还有拥有或者阅读过宣扬异端的读者，或其作品已被列入罗马教廷禁书目录中的作者。”凡在15天到30天的“仁慈期限”内，每个异教徒均可以自首并发誓放弃错误的宗教——特别是在他告发了其他异教徒之后，还可以指望得到教会的宽容。
画家伊尔，格雷戈所作《大法官红衣主教费尔南多.尼诺.德．古瓦拉画像》（约1600年），表现了一种严厉的审讯官形象，穿戴着象征宗教、权力的服饰。这种审理程序很快在居民中引起极度的恐慌。每个人都可以告发任何别的人，予以借此干掉对手，就连信教者也一样。此外，一切被卷进来的人，包括被审判者，都被强迫保守秘密，不允许任何人讲述宗教法庭内有关审理程序的情况。因此，他们就有可能被审判官的帮凶勒索钱物。一旦以密告为据的诉讼开始，被告几乎没有逃脱的可能。监禁期限的长短完全在于法官的兴致。被指控有罪的人完全不知道他的罪行是什么？法官的审判技巧不断地翻新。一本1234年的发给异端裁判所法官的手册建议他们如此发问：“‘如果一个女人怀孕了——你认为，这是上帝所为还是人干的？’如果回答是‘人干的’，那么你就说：‘你是个异教徒，因为人是由上帝创造的。’而回答如果是：‘上帝所为’，那么你可以说：‘你相信上帝与一个女人发生了性关系……那么你是个异教徒。’”
